导读:本文包含了消减文库论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:抑制,文库,泰勒,抗旱性,基因,核糖体,贻贝。
消减文库论文文献综述
简忠领,赵丽丽,王普昶,孙小富,陈超[1]（2019）在《干旱胁迫下耐旱野生百脉根抑制消减文库构建与分析》一文中研究指出百脉根(Lotus corniculatus)是一种具有广阔应用前景的豆科牧草,但推广利用效率受干旱影响严重。为解决这一问题,本课题组经过多年研究,筛选出了高耐旱性百脉根种质B08,为进一步研究B08种质的抗旱机理,本实验运用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization, SSH)技术构建了B08百脉根干旱胁迫诱导基因表达的正反向抑制消减杂交c DNA文库,从正反向文库中各随机挑选600个阳性克隆进行测序分析,结果表明:(1)正反向文库分别得到574条和595条高质量序列,平均长度分别为207.5和242.7 bp。对高质量序列数据进行数据组装,最终得到632条unigenes序列,其中正库获得178条,反库获得454条。(2)将获得的632条unigenes序列与公共数据库进行BLAST比对,最终有147条序列被注释成功,其中80条是功能已知的基因,67条是功能未知基因,此外还发现了485条新基因。(3)对NCBI NonRedundant Protein Sequence Database (nr)注释结果进行物种统计,结果显示与毛果杨(Populus trichocarpa)、苹果(Malus domestica)、菠菜(Spinacia oleracea)、大麦(Hordeum vulgare)、油菜(Brassica napus)、木豆(Cajanus cajan)、鹰嘴豆(Cicer arietinum)、中果咖啡(Coffea canephora)等同源性较高。对正反文库筛选到的序列进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能分类,结果显示参与细胞、细胞成分、细胞器、结合活性、代谢过程、催化活性、细胞过程的序列所占比例较大。(4)获得的unigenes涉及植物光合作用、能量代谢、激素的合成、蛋白质代谢、核酸代谢、离子转运和信号转导等。(5)发现了和植物抗旱机制密切相关的丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(serine/threonine-protein phosphatase)、类钙调素蛋白(calmodulin-like protein,CML)、吲哚-3-乙酸诱导蛋白ARG7 (indole-3-acetic acid-induced protein ARG7)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)。本研究结果为下一步克隆并验证百脉根抗旱相关基因、发现抗旱相关新基因、研究百脉根抗旱分子机制以及培育高抗旱性百脉根品种提供了基础资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期）
