长春碱生物合成途径中关键酶基因的克隆与生物信息学分析

论文摘要

以长春花幼苗的叶片为材料,通过RT-PCR克隆关键酶基因CDS序列,利用在线软件ExPASy ProtParam、SignalP 4.1、TMHMM V.2.0、TargetP 1.1分析蛋白理化性质、蛋白信号肽、蛋白跨膜区以及亚细胞定位,在线工具Conserved Domain、SOPMA预测蛋白保守结构域和二级结构,MEGA6.0软件构建蛋白系统进化树,为后续的TIA合成提供理论研究依据。结果表明,STR、TDC、和ORCA3关键酶基因的CDS序列大小分别为1 059、1 503、612 bp;生物信息学分析表明,STR、TDC、和ORCA3关键酶定位于细胞不同区室,为酸性蛋白,无信号肽,除STR外无跨膜区,由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲等二级结构组成;除TDC外均包含高度保守的结构域;聚类分析表明其与小蔓长春花、罗芙木和中果咖啡具有较高的相似性,较近的亲缘关系和遗传距离,该结果可为明确该基因在TIA合成代谢途径中的重要作用奠定基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 试验材料
•   1.2 试验方法
•     1.2.1 RNA提取与关键酶基因克隆。
•     1.2.2 生物信息学分析。
• 2 结果与分析
•   2.1 长春花STR、TDC和ORCA3基因的克隆
•   2.2 长春花STR、TDC和ORCA3基因序列生物信息学分析结果
•     2.2.1 理化性质分析及二级结构预测。
•     2.2.2 信号肽、跨膜区及保守结构域预测。
•     2.2.3 氨基酸序列比对及系统进化树构建。
• 3 结论与讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 黄应文,孙淑妮,李昌宁,李喆,孙志强,刘晓宁

关键词: 长春花,关键酶,基因克隆,生物信息学分析

来源: 现代农业科技 2019年04期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农作物

单位: 黄河科技学院医学院

基金: 国家级大学生创新创业训练计划项目(201711834035)

分类号: Q943.2;S567

页码: 115-117+119

总页数: 4

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