导读:本文包含了基因组组织论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,阵列,组织,基因,脱氧核糖核酸,腭裂,肾癌。
基因组组织论文文献综述
张跃博[1]（2019）在《猪全基因组RNA编辑位点组织鉴定及其在背膘厚高低组中的差异分析》一文中研究指出RNA编辑是一种重要的转录后调控机制,可改变氨基酸序列、影响可变剪接、导致内含子滞留、影响RNA稳定性等,为解释诸多复杂生命过程提供了一种方向。与人和鼠相比,对猪中RNA编辑的认识仍十分有限。本研究基于高通量测序技术对猪7种组织中的RNA编辑位点进行鉴定,同时在背膘厚高低组间筛选差异RNA编辑位点,并对RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2进行cDNA全长序列克隆。主要研究内容如下:1、猪7种组织RNA编辑位点鉴定与分析利用RES-Scanner基于链特异性转录组测序和基因组重测序数据检测3头猪大脑、心脏、背部脂肪、肝脏、肺、背最长肌和卵巢中的RNA编辑位点。共检测到74863个非冗余RNA编辑位点,其中92.1%为A-to-G编辑,主要分布于非编码区。在CDS区中共检测到151个A-to-G编辑位点,其中94个可导致氨基酸改变。97.4%的A-to-G位点位于重复序列中,其中88.6%位于PRE-1中。相关性分析发现RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2的表达量与A-to-G编辑位点的数量及总编辑水平存在显着正相关(P<0.05)。脑组织中RNA编辑位点最多,肌肉组织中最少。对组织特异性RNA编辑位点所在基因进行GO和KEGG通路富集分析发现,这些基因能够显着富集到与各自组织生物学功能相关的特异性生物过程和通路。2、猪背膘厚高低组中差异RNA编辑位点的筛选与分析利用RES-Scanner和REDItools,基于由3对全同胞个体组成的背膘厚高低组的全基因组和转录组测序数据鉴定RNA编辑位点。通过比较高低组之间的差异,在334个基因中发现了439个差异编辑位点,这些基因显着富集到与脂肪沉积有关的生物过程和信号通路。在9个基因中发现3个差异编辑位点可以导致氨基酸的改变,7个差异编辑位点可以影响miRNA的结合,其中6个基因潜在与脂肪沉积有关。3、猪RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2的克隆及分析利用RACE方法克隆猪RNA编辑酶基因ADAR1和ADAR2的cDNA全长序列,分别为6259bp和6305bp。在ADAR2中发现了一个可能由自身编辑产生的47bp插入,并在内含子4中确定了RNA编辑位点上下游序列的互补序列。该编辑位点DNA基因型在不同猪种中完全一致,其编辑水平在多种组织中表现出随日龄增加先上升后下降的趋势。本研究对猪不同组织RNA编辑进行了系统性鉴定和分析,丰富了猪中已知RNA编辑位点,同时促进了人们对猪中RNA编辑特征的认识,为进一步研究RNA编辑的调控机制及其在脂肪沉积中的功能奠定了基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2019-06-01）
高欢[2]（2019）在《基于放射基因组学筛选的差异基因对肾癌肿瘤组织CTL细胞浸润情况的预测价值探索》一文中研究指出目的:近年来,免疫治疗在肿瘤领域取得重大突破,免疫检查点抑制剂程序性死亡受体-1(programmed death-1,PD-1)/程序性死亡受体-配体1(programmed death ligand-1,PD-L1)抑制剂明显改善肾癌的生存获益,但其在肾癌中的应答率仅为25%,因此,寻找可靠的疗效预测指标至关重要。细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL),即CD8+T淋巴细胞,已有研究证实其在肿瘤微环境中的浸润情况可在一定程度上预测免疫检查点抑制剂的疗效,而基于CTL细胞浸润寻找新的疗效预测指标富有前景。放射基因组学可通过放射组学实现分子特征预测和疗效预测,具有巨大的临床应用潜力。本研究基于大数据分析,拟应用放射基因组学方法,通过对肾癌患者的CT影像学特征进行放射组学分析,建立不同的的影像亚型,筛选不同影像亚型的差异表达基因,分析候选基因表达水平与肾癌肿瘤组织CTL细胞浸润情况的相关性,明确其对肾癌CTL细胞浸润情况的预测价值,进而为肾癌免疫治疗的疗效预测指标提供新选择,指导肾癌的免疫治疗决策。