洪森荣,周成城,王星,宋涵,邱丽君[2]（2018）在《黄独冻后培养胚性愈伤组织抑制消减杂交cDNA文库的构建与分析》一文中研究指出为了初步探讨黄独胚性愈伤组织冻后黑暗培养修复超低温保存伤害的分子机理,本研究构建了黄独冻后黑暗培养胚性愈伤组织和冻后光周期培养胚性愈伤组织两个c DNA文库(正,反向抑制消减杂交),并对其阳性克隆进行序列测定和分析。结果表明:所构建的正、反向消减文库有效富集了差异基因,消减效率达到要求,插入片段集中于100~500 bp之间,插入片段大小符合要求,重组率大于95%,文库质量较好。正、反向消减文库在基因表达谱上存在一定的差异,黄独冻后黑暗培养胚性愈伤组织文库在山药储藏蛋白dioscorin、线粒体蛋白、衰老相关蛋白和水解酶等基因与冻后光周期培养胚性愈伤组织文库有较大差异。正、反向消减文库的建立为进一步了解黄独胚性愈伤组织冻后黑暗培养修复超低温保存伤害的分子机制提供帮助,有利于进一步分离和筛选差异表达基因,并克隆部分与黄独胚性愈伤组织冻后黑暗培养有关的全长基因。研究其表达模式,为探索黄独胚性愈伤组织超低温保存后植株再生的机制提供了理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年04期）
李忠旺,陈玉梁,欧巧明,叶春雷,裴怀弟[3]（2017）在《马铃薯病毒诱导应答基因抑制消减杂交文库构建及分析》一文中研究指出马铃薯病毒积累引起的种薯退化是马铃薯生产中造成产量和品质下降的重要原因之一。本研究以马铃薯病毒病携带植株叶片c DNA为试验组(Tester)、脱毒种苗叶片c DNA为驱动组(Driver),采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术构建了马铃薯病毒诱导应答基因的c DNA文库;为验证文库构建效果,从文库中随机挑取了98个阳性克隆经PCR验证后测序,获得了45条高质量的有效非重复序列;经与Gen Bank进行同源比对后发现,其中14条非重复序列属于马铃薯病毒基因序列,22条与已知基因序列同源性较高,9条无同源参考基因;选取文库中出现频率较高的2个ESTs(expressed sequence tag,表达序列标签)用qRT-PCR技术分析发现,其表达量受马铃薯病毒侵染的诱导。结果表明,该SSH文库构建较为成功,为进一步筛选与马铃薯病毒致病、防御相关的应答基因,解析马铃薯与病毒互作的分子机理,利用生物技术手段培育抗病毒马铃薯奠定了基础。(本文来源于《草业学报》期刊2017年12期）
张弯弯[4]（2017）在《黄河鲤卵巢发育抑制性消减杂交文库的构建和相关基因的结构及功能分析》一文中研究指出生物在其生命周期中,基因按时间和空间的顺序有序地进行表达,从而也决定了生命活动的多样性和复杂性。在鱼类性腺发育过程中,基因的时空表达方式也受到严格而精确的调控,不同的发育阶段,其表达基因各不相同。通过比较卵巢不同发育时期的基因表达差异,即可能寻找到与卵巢发育密切相关的基因,因此,本文选取黄河鲤不同发育时期的卵巢进行差异基因研究。本研究从mRNA水平上,分别以未分化性腺和二期卵巢为验证方(Tester),以成鱼卵巢为驱动方(Driver),构建抑制性消减杂交文库;利用Sorthern斑点杂交筛选后测序得到文库中的序列。借助GO信号通路分析其功能,从中选取与卵巢发育相关的候选基因,利用实时荧光定量qRT-PCR验证其表达。进而挑选Bmp基因进行详细研究,结合已有的黄河鲤转录组文库验证得到Bmp家族12个基因的cDNA序列,通过qRT-PCR分析其表达情况,挑选Bmp2、Bmp4和Bmp15进行深入研究。借助鲤鱼基因组信息对Bmp2、Bmp4和Bmp15所在染色体的基因结构、染色体同线性分析,通过组织原位杂交和免疫组织化学染色方法对其进行时空表达定位;利用Bmp信号通路抑制剂DSM体外处理性腺,初步探究Bmp信号通路对黄河鲤性别分化和早期卵巢发育的作用。研究主要成果如下:1.成功构建黄河鲤鱼未分化性腺和二期卵巢的抑制性消减杂交文库,经过转化摇菌,两个文库一共得到约1200个单克隆,用巢式PCR进行初步筛选,得到约600个含有插入片段的阳性克隆;之后借助Sorthern斑点杂交,进一步验证选出差异显着的150个克隆送公司测序。2.测序得到的序列进行生物信息学分析,在Genebank中进行Blast比对,除去重复和一些微卫星序列,两个库共得到78个unigene。