基于生物信息学探讨弓形虫ROP16_Ⅰ对A549细胞表达谱的影响

论文摘要

目的采用生物信息学对ROP16Ⅰ基因转染的A549细胞株的表达谱芯片结果进行数据挖掘,寻找影响Ⅰ型弓形虫疾病的差异表达基因,为揭示Ⅰ型弓形虫疾病的发病机制提供依据。方法通过生物信息学方法对过表达ROP16Ⅰ的A549细胞株的表达谱进行研究,从中筛选差异表达基因。将得到的数据导入在线分析工具ToppGene和STRING中对差异表达基因进行筛选,同时进行GO分析及KEGG分析。结果本研究共获得了483个差异表达基因,其中上调的基因共有252个,下调的基因共有231个。ToppGene最终筛选得到CCL8、CXCL11、PIAS1及EIF2AK2等14个Ι型弓形虫相关的基因。GO分析和KEGG分析发现,这些候选基因与白介素IL-10、IL-4、IL-13信号通路,细胞因子-细胞因子受体相互作用通路及Toll样受体信号通路等相关。在蛋白-蛋白互作网络中,这14个候选基因恰好处于网络的最核心位置。结论Ⅰ型弓形虫疾病的发生可能与CCL8、CXCL11、PIAS1及EIF2AK2等基因密切相关。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与试剂
•   1.2 方法
•     1.2.1 弓形虫速殖子总RNA的提取
•     1.2.2 构建ROP16Ⅰ基因真核表达载体
•     1.2.3 数据处理与差异基因筛选
•     1.2.4 文献挖掘已知候选基因
•     1.2.5 ToppGene筛选候选基因
•     1.2.6 蛋白互作网络
• 2 结 果
•   2.1 差异表达基因的筛选
•   2.2 Genecards和OMIM挖掘已知弓形虫疾病相关基因
•   2.3 筛选Ι型弓形虫疾病候选基因
•   2.4 GO功能聚类分析
•   2.5 KEGG通路分析
•   2.6 蛋白互作网络
• 3 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 苏雅静,乔霞,刘学雷,杨宁爱,贾伟,赵志军

关键词: 弓形虫,表达谱,生物信息

来源: 中国人兽共患病学报 2019年10期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室,宁夏医科大学,宁夏医科大学总医院医学实验中心

基金: 国家自然科学基金(No.81560333),宁夏医科大学校级课题(No.XM2016067)~~

分类号: R382.5;Q811.4

页码: 957-963+972

总页数: 8

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