YADE,一种棉花基因组 DNA 和 cDNA 的 PCR 步行新方法

YADE,一种棉花基因组 DNA 和 cDNA 的 PCR 步行新方法

一、YADE, a New Method for PCR Walking of Genomic DNA and cDNA in Cotton(论文文献综述)

王权[1](2020)在《应用“侧翼序列标记测序”在转基因农作物基因组中分离侧翼序列》文中认为利用转座子或T-DNA等标签构建的植物突变体研究基因功能时,需要明确标签在基因组中的插入位点,即获得标签序列的侧翼序列。目前已开发的侧翼序列分离方法均有其优势与不足之处,随着测序技术的不断进步与发展,分离侧翼序列的方法也应推陈出新。本实验室以下一代测序技术(Next-generation Sequencing,NGS)为基础,开发出了一种高效的分离标签序列的侧翼序列方法“侧翼序列标记测序”(Flanking sequence tagging-sequencing,FST-seq),此方法可以从一个样品中一次性分离多个标签的侧翼序列。FST-seq方法首先以Tn5转座酶复合体对基因组DNA进行打断的同时为DNA片段两端连上接头,再通过三轮PCR扩增富集包含标签序列的DNA片段并为其连接上NGS测序所需的完整Illumina接头,PCR产物经片段分选后可直接进行上机测序,无需额外的建库操作。测序数据下机后,通过我们的生物信息学分析流程即可获得标签序列的侧翼序列信息。本研究应用FST-seq在转基因小麦、水稻与玉米中分离T-DNA标签的侧翼序列从而确认T-DNA的插入位点,并对每个插入位点一一进行验证。具体来说,共分析了4种转基因植物材料,分别是河南大学转基因小麦植株、山东农业大学转基因小麦植株、韩国转基因水稻植株和河南农业大学转基因玉米植株。挑选其中基因组质量优良的转基因阳性材料,通过FST-seq方法在河南大学转基因小麦材料p2c-3中,从T-DNA的右边界分析得到了4个标签序列的插入位点,并通过PCR扩增成功验证了其中的3个位点;在韩国转基因水稻HT中找到了2个标签序列插入位点,在河南农业大学转基因玉米材料752-5和752-24中找到了相同的1个标签序列插入位点,均通过在标签序列和参考基因组中设计引物验证成功。不仅如此,本研究还通过FST-seq方法确认了T-DNA标签在基因组中的插入结构。对于河南大学转基因小麦材料,对T-DNA左边界可能的插入结构进行了分析,发现3个插入位点的T-DNA都存在正向串联重复现象且有2种串联重复方式,并通过PCR与Sanger测序确认了该结果。对于山东农业大学转基因小麦材料,共分析了6个样品,编号分别为A1、A2、A3、A4、B10、B11,但最终并没有分析到标签序列在小麦基因组中的插入位点。为了分析这一原因,利用NGS测序数据从T-DNA右边界的reads中发现2个插入位点的T-DNA存在正向串联重复现象,同样利用PCR与Sanger测序对此结果进行了验证。本研究应用FST-seq方法从基因组庞大且复杂的小麦及基因组较小的水稻和玉米中成功的分离到侧翼序列,并通过PCR等其他实验证明了此方法的准确性与实用性。

陈云飞[2](2020)在《人脂肪间充质干细胞来源的外泌体通过抑制小胶质细胞/巨噬细胞活化促进创伤性脑损伤大鼠神经功能的恢复》文中研究表明研究背景:创伤性脑损伤(Traumatic Brain Injury,TBI)是45岁以下,年轻个体死亡和残疾的主要原因,幸存的患者可能出现认知和记忆缺陷,视力和听力的丧失,运动功能障碍以及各种心理问题。TBI还是慢性神经退行性病变(如阿尔兹海默病,帕金森病等)的已知风险因素。然而迄今为止,在临床上TBI仍缺乏有效的治疗措施。间充质干细胞(Mesenchymal Stem Cells,MSCs)是一种成体多能干细胞,来源于中胚层,具有多向分化和自我更新的能力,且免疫源性低,目前被认为是治疗损伤性疾病比较理想的干细胞。许多动物实验研究表明MSCs可显着改善TBI后神经功能障碍,其主要机制可能是通过旁分泌多种细胞因子发挥治疗作用,而并非细胞替代效应,间充干细胞来源的外泌体(exosomes)可能介导了主要的治疗作用。最新的研究证据表明,MSCs来源的exosomes可通过减轻损伤组织的炎性反应,降低功能细胞的凋亡,促进组织再生和血管新生,改善多种疾病的病理过程,而且与MSCs相比,exosomes治疗不存在栓塞和免疫排斥的风险,且便于批量化生产,易于存储,更加安全,故用exosomes替代MSCs治疗TBI将是一种更加安全而有效的治疗手段。研究目的:研究人脂肪间充质干细胞(human adipose-derived mesenchymal stem cells,hADSC)来源的外泌体(hADSC-ex)对TBI的治疗作用及其潜在的机制。研究方法:通过Feeney自由落体法构建大鼠TBI模型,损伤后24小时,进行对侧脑室注射 hADSC,hADSC-ex 或磷酸盐缓冲液(Phosphate-buffered saline,PBS)。通过改良大鼠神经功能缺损评分(Modified Neurological Severity Scores,mNSS)和前肢踩空试验(Footfault test),评估治疗后感觉运动功能的恢复;定量PCR和ELISAs检测受损脑组织和脑脊液中炎症因子的表达;CD68免疫组织化染色检测损伤灶周边区域小胶质/巨噬细胞的浸润;Tunel-NeuN免疫荧光染色检测损伤灶周边区域神经元凋亡;Brdu-NeuN和Brdu-GFAP免疫荧光染色检测海马齿状回(dentate gyrus,DG)神经再生和损伤灶周边区域星形胶质细胞增殖。侧脑室注射DiR标记的hADSC-ex(DiR-hADSC-ex)后,通过小动物活体成像仪观察DiR-hADSC-ex的迁移和生物分布。侧脑室注射DiI标记的hADSC-ex(DiI-hADSC-ex)后,对大鼠脑冠状切片和分离的神经细胞,进行IBA1或CD11b(小胶质细胞),GFAP(星形胶质细胞),NeuN或MAP2(神经元)和MBP(少突胶质细胞)神经细胞标记物的免疫荧光染色,以确定DiI-hADSC-ex在体内的细胞摄取。原代混合神经细胞与DiI-hADSC-ex共孵育24小时,通过Cytation5细胞成像仪检测每种神经细胞中DiI荧光强度随时间的变化。最后,在原代小胶质细胞LPS+IFN-γ诱导炎症模型中,hADSC-ex共孵育处理12小时后,通过定量PCR检测M1(促炎表型)相关因子的表达,Westerblot检测NF-κB和p38 MAPK信号通路亚基磷酸化水平的改变,免疫荧光检测p65亚基的核转位。研究结果:TBI后24小时,侧脑室注射hADSC-ex,促进大鼠感觉运动功能的恢复,降低受损脑组织和脑脊液促炎因子的表达,减少损伤灶周边区域小胶质细胞/巨噬细胞浸润和神经元凋亡,促进神经再生和星形胶质细胞增殖,且治疗效果与hADSC相当。同时,体内连续荧光成像显示,DiR-hADSC-ex在对侧脑室注射后,DiR荧光信号逐渐向病变区域富集。大鼠脑冠状切片和分离的神经细胞免疫荧光染色结果显示,DiI荧光信号主要与IBA1或CD11b阳性的小胶质细胞/巨噬细胞有明显的重叠。在原代混合神经细胞中,DiI荧光信号显着地富集于小胶质细胞。在原代小胶质细胞LPS+IFN-γ诱导炎症模型中,hADSC-ex抑制了 M1相关因子的表达,降低了 p65,IKKα/β,IKB α和p38亚基的磷酸化水平和p65亚基的核转位。研究结论:hADSC-ex脑室注射后优先被小胶质细胞/巨噬细胞摄取,并通过NF-κB和p38-MAPK信号通路抑制其在损伤过程中的活化,减轻神经炎症反应,从而改善损伤微环境,促进神经功能恢复。

