sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下沙门菌的转录组分析

论文摘要

为探明沙门菌（Salmonella）在sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下转录组变化情况。本试验采用HiSeq测序平台对沙门菌LT2菌株及其Hfq敲除株进行高通量测序,通过DESeq2差异分析方法筛选敲除sRNA伴侣蛋白Hfq条件下的差异表达基因,对其进行生物信息学GO功能显著性富集分析和Pathway显著性富集分析。结果显示,对照组和试验组分别得到12 753 534条、8 254 308条Clean Reads。通过DESeq2差异分析获得差异基因1 055个,其中表达上调基因516个,表达下调基因539个。GO功能显著性富集分析表明显著差异表达基因主要富集在钴胺素代谢过程、钴胺素生物合成过程、碳水化合物代谢过程等生物过程中。Pathway显著性富集分析表明显著差异表达基因富集到细菌趋化性、丙酸代谢和碳代谢等11个信号通路中。结果表明,本试验应用RNA-seq技术丰富了sRNA伴侣蛋白Hfq调控基因数量,筛选出20个受伴侣蛋白Hfq调控的显著差异表达基因,其中4个基因功能及编码蛋白未知,注释了差异表达基因的生物学功能及信号通路,推断Hfq在细菌对数期主要通过影响营养提供和趋化性等途径,继而影响细菌的正常生理活动,为Hfq协同sRNA的调控机理研究及sRNA靶基因的筛选奠定了基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 主要试验材料
•   1.2 Hfq缺失株的构建及鉴定
•   1.3 样品采集
•   1.4 RNA的提取与检测
•   1.5 建库测序
•   1.6 数据的处理分析
•   1.7 差异基因筛选
•   1.8 显著差异表达基因GO富集分析
•   1.9 显著差异表达基因Pathway富集分析
• 2 结果
•   2.1 Hfq缺失株的鉴定
•   2.2 RNA的提取与检测
•   2.3 测序结果信息分析
•   2.4 差异基因筛选
•   2.5 显著差异表达基因GO富集分析
•   2.6 显著差异表达基因Pathway富集分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李晨,王开功,周碧君,文明,刘丽娟,杨琦

关键词: 沙门菌,伴侣蛋白,转录组测序

来源: 中国兽医学报 2019年03期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 贵州大学动物科学学院,贵州大学动物疫病研究所,贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室

基金: 国家自然科学基金资助项目(31760740,31602065),贵州省科学技术基金资助项目(黔科合基础[2016]1047)

分类号: S852.61

DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2019.03.15

页码: 461-469

总页数: 9

文件大小: 1429K

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