GO分析文库基因的生物信号通路,分类分属17类,其中较多基因ESTs序列分属于蛋白质水解作用,信号转导、细胞分化和转化生长等。结合其基因功能分析和相关研究,选取与卵巢发育相关的22个候选基因(Bmp2,Pvalb,Mid1ip1l,Pax2,Zgc,Desmin,Bmp4等)进行文库验证,并对其功能进行初步分析。3.选取可能参与卵巢发育的Bmp家族基因,在黄河鲤鱼未分化性腺、幼鱼和成鱼雌雄性腺中对其表达模式定量分析,发现Bmp2、Bmp4和Bmp15分别在二期卵巢、未分化性腺和成熟卵巢中有高表达,故挑选Bmp2、Bmp4和Bmp15进行深入研究,验证得出Bmp2、Bmp4和Bmp15分别为2068、2037、2165的全长序列,各编码410、399和384个氨基酸,且羧基端均含有TGF-β结构域。分析基因Bmp4基因在基因组骨架上有一个重复出现,且其同线性分析染色体位置和其他物种差异较大。Bmp2和Bmp15分别位于黄河鲤第40号染色体和第5号染色体,同线性分析展示了和斑马鱼高度的进化相似性。4.原位杂交和免疫组化定位发现Bmp2、Bmp4和Bmp15叁个基因表达位置相似,在二期卵巢中均集中在细胞质中表达,成熟卵巢时期集中表达在卵泡周围的皮质小泡中,结合其表达量推测Bmp2是黄河鲤卵巢早期发育的重要调控基因;Bmp15基因则作为卵泡早期生长调控基因可能参与黄河鲤卵巢中卵泡大小的发育。5.黄河鲤鱼未分化性腺中Bmp信号通路受到DSM成功抑制后,叁个雄性标志基因(Amh,Dmrt1,Sox9a)在高浓度或者高剂量时出现显着或极显着表达上调,雌性基因Cyp19和Foxl2表达量显着降低,性腺在分子水平上出现偏向雄性分化的趋势,说明Bmp信号通路对于未分化性腺向雌雄分化起重要调节作用;对二期卵巢处理后也显示出抑制卵巢发育,故推测Bmp信号通路对于维持雌性卵巢早期正常发育有着重要的作用。综上所述,通过构建黄河鲤卵巢发育差异基因表达文库,从而找到与性别分化、发育等相关的基因,对于了解黄河鲤性腺发育的进程,深入详尽的知晓黄河鲤卵巢发育的分子机制有着非常重要的意义。同时为黄河鲤雌性发育控制机制的研究提供丰富的基因鉴定资源。(本文来源于《河南师范大学》期刊2017-05-01）
孙伟,张林宝,胡莹,蔡文贵,贾晓平[5]（2016）在《叁唑磷作用下翡翠贻贝抑制性消减杂交文库构建与分析》一文中研究指出采用抑制性差减杂交技术,构建了叁唑磷农药急性胁迫下翡翠贻贝雌贝性腺正反向消减杂交c DNA文库.正反向文库共有117个表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)与NCBI数据库中已知功能蛋白具较高同源性,假定蛋白12种,另有195个ESTs未检索到同源序列.正向文库中含有细胞周期蛋白、性激素合成蛋白、DNA修复蛋白、能量代谢相关蛋白等一系列与生殖、应激适应和代谢相关的转录本信息,而反向文库中的差异ESTs主要涉及DNA复制、转录和翻译调控基因以及骨架蛋白.结果表明叁唑磷对翡翠贻贝的毒性涉及到生殖调控、能量代谢、应激适应、转录翻译调控等生理代谢的多个方面,正向文库中发现的几种生殖调控基因(细胞周期蛋白、周期蛋白依赖性蛋白激酶、合子DNA复制许可因子、精子特异性蛋白、雌激素硫酸转移酶和卵黄膜卵透明带域蛋白)可能是叁唑磷生殖干扰毒性作用过程中的关键基因,这为有机磷农药的生殖毒性探索提供了基础数据.(本文来源于《中国环境科学》期刊2016年12期）
