导读:本文包含了亲和蛋白质组学论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:蛋白质,亲和,磷酸化,接骨木,丙烯酰胺,层析,相互作用。
亲和蛋白质组学论文文献综述
尚骏[1]（2018）在《基于亲和富集质谱分析的宿主抗病毒蛋白质组学研究》一文中研究指出基于质谱的定量蛋白质组学技术是当今生命科学领域的一项重要研究手段。在本研究中,我们利用亲和富集并结合高性能质谱分析分别对病毒刺激后宿主细胞的蛋白相互作用组及泛素化修饰组的变化进行了定量蛋白质组学研究。TBK1,STING和MDA5是叁种在宿主细胞抗病毒天然免疫反应中起重要作用的蛋白,系统性地寻找宿主细胞中与这叁者相互作用的蛋白有望扩展对抗病毒天然免疫应答的认识。在本论文的第二章,我们通过免疫亲和串联质谱研究了病毒刺激或未刺激的THP-1细胞中内源性表达的TBK1,STING和MDA5的蛋白相互作用。为了更全面地分析不同类型病毒激活的细胞抗病毒天然免疫反应,我们采用了 SeV(一种RNA病毒)和HSV(一种DNA病毒)分别刺激细胞;为了尽量保持细胞正常的生理状态,我们选择以内源性表达的蛋白作为诱饵分子;为了保证实验数据质量,针对不同的病毒刺激和诱饵分子实验组合,我们各进行了叁次生物学重复实验。本项研究一共进行了 33组独立的免疫亲和富集串联质谱分析实验,获得了 2000多个宿主蛋白的准确定量数据。经过严格的统计学分析,我们分别找到了 TBK1的相互作用蛋白13个,STING的相互作用蛋白31个,MDA5的相互作用蛋白16个。数据显示病毒感染前后TBK1和MDA5的相互作用蛋白变化不大,而STING的相互作用蛋白变化很大,揭示后者在抗病毒过程中启动了新的蛋白网络。我们对17个鉴定到的相互作用蛋白进行了功能验证,确认其中6个蛋白在天然免疫反应中的能够发挥功能,其中TTC4被鉴定为TBK1是相互作用蛋白及仙台病毒诱导的天然免疫反应的正调控因子。泛素化是最常见的蛋白翻译后修饰之一,研究表明泛素化修饰在细胞中许多抗病毒天然免疫信号通路中都发挥着重要作用。在本论文的第叁章,我们通过一种细胞体内稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC)配合泛素残基免疫亲和富集技术以及质谱分析对病毒刺激或未刺激的THP-1细胞的泛素化进行了比较蛋白质组学研究。我们分别以HSV或SeV刺激细胞,与无病毒刺激的细胞进行对比,从而分析DNA或RNA病毒刺激前后宿主细胞泛素化修饰的变化。我们一共鉴定同时定量到了 3600多个宿主泛素化位点,通过拟合正态分布并选择95%的置信区间,我们筛选出了 276个病毒刺激后定量显着变化的泛素化位点,分别对应187个不同的宿主蛋白。我们的数据显示,病毒刺激导致泛素化位点升高的数量明显高于降低的位点数量;比较不同病毒刺激所获取的数据,我们发现泛素化升高的位点大多数在不同的刺激条件下具有特异性而泛素化降低的位点则具有一定的共性。我们对其中11个病毒刺激后泛素化显着变化的蛋白进行了功能验证,其中8个蛋白都显示出来对抗病毒天然免疫反应具有显着影响。(本文来源于《武汉大学》期刊2018-05-01）
王迪,曹之涵,戴荣继[2]（2017）在《功能化温度开关亲和色谱材料的制备及其在磷酸蛋白质组学中的应用》一文中研究指出蛋白质的可逆磷酸化,是生物体内重要的翻译后修饰方式之一,几乎参与调节着细胞生长、信号转导、新陈代谢等过程在内的所有生命活动。对蛋白质磷酸化过程的研究有助于人类更加深入的了解蛋白质的生理功能及其机理,发现生物标志物,辅助疾病的诊断。但是由于磷酸化蛋白或肽段的丰度极低、信号易被非磷酸化蛋白或肽段掩盖等问题,磷酸化蛋白质组学的发展受到了极大的限制。本课题使用具有温度敏感特性的聚N-异丙基丙烯酰胺,并结合常用的固定金属离子亲和色谱中的钛离子,(本文来源于《第21届全国色谱学术报告会及仪器展览会会议论文集》期刊2017-05-19）