单月明[3](2019)在《苏云金芽胞杆菌新型杀虫基因的发掘与活性分析》文中提出苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,简称Bt)因对多种农业害虫具有特异的杀虫活性,且对非靶标生物安全、环境友好等优点,使其成为世界上应用最为广泛的微生物杀虫剂。其杀虫活性主要源自于菌株本身所产生的杀虫蛋白,这些杀虫蛋白主要由cry基因和vip基因编码,其中cry基因已被应用于转基因作物20余年。因此,发掘Bt杀虫基因对害虫的防治具有重要意义。目前杀虫基因发掘的主要手段是高通量测序技术,但是由于测序价格较高,且菌株资源库中的重复菌株较多,会造成较大的资金浪费,迫切需要建立大量菌株的比较分析方法,以去除重复菌株,获得用于杀虫基因发掘的菌株。当大量菌株测序完成后,后续通常花费较多时间对菌株的基因组测序数据组装和杀虫基因注释,因此提高杀虫基因发掘效率是十分必要的。现阶段对Bt杀虫基因的发掘仍然具有很大需求,由于某些害虫对现有的Bt杀虫蛋白不够敏感,缺少对某些新靶标害虫具有活性的Bt杀虫蛋白,以及害虫对转基因作物表达的Cry蛋白的抗性问题,因此发掘杀虫活性高且与转基因作物中的Cry蛋白无交互抗性的新型Bt杀虫蛋白非常重要。针对上述需求,本论文围绕Bt菌株分离技术、杀虫基因发掘方法和具有杀虫活性的Bt新基因的筛选鉴定展开研究,主要结果如下:1、Bt菌株的分离技术研究:本研究以基于PCR-RFLP技术的Bt杀虫基因指纹图谱为依据对分离的大量菌株比较分析。首先对菌株基因组提取方法改良,改用磁珠法DNA提取技术可以实现快速高通量提取菌株基因组DNA。然后对引物系统改良,增加引物用于检测更多的杀虫基因。PCR-RFLP图谱分析系统改良,利用基于毛细管电泳系统原理的核酸片段分析仪可以分析比较大量菌株的PCR-RFLP图谱,并且大量菌株的图谱信息可以以数字化的形式输出。进一步结合生物信息学方法计算菌株PCR-RFLP图谱的相似性,最终可以实现对分离的大量菌株中的重复菌株进行去除,获得可用于进一步杀虫基因发掘的菌株。2、Bt菌株混合基因组测序数据中杀虫基因发掘研究:本研究首先模拟了1个Bt菌株混合基因组原始测序数据,然后测试了不同基因组组装软件的组装效果,包括单菌基因组组装软件(IDBA、Velvet)和宏基因组组装软件(IDBA-UD、MetaVelvet),结果显示IDBA-UD软件组装结果最佳,获得的N50及平均序列长度最长。宏基因组基因预测软件MetaGeneMark预测结果显示IDBA-UD组装结果对应预测到的编码基因N50最长。杀虫基因预测结果显示IDBA-UD对应的编码基因库中发掘到的杀虫基因数量最多,达到14个Bt菌株杀虫基因总数的78%。3、具有杀虫活性的Bt新基因筛选:本研究利用二代测序技术分析了78个Bt菌株的基因组,从中获得了大量与已有杀虫基因具有相似性的新基因。对部分(96个)新基因进行杀虫活性筛选,其中包括第一等级的新基因31个,第二等级的新基因48个,第三等级的新基因16个,第四等级的新基因1个。将这些新基因在大肠杆菌中克隆和表达,结果显示有92个新基因可在大肠杆菌Rosseta(DE3)中表达。最后对表达的蛋白进行杀虫活性分析,结果筛选获得了1个对鳞翅目害虫小菜蛾和亚洲玉米螟具有杀虫活性的新型杀虫基因cry9C-like,而其余91个新基因对几种常见鳞翅目害虫和鞘翅目大猿叶甲未表现出杀虫活性。4、新型Bt杀虫蛋白Cry9Cb1的鉴定:对上面研究中筛选出的cry9C-like新型杀虫基因展开研究,首先将基因序列提交至NCBI GenBank中,获得登录号MK005301,并被Bt毒素命名委员会命名为cry9Cb1。该基因在Bt无晶体突变株HD73-中可以表达约130 kDa的蛋白,原子力显微镜观察发现该蛋白为球形晶体蛋白。生物活性测定结果表明Cry9Cb1对多种鳞翅目害虫具有很高的杀虫活性,其中对小菜蛾LC50值为0.38μg/mL,对亚洲玉米螟LC50值为1.28μg/mL,对水稻二化螟LC50值为0.50μg/mL。对小地老虎和东方黏虫表现出中度的杀虫活性,LC50值分别为130.22μg/mL和244.77μg/mL。亚洲玉米螟对Cry9Cb1与Cry1Fa不产生交互抗性。Cry9Cb1对小菜蛾的最小活性区位于72T657V,对亚洲玉米螟的最小活性区位于68D655A。食用安全性评价结果表明:Cry9Cb1与已知过敏蛋白无序列同源性,并且在热处理及模拟胃肠液中快速降解和失活。总而言之,本论文从Bt杀虫基因发掘上展开研究,发掘方法的改良对提高Bt杀虫基因发掘效率具有重要作用;筛选和鉴定高毒力的新型杀虫基因将为Bt杀虫剂的改良和Bt转基因作物的研制奠定良好的基础。

韩超珊[4](2019)在《MiR-675和水凝胶对间充质干细胞外泌体的改造和应用研究》文中研究表明外泌体起源于细胞内的多泡体,是一种几乎所有细胞均能释放的直径为30-100 nm的细胞外囊泡,在细胞间物质交流,信号调控和生理功能等方面发挥重要作用。近年来,干细胞来源的外泌体在治疗心肌梗死,缺血性损伤等疾病中均起到重要作用。与其来源的干细胞相比,外泌体不仅具有相同的有益功能,而且具有不触发免疫反应的特性,能够降低异源植入的潜在风险。因此,基于干细胞来源的外泌体已成为治疗缺血性心血管疾病的一种有效策略。但外泌体治疗也存在着一些和干细胞治疗相同的缺点:如血液注射靶向性差,原位注射驻留时间短,以及具有特定功能的分子含量不足等。在本研究中,我们采用外泌体原位注射来验证外泌体的治疗效果,并且为了改善外泌体的治疗效果对外泌体进行修饰改造,如提高外泌体的原位驻留时间,提高外泌体中功能性分子的含量,从而推动干细胞来源的外泌体在治疗缺血性损伤疾病中的临床转化。在我们的研究中发现,衰老和缺血性损伤可引起相似的分子和下游通路变化,且miR-675作为一种关键的上游分子,可以通过靶定TGF-β1-smad2/3信号通路来抑制衰老和损伤诱导的相关表型。遗憾的是,miR-675在外泌体中表达量较低,因此我们将miR-675 mimic转染到人脐带间充质干细胞中,收集的外泌体中含有大量的miR-675。为了进一步提高miR-675 Exo功能,我们使用丝素水凝胶包封外泌体来提高其原位驻留时间,结果表明miR-675 Exo 可以明显提高后肢缺血的恢复能力,丝素水凝胶包封miR-675 Exo能进一步促进后肢缺血的修复。近年来的研究表明丝胶并不引起免疫反应,因此我们进一步探索丝素丝胶复合水凝胶的免疫原性和向原位组织递送外泌体的可行性。我们将水溶性提取的丝素丝胶蛋白混合溶液通过超声形成丝素丝胶复合水凝胶,并通过冷冻干燥法获得水凝胶海绵。随后将丝素丝胶水凝胶海绵插入到小鼠后背全皮肤切除的伤口下,结果表明丝素丝胶水凝胶引起的免疫反应并未超过四层无菌纱布,同时能促进伤口处皮肤和毛发的生长,加入外泌体能进一步促进伤口愈合和毛发的生长,这表明丝素丝胶水凝胶海绵可以作为皮肤损伤的敷料,并且可以作为递送和缓释外泌体的潜在生物材料。在丝素水凝胶递送外泌体研究中,体外的外泌体缓释曲线表明前8天时可释放高达40%的外泌体。因此为了进一步提高外泌体的缓释率,我们新选用了一种功能性多肽水凝胶来包封外泌体。该多肽在可控降解的自组装两亲性肽的N末端添加心脏保护肽 GHRP6,序列为 C 1 6-Gly-Thr-Ala-Gly-Leu-Ile-Gly-Gln-Gly-Gly-His-DTrp-Ala-Trp-DPhe-Lys-Ser(PA-GHRP6),可在强自组装肽NaPFF辅助下自主成胶和包封外泌体,并且可以通过可控降解释放外泌体和GHRP6。随后在心梗后心肌梗死边缘区注射包封外泌体的功能肽水凝胶,并检测对心肌梗死的治疗效果。结果表明含有10-3M PA-GHRPS的水凝胶可以明显改善心脏功能,抑制炎症反应和纤维化水平,加入外泌体的多肽水凝胶可以进一步提高对心梗的修复能力。结论:我们的研究结果证实,向外泌体来源的母细胞中转染功能性miR-675分子,可以获得高miR-675含量的外泌体,为外泌体的内部分子改造提供借鉴;此外丝素水凝胶和多肽水凝胶可以促进外泌体的缓释,丝素水凝胶具有优良的机械性能,而多肽水凝胶以其孔径小,在保证外泌体缓释时间方面有更好的效果,两种水凝胶各有优势,可根据不同需要选用合适的水凝胶类型。此外我们也验证了丝素丝胶复合水凝胶可以作为一种良好的伤口敷料,可在递送外泌体方面发挥一定的功能。总之,我们对外泌体使用外部水凝胶包封和内部分子改造两种方式,以此来提高原位注射的外泌体功能,为外泌体的转化研究提供借鉴。