魏琦琦,段经华,冯延芝,李芳东,张琳[6]（2016）在《枣抑制消减cDNA文库构建与分析》一文中研究指出枣树具有独特的开花结果特性,为获得枣花发育基因,以金丝4号枣不同发育时期的花蕾和同时期的叶片cDNA互为试验方和驱动方,利用抑制消减杂交技术分别构建了枣花和枣叶抑制消减杂交cDNA文库(SSH文库)。枣花和枣叶SSH文库重组率分别是92.05%和90.26%,插入片段长度均介于200~2 000 bp之间,主要集中于1 000 bp左右。分别从枣花和枣叶SSH文库中随机挑选1 000个阳性克隆进行DNA测序、组装拼接,结果显示枣花SSH文库中获得96条unigene,其中contigs 43个,singletons 53个,96条unigene预测得到73个ORF,经过同源比对分析获得有注释的序列20条,按功能分为7类;枣叶SSH文库中获得86条unigene,其中contigs 45个,singletons 41个,86条unigene预测得到70个ORF,经过同源比对分析获得有23条注释的序列,按功能分为6类。(本文来源于《经济林研究》期刊2016年04期）
赵洪喜[7]（2016）在《环形泰勒虫裂殖体转化细胞抑制性消减文库的构建及差异基因的鉴定》一文中研究指出环形泰勒虫病(Tropical theileriasis)是由环形泰勒虫(Theileria annulata)寄生于牛淋巴细胞、巨噬细胞和红细胞内所引起的一种蜱传性血液原虫病。环形泰勒虫及同属的小泰勒虫(T.parva)是截至目前已发现的唯一一类可使哺乳动物细胞发生转化(永生化)的真核生物,而且这类细胞转化是可逆的,当转化细胞内的寄生虫被抗泰勒虫药物布帕伐醌(Buparvaquone,BW720c)清除后,转化细胞将恢复正常细胞的有限繁殖特性,进入凋亡程序。本研究利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建环形泰勒虫裂殖体感染细胞与正常牛外周血单个核细胞(PBMCs)抑制性消减文库,并对部分差异基因进行生物信息学、实时荧光定量PCR和Western blot分析,最终筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因,为深刻理解环形泰勒虫与宿主细胞相互作用的分子基础、揭示环形泰勒虫转化细胞的机制奠定基础。主要研究结果如下:1.成功构建了环形泰勒虫裂殖体转化细胞抑制性消减文库,通过文库序列测序,共获得364条有效ESTs序列,片段大小主要分布在350~1200bp之间;将所获ESTs进行BLASTn序列比对,最终获得192条基因序列,其中来自环形泰勒虫的序列60条(包括11条虫体蛋白酶基因序列、10条膜蛋白基因序列、7条假设蛋白基因序列、5条凋亡相关虫体蛋白基因序列、5条核糖体蛋白基因序列、4条细胞周期蛋白基因序列、4条虫体抗原基因序列和14条虫体其它基因序列)、牛基因序列131条(其中19条为肿瘤相关蛋白基因序列)和1条未知序列。2.通过对文库中环形泰勒虫裂殖体基因进行克隆测序,最终获得13条全长CDS序列;利用Protfun、Signa l P3.0、TMHMM 2.0和Lasergene(protean)生物信息学软件预测分析:Ta65、Ta129和Ta513蛋白存在较多的抗原表位,可用于后续诊断抗原或疫苗研制;Ta129、Ta511和Ta513可能具有信号转导和转运等功能,为后续研究奠定了基础。3.使用Primer Express 3.0软件设计18S r RNA、GAPDH、ACTB、PRKG1和TBP 5个牛内参基因的Real-time PCR引物,以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛PBMCs为试验材料,对引物特异性、标准曲线、扩增效率分析,并利用ge Norm和Norm Finder进行综合评价;结果发现,5个内参基因的扩增效率介于81.2~120.1%,且特异性均较好;18S r RNA和GAPDH具有良好的线性扩增;ge Norm和Norm Finder分析均发现18S r RNA为最稳定内参基因;综合以上结果,最终确定18S r RNA作为最稳定内参基因,可用于环形泰勒虫裂殖体转化细胞中信号通路的研究。