材料与方法:在癌症影像数据库(the cancer imaging archive,TCIA)中筛选出符合要求的肾癌患者,并获得其CT影像原发病灶的影像,从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库获得对应患者的基因表达及临床信息。应用ImageJ对CT原发病灶影像进行最大轴位层面分割,获得感兴趣区(region of interest,ROI),然后提取放射组学特征,获得量化的影像学特征数据并对图像特征值进行标准化处理。应用无监督聚类分析的K均值(k-means)法进行层次聚类分析,使用R语言NbClust包NbClust(x)函数确定最佳聚类数目k,根据最佳聚类数目,使用R语言ggplot2包进行聚类分析,获得不同亚型的个体。应用R语言Limma包对基于放射组学分类的患者进行基因差异表达分析。选取P值阈值为0.05,logFC(log2Foldchange)绝对值大于1.5的典型差异基因。获得典型差异基因后,应用肿瘤免疫评估数据库(tumor immune estimation resource,TIMER)网页版工具,预测对应的基因表达水平与肾癌肿瘤组织中CTL细胞浸润的相关性。结果:从TCIA数据库筛选出88例符合要求的肾癌患者,应用R语言NbClust包得出最佳聚类数目k=2,最终将88例肾癌患者分为Cluster1、Cluster2两组,将TCGA中以上两组的全部患者RNAseq数据进行汇总,共20532个基因参与表达,为了避免低丰度数据对结果真实性和可靠性的干扰,本研究首先剔除任一样本中信号值为0并且均值<1的RNAseq数据,剔除后基因数目为14636个。使用R语言包Limma包进行差异基因表达分析,结果显示Cluster1与Cluster2相比,同时满足|logFC|>1.5,P<0.05条件的候选差异表达基因共19个,其中表达水平上调基因7个(QRFPR,SLC16A12,SLC5A1,FAM196B,TRHDE,FOSB,PKHD1),下调基因12个(IGFN1,RPS28,PPP2R2C,PRSS50,EEF1A2,COL7A1,DES,ADAMTS14,PANX2,PLXNB3,CORO6,APOD)。使用TIMER数据库预测候选基因表达水平与肾癌肿瘤组织CTL细胞浸润相关性,选取发现共11个基因表达水平与CTL细胞浸润存在相关性(P<0.05),其中SLC5A1,FAM196B,QRFPR,SLC16A12表达水平与CTL浸润呈正相关,而CORO6,PANX2,IGFN1,PRSS50,COL7A1,EEF1A2,RPS28表达水平与CTL细胞浸润程度呈负相关。CORO6是与CTL细胞浸润状态相关性最强的负相关基因(cor=-0.2188,P<0.0001),SLC5A1(cor=0.1951,P<0.0001)则是CTL细胞浸润状态相关性最强的正相关基因。结论:基于放射组学特征可有效识别肾癌的差异表达基因,且候选差异基因表达水平与CTL细胞浸润情况具有相关性,提示其对CTL细胞浸润情况的预测价值,正相关基因有望成为免疫检查点抑制剂的新型阳性疗效预测指标,而负相关基因则为潜在的无效人群预测指标并可能是免疫检查点抑制剂耐药的潜在机制。以上结果有待进一步的临床前和临床验证,为选择肾癌免疫治疗的合适人群提供新思路。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-05-01）
栗冬梅,梁艳林,宋秀平,朱彩英,康央[3]（2019）在《Chelex 100树脂快速提取动物组织基因组DNA方法的评估》一文中研究指出目的应用基于Chelex 100树脂的6种不同处理方法提取动物组织核酸,比较6种处理之间及与磁珠法之间的差异,筛选适用于现场检测、简便快速的动物组织基因组DNA提取方法。方法取适量啮齿动物肝组织,研磨或剪碎后加入5%Chelex 100树脂悬液,应用6种不同的裂解与吸附步骤处理该悬液;经离心或静置处理后收获上清液即为组织基因组DNA,检测其浓度与纯度;以此DNA为模板,应用啮齿动物线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的引物、巴尔通体通用引物和TaqMan探针扩增COⅠ基因片段和巴尔通体的tmRNA基因片段;比较6种Chelex100树脂处理方法之间及Chelex 100树脂法与磁珠法提取的基因组DNA浓度、纯度及扩增所得循环值(quantification cycle,Cq)的差异。