孙宇[5](2019)在《稻鸭共作模式稻田害虫天敌调查、效益分析及鸭蛛捕食物的DNA分子追踪》文中研究指明自上世纪七八十年代始,稻鸭共作模式已基本成形并初具规模。进入21世纪,在生态农业、有机农业理念的推动下,这种种植模式在全国各地风起云涌,一度成为农民致富奔小康的示范模式。然而在具体实施过程中,一些种植大户认为该种植模式投入费用高、病虫害照常发生、仍需施用化学农药、创建品牌难、经济效益非当初设想,等等,实施几年后大多又回归常规种植模式。针对绿色农业的兴起,本论文设计无鸭无药(CK,A处理)、有鸭无药(B处理)、无鸭有药(C处理)和有鸭有药(D处理)等四种不同处理,于2017-2018连续二年在江苏苏中的通州区,系统调查了这四种处理区稻田主要害虫与蜘蛛的种群动态,借助DNA分子追踪技术追溯了鸭子、蜘蛛的捕食内容并进行了定性分析,通过比较投入值与产出值,客观分析了这四种处理的相对经济效益,为稻鸭共作模式的大力推广以及推广中需要关注的问题提供理论依据。主要研究结果如下:连续两年的田间调查发现,四个处理小区稻田均有大量的稻飞虱和稻纵卷叶螟,其种群密度与当地近些年发生量相当,捕食性天敌蜘蛛种群在四个处理小区也有一定规模。然而,设计的处理不同,害虫与天敌蜘蛛的发生量不同。以2017年为例,无鸭无药处理小区稻飞虱、稻纵卷叶螟的发生量最高,7月25日第二次田间调查分别达到37.43头/丛和23.13头/丛,有鸭有药处理小区稻飞虱与稻纵卷叶螟的田间虫量最低,当日每丛有虫分别为24.52头和13.05头,有鸭无药处理小区两种害虫的发生量略低于无鸭有药处理小区;2018年7月25日无鸭无药处理小区稻飞虱、稻纵卷叶螟的发生量分别达到32.67头/丛和31.33头/丛,而有鸭有药处理小区这两种害虫的种群数量只有18.33头/丛和8.77头/丛。两年的研究表明,适度施用化学农药与稻鸭共作相结合能有效减少稻田主要害虫的发生量,但稻鸭共作模式鸭子对鳞翅目害虫的成虫防控效果不明显;稻田捕食性天敌蜘蛛的种群数量在2017年和2018年基本持平,且在水稻生育前期和后期发生量差异不显着,在水稻生育中期未施药处理小区种群数量明显高于施药处理小区,但放鸭小区数量低于未放鸭小区。通过投入-产出分析法分析了四种不同处理小区稻田的相对经济效益。在排除相同农资、租金、人工等支出,产值主要包括稻米产出值和鸭子产出值,投入值主要包括农药费、养鸭费用等前提下,以稻谷收购价和稻米出厂价两种不同价格进行计算,发现无鸭无药处理区虽然无其它投入,但产出值最低。以2017年为例,最终无鸭无药处理区(处理A)相对经济效益以收购价和出厂价计,每667m2分别只有1518.30元和1603.32元;有鸭无药处理区(处理B)有鸭苗养护的投入和鸭肉的产出,但水稻产量不及用药处理区,最终相对经济效益以收购价和出厂价计,每667m2分别是1397.52元和1213.17元;无鸭有药处理区(处理C)仅有农药的投入,其产出值较高,最终相对经济效益以收购价和出厂价计,每667m2分别为1677.80元和1616.66元;有鸭有药处理区(处理D)有农药和鸭苗养护的双重投入,虽然稻谷产量较高,也有鸭肉的产出值,相对经济效益以收购价和出厂价计,每667m2分别为1461.82元和1128.07元。借助DNA分子追踪技术,检测分析了从稻田采回的蜘蛛、鸭肠中内含物,发现田间蜘蛛捕食稻飞虱的成功率不但与处理小区害虫的发生量密切相关,也与鸭子的来回走动有关。2017年和2018年,无鸭无药处理小区害虫发生量大,蜘蛛对稻飞虱捕食的阳性检出率在第二次田间调查时分别达到73.93%和78.74%,有鸭无药处理区由于有鸭子的扰动降低了蜘蛛的取食,蜘蛛捕食稻飞虱的阳性检出率只有69.74%和65.98%,特别是2018年,B处理小区由于有鸭子的来回走动,其对蜘蛛捕食的阳性检出率比同期处理A区低12.76%;其它两个处理小区由于施用了化学农药,大幅度降低了蜘蛛对稻飞虱的捕食,无鸭有药处理区第二次田间调查时蜘蛛对稻飞虱取食的阳性检出率2017年和2018年分别为46.11%和37.77%,有鸭有药处理区蜘蛛对稻飞虱取食的阳性检出率分别为42.22%和29.32%,同样有鸭处理小区也降低了蜘蛛捕食飞虱的检出率。然而,稻田蜘蛛捕食稻纵卷叶螟的成功率与是否有鸭子存在关系不大。研究指出,稻鸭共作稻田鸭子不但能捕食稻飞虱和稻纵卷叶螟等害虫,同时也捕食了蜘蛛等稻田重要天敌,且两个不同处理小区(处理B、处理D)结果趋于一致,但是有鸭无药(处理B)鸭子对蜘蛛的阳性检出率高于有鸭有药处理小区(处理D),两处理间五次调查检测结果均存在显着差异。且鸭子对肖蛸科的阳性检出率大多高于对狼蛛科的检出率,如2017年第一次调查时B处理小区鸭子对狼蛛科和肖蛸科的取食率分别为25.56%和30.00%,2018年第一次调查时D处理小区鸭子对狼蛛科和肖蛸科的取食率分别为23.33%和27.78%。

蔡琼[6](2017)在《马尾松抗旱相关基因的克隆及表达分析》文中认为干旱是影响植物正常生长发育的重要逆境因子之一,直接影响林木正常代谢,导致植物细胞脱水,膜、酶系统遭到破坏,细胞功能丧失,进而导致林木代谢紊乱,影响林木产量和品质。马尾松是我国南方最主要的造林树种之一。截止目前,关于马尾松抗旱基因的基础性研究报道较少。因此,利用分子生物学手段,深入研究马尾松抗旱基因,探讨与揭示其抗旱机理和抗旱本质,进一步提高其抗旱能力,成为现代马尾松研究工作中急需解决的关键问题之一。本研究选用速生高抗旱马尾松优良家系83号(广西)1年生实生幼苗为供试材料,以期探究其在干旱胁迫中响应干旱的分子机理。主要研究内容与结果如下:(1)通过同源克隆技术从马尾松中获得APX、AQP、CBL、DHN、ERF、GPX、NAC、PEPC、POD 9个抗旱相关基因片段,初步证实了这些基因存在于马尾松中。然后利用RT-PCR及RACE技术克隆到7个马尾松干旱胁迫相关基因的cDNA全长,分别命名为PmNAC、PmERF、PmCBL3、PmDHN、PmGPX6、PmPIP1和PmPOD。生物信息学分析表明,PmNAC含NAM结构域,与北美云杉亲缘关系最近;PmERF含AP2-ERF结构域,与油松亲缘关系最近;PmCBL3含EF-hand结构域,与北美云杉亲缘关系最近;PmDHN含Dehydrin结构域,与中欧山松亲缘关系最近;PmGPX6含GSHPeroxidase结构域,与油松亲缘关系最近;PmPIP1含MIP保守区,与挪威云杉亲缘关系最近;PmPOD含Peroxidase结构域,与北美云杉亲缘关系最近。(2)通过对马尾松PmCBL3、PmDHN、PmGPX6、PmPIP1和PmPOD基因在干旱胁迫下不同组织和不同处理时期进行表达分析,结果表明,PmCBL3、PmDHN、PmGPX6、PmPIP1和PmPOD 5个基因在根、茎、叶中均受干旱诱导表达,并且在干旱胁迫下,呈先上升后下降的表达模式。推测基因可能参与马尾松干旱胁迫过程。同时克隆到马尾松PmACTIN内参基因片段。(3)根据基因酶切位点,共成功构建pBI121-PmPIP1、pSH737-PmCBL3、pBI121-PmGPX6、pBI121-PmPOD、pBI121-PmDHN 5个植物表达载体。为进一步通过基因遗传转化技术进行基因转化拟南芥奠定了基础。(4)采用农杆菌介导的遗传转化技术,获得转PmGPX6(G1、G2、G4、G6、G7、G9)、PmPOD(P1、P2、P4、P5、P6)和PmDHN(D1、D3、D5、D7、D8、D10)的拟南芥株系。经抗旱性分析,结果表明:在含0%PEG 6000的条件下,转PmGPX6基因拟南芥与野生型拟南芥的表型与根长差异不大;在含3%的PEG 6000的条件下,两者表型差异不大,但野生型拟南芥根生长受到明显抑制,根的生长量明显降低。转PmGPX6基因拟南芥根系生长虽也受到干旱胁迫的抑制,但转PmGPX6基因拟南芥株系表现的干旱敏感程度明显低于野生型拟南芥,其根系远长于野生型拟南芥,两者间差异达到显着水平(P<0.05)。转基因拟南芥不定根在蓝色光激发下,发出强烈的绿色荧光,表明PmGPX6基因在转基因拟南芥根中实现了高效表达。在含0%PEG 6000的条件下,转PmPOD基因拟南芥植株与野生型拟南芥植株的表型与根长均无明显差异;在含4%的PEG 6000的条件下,两者表型差异不大,但转基因拟南芥的平均根较野生型拟南芥的平均根要长。转基因拟南芥不定根在蓝色光激发下,发出强烈的绿色荧光,表明PmPOD基因在转基因拟南芥根中实现了高效表达。干旱胁迫下,转PmPOD与野生型拟南芥叶片失水率均呈增长趋势,但转基因植株失水率低于野生型植株,呈显着差异(P<0.05);转PmPOD拟南芥与野生型拟南芥脯氨酸含量均呈增长趋势,但转PmPOD拟南芥脯氨酸含量高于野生型植株;转PmPOD拟南芥与野生型拟南芥丙二醛含量均呈增长趋势,但转基因植株丙二醛含量低于野生型植株。野生与转基因拟南芥的脯氨酸、丙二醛含量均达显着差异水平(P<0.05)。在含0%PEG 6000的条件下,转PmDHN基因拟南芥与野生型拟南芥的表型与根长均无明显差异;在含3.5%的PEG 6000的条件下,两者表型差异不大,但转基因拟南芥的平均根较野生型拟南芥的平均根要长。RT-PCR分析结果显示:PmDHN基因能够在转基因拟南芥中转录,在干旱胁迫下转基因株系转录水平较正常水分条件的表达水平均有提高。Southern blot显示野生型拟南芥没有杂交信号,转基因株系(D1、D3)均为2个拷贝。转基因拟南芥不定根发出强烈的绿色荧光,表明PmDHN基因在转基因拟南芥根中实现了高效表达。干旱胁迫下,转PmDHN与野生型拟南芥叶片失水率均呈增长趋势,但转基因植株失水率低于野生型植株,呈显着差异(P<0.05);转PmDHN拟南芥与野生型拟南芥脯氨酸含量均呈增长趋势,但转PmDHN拟南芥脯氨酸含量较野生型植株分别增加7.79%、15.79%;转PmDHN拟南芥与野生型拟南芥丙二醛含量均呈增长趋势,但转基因植株丙二醛含量较野生型植株分别降低了4.08%、11.52%。野生型与转基因拟南芥的脯氨酸、丙二醛含量均达显着差异水平(P<0.05)。(5)经表述分析与功能验证,PmAQP、PmCBL、PmDHN、PmERF、Pm GPX6、PmNAC、PmPEPC、PmPOD、PmACTIN基因已登录NCBI,PmGPX6、PmPOD、PmDHN基因具有抗旱功能。