4.对环形泰勒虫裂殖体转化细胞差异基因进行Real-time PCR分析;结果显示:宿主细胞肿瘤相关基因TFG、HCLS1和SENP5在转化细胞中的转录水平分别是非转化细胞的2.74、2.06和1.32倍;环形泰勒虫裂殖体蛋白基因Ta65(TA08105)和Ta129(TA20380)在环形泰勒虫裂殖体阶段的转录水平分别是裂殖子(红细胞内寄生阶段)阶段的2.10和2.08倍。5.利用BW720c作用环形泰勒虫转化细胞,杀死虫体,再利用Real-time PCR和Western blot方法检测宿主肿瘤相关基因的转录和表达情况。结果显示:相比对照组,在BW720c药物处理组中,宿主肿瘤相关基因HCLS1和TFG的转录水平明显下降;宿主肿瘤相关蛋白TFG在药物作用72h时,蛋白表达量有显着下降;综合以上结果说明,TFG蛋白在转化细胞中的表达量与环形泰勒虫的寄生直接相关;该试验结果为进一步研究环形泰勒虫与宿主细胞相互作用奠定了基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2016-05-01）
王春伶,张富铁,曹文宣,王剑伟[8]（2016）在《重金属胁迫下稀有鲫抑制消减杂交文库的筛选与分析》一文中研究指出重金属包括镉和铅等污染严重威胁人类健康。为从基因水平研究鱼类应答重金属胁迫的分子机理,本研究利用抑制消减杂交技术构建稀有鲫Gobiocypris rarus对镉处理反应的正、反向抑制消减文库。文库质量检测表明消减效率达210倍,通过对正、反向文库中部分表达序列标签进行序列测定,获得9条表达丰度较高的表达序列标签,平均长度为438 bp。利用快速扩增c DNA末端技术克隆获得核糖体蛋白s18(Rps18)基因的完整编码区,序列长度为525 bp,其中编码区459 bp,编码152个氨基酸,3’非翻译区38 bp,5’非翻译区28 bp。并利用实时荧光定量技术对Rps18基因在铅胁迫下的表达谱进行了研究,结果表明稀有鲫肝组织中Rps18基因的表达量变化较明显。(本文来源于《四川动物》期刊2016年03期）
蒋莎,黄凤霞,齐晓阳,任小云,陈红印[9]（2016）在《滞育七星瓢虫抑制性消减杂交文库的构建及分析》一文中研究指出七星瓢虫是优良的天敌昆虫,可凭滞育特性抵御逆境胁迫,提高种群生存能力。为研究七星瓢虫的滞育分子机制,构建抑制性消减杂交文库,经反向Northern斑点杂交技术进一步筛选,得到231个差异点。blastx/n比对后,正、反向文库分别得到差异表达基因64和54个,GO分类和PATHWAY分析表明,差异表达基因参与的生物过程涉及滞育的信号传导、生物合成、初级代谢和次级代谢等。文库中发现多种基因,为进一步筛选、克隆、分析滞育相关基因提供线索。着重讨论了与抗寒性相关的28 k D抗干燥应激蛋白、卵巢发育相关的Cullin 3蛋白,能量代谢相关的异柠檬酸脱氢酶的生物学功能,进而推测其与七星瓢虫滞育的相关性。(本文来源于《中国生物防治学报》期刊2016年01期）
Qing-bi,HU,Yu,HE,Xun,ZHOU[10]（2015）在《中国球形孢子丝菌双相cDNA消减文库构建及其差异基因的筛选和验证(英文)》一文中研究指出目的:为进一步研究中国球形孢子丝菌的双向转换机制,明确目的差异基因对我国球形孢子丝菌形态和双相转换的影响,探讨可能参与的信号传导通路,以期较全面地探讨孢子丝菌双相转换相关的分子机制,也为筛选抗真菌药物研究提供新的靶位和切入点。创新点:以中国球形孢子丝菌双向转换为立足点,应用抑制性消减文库成功构建的高特异性的中国球形孢子丝菌酵母相(Y)和菌丝相(M)的正反cDNA基础上,对中国球形孢子丝菌双相转换相关基因进行生物信息学分析并对部分有意义的差异表达基因进行验证。