伍惠玲[3]（2012）在《转移、非转移肝癌病人血清SNA、PHA-E亲和型糖蛋白质组学研究》一文中研究指出第一部分转移、非转移性肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白表达数据库的构建及生物信息学分析目的：运用糖蛋白质组学技术方法,初步建立转移、非转移肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白表达数据库。方法：收集肝癌患者血清,根据2002UICC TNM分期标准,按照是否有血管侵犯、远处转移、局部浸润,分为肝癌非转移组27例(无血管侵袭,无远处转移,无局部浸润),肝癌转移组24例(有血管侵袭,或有远处转移,或有局部浸润),各分叁组,非转移组每9例混合,转移组每8例混合。选用接骨木凝集素(SNA)通过固相亲和层析富集糖蛋白,进而应用液相色谱串联质谱(liquid chromatography-tandem Mass spectrometry, LC-MS/MS)技术,对转移、非转移肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白进行糖蛋白质组学研究,构建转移、非转移性肝癌病人血清SNA亲和型糖蛋白表达数据库并进行生物信息学分析,筛查与肝癌转移相关的差异糖蛋白。结果：非转移组经质谱鉴定共获SNA亲和型糖蛋白87个,转移组SNA亲和型糖蛋白获100个,差异表达的转移相关糖蛋白22个。经生物信息学分析软件NetNGlyc和NetOGlyc糖基化位点预测发现54个蛋白具有N糖基化位点,28个蛋白具有O糖基化位点,N-和O-糖基化位点均有的糖蛋白有105种。非转移肝癌病人SNA亲和型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及参与应激的蛋白分别占65.7%和74.3%,以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性和催化活性的蛋白分别占SNA亲和型糖蛋白的85.7%和22.2%。转移肝癌病人SNA亲和型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及与参与应激的蛋白分别占66.3%和75%,以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性和催化活性的蛋白分别占SNA亲和型糖蛋白的87.7%和20.5%。结论：凝集素亲和层析结合质谱鉴定是一种高通量的检测方法,SNA亲和型糖蛋白表达数据库的构建为后续研究奠定了基础。第二部分转移、非转移性肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库的构建及生物信息学分析目的：运用糖蛋白质组学技术方法,初步建立转移、非转移肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库。方法：收集肝癌患者血清,根据2002UICC TNM分期标准,按照是否有血管侵犯、远处转移、局部浸润,分为肝癌非转移组27例(无血管侵袭,无远处转移,无局部浸润),肝癌转移组24例(有血管侵袭,或有远处转移,或有局部浸润),各分叁组,非转移组每9例混合,转移组每8例混合。选用红腰果E型植物血凝素(PHA-E)通过固相亲和层析富集糖蛋白,进而应用LC-MS/MS技术,对转移、非转移肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白进行糖蛋白质组学研究,构建转移、非转移肝癌病人血清PHA-E亲和型糖蛋白质表达数据库并进行生物信息学分析,筛查与肝癌转移相关的差异糖蛋白。结果：非转移组经质谱鉴定共获PHA-E亲和型糖蛋白62个,转移组PHA-E亲和型糖蛋白获57个,差异表达的转移相关糖蛋白24个。经生物信息学分析软件NetNGlyc和NetOGlyc糖基化位点预测发现38个蛋白具有N糖基化位点,21个蛋白具有O糖基化位点,N-和O-糖基化位点均有的糖蛋白有60种。非转移肝癌病人PHA-E结合型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及参与应激的蛋白分别占72.9%和83.3%,PHA-E亲和型糖蛋白以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性的蛋白占PHA-E结合型糖蛋白的88.6%。转移肝癌病人PHA-E亲和型糖蛋白生物进程分类中参与代谢通路及参与应激的蛋白分别占67.4%和84.8%,PHA-E亲和型糖蛋白以定位在细胞外区为最多,分子功能分类中具有结合特性的蛋白占PHA-E亲和型糖蛋白的87.8%。结论：凝集素亲和层析结合质谱鉴定是一种高通量的检测方法,PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库的构建为后续研究奠定了基础。创新点1.本研究首次建立非转移、转移肝癌病人SNA、PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库。