齐伟康[7](2017)在《岷江百合GPAT基因启动子的克隆与功能元件初步分析》文中研究指明现今社会,研究环境胁迫对植物生长发育的影响已经成为生物学术界的热门。运用基因技术等手段提高植物的抗逆性已成为方法之一。启动子是调控基因表达的关键。所以克隆和构建环境诱导型启动子是培育植物抗逆品种的根本途径。基于近些年的研究结果,诸如CaMV35S、玉米Ubiquitinpromoter等启动子已经被广泛应用。但是这些启动子的特性决定着它们在植物的整个生长发育时期都会高水平表达,不仅会造成资源浪费,严重时会使植物致死,无法达到高效,可调控(定时、定点、定量)表达。而诱导型启动子可以诱导植物在特定的时期、特定条件下表达,避免了不必要的资源浪费,也降低了给植物造成的有害影响。因此诱导型启动子的探究和应用成为研究者们追逐的新潮。本研究基于前人和课题组研究的结果,选取岷江百合作为试验材料,利用有效的基因克隆技术,克隆岷江百合GPAT基因的启动子,并对该启动子做了初步的表达分析,主要结果如下:1.基于本课题组研究得到的岷江百合GPAT基因序列,在该基因编码区设计基因特异性引物,以岷江百合基因组DNA为模板,运用融合嵌套PCR和接头PCR技术克隆岷江百合GPAT基因启动子,共步移得到1007bp的启动子序列,命名为GPATp。2.对步移得到的1007匕p启动子序列进行序列分析,利用NewPLACE、PlantARE等分析预测网站,结果发现在序列中包含许多的TATA-box、CAAT-box等核心顺式元件,另外还有许多与环境胁迫相关的顺式作用元件和组织特异性元件。3.利用缺失克隆,并以GUS为报告基因对启动子进行表达分析,构建了 5个缺失启动子片段:GPATp1(954bp)、GPATp2(644bp)、GPATp3(386bp)、GPATp4(231 bp)、GPATp5(169 bp),分别将这些启动子片段替换植物表达载体pCAMBIA 3301中的35S启动子,构建了 5个植物重组表达载体,分别命名为GPATp1~5.4.烟草转化:利用农杆菌介导的叶盘转化法转化烟草叶盘,以GUS基因为报告基因进行瞬时表达分析,结果显示:该GPATp5(169 bp)组叶盘没有被染成蓝色,说明该启动子片段不能调控GUS基因表达,启动子没有活性;GPATp4(231 bp)组在其他四组之中的表达最弱,结合启动子预测分析结果推测该片段是最小的具有启动子活性的片段;GPATp3(386bp)组比GPATp4(231 bp)组相对染色较深,但弱于GPATp2(644 bp)组和 GPATp1(954 bp)组;GPATp2(644 bp)组深于 GPATp3(386 bp)组;GPATp1(954 bp)组颜色最深,说明该片段活性最强。在进行缺失重组载体转化烟草的同时,每组转化分别进行常温(25 ℃)和低温处理(4℃),结果发现:GPATp1(954 bp)组和 GPATp2(644 bp)组在 4 ℃处理一段时间之后,相对同组常温叶盘颜色略微加深,但不明显,启动子预测分析显示在该启动子片段中含有冷相关顺式元件,说明该启动子在一定程度上受冷诱导,但具体诱导情况还需进一步研究。

蒲远波,郭翠,平淑珍[8](2016)在《基因侧翼序列扩增技术的应用进展》文中研究指明扩增基因的侧翼序列在分子生物学研究中具有重要作用。到目前为止,克隆基因侧翼序列的方法主要可以分为3类:反向PCR、外源接头介导PCR、半随机引物PCR。对这些技术的原理以及近期的应用情况进行了较为系统的综述,旨在为研究者选择更可靠、更合理的方法提供依据。

段茹[9](2016)在《转移性小鼠乳腺癌细胞基因组中具有转录活性DNA片段的捕获》文中认为乳腺癌是造成世界上女性癌症高发病率和死亡率的恶性肿瘤之一。随着人类基因组测序的完成,特别是近年来基因组中非编码RNA的发现,这些研究结果表明,基因组中还有大量的与生命相关,特别是与疾病相关的基因有待被发现并进行研究。因此,本项研究采用启动子捕获技术挖掘新的癌症相关基因。以转移性的小鼠乳腺癌细胞为模型,将细胞的基因组DNA随机酶切片段与报告基因载体连接,通过检测报告基因活性获得插入DNA片段的转录活性,从而得到具有转录活性的DNA片段,为进一步确定其所驱动的相应基因的发现建立基础。主要试验及结果如下:1.构建小鼠乳腺癌细胞4T1基因组DNA与无启动子载体pCpGfree-basic的随机载体库,获得706个随机质粒并构建了报告基因分泌型碱性磷酸酶(secreted embryonic alkaline phosphatase, SEAP)阳性对照的载体;2.将获得的706个随机文库的质粒转染到24孔板中的4T1细胞中,取转染36h后的上清,检测报告基因SEAP的活性,确定阳性质粒;3.将得到的阳性质粒送去测序,得到序列后,对其进行序列的比对分析,确定其在染色体的具体位置及其上下游的是否有调控的基因。根据试验结果,该试验得到15个具有转录活性的阳性质粒,在这15个阳性质粒中,有cbfa2t3基因的启动子,还有7个位于不同基因的内含子中,其余则位于DNA的非编码区。这对后续与乳腺癌相关的癌基因的研究提供基础及参考。