方法:本实验通过抑制性消减杂交技术构建中国球形孢子丝菌酵母相和菌丝相的正反cDNA消减文库,并对差异基因进行生物信息学分析,获得部分有意义的差异表达基因,再通过实时荧光聚合酶链反应(PCR)技术验证目的基因在双相中的差异表达。结论:通过抑制性消减杂交技术对中国球形孢子丝菌的正向和反向两个文库进行筛选,获得可能参与球形孢子丝菌细胞壁合成、信号转到、新陈代谢类等相关的片段重迭群(contigs),结果表明中国球形孢子丝菌在双相型转换中存在明显表达差异基因,同时利用相对定量的实时荧光定量技术对其中两个基因(细胞表面分子类基因细胞周期检测点激酶CHK和结构基因类核糖体RNA基因)进行验证,认为它们可能与双相转换有关。(本文来源于《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》期刊2015年12期）
消减文库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了初步探讨黄独胚性愈伤组织冻后黑暗培养修复超低温保存伤害的分子机理,本研究构建了黄独冻后黑暗培养胚性愈伤组织和冻后光周期培养胚性愈伤组织两个c DNA文库(正,反向抑制消减杂交),并对其阳性克隆进行序列测定和分析。结果表明:所构建的正、反向消减文库有效富集了差异基因,消减效率达到要求,插入片段集中于100~500 bp之间,插入片段大小符合要求,重组率大于95%,文库质量较好。正、反向消减文库在基因表达谱上存在一定的差异,黄独冻后黑暗培养胚性愈伤组织文库在山药储藏蛋白dioscorin、线粒体蛋白、衰老相关蛋白和水解酶等基因与冻后光周期培养胚性愈伤组织文库有较大差异。正、反向消减文库的建立为进一步了解黄独胚性愈伤组织冻后黑暗培养修复超低温保存伤害的分子机制提供帮助,有利于进一步分离和筛选差异表达基因,并克隆部分与黄独胚性愈伤组织冻后黑暗培养有关的全长基因。研究其表达模式,为探索黄独胚性愈伤组织超低温保存后植株再生的机制提供了理论依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
消减文库论文参考文献
[1].简忠领,赵丽丽,王普昶,孙小富,陈超.干旱胁迫下耐旱野生百脉根抑制消减文库构建与分析[J].农业生物技术学报.2019
[2].洪森荣,周成城,王星,宋涵,邱丽君.黄独冻后培养胚性愈伤组织抑制消减杂交cDNA文库的构建与分析[J].分子植物育种.2018
[3].李忠旺,陈玉梁,欧巧明,叶春雷,裴怀弟.马铃薯病毒诱导应答基因抑制消减杂交文库构建及分析[J].草业学报.2017
[4].张弯弯.黄河鲤卵巢发育抑制性消减杂交文库的构建和相关基因的结构及功能分析[D].河南师范大学.2017
[5].孙伟,张林宝,胡莹,蔡文贵,贾晓平.叁唑磷作用下翡翠贻贝抑制性消减杂交文库构建与分析[J].中国环境科学.2016
[6].魏琦琦,段经华,冯延芝,李芳东,张琳.枣抑制消减cDNA文库构建与分析[J].经济林研究.2016
[7].赵洪喜.环形泰勒虫裂殖体转化细胞抑制性消减文库的构建及差异基因的鉴定[D].中国农业科学院.2016
[8].王春伶,张富铁,曹文宣,王剑伟.重金属胁迫下稀有鲫抑制消减杂交文库的筛选与分析[J].四川动物.2016
[9].蒋莎,黄凤霞,齐晓阳,任小云,陈红印.滞育七星瓢虫抑制性消减杂交文库的构建及分析[J].中国生物防治学报.2016
[10].Qing-bi,HU,Yu,HE,Xun,ZHOU.中国球形孢子丝菌双相cDNA消减文库构建及其差异基因的筛选和验证(英文)[J].JournalofZhejiangUniversity-ScienceB(Biomedicine&Biotechnology).2015
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