结果基于Chelex 100树脂的6种不同处理方法(C1～C6)所获DNA模板浓度在203.93～769.86 ng/μl之间,比磁珠法提取的DNA模板浓度偏高;Chelex 100树脂法提取的DNA模板吸光度(A)值A260/A280比值在1.25～1.47之间,磁珠法的A260/A280比值在1.85～1.95之间,C1～C6之间无差别,但纯度低于磁珠法;电泳图显示,相较于磁珠法,Chelex 100树脂法提取的DNA模板没有明确DNA条带,前者DNA条带明显;COⅠ基因的扩增产物电泳带清晰且长度准确;对Chelex 100树脂法的DNA模板进行荧光定量PCR扩增,各样品均可获得正常Cq值,但略高于磁珠法。结论应用Chelex 100树脂法提取动物组织基因组DNA简便、高效,适用于常规PCR及TaqMan探针荧光定量PCR方法鉴定宿主动物及直接检测动物组织DNA中的病原体。(本文来源于《中国媒介生物学及控制杂志》期刊2019年03期）
马韵翼[4]（2019）在《孕早期自然流产组织基因组拷贝数变异分析》一文中研究指出背景与目的孕早期自然流产(spontaneous abortion,SA)是临床上常见的异常妊娠疾病。反复发生的孕早期自然流产会给女性及家庭带来困扰。临床上孕早期自然流产约占确诊妊娠总数的15%,且发生率逐年上升。孕早期自然流产的病因包括染色体因素、子宫因素、内分泌因素、免疫因素、感染因素、子宫动脉血流因素、环境因素、精子因素、不明原因的孕早期自然流产,其中最主要病因为胚胎染色体异常。大部分存在染色体异常的胚胎难以存活至出生,而存活到出生的胚胎,可能在短期内死亡,或存在严重的遗传缺陷,严重影响患儿健康和生活质量,前一次怀孕的核型是否正常是随后流产风险的一个预测因素。微阵列比较基因组杂交(array_based comparative genomic hybridization,aCGH)技术是近年发展起来的高效分子核型分析技术,其优势在于无需细胞培养可直接对样本DNA进行检测,具有高分辨率、高通量、高准确性,通过一次杂交实验就能对全基因组的染色体非平衡变异进行检测,从而发现传统核型分析难以检出的亚显微结构的拷贝数变异,二代测序(next generation sequencing,NGS)是近年发展起来的,可以通过对样本进行全基因组扫描,进行覆盖全基因组的检测,解析出详细的基因图谱,检测染色体的小片段的重复、缺失,具有更高的精准性。对孕早期自然流产的胚胎进行遗传学病因检测分析,并对导致本次染色体异常发生的相关因素进行分析,对于合理指导下一次妊娠,降低复发流产风险,及预防出生遗传缺陷都有着重要的意义。目前,应用aCGH技术和NGS技术对孕早期自然流产胚胎进行基因组拷贝数变异(copy number variations,CNV)检测的研究仍较少,对不同类型的染色体异常在各染色体的分布情况的统计分析不多,并缺少对于孕妇年龄因素与流产胚胎基因组CNV的相关性分析。本研究旨在应用aCGH技术及NGS技术对孕早期自然流产胚胎组织的基因组CNV进行检测,从不同类型的CNV在各染色体的分布情况、孕妇年龄与不同类型CNV发生的相关性这两个方面进行分析,探索孕早期自然流产胚胎基因组CNV的分布特点,孕妇年龄对胚胎基因组CNV发生的影响,为进一步研究孕早期自然流产遗传学病因提供更多的数据分析及理论依据。资料与方法1.研究对象:研究收集了2015年12月~2019年3月于河南省人民医院产前诊断中心就诊并确诊为孕早期自然流产的胚胎,共获得样本554例,应用微阵列比较基因组杂交技术分析样本433例(2015年12月~2018年12月),应用二代测序技术分析的样本121例(包括2019年1月预实验30例,及2月~3月样本91例)。所有参与的孕妇及配偶均已签署知情同意,本研究经河南省人民医院伦理委员会批准。2.实验方法:临床确诊的孕早期自然流产患者在门诊行人工流产术负压吸引器无菌吸取绒毛组织5_15mg,浸泡于装有无菌PBS的离心管内,组织切成小块,放入1.5毫升无RNas的微量离心管中,提取组织全基因组DNA,使用NanoDrop 2000对样品DNA进行定量及质量控制,样品DNA限制性消化。