邹飞飞[10](2016)在《蚊抗药性QTL分析及候选基因鉴定》文中进行了进一步梳理蚊是重要的医学昆虫,传播多种传染病,包括疟疾、登革热、黄热病、西尼罗河热等。淡色库蚊是我国北方重要的蚊种,能传播西尼罗热和丝虫病。目前,大多数蚊媒病仍缺乏有效的疫苗和治疗药物出现耐药性,控制蚊媒在防治蚊媒病措施中占有重要地位。化学防治是控制蚊媒的重要措施,拟除虫菊酯是现今应用广泛的杀虫剂。随着杀虫剂长期、大规模使用,蚊媒抗药性问题日益突出,已成为蚊媒病防治的最大障碍。蚊媒抗药性是一种典型的数量性状,但其相关的遗传机制尚未完全阐明。本研究以淡色库蚊溴氰菊酯抗性和敏感杂交F2代为作图群体,AFLP为分子标记,构建了全长380 cM的遗传图谱。此图谱包含53个AFLP标记;3个连锁组的遗传距离分别为125 cM,173 cM,82 cM,标记个数分别为18,31,4。相邻两标记间的平均距离为7 cM,最大距离为第3连锁组(LG3)上L1A44.90与L4A08.130之间的44 cM。我们首次报道了淡色库蚊溴氰菊酯抗性遗传图谱。利用复合区间定位法,在遗传图谱的基础上结合抗药性表型共鉴定到7个抗药性相关QTL,LOD峰值均大于3.0,变化区间为3.58-9.57;DR-3的LOD峰值最小,为3.58;DR-4的峰值最大,为9.57。7个QTL表型贡献率总值达95%,其中DR-6的贡献率为61%,为主效QTL。在第2连锁组(LG2)上共定位到5个QTL。提示淡色库蚊抗药性是由主效QTL决定,数个微效QTL共同作用的遗传现象,佐证了蚊抗药性是一种多基因的表型。12个QTL附近与抗药性基因连锁的AFLP标记被成功克隆,测序结果与已知的致倦库蚊基因组比对分析。所有标记都比对到唯一的supercontig上,且相似度高于90%。其中,标记L1B1.151所在的LG2与基因组的2号染色体相对应,同样位于 LG2 的标记L3A9.119,L1B1.151,L3A8.177,L2A5.138,L1B2.90,L1A16.95,L1A16.146,L1A42.114,L4B1.175 和 L3A8.139 所定位的supercontig3.289,3.67,3.388,3.98,3.21,3.560,3.45,3.20,3.492 和 3.453均来自2号染色体,为库蚊物理图谱和遗传图谱的整合鉴定基础。标记 L3A9.119,L1B1.151,L3A8.177,L2A5.138,L1B2.90,L1A16.146,L1A42.114,L4B1.175,L3A8.139,L1A16.95,L1A42.127 及 L1A16.134 在致倦库蚊基因组上定位的supercontig区域附近,搜索已知功能的编码基因,并排除保守假定蛋白。结合生物信息学分析和文献查阅,得到抗药性潜在候选基因,主要来自P450基因家族,丝氨酸蛋白酶基因家族,核糖体蛋白基因家族,转录因子基因家族。金属蛋白酶基因protease M1 zinc metallorotease位于标记 L3A8.177 附近,在实验室敏感品系中的表达水平是抗性品系的25倍左右。同时,体内功能验证结果表明低表达protease Mlzinc metaloprotease后蚊接触溴氰菊酯后死亡率下降,对溴氰菊酯的敏感性下降,抗药性水平上升。从抗性和敏感品系的cDNA模板中分别克隆protease Mlzinc metalloprotease的ORF序列。基因序列分析发现,ORF区域长度为924bp,编码308个氨基酸(GenBank登录号:KX275212),推导的氨基酸序列与公共数据库比对后发现与致倦库蚊的同源性最高,达到94%。比较抗性和敏感品系的ORF序列,仅在第806个碱基存在同义突变(806T>C),二者编码的氨基酸序列一致。提示proteaseM1 zinc metallorotease可能通过表达水平的改变参与蚊抗药性。Protease M1 zinc metalloprotease CYP6CP1都位于标 L3A8.177 附近。二者在抗性和敏感品系中的表达趋势相反,在蚊各个部位的表达分布一致,均在头、足表达较高。敏感蚊体内低表达protease M1 zinc metalloprotease,CYP6CP1表达升高了 1.72倍;抗性蚊体内低表达CYP6CP1,protease M1 zinc metalloprotease的表达无差异。推测protease M1 zinc metalloprotease可能通过调控CYP6CP1的表达参与蚊抗药性。在溴氰菊酯筛选后的5个不同抗性水平的品系中,分别检测proteaseM1 zinc metallorotease的转录表达。结果显示,其转录表达随着溴氰菊酯抗性水平的增加而降低;抗性水平LC50与对应的表达水平呈高度负相关(r=-0.97,P<0.05)。此基因在蚊实验室敏感品系的各个发育阶段,较相应的抗性品系均高表达;且在4个现场种群(商河、孤岛、惠明、济宁)的敏感组中呈高表达趋势,分别是抗性组的2.01倍(商河),2.43倍(孤岛),1.20倍(惠明),1.60倍(济宁)。Protease M1zinc metaloprotease有望作为蚊抗药性检测的潜在靶标,值得进一步研究。本研究构建的QTL图谱和鉴定的新的抗药性基因,进一步加深了对杀虫剂抗性机制的理解,为蚊媒抗药性治理研究提供了遗传基础。

二、YADE, a New Method for PCR Walking of Genomic DNA and cDNA in Cotton(论文开题报告)

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、YADE, a New Method for PCR Walking of Genomic DNA and cDNA in Cotton(论文提纲范文)

(1)应用“侧翼序列标记测序”在转基因农作物基因组中分离侧翼序列(论文提纲范文)

摘要
abstract
缩略词对照表
第一章 文献综述
    1.1 植物功能基因组研究策略
    1.2 植物突变体库的构建
        1.2.1 基于理化诱变构建突变体库
        1.2.2 基于转座子构建突变体库
        1.2.3 基于T-DNA插入构建突变体库
    1.3 侧翼序列分离方法
        1.3.1 基于PCR的侧翼序列分离方法
        1.3.2 基于NGS的侧翼序列分离方法
    1.4 T-DNA在植物基因组中整合与分布特征
    1.5 FST-SEQ方法的研究意义及实验原理
        1.5.1 FST-seq方法研究意义
        1.5.2 FST-seq实验原理
第二章 材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 实验设备与主要试剂
        2.2.1 主要实验设备
        2.2.2 主要试剂
    2.3 实验方法
        2.3.1 植物基因组DNA的提取
        2.3.2 植物基因组DNA的质量控制
        2.3.3 转基因植株的阳性检测
        2.3.4 应用FST-seq方法分离侧翼序列
        2.3.5 鉴定并验证标签序列的插入位点与结构
第三章 结果与分析
    3.1 植物基因组DNA中标签序列的检测
    3.2 FST-SEQ文库构建
        3.2.1 Tn5 转座酶复合体打断基因组DNA
        3.2.2 FST-seq第一轮PCR反应
        3.2.3 FST-seq第二轮PCR反应
        3.2.4 FST-seq第三轮PCR反应
        3.2.5 FST-seq文库分选
    3.3 分析侧翼序列并进行PCR验证
        3.3.1 河南大学转基因小麦
        3.3.2 山东农业大学转基因小麦材料
        3.3.3 韩国转基因水稻材料
        3.3.4 河南农业大学转基因玉米材料
第四章 讨论
参考文献
附录
致谢

(2)人脂肪间充质干细胞来源的外泌体通过抑制小胶质细胞/巨噬细胞活化促进创伤性脑损伤大鼠神经功能的恢复(论文提纲范文)

中文摘要
Abstract
第一部分 人脂肪间充质干细胞来源的外泌体(hADSC-ex)促进创伤性脑损伤大鼠神经功能的恢复
    前言
    材料与方法
    实验结果
        Feeney自由落体法大鼠TBI模型的构建
        人脂肪间充质干细胞(hADSC)及其来源的外泌体(hADSC-ex)的鉴定
        hADSC-ex治疗促进大鼠TBI后感觉运动功能的改善
        hADSC-ex治疗降低大鼠TBI后炎症反应
        hADSC-ex治疗减少大鼠TBI后神经元的凋亡
        hADSC-ex治疗促进大鼠损伤周边区域星形胶质细胞的增殖
        hADSC-ex治疗促进大鼠海马DG区神经元的再生
    讨论
    结论
第二部分 人脂肪间充质干细胞来源的外泌体通过NF-κ B和p38 MAPK信号通路抑制小胶质细胞/巨噬细胞活化
    前言
    材料与方法
    实验结果
        hADSC-ex侧脑室给药后的可视化和示踪
        hADSC-ex在体内主要被小胶质细胞/巨噬细胞摄取
        hADSC-ex在体外主要被小胶质细胞/巨噬细胞摄取
        hADSC-ex抑制小胶质细胞/巨噬细胞M0向M1的转变促进M0向M2的转变
        hADSC-ex通过NF-κB和p38 MAPK信号通路抑制小胶质细胞/巨噬细胞的活化
    讨论
    结论
参考文献
附录
    表1. 中英文缩略词
    表2. 格拉斯哥昏迷评分量表(GCS)
    表3. Marshall CT分级量表
    表4. Rotterdam CT分级量表
    表5. 改良大鼠神经功能缺损评分表
    表6. 所用引物列表
论文综述 创伤性脑损伤的治疗以及外泌体在其中的诊疗作用
    参考文献
致谢

(3)苏云金芽胞杆菌新型杀虫基因的发掘与活性分析(论文提纲范文)

