产气荚膜梭菌青海分离株virS基因序列分析与蛋白结构预测

论文摘要

为了探究产气荚膜梭菌virS基因的结构及其编码蛋白的功能,本研究提取了产气荚膜梭菌青海分离株基因组DNA,PCR扩增virS基因、测序并分析序列与蛋白结构,使用在线服务器对VirS蛋白进行功能位点、三级结构、信号肽以及跨膜结构域预测。研究表明,产气荚膜梭菌分离株virS基因长度为1323 bp,编码440个氨基酸;分离株virS基因与JIR4025菌株、FORC-025菌株、Del1菌株、FORC-003菌株、LLY-N11菌株、CP15菌株、13菌株、ATCC13124菌株、JP55菌株、JP838菌株、EHE-NE18菌株以及SM101菌株等参考产气荚膜梭菌比对后,显示其核苷酸序列同源性依次为99.2%、99.5%、99.4%、99.4%、99.3%、99.3%、99.2%、99.0%、98.9%、98.2%、97.9%以及95.4%,氨基酸序列同源性依次为99.1%、99.5%、99.8%、99.5%、99.5%、99.5%、99.1%、99.5%、99.5%、98.2%、97.7%以及94.6%;二级结构预测表明分离株VirS蛋白主要由α螺旋组成,其次是β折叠;三级结构预测显示分离株VirS蛋白有5种结构,蛋白功能位点预测表明分离株virS蛋白具有5个N-糖基化位点、2个N-豆蔻酰化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个酪氨酸激酶磷酸化位点和1个糖基水解酶家族V。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 产气荚膜梭菌青海分离株基因组DNA提取
•   1.2 产气荚膜梭菌分离株virS基因扩增
•   1.3 产气荚膜梭菌分离株virS基因序列分析
•     1.3.1 核苷酸序列分析
•     1.3.2 氨基酸序列分析
•     1.3.3 产气荚膜梭菌virS基因同源比对分析
•   1.4 蛋白质结构预测
•     1.4.1 信号肽预测
•     1.4.2 跨膜结构域预测
•     1.4.3 二级结构预测β
•     1.4.4 亲水性预测
•     1.4.5 表面可及性预测
•     1.4.6 蛋白柔韧性预测
•     1.4.7 三级结构预测
•     1.4.8 蛋白翻译后修饰位点预测
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 菌株
•   3.2 试剂
•   3.3 软件
•   3.4 引物设计与合成
•   3.5 基因组DNA的提取
•   3.6 virS基因PCR扩增
•   3.7 virS基因序列分析
•   3.8 VirS蛋白结构预测
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李清,张晓芬,郝文君,陈晓慧,马静,马晓玲,孔伟秀,冶贵生

关键词: 产气荚膜梭菌,基因,序列分析,蛋白结构,双组份信号系统

来源: 基因组学与应用生物学 2019年11期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 青海大学农牧学院动物医学系

基金: 国家自然科学基金(31460672,31760739),青海省高端创新人才千人计划,青海省科技厅项目(2016-ZJ-738)共同资助

分类号: S852.6

DOI: 10.13417/j.gab.038.005003

页码: 5003-5009

总页数: 7

文件大小: 1816K

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