基于微阵列芯片的比较基因组杂交(array_based comparative genomic hybridization,aCGH)分析:基因组DNA 400 ng,使用SurePrint G3 Human CGH Microarray Kit,8x60K G4450A(美国Agilent公司)芯片进行酶切、Cy5_dUTP和Cy3_dUTP标记、纯化、杂交、洗片等步骤。然后,应用SureScan Microarray Scanner扫描系统对芯片的探针信号进行扫描,Agilent CytoGenomics 2.9软件对扫描结果进行分析。NGS:提取流产组织全基因组DNA,用高通量测序文库构建DNA纯化试剂盒(磁珠法)(贝瑞和康)对组织基因组DNA纯化,采用Qubit ds DNAHS assay kit对样品DNA进行定量,构建CNV文库,以Real_Time PCR System(Thermo Fisher Scientific美国)进行荧光定量PCR,使用NextSeq CN500基因测序仪对样本进行检测。分析结果与目前常用的国际基因组与表型公共数据库进行检索判读。3.统计学方法:应用SPSS 18.0软件进行统计分析,计量资料以均数±标准差(x±s)表示,比较采用t检验;危险因素单因素分析采用χ2检验,检验水准α=0.05。结果1.染色体异常检出情况554例孕早期自然流产组织共检测到存在染色体异常的流产组织337例,总体异常检出率60.83%,存在染色体数目异常的组织有238例(42.96%),存在染色体结构异常的有99例(17.87%)。aCGH技术检测流产组织433例,检测到200kb以上基因组CNV共计259例,异常检出率59.82%,染色体数目异常180例占所有染色体异常的69.50%,染色体结构异常79例,占所有染色体异常的30.50%。NGS技术检测流产组织121例,检测到100kb以上的基因组CNV共计78例,异常检出率64.46%,存在染色体数目异常的样本有58例,占所有染色体异常的74.36%。存在染色体结构异常的有200例,占所有染色体异常的25.64%。2.染色体异常分布情况554例染色体异常涉及所有染色体,染色体异常类型以叁体型发生率最高,占所有染色体异常的58.75%,叁体型异常中有以16_叁体发生率最高,占所有叁体型染色体异常的26.77%。单体型异常以X_单体最多,占所有染色体异常的19.32%。染色体结构异常中,15号染色体结构异常的发生率最高,共计16例,占所有染色体异常的6.72%。aCGH检测到的染色体结构异常多发生于15号染色体共14例,占所有染色体异常的5.41%。NGS检测到染色体结构异常在各染色体的分布以11号、18号及22号染色体较多。3.孕妇年龄与孕早期自然流产胚胎染色体异常的相关性554例孕早期自然流产组织中,不同阶段孕妇年龄的流产胚胎染色体数目异常发生率随着孕妇年龄的增加呈递增趋势,染色体结构异常发生率与孕妇年龄未体现明显相关性。我们分别对aCH技术及NGS技术所检测到的染色体异常与随着孕妇年龄进行统计分析,两组数据均提示,孕早期自然流产组织染色体数目异常的检出率逐渐增加,而染色体结构异常发生率并未随孕妇年龄的增加呈明显递增趋势。结论1.染色体数目异常是导致孕早期自然流产的最主要原因,染色体结构异常是孕早期自然流产发生的重要因素。2.孕早期自然流产胚胎染色体异常主要发生在15、16、22及X染色体,。3.孕妇年龄与胚胎染色体数目异常发生率呈正相关,而与染色体结构异常的发生率相关性不明显。(本文来源于《郑州大学》期刊2019-04-01）
邓洛娜,罗祖朋,张志望,李一星,梁明振[5]（2018）在《不同猪种脂肪组织基因组DNA甲基化分析》一文中研究指出本研究以典型的瘦肉型(杜洛克)和肥胖型(陆川)猪种为模型,利用新一代RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing)技术研究两猪种脂肪组织基因组启动子及CpG岛(CpG Islands, CGls)的DNA甲基化差异。