摘要
英文摘要
1 引言
    1.1 苏云金芽胞杆菌
        1.1.1 苏云金芽胞杆菌简介
        1.1.2 Bt的生态分布
        1.1.3 Bt的分离方法
        1.1.4 Bt的杀虫过程
    1.2 Bt的杀虫毒素
        1.2.1 Bt毒素的命名
        1.2.2 晶体毒素
        1.2.3 分泌型毒素
    1.3 Bt杀虫基因鉴定方法
    1.4 Bt的应用
        1.4.1 Bt制剂
        1.4.2 Bt转基因作物
        1.4.3 Bt杀虫蛋白应用中遇到的问题
    1.5 Bt转基因作物中Cry蛋白的食用安全性评价
    1.6 Cry9 类蛋白的研究进展
    1.7 本研究的立题依据和目的意义
        1.7.1 立题依据
        1.7.2 研究目的与意义
2 材料与方法
    2.1 Bt菌株的分离技术研究
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 实验方法
    2.2 Bt菌株混合基因组测序数据中杀虫基因发掘研究
        2.2.1 实验材料
        2.2.2 实验方法
    2.3 具有杀虫活性的Bt新基因筛选
        2.3.1 实验材料
        2.3.2 实验方法
    2.4 新型Bt杀虫蛋白Cry9Cb1 的鉴定
        2.4.1 实验材料
        2.4.2 实验方法
3 结果与分析
    3.1 Bt菌株的分离技术研究
        3.1.1 菌株基因组提取方法改良
        3.1.2 引物系统改良
        3.1.3 PCR-RFLP图谱分析系统改良
        3.1.4 PCR-RFLP图谱数字化
        3.1.5 PCR-RFLP图谱相似性分析
        3.1.6 PCR-RFLP图谱的系统发生树
    3.2 Bt菌株混合基因组测序数据中杀虫基因发掘研究
        3.2.1 不同基因组组装软件组装结果比较
        3.2.2 编码基因预测结果比较
        3.2.3 杀虫基因预测结果比较
    3.3 具有杀虫活性的Bt新基因筛选
        3.3.1 杀虫基因预测
        3.3.2 Bt新基因在大肠杆菌中的表达
        3.3.3 Bt新型蛋白的生物活性分析
    3.4 新型Bt杀虫蛋白Cry9Cb1 的鉴定
        3.4.1 原始菌株Bt_SP663 基因组测序、组装和注释
        3.4.2 原始菌株Bt_SP663 特性分析
        3.4.3 cry9Cb1 基因的克隆和测序
        3.4.4 Cry9Cb1 序列同源性分析
        3.4.5 cry9Cb1 基因在Bt_HD73-无晶体突变株中的表达
        3.4.6 Cry9Cb1 蛋白的生物活性分析
        3.4.7 Cry9Cb1 蛋白最小活性区的确定
        3.4.8 胰蛋白酶消化Cry9Cb1 蛋白
        3.4.9 Cry9Cb1 蛋白的热稳定性评价
        3.4.10 Cry9Cb1 蛋白在模拟胃肠液中的消化稳定性评价
        3.4.11 热处理和消化后的Cry9Cb1 蛋白杀虫活性分析
        3.4.12 Cry9Cb1 与已知过敏蛋白序列同源性分析
4 讨论
5 结论
致谢
参考文献
攻读博士学位期间发表的学术论文

(4)MiR-675和水凝胶对间充质干细胞外泌体的改造和应用研究(论文提纲范文)

中文摘要
Abstract
前言
    参考文献
第一部分 丝素水凝胶包封间充质干细胞来源的外泌体递送MIR-675有效延缓衰老进程
    1.1 研究背景
    1.2 材料和方法
    1.3 结果
    1.4 讨论
    1.5 参考文献
第二部分 丝素丝胶复合水凝胶包封间充质干细胞来源的外泌体促进伤口愈合
    2.1 研究背景
    2.2 材料和方法
    2.3 结果
    2.4 讨论
    2.5 参考文献
第三部分 功能性肽水凝胶包封人脐带间充质干细胞来源的外泌体促进心梗后心脏修复
    3.1 研究背景
    3.2 材料方法
    3.3 结果
    3.4 讨论
    3.5 参考文献
综述:水凝胶缓释干细胞来源的外泌体在心肌梗死治疗中的研究进展
    1. 外泌体的产生、释放和内吞机制和过程
    2. 治疗心肌梗死的外泌体的来源
    3. 干细胞来源外泌体治疗心肌梗死潜在的分子机制
    4. 医用水凝胶的种类
    6. 水凝胶递送外泌体的研究
    7. 水凝胶包封外泌体治疗心肌梗死的研究前景和挑战
    参考文献
英文缩略词表
攻读博士期间主要科研成果
致谢

(5)稻鸭共作模式稻田害虫天敌调查、效益分析及鸭蛛捕食物的DNA分子追踪(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1 稻田种养结合模式
        1.1 稻-鸭共作模式的优势
        1.2 种养结合模式的效益
        1.2.1 经济效益及分析方法
        1.2.2 社会效益
        1.2.3 生态效益
    2 稻田主要害虫及天敌类群的发生
        2.1 主要害虫的发生及危害
        2.1.1 稻飞虱
        2.1.2 稻纵卷叶螟
        2.1.3 大螟与二化螟
        2.2 稻田主要天敌
        2.2.1 狼蛛科
        2.2.2 肖蛸科
        2.2.3 稻田其他捕食寄生性天敌
        2.3 稻鸭共作模式效果
    3 捕食性天敌捕食物的研究方法
        3.1 直接观察法
        3.2 室内生测法
        3.3 现代生物学方法
        3.4 DNA分子追踪技术
    4 研究目的和意义
第二章 不同种养模式下稻田主要害虫天敌种群动态
    1 材料与方法
        1.1 田间试验安排
        1.2 田间害虫、天敌的调查
        1.3 调查内容
        1.4 数据统计与分析
    2 结果与分析
        2.1 不同处理小区稻飞虱种群的发生情况
        2.2 不同处理小区稻纵卷叶螟种群的发生
        2.3 不同处理小区稻田蜘蛛的发生
    3 讨论
第三章 稻鸭共作模式的经济效益分析
    1 材料与方法
        1.1 田间试验安排
        1.2 经济效益分析法
        1.2.1 总投入费用计算方法
        1.2.2 总产出价值
        1.3 数据统计与分析
    2 结果与分析
        2.1 总投入费用分析
        2.1.1 农药投入费用
        2.1.2 养鸭投入费用分析
        2.1.3 两年各处理投入费用比较分析
        2.2 总产出价值比较分析
        2.2.1 两年各处理水稻产量、产出值的比较
        2.2.2 两年放鸭处理区鸭子产出值比较
        2.2.3 两年各处理小区产出值分析
        2.3 两年不同处理区经济效益分析
    3 讨论
第四章 蜘蛛与鸭子对稻田主要害虫及天敌的取食分析
    1 材料与方法
        1.1 田间试验安排
        1.2 供试材料
        1.3 具体步骤
        1.3.1 DNA的提取
        1.3.2 PCR引物设计
        1.3.3 普通PCR反应
        1.3.4 PCR产物分析
        1.4 实验仪器
    2 结果与分析
        2.1 水稻不同生育期稻田蜘蛛对主要害虫的取食检出率
        2.2 水稻不同生育期鸭子对稻田主要害虫、蜘蛛的取食检出率
    3 讨论
第五章 全文总结
    5.1 总结
    5.2 展望
参考文献
附件1:2017年通州植保站植检站病虫情报第8-12期病虫害发生情况
附件2:2018年通州植保站植检站病虫情报第8-12期病虫害发生情况
附件3:2017年通州植保站植检站病虫情报第10-12期的防治要求
附件4:2018年通州植保站植检站病虫情报第10-12期的防治要求
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录

(6)马尾松抗旱相关基因的克隆及表达分析(论文提纲范文)

