塔里木河中下游流域棉田及胡杨林土壤细菌群落结构及多样性研究

论文摘要

【背景】新疆绿洲生态系统的大规模农垦开发对当地生态环境产生了一系列影响,评估农业活动对新疆地区原始生态土壤细菌群落的影响对合理利用土地、开发农业资源具有指导意义。【目的】通过研究塔里木河中下游流域受农垦开发影响的棉田及未经历土地开垦的胡杨林土壤细菌群落结构及多样性的变化,探究农垦开发活动对土壤微生态的影响。【方法】利用国标法测定塔里木河中下游流域绿洲棉田及原始胡杨林全氮、总盐、有机质、碱解氮、有效磷、速效钾、pH等土壤理化性质;提取土壤总DNA,通过PCR扩增建立文库,用新一代Illumina HiSeq 2500测序技术对土样DNA进行16SrRNA基因（V4区）高通量测序;利用生物信息学分析细菌群落的α多样性（包括Chao1、Observed species、Phylogenetic diversity （PD）、Shannon、Simpson和Good’s coverage指数）、β多样性在两地的变化,基于线性判别分析流程[Lineardiscriminantanalysis（LDA）effectsizepipeline,LEfSe]分析在两地具有显著差异的细菌分类单元;结合土壤理化参数、群落功能预测分析可能影响两地细菌群落结构变化的主要因子。【结果】土壤基本理化性质分析:绿洲棉田与原始胡杨林相比,全氮、碱解氮、总盐、pH含量显著增加,土壤盐含量与全氮、碱解氮和pH呈显著正相关（P<0.05）;细菌多样性分析:α多样性指数Chao1、Observedspecies和PD在棉田样品中均显著低于胡杨林样品,Shannon指数差异虽不显著,但是也表现出同样的变化趋势;细菌群落组成分析:两组样品中的优势细菌依次为α-变形杆菌纲、放线菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、γ-变形菌纲、β-变形菌纲、δ-变形菌纲、绿弯菌门、厚壁菌门、浮霉菌门、泉古菌门和硝化螺旋菌门（丰度>1%）;差异分析的结果显示,新疆绿洲棉田土壤中显著富集的微生物主要包括酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、黄杆菌纲、α-变形菌纲、γ-变形菌纲中的一些物种,以及泉古菌门中的Candidatus Nitrososphaera;新疆原始胡杨林土壤中显著富集的微生物主要包括绿菌门、δ-变形菌纲以及变形菌门中的其他物种,还包括泉古菌门中的Nitrosopumilus。主坐标分析（PCoA）结果显示,棉田生态系统的土壤细菌群落结构能够与胡杨林生态系统的群落结构明显分开,且前者的细菌群落结构一致性更高。功能预测结果显示,绿洲棉田的硝化作用显著高于原始胡杨林。冗余分析（RDA）结果表明全氮含量对细菌群落结构有显著影响。【结论】在长期耕种施肥等人为因素干扰下,绿洲棉田土壤细菌多样性和群落结构发生明显改变,细菌α多样性明显低于原始胡杨林,细菌β多样性差异减弱,同时一些与植物生长密切相关的细菌类群,如放线菌、硝化细菌等显著富集。该研究可为新疆绿洲棉田生态系统的开发利用现状提供数据参考。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 研究区域概况
•     1.1.2 样品采集信息
•     1.1.3 主要试剂和仪器
•   1.2 方法
•     1.2.1 土壤理化性质的测定
•     1.2.2 土壤总DNA的提取及16S r RNA基因的PCR扩增
•     1.2.3 测序及分析
• 2 结果与分析
•   2.1 土壤基本理化性质
•   2.2 微生物多样性指数分析
•   2.3 土壤细菌群落组成与结构差异
•   2.4 微生物群落功能预测
•   2.5 土壤理化性质对细菌群落的影响分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘海燕,王敬敬,赵维,李晴晴,陈云,易正炳,吕新,黄志勇

关键词: 塔里木河流域,绿洲棉田,胡杨林,细菌群落结构,多样性分析

来源: 微生物学通报 2019年09期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,农业基础科学,农艺学,林业

单位: 新疆兵团绿洲生态农业重点实验室石河子大学,天津市工业生物系统与过程工程重点实验室中国科学院天津工业生物技术研究所,兵团第六师农业技术推广站,新疆农垦科学院

基金: 兵团重大科技项目(2018AA004),国家重点研发计划项目(2016yfd02004005-4),新疆兵团现代农业科技攻关与成果转化计划项目(2016AC005),天津科技计划项目(16YFTSY00580,18ZXSZSF00100),国家自然科学基金(31500424)~~

分类号: S714.3;S154.3

DOI: 10.13344/j.microbiol.china.180498

页码: 2214-2230

总页数: 17

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