我们分别取得杜洛克、陆川样本中的Clean Reads 98720992、97254298,占各样品Reads的99.4%和99.56%;得到两样品中甲基化C位点(mC)中CG类型的甲基化所占比例最大;得到不同分布类型的mC差异;结果成功鉴定出两猪种脂肪组织基因组中的差异甲基化区域(differentially methylated regions, DMRs),发现瘦肉型猪种(杜洛克)甲基化水平更高;共筛选出792个差异甲基化基因(differentially methylated gene,DMG),对其进行GO、KEGG富集分析,得到其主要影响intracellular part、binding和biological regulation等生物学过程,参与了endocytosis、MAPK signaling pathway和calcium signaling pathway等与脂肪代谢相关的通路。本研究探索了脂肪代谢的表观遗传调控机制,为优质、高效的猪肉生产提供参考数据。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2018年11期）
[6]（2018）在《科学家构建基于癌症基因组学的非组织特异标签的药物重定位新方法》一文中研究指出10月9日,国际学术期刊《细胞通讯》(Cell Reports)在线发表了中国科学院上海生命科学研究院(营养与健康研究院)计算生物学研究所韩敬东研究组的论文"Accurate Drug Reposition through Non-Tissue Specific Core Signatures from Cancer Transcriptomes"。该研究通过从多组织的癌症基因组学数据构建非组织特异性的基因突变的核心标签,并与药物基因组学数据整合,构建了药物-基因靶定模式和药物特异性的评估方法,为靶点预测及药物重定(本文来源于《肿瘤防治研究》期刊2018年11期）
张敏,王杰,孙艳发,钟礼鹏,李焰[7]（2018）在《肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析》一文中研究指出旨在鉴定和分析肉鸡肌肉和脂肪组织基因组差异剪接基因(differential splicing gene,DSG)。本研究采用Illumina Hiseq 2500测序平台对AA肉鸡胸肌和腹部脂肪组织各3个样品进行转录组测序,使用rMATS软件检测样品中可变剪接事件(alternative splicing,AS)和组织间的DSG,并对DSG进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果表明,在肉鸡肌肉和脂肪组织中分别检测到(5 966.00±111.66)和(6 757.00±156.51)个可变剪接事件(P=0.002)。5种可变剪接类型中以外显子跳跃(skipped exon,SE)为主,分别占肌肉和脂肪组织中可变剪接事件总数量的54.92%和52.67%。肌肉和脂肪组织基因组间检测到513个显着的DSGs。GO基因富集分析发现,93个DSGs显着富集于细胞组分和分子功能中。信号通路分析发现,31个DSGs富集在肌动蛋白细胞骨架调节、焦点粘连、丙酮酸代谢和细胞内吞作用信号通路中,其中14个DSGs在肌肉和脂肪组织基因组中的表达水平未发生显着变化。本研究通过对肉鸡肌肉和脂肪组织基因组中DSG的鉴定与分析,为研究可变剪接及其调控机制、组织间差异剪接的多样性提供理论依据。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2018年10期）
徐秀荣,王思宁,刘青,赵韩生,高志民[8]（2018）在《毛竹KNOX基因家族全基因组鉴定和组织表达特异性分析》一文中研究指出为了探究KNOX基因在竹子快速生长中的作用,本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)为对象,通过同源比对从毛竹基因组中获得12条KNOX同源基因序列。序列分析表明,PeKNOXs的基因结构差异较大,内含子数目1～6个不等,且长度差异较大(30～3 801 bp),但都符合GT-AG剪切原则。PeKNOXs编码蛋白的长度为145～355 aa,分子量为92～130 k D。系统进化分析表明,毛竹PeKNOXs被聚类到2个较大的分支,分别属于Ⅰ、Ⅱ类KNOX亚家族,Ⅰ类中包含PeKNOX1-1～PeKNOX1-5,其中PeKNOX1-1与OSH71、PeKNOX1-2与OSH10、PeKNOX1-3与OSH15均聚类到一起,而PeKNOX1-4和PeKNOX1-5与OSH43聚类到较近的分支;Ⅱ类中包含PeKNOX2-1～PeKNOX2-7,其中PeKNOX2-1和PeKNOX2-2聚类到一个分支,与其它PeKNOXs距离较远,而且PeKNOXs与已知拟南芥的KNATs距离均较远。