摘要
summary
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 植物基因克隆的主要研究方法
        1.2.1 基因文库
        1.2.2 插入突变技术
        1.2.3 图位克隆
        1.2.4 生物芯片
        1.2.5 电子克隆
        1.2.6 基因差异表达技术
        1.2.7 高通量测序技术
    1.3 国内外林木抗旱研究现状
        1.3.1 植物形态结构特征与抗旱性
        1.3.2 干旱胁迫下植物生理生化变化
        1.3.3 植物对干旱胁迫信号的感应和传导
        1.3.4 干旱胁迫应答基因
        1.3.4.1 耐旱相关的功能基因及蛋白
        1.3.4.2 耐旱相关的调控基因及蛋白
    1.4 研究目的和意义
    1.5 研究目标和主要研究内容
        1.5.1 研究目标
        1.5.2 研究内容
    1.6 研究技术路线
第二章 马尾松抗旱基因的DNA片段克隆
    2.1 材料与方法
        2.1.1 植物材料与试剂
        2.1.2 方法
        2.1.2.1 马尾松基因组DNA的提取
        2.1.2.2 抗旱基因的PCR引物设计
        2.1.2.3 抗旱基因片段的克隆
        2.1.3 生物信息学分析
    2.2 结果与分析
        2.2.1 马尾松基因组DNA的提取
        2.2.2 APX基因的克隆及分析
        2.2.3 AQP基因的克隆及分析
        2.2.4 CBL基因的克隆及分析
        2.2.5 DHN基因的克隆及分析
        2.2.6 ERF基因的克隆及分析
        2.2.7 GPX基因的克隆及分析
        2.2.8 NAC基因的克隆及分析
        2.2.9 PEPC基因的克隆及分析
        2.2.10 POD基因的克隆及分析
    2.3 讨论与小结
        2.3.1 讨论
        2.3.2 小结
第三章 抗旱相关基因的全长序列克隆及序列分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 试验材料与试剂
        3.1.2 试验方法
        3.1.2.1 RNA的提取
        3.1.2.2 引物设计与基因全长扩增
        3.1.3 序列分析
    3.2 结果与分析
        3.2.1 RNA的提取
        3.2.2 NAC基因的全长克隆及分析
        3.2.2.1 5′-RACE扩增
        3.2.2.2 3′-RACE扩增
        3.2.2.3 NAC基因全长序列拼接
        3.2.2.4 NAC蛋白质特征分析
        3.2.3 ERF基因的全长克隆及分析
        3.2.3.1 5′-RACE扩增
        3.2.3.2 3′-RACE扩增
        3.2.3.3 ERF基因全长序列拼接
        3.2.3.4 ERF蛋白质特征分析
        3.2.4 CBL基因的全长克隆及分析
        3.2.4.1 5′-RACE扩增
        3.2.4.2 3′-RACE扩增
        3.2.4.3 CBL基因全长序列拼接
        3.2.4.4 CBL蛋白质特征分析
        3.2.5 DHN基因的全长克隆及分析
        3.2.5.1 5′-RACE扩增
        3.2.5.2 3′-RACE扩增
        3.2.5.3 DHN基因全长序列拼接
        3.2.5.4 DHN蛋白质特征分析
        3.2.6 GPX基因的全长克隆及分析
        3.2.6.1 5′-RACE扩增
        3.2.6.2 3′-RACE扩增
        3.2.6.3 GPX基因全长序列拼接
        3.2.6.4 GPX蛋白质特征分析
        3.2.7 AQP基因的全长克隆及分析
        3.2.7.1 5′-RACE扩增
        3.2.7.2 3′-RACE扩增
        3.2.7.3 AQP基因全长序列拼接
        3.2.7.4 AQP蛋白质特征分析
        3.2.8 POD基因的全长克隆及分析
        3.2.8.1 5′-RACE扩增
        3.2.8.2 3′-RACE扩增
        3.2.8.3 POD基因全长序列拼接
        3.2.8.4 POD蛋白质特征分析
    3.3 讨论与小结
        3.3.1 讨论
        3.3.2 小结
第四章 抗旱基因在干旱胁迫下的表达分析
    4.1 材料与方法
        4.1.1 试验材料与试剂
        4.1.2 试验方法
        4.1.2.1 材料的处理
        4.1.2.2 RNA的处理
        4.1.2.3 PmACTIN基因的克隆
        4.1.2.4 抗旱相关基因引物设计
        4.1.2.5 半定量RT-PCR体系的建立
        4.1.2.6 半定量RT-PCR检测抗旱相关基因的组织分布
        4.1.2.7 Real-Time PCR扩增体系及程序
        4.1.2.8 Real-Time PCR扩增效率
        4.1.2.9 基因相对表达量的分析方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 内参PmACTIN基因的克隆
        4.2.2 RNA的提取与检测
        4.2.3 半定量RT-PCR体系的建立
        4.2.4 组织分布
        4.2.5 扩增效率
        4.2.6 溶解曲线
        4.2.7 抗旱相关基因的Real-Time PCR扩增
        4.2.8 待测基因在干旱处理下的表达谱分析
        4.2.8.1 PmPOD基因的表达谱
        4.2.8.2 PmDHN基因的表达谱
        4.2.8.3 PmPIP1基因的表达谱
        4.2.8.4 PmGPX6基因的表达谱
        4.2.8.5 PmCBL3基因的表达谱
    4.3 讨论与小结
        4.3.1 讨论
        4.3.2 小结
第五章 马尾松抗旱相关基因植物表达载体构建
    5.1 材料与方法
        5.1.1 材料
        5.1.1.1 材料
        5.1.1.2 菌株及载体
        5.1.1.3 试验中所用试剂盒与药品
        5.1.2 方法
        5.1.2.1 植物表达载体的构建
    5.2 结果与分析
        5.2.1 PmPIP1基因植物表达载体构建
        5.2.1.1 PmPIP1基因全长的克隆
        5.2.1.2 植物表达载体pBI121-PmPIP1的构建
        5.2.1.3 植物表达载体pBI121-PmPIP1转入农杆菌检测
        5.2.2 PmCBL3基因植物表达载体构建
        5.2.2.1 PmCBL3基因全长的克隆
        5.2.2.2 植物表达载体pSH737-PmCBL3的构建
        5.2.2.3 植物表达载体pSH737-PmCBL3转入农杆菌检测
        5.2.3 PmGPX6基因植物表达载体构建
        5.2.3.1 PmGPX6基因全长的克隆
        5.2.3.2 植物表达载体pBI121-PmGPX6的构建
        5.2.4 PmPOD基因植物表达载体构建
        5.2.4.1 PmPOD基因全长的克隆
        5.2.4.2 植物表达载体pBI121-PmPOD的构建
        5.2.4.3 植物表达载体pBI121-PmPOD转入农杆菌检测
        5.2.5 PmDHN基因植物表达载体构建
        5.2.5.1 PmDHN基因全长的克隆
        5.2.5.2 植物表达载体pBI121-PmDHN的构建
        5.2.5.3 植物表达载体pBI121-PmDHN转入农杆菌检测
    5.3 讨论与小结
第六章 转基因植株的抗旱性分析
    6.1 材料与方法
        6.1.1 材料
        6.1.1.1 植物材料
        6.1.1.2 菌株及载体
        6.1.1.3 试验中所用试剂盒与药品
        6.1.2 方法
        6.1.2.1 过表达载体的拟南芥转化
        6.1.2.2 转基因拟南芥的抗旱表型分析
        6.1.2.3 转基因拟南芥不定根GFP荧光检测
        6.1.2.4 Southern blot分析
        6.1.2.5 生理指标测定
        6.1.2.6 数据统计分析
    6.2 结果与分析
        6.2.1 转PmGPX6拟南芥抗旱性分析
        6.2.1.1 转PmGPX6基因拟南芥的获得与检测
        6.2.1.2 转PmGPX6拟南芥的抗旱性鉴定
        6.2.2 转PmPOD拟南芥抗旱性分析
        6.2.2.1 转PmPOD基因拟南芥的获得与检测
        6.2.2.2 转PmPOD基因拟南芥的抗旱性鉴定
        6.2.3 转PmDHN拟南芥抗旱性分析
        6.2.3.1 转PmDHN拟南芥的获得与检测
        6.2.3.2 转PmDHN基因拟南芥的抗旱性鉴定
    6.3 讨论与小结
        6.3.1 讨论
        6.3.2 小结
第七章 研究结论与展望
    7.1 主要结论
    7.2 创新点
    7.3 展望
致谢
参考文献
附录

(7)岷江百合GPAT基因启动子的克隆与功能元件初步分析(论文提纲范文)

摘要
Abstract
第一章 文章综述
    1.1 植物启动子的结构概述
    1.2 启动子类型
        1.2.1 组成型启动子
        1.2.2 组织特异型启动子
        1.2.3 诱导型启动子
    1.3 启动子克隆方法
        1.3.1 接头PCR
        1.3.2 融合嵌套PCR(FPNI-PCR)
        1.3.3 I-PCR
        1.3.4 P-PCR
        1.3.5 热不对称PCR
    1.4 启动子功能研究方法
        1.4.1 生物信息学分析
        1.4.2 点突变分析
        1.4.3 遗传转化
        1.4.4 瞬时表达
        1.4.5 凝胶阻滞分析
        1.4.6 酵母单杂交分析
    1.5 GPAT基因及其启动子研究进展
    1.6 植物抗寒研究进展
    1.7 本试验的研究目的及意义
第二章 岷江百合GPAT基因启动子克隆及预测分析
    2.1 试验材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 TA克隆载体与菌株
        2.1.3 试验试剂及仪器
        2.1.4 试验所用试剂配置方法
    2.2 试验方法与过程
        2.2.1 岷江组培苗
        2.2.2 基因组DNA提取
        2.2.3 岷江百合GPAT基因启动子扩增
        2.2.4 GPAT启动子5'调控区域鉴定
    2.3 结果分析
        2.3.1 岷江百合组培苗的培育
        2.3.2 岷江百合基因组DNA的提取
        2.3.3 岷江百合GPAT基因启动子扩增
        2.3.4 GPAT基因5'调控全长序列扩增及分析
        2.3.5 GPAT基因启动子的结构预测分析
    2.4 讨论
        2.4.1 克隆启动子过程中需要注意的问题
        2.4.2 启动子序列分析
第三章 岷江百合GPAT基因启动子缺失载体构建
    3.1 试验材料
        3.1.1 菌株与质粒
        3.1.2 试验试剂
        3.1.3 试验仪器
    3.2 试验方法
        3.2.1 GPAT基因启动子5'端缺失片段的克隆
        3.2.2 重组表达载体的构建
    3.3 结果与分析
        3.3.1 GPAT启动子5'缺失片段克隆
        3.3.2 缺失重组质粒与pCAMBIA 3301表达载体的双酶切
        3.3.3 重组表达载体的构建与检测
    3.4 讨论
第四章 岷江百合GPAT基因启动子融合载体的烟草转化
    4.1 试验材料
        4.1.1 植物材料
        4.1.2 菌株与植物表达载体
        4.1.3 试验药品
        4.1.4 试验仪器
    4.2 试验方法
        4.2.1 培养烟草组培苗
        4.2.2 农杆菌介导的烟草转化
    4.3 结果与分析
        4.3.1 工程菌菌落PCR鉴定结果
        4.3.2 GUS报告基因瞬时表达结果分析
    4.4 讨论
第五章 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士学位期间发表文章