2.通过SNA凝集素固相亲和层析、应用液相色谱串联质谱(liquid chromatography-tandem Mass spectrometry, LC-MS/MS)技术,筛查出非转移、转移肝癌组转移相关差异表达的糖蛋白共22个。3.通过PHA-E凝集素固相亲和层析、应用LC-MS/MS技术,筛查出非转移、转移肝癌组转移相关差异表达的糖蛋白共24个。潜在应用价值本研究建立了非转移、转移肝癌病人PHA-E亲和型糖蛋白表达数据库,并筛查出一系列肝癌转移相关糖蛋白,可能成为肝癌潜在的转移预测新指标和靶向治疗新位点,并且为肝癌转移相关糖蛋白的研究奠定了良好基础。(本文来源于《广西医科大学》期刊2012-05-01）
邹志鹏,潘婷,李煜生,刘炜,朱振宇[4]（2007）在《应用亲和磷酸蛋白质组学筛选氧化应激重塑型LPS通路的侯选信号分子》一文中研究指出目的:研究低剂量LPS刺激的Thp-1细胞在有或无H2O2预处理时磷酸化蛋白组的差异,以初步筛选氧化应激重塑型LPS通路中的新信号分子。方法:使用PMA刺激Thp-1单核细胞36h使之分化成为成熟的巨噬细胞,静息36h后,先以等体积的培养基或100μmol/L H2O2刺激1h,再以培养基或10μg/L LPS刺激30min。采用PMAC(phosphoprotein metal affinity column)富集各组细胞的磷酸化蛋白质,经超滤除盐后进行二维凝胶电泳,比较LPS组和H2O2+LPS组的磷酸化蛋白图谱的差异,并挑选部分斑点进行质谱鉴定。结果:相对于LPS组(仅用LPS刺激的细胞),在H2O2+LPS组(LPS刺激前经H2O2提前处理的细胞)中,有29个磷酸化蛋白斑点在双向电泳图谱中表现出可重复的差异,其中,17个斑点发生了上调(包括新出现的斑点),12个发生了下调(包括消失的斑点)。我们已经鉴定出其中5个差异蛋白,这些蛋白参与多种多样的细胞过程例如蛋白质降解、信号转导和蛋白质折迭等。其中,在H2O2+LPS组中显着下调的proteasome beta-4亚基与LPS信号传递关系密切。结论:亲和磷酸蛋白组学有效减少了高丰度的结构蛋白的干扰并增加了信号分子检出的可能性。上述5个蛋白尤其是proteasome beta-4亚基可能是氧化应激重塑型LPS通路的重要调节分子。(本文来源于《中国病理生理杂志》期刊2007年06期）
程永升,刘进元[5]（2004）在《串联亲和纯化(TAP)技术在蛋白质组学中的应用》一文中研究指出蛋白质是各种生命活动的主要执行者 ,因此构建蛋白质相互作用的网络图对于准确理解蛋白质功能、揭开各种细胞活动的奥秘十分重要 .串联亲和纯化 (TAP) ,是近年来发展出来的一种能够快速研究在生理条件下蛋白质相互作用 ,揭示蛋白质复合体相互作用网络的新技术 ,已成为研究蛋白质组学的一个重要工具 .随着该技术的不断完善 ,TAP技术在认识蛋白质相互作用的过程中必将发挥越来越重要的作用 .(本文来源于《生物化学与生物物理进展》期刊2004年04期）
亲和蛋白质组学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
蛋白质的可逆磷酸化,是生物体内重要的翻译后修饰方式之一,几乎参与调节着细胞生长、信号转导、新陈代谢等过程在内的所有生命活动。对蛋白质磷酸化过程的研究有助于人类更加深入的了解蛋白质的生理功能及其机理,发现生物标志物,辅助疾病的诊断。但是由于磷酸化蛋白或肽段的丰度极低、信号易被非磷酸化蛋白或肽段掩盖等问题,磷酸化蛋白质组学的发展受到了极大的限制。本课题使用具有温度敏感特性的聚N-异丙基丙烯酰胺,并结合常用的固定金属离子亲和色谱中的钛离子,
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
亲和蛋白质组学论文参考文献
[1].尚骏.基于亲和富集质谱分析的宿主抗病毒蛋白质组学研究[D].武汉大学.2018
[2].王迪,曹之涵,戴荣继.功能化温度开关亲和色谱材料的制备及其在磷酸蛋白质组学中的应用[C].第21届全国色谱学术报告会及仪器展览会会议论文集.2017
[3].伍惠玲.转移、非转移肝癌病人血清SNA、PHA-E亲和型糖蛋白质组学研究[D].广西医科大学.2012
[4].邹志鹏,潘婷,李煜生,刘炜,朱振宇.应用亲和磷酸蛋白质组学筛选氧化应激重塑型LPS通路的侯选信号分子[J].中国病理生理杂志.2007
[5].程永升,刘进元.串联亲和纯化(TAP)技术在蛋白质组学中的应用[J].生物化学与生物物理进展.2004
论文知识图