利用毛竹转录组数据构建热图进行分析,表明除了PeKNOX2-1外,其余PeKNOXs均检测到表达,但2个亚家族不同成员的表达均存在着一定的差异,如PeKNOX1-3的相对表达量最高,PeKNOX1-5的最低。实时定量PCR验证表明,PeKNOX1-3和PeKNOX1-5在不同组织中均有表达,其中在节中表达量最高,其次是茎,而在叶片和叶鞘中的表达量均较低,这与转录组数据相类似。由此表明,PeKNOXs可能在竹子生长发育中起重要调控作用,为进一步利用PeKNOXs开展竹子基因工程研究提供了参考。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年19期）
马韵翼,吴东,霍晓东,高越,张梦汀[9]（2018）在《孕早期自然流产组织基因组拷贝数变异分析》一文中研究指出目的探讨孕早期自然流产的遗传学病因。方法孕早期流产孕妇433例,其中适龄组(<30岁)226例,中间组(30~<35岁)129例,高龄组(35~<40岁)61例和超高龄组(≥40岁)17例;应用微阵列比较基因组杂交技术检测孕早期自然流产组织基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs)。结果 433例孕早期自然流产组织中,200kb以上基因组CNVs 259例(59.82%),其中染色体数目异常180例(41.57%),染色体结构异常79例(18.24%);CNVs主要分布在15、16、22及X染色体(6.70%、9.70%、8.55%、9.24%),染色体数目异常发生率最高的为16-叁体(8.78%),其次是22-叁体(8.08%),染色体结构异常多发生于15号染色体(3.23%)及X染色体(2.08%);适龄组、中间组染色体数目异常发生率(32.30%、44.19%)均低于高龄组(63.93%)和超高龄组(64.71%)(P<0.05),且适龄组低于中间组(P<0.05),高龄组与超高龄组比较差异无统计学意义(P>0.05);适龄组染色体结构异常发生率(23.01%)高于高龄组(8.20%)(P<0.05)。结论 CNVs主要分布在15、16、22及X染色体,染色体数目异常是导致孕早期自然流产的主要原因,孕妇年龄可影响胚胎染色体数目异常发生率,而对染色体结构异常的发生影响不明显。(本文来源于《中华实用诊断与治疗杂志》期刊2018年10期）
刘丹,舒申友,李珂,舒璇,董泽君[10]（2018）在《胚鼠腭裂形成过程中腭胚组织全基因组DNA甲基化的研究》一文中研究指出目的:分析胚鼠腭裂形成过程中腭胚组织全基因组DNA差异甲基化位点相关基因及基因组差异甲基化水平。方法:使用高效低成本全基因组DNA甲基化检测技术——甲基化修饰依赖性内切酶测序法(MethylRAD-Seq法)对妊娠第13.5天(GD13.5)、GD14.5和GD16.5(n=18)的胚鼠腭裂模型组和对照组腭胚组织进行全基因组DNA甲基化测序,比较基因组不同功能元件(3’端非翻译区、5’端非翻译区、TSS2000、内含子、外显子和基因间区)中甲基化位点的差异分布及甲基化水平差异基因,并对相关基因进行GO和KEGG通路分析。结果:(1)DNA不同元件的甲基化位点的峰值个数和峰值,对照组无明显变化,实验组甲基化整体水平随着时间推移逐渐降低;(2)GO功能富集和KEGG通路富集分析差异甲基化位点的基因及甲基化水平有差异的相关基因,其中与腭裂形成相关的基因为Fgf16、Jarid2、Kdm6a、Nr3c1、Tbx22和Trp53;(3)与腭裂形成相关的信号通路主要有MAPK、Wnt和TGF-β信号通路。结论:DNA甲基化在腭裂形成过程中可能起重要的调控作用。(本文来源于《中国病理生理杂志》期刊2018年09期）