(8)基因侧翼序列扩增技术的应用进展(论文提纲范文)

1 反向PCR(inverse or inverted PCR,I-P-CR)
2 外源接头介导PCR
    2.1 单链接头PCR
    2.2 双链接头PCR
    2.3 载体接头PCR
3 半随机引物PCR
    3.1 热不对称交错PCR法(TAIL-PCR)
    3.2 高效热不对称PCR(hi-TAIL-PCR)
    3.3 限制位点PCR(Restriction-site PCR,RS-PCR)
    3.4 单寡核苷酸巢式PCR(single oligonucleotide nested PCR,SON-PCR)
4 其他方法
    4.1 质粒拯救法(plasmid rescue)
    4.2 PCR-walking法
    4.3 Sequence-base分离法
    4.4连接介导PCR(Ligation-mediated PCR,LMPCR)
5 小结

(9)转移性小鼠乳腺癌细胞基因组中具有转录活性DNA片段的捕获(论文提纲范文)

中文摘要
英文摘要
第一章 文献综述
    1.1 乳腺癌及其现状
    1.2 启动子
        1.2.1 核心启动子的结构及功能
        1.2.2 启动子克隆的方法
    1.3 转录调控
        1.3.1 转录因子及其调控作用
        1.3.2 miRNA及其调控作用
    1.4 基因捕获技术
        1.4.1 研究背景
        1.4.2 基因陷阱的原理
        1.4.3 基因陷阱的特点
        1.4.4 启动子陷阱技术
    1.5 本研究的目的及意义
第二章 随机DNA片段库及SEAP阳性对照的构建
    第一部分 随机DNA片段库的构建
        2.1 试验材料
        2.1.1 试验材料
        2.1.2 试验主要化学试剂
        2.1.3 试验主要仪器
        2.1.4 培养基
        2.1.5 耗材
        2.1.6 软件及网络资源
        2.2 试验方法
        2.2.1 4T1细胞的复苏
        2.2.2 细胞的培养
        2.2.3 4T1细胞的基因组DNA提取
        2.2.4 总DNA的检测
        2.2.5 基因组DNA的双酶切及回收
        2.2.6 pCpGfree-basic载体的双酶切及回收
        2.2.7 构建基因组DNA与pCpGfree-basic载体的随机的质粒库
        2.3 结果与分析
        2.3.1 4T1细胞基因组DNA提取
        2.3.2 pCpGfree-basic载体与基因组DNA双酶切
        2.3.3 随机的质粒库的构建及双酶切验证
    第二部分 SEAP阳性对照载体的构建
        2.4 试验方法
        2.4.1 pEGFP-N1载体的CMV启动子引物设计
        2.4.2 pEGFP-N1启动子扩增
        2.4.3 构建pMD 18-T Simple/EGFP-CMV克隆载体
        2.4.4 双酶切pMD18-T Simple/EGFP-CMV克隆载体
        2.4.5 构建pCpGfree-basic/EGFP-CMV重组质粒
        2.5 结果与分析
        2.5.1 pEGFP-N1基因启动子CMV扩增
        2.5.2 pMD18-T Simple/EGFP-CMV菌落PCR以及酶切鉴定
        2.5.3 pMD18-T Simple/EGFP-CMV载体双酶切结果
        2.5.4 pCpGfree-basic/EGFP-CMV重组质粒菌落PCR以及酶切鉴定
        2.5.5 pCpGfree-basic/EGFP-CMV重组质粒测序鉴定结果
第三章 随机DNA片段库的筛选及阳性克隆的分析
    3.1 试验材料
        3.1.1 试验主要化学试剂
        3.1.2 试验主要仪器
        3.1.3 耗材
        3.1.4 软件及网络资源
    3.2 试验方法
        3.2.1 细胞复苏
        3.2.2 细胞传代
        3.2.3 细胞铺板
        3.2.4 细胞瞬时转染
        3.2.5 报告基因SEAP活性的检测
    3.3 结果与分析
        3.3.1 SEAP活性最高值的转染时间的确定
        3.3.2 阳性质粒的SEAP活性检测
        3.3.3 阳性质粒测序结果分析
第四章 讨论与结论
    4.1 讨论
    4.2 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士学位期间发表文章

(10)蚊抗药性QTL分析及候选基因鉴定(论文提纲范文)

中文摘要
英文摘要
前言
第一部分 淡色库蚊溴氰菊酯抗性QTL图谱构建
    材料与方法
        一、实验材料
        (一) 供试蚊
        (二) 主要试剂
        (三) 主要溶液配方
        (四) 主要仪器设备
        二、实验方法
        (一)淡色库蚊溴氰菊酯抗性和敏感杂交F2群体建立
        (二) 蚊抗药性表型值的鉴定与检验
        (三) 蚊抗药性基因型的鉴定与检验
        (四) 遗传图谱构建
        (五) QTL定位与分析
        (六) QTL侧翼标记的克隆与定位
    结果
        一、蚊溴氰菊酯抗性和敏感F2群体建立
        二、蚊抗药性表型值的鉴定与检验
        三、蚊抗药性基因型的鉴定与检验
        四、遗传图谱构建
        五、QTL定位及分析
        六、QTL侧翼标记的克隆与定位
第二部分 淡色库蚊溴氰菊酯抗性候选基因研究
    材料与方法
        一、实验材料
        (一) 供试蚊
        (二) 主要试剂
        (三) 主要仪器设备
        二、实验方法
        (一) 12个标记附近抗药性潜在候选基因的寻找
        (二) 抗药性候选基因筛选
        (三) 候选基因在不同抗性水平蚊中的表达分析
        (四) 候选基因ORF的扩增及分析
        (五) 候选基因在蚊不同发育阶段及不同部位中的表达分析
        (六) 候选基因体内功能验证
        (七) 候选基因现场种群的表达分析
    结果
        (一)12个标记附近潜在候选基因的寻找
        (二)抗药性候选基因筛选
        (三)候选基因在不同抗性水平蚊中的表达分析
        (四)候选基因ORF的扩增及分析
        (五)候选基因在蚊不同发育阶段中的表达分析
        (六)候选基因体内功能验证
        (七)候选基因现场种群的表达分析
        (八)蚊protease M1 zinc metalloprotease与CYP6CP1表达的相关性分析
讨论
结论
参考文献
综述
    参考文献
攻读学位期间发表文章情况
致谢

四、YADE, a New Method for PCR Walking of Genomic DNA and cDNA in Cotton(论文参考文献)

  • [1]应用“侧翼序列标记测序”在转基因农作物基因组中分离侧翼序列[D]. 王权. 广西大学, 2020(07)
  • [2]人脂肪间充质干细胞来源的外泌体通过抑制小胶质细胞/巨噬细胞活化促进创伤性脑损伤大鼠神经功能的恢复[D]. 陈云飞. 北京协和医学院, 2020(05)
  • [3]苏云金芽胞杆菌新型杀虫基因的发掘与活性分析[D]. 单月明. 东北农业大学, 2019(09)
  • [4]MiR-675和水凝胶对间充质干细胞外泌体的改造和应用研究[D]. 韩超珊. 苏州大学, 2019(07)
  • [5]稻鸭共作模式稻田害虫天敌调查、效益分析及鸭蛛捕食物的DNA分子追踪[D]. 孙宇. 扬州大学, 2019(02)
  • [6]马尾松抗旱相关基因的克隆及表达分析[D]. 蔡琼. 贵州大学, 2017(02)
  • [7]岷江百合GPAT基因启动子的克隆与功能元件初步分析[D]. 齐伟康. 沈阳农业大学, 2017(01)
  • [8]基因侧翼序列扩增技术的应用进展[J]. 蒲远波,郭翠,平淑珍. 生物技术通报, 2016(11)
  • [9]转移性小鼠乳腺癌细胞基因组中具有转录活性DNA片段的捕获[D]. 段茹. 沈阳农业大学, 2016(02)
  • [10]蚊抗药性QTL分析及候选基因鉴定[D]. 邹飞飞. 南京医科大学, 2016(04)

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YADE,一种棉花基因组 DNA 和 cDNA 的 PCR 步行新方法
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