基因组组织论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:近年来,免疫治疗在肿瘤领域取得重大突破,免疫检查点抑制剂程序性死亡受体-1(programmed death-1,PD-1)/程序性死亡受体-配体1(programmed death ligand-1,PD-L1)抑制剂明显改善肾癌的生存获益,但其在肾癌中的应答率仅为25%,因此,寻找可靠的疗效预测指标至关重要。细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL),即CD8+T淋巴细胞,已有研究证实其在肿瘤微环境中的浸润情况可在一定程度上预测免疫检查点抑制剂的疗效,而基于CTL细胞浸润寻找新的疗效预测指标富有前景。放射基因组学可通过放射组学实现分子特征预测和疗效预测,具有巨大的临床应用潜力。本研究基于大数据分析,拟应用放射基因组学方法,通过对肾癌患者的CT影像学特征进行放射组学分析,建立不同的的影像亚型,筛选不同影像亚型的差异表达基因,分析候选基因表达水平与肾癌肿瘤组织CTL细胞浸润情况的相关性,明确其对肾癌CTL细胞浸润情况的预测价值,进而为肾癌免疫治疗的疗效预测指标提供新选择,指导肾癌的免疫治疗决策。材料与方法:在癌症影像数据库(the cancer imaging archive,TCIA)中筛选出符合要求的肾癌患者,并获得其CT影像原发病灶的影像,从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库获得对应患者的基因表达及临床信息。应用ImageJ对CT原发病灶影像进行最大轴位层面分割,获得感兴趣区(region of interest,ROI),然后提取放射组学特征,获得量化的影像学特征数据并对图像特征值进行标准化处理。应用无监督聚类分析的K均值(k-means)法进行层次聚类分析,使用R语言NbClust包NbClust(x)函数确定最佳聚类数目k,根据最佳聚类数目,使用R语言ggplot2包进行聚类分析,获得不同亚型的个体。应用R语言Limma包对基于放射组学分类的患者进行基因差异表达分析。选取P值阈值为0.05,logFC(log2Foldchange)绝对值大于1.5的典型差异基因。获得典型差异基因后,应用肿瘤免疫评估数据库(tumor immune estimation resource,TIMER)网页版工具,预测对应的基因表达水平与肾癌肿瘤组织中CTL细胞浸润的相关性。结果:从TCIA数据库筛选出88例符合要求的肾癌患者,应用R语言NbClust包得出最佳聚类数目k=2,最终将88例肾癌患者分为Cluster1、Cluster2两组,将TCGA中以上两组的全部患者RNAseq数据进行汇总,共20532个基因参与表达,为了避免低丰度数据对结果真实性和可靠性的干扰,本研究首先剔除任一样本中信号值为0并且均值<1的RNAseq数据,剔除后基因数目为14636个。使用R语言包Limma包进行差异基因表达分析,结果显示Cluster1与Cluster2相比,同时满足|logFC|>1.5,P<0.05条件的候选差异表达基因共19个,其中表达水平上调基因7个(QRFPR,SLC16A12,SLC5A1,FAM196B,TRHDE,FOSB,PKHD1),下调基因12个(IGFN1,RPS28,PPP2R2C,PRSS50,EEF1A2,COL7A1,DES,ADAMTS14,PANX2,PLXNB3,CORO6,APOD)。使用TIMER数据库预测候选基因表达水平与肾癌肿瘤组织CTL细胞浸润相关性,选取发现共11个基因表达水平与CTL细胞浸润存在相关性(P<0.05),其中SLC5A1,FAM196B,QRFPR,SLC16A12表达水平与CTL浸润呈正相关,而CORO6,PANX2,IGFN1,PRSS50,COL7A1,EEF1A2,RPS28表达水平与CTL细胞浸润程度呈负相关。CORO6是与CTL细胞浸润状态相关性最强的负相关基因(cor=-0.2188,P<0.0001),SLC5A1(cor=0.1951,P<0.0001)则是CTL细胞浸润状态相关性最强的正相关基因。结论:基于放射组学特征可有效识别肾癌的差异表达基因,且候选差异基因表达水平与CTL细胞浸润情况具有相关性,提示其对CTL细胞浸润情况的预测价值,正相关基因有望成为免疫检查点抑制剂的新型阳性疗效预测指标,而负相关基因则为潜在的无效人群预测指标并可能是免疫检查点抑制剂耐药的潜在机制。以上结果有待进一步的临床前和临床验证,为选择肾癌免疫治疗的合适人群提供新思路。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
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