导读:本文包含了碱基变异论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:碱基,基因,嵌合体,直链,稻瘟病,核糖体,引物。
碱基变异论文文献综述
陈盛杰[1]（2018）在《水稻Wx基因第10外显子单碱基变异位点SNP_(10)~(C/T)效应分析》一文中研究指出水稻胚乳中直链淀粉含量是影响稻米品质最主要的因素,而其主要受蜡质基因(Waxy,Wx)调控。Wx基因的等位变异是造成稻属中直链淀粉含量广泛变异的重要原因;挖掘并研究新的等位变异位点,可进一步揭示稻米品质形成及其变异的遗传机理,更可为稻米品质改良提供新的基因资源和途径。在前期的实验中,我们鉴定了一个控制稻米高直链淀粉含量但低淀粉粘滞性的Wx等位基因,Wxlsv。通过序列比对,发现Wxlsv与Wxa的编码区仅在第10外显子处存在一个单碱基C-T差异,我们将该单碱基变异位点命名为SNP10C/T。对其它已知Wx等位基因测序发现,只有Wx2在该位置处为T,其它Wx等位基因都是C,与Wxlsv相同。为明确此单碱基差异在稻米淀粉品质形成调控中的分子机理,开展了以下研究:1、构建了Wxa与Wxlsv的功能验证表达载体,并转化糯稻Nip(wx),与未转化对照Nip(wx)相比,转基因植株基本农艺性状没有受到影响,但是籽粒变得透明。Nip(wx)-Wxlsv与Nip(wx)-Wxa转基因稻米相比,表观直链淀粉含量显着提高,胶稠度下降,淀粉粘滞性显着降低。同时又将Wxlsv表达载体单独转化Nip(Wxa),相较于对照Nip(Wxa),Nip(Wxa)-Wxlsv转基因稻米的直链淀粉含量上升,胶稠度变软,同时粘滞性也明显降低。以上结果证明了SNP10C/T是造成Wxlsv高直链淀粉含量、低淀粉粘滞性的关键突变。2、对不同背景下Wx基因的近等基因系进行分析,发现Wxlsv与Wxa在转录水平和翻译水平上无明显差异,但Wxlsv编码的GBSS Ⅰ的酶活要显着高于Wxa编码的GBSS Ⅰ;通过同源建模发现Wxlsv与Wxa第10外显的C-T差异所导致的氨基酸替换并没有造成编码的GBSSⅠ蛋白二级结构的改变;磷酸化测序发现,Wxa编码的GBSSⅠ的第415位丝氨酸残基存在磷酸化修饰,而Wxlsv编码的GBSS Ⅰ的第415位脯氨酸则未被修饰,说明SNP10C/T导致的GBSS Ⅰ第415位脯氨酸-丝氨酸的替换可能改变了磷酸化修饰的水平,从而调控了GBSSⅠ的酶活,进而影响了稻米的理化品质。3、为探究SNP10C/T在其它Wx等位基因中对稻米品质的效应,构建了Wxmp、Wxb与Wxin的表达载体,以及各自第10外显子第115位碱基定点突变成T的表达载体Wxmp-10T,Wxb-1OT与Wxn-1OT,转化Nip(wx);稻米理化品质分析发现该SNP在叁种不同背景下都会造成直链淀粉含量的下降,从而影响籽粒的透明程度,但下降的幅度因背景而异;在Wxmp、Wxb这两类极低直链淀粉、低直链淀粉类型的Wx基因背景下,该SNP会造成淀粉粘滞性的降低,但在Wxin这种中间型或者Wxlsv这种高直链淀粉类型的Wx基因背景下,该SNP却会导致淀粉粘滞性的升高。(本文来源于《扬州大学》期刊2018-05-01）
段艳芳[2]（2017）在《水稻“防癌”新招——碱基天然变异》一文中研究指出同学们在人教版八年级下册的生物课本上学习过生物的遗传和变异,知道DNA分子是由盘旋成双螺旋结构的两条脱氧核苷酸链组成,两条长链上对应碱基的互补关系为A-T、C-G。那么,如果有一个小小的碱基发生了天然变异,比如从腺嘌呤(A)变成了鸟嘌呤(G),你知道会对生物产生多大的影响吗?快来看看科学家们在水稻上的最新发现吧!(本文来源于《知识就是力量》期刊2017年09期）
黄健,汤美云,蔡金洪[3]（2017）在《引物3'端第二个碱基SNP变异的长度多态性遗传标记检测》一文中研究指出目的为了获得引物3'端存在SNP点突变的插入缺失遗传标记rs10644346所有等位基因片段。方法基于等位基因特异性PCR原理,设计一条共用上游引物,二条3’端倒数第二个位置特异性碱基的下游引物。运用该叁条引物检测150个无关个体及10例亲子关系已确定的叁联体,同时运用其中二条引物(共同上游引物和其中一条下游引物)扩增9例样本。结果叁条引物扩增150个无关个体均有清晰扩增片段;10例叁联体案例亲代与子代扩增片段均符合孟德尔遗传定律;二条引物扩增9例样本后发现特定片段丢失。结论本次研究设计的叁条引物PCR,证明特异性碱基位置除了通常的3'末端,理想条件下3'端的其他位置(如倒数第二个位置)也可以成为有效选择,该叁条引物设计方法为检测引物侧翼存在点突变的遗传标记提供了一种新的参考。(本文来源于《中国法医学杂志》期刊2017年02期）
[4]（2016）在《改进CRISPR/Cas9法:成功逆转单个碱基变异》一文中研究指出美国哈佛大学科学家报告了用于定位和修改DNA单个碱基,而且不在基因组中引入随机插入和缺失基因组的一种改进方法。这种新的"碱基编辑"法使用一种修饰过的CRISPR/Cas9蛋白质,使它和另外两种蛋白质一同工作,比现在修正单碱基变异的方法更高效。该方法已经被用于培养细胞,成功逆转了和疾病有关的单个碱基变异,包括晚发性阿尔茨海默症与乳腺癌。另外两个分别为德国科学家、中国科学家发表的研究,则提供了关于Cpf1酶(本文来源于《甘肃医药》期刊2016年05期）
王晔[5]（2016）在《利用全基因组测序对拷贝数目变异进行精确至碱基水平的研究及其突变机制的揭示》一文中研究指出拷贝数目变异(Copy Number Variation, CNV),指在拷贝数目上与参考基因组不同的长度>1kb的DNA片段,研究发现拷贝数目变异能够引起人类疾病或者和疾病相关联。但是由于检测技术的限制,当前绝大部分CNV并没有能在单碱基水平被精确地描述。随着新一代测序技术的迅猛发展,全基因组测序技术已经被证明是快速、高效、精确鉴定CNV的一种有效手段。拷贝数目变异在多发性骨软骨瘤(MO)的发病中起到了重要作用我们以MO中致病CNV的发现为模板,来探索CNV的结构特点和研究思路。多发性骨软骨瘤(multiple osteochondromas,MO, OMIM:213700)是一种骨骼发育异常疾病,表现为两个或以上长骨骨骺附近形成大小不等的骨性隆起。EXT1 (OMIM#608177)和EXT2 (OMIM#608210)是主要致病基因。目前,关于这两个基因的各种突变类型均有报道,但主要集中在点突变上,而对致病基因CNV的研究只占很少部分,且只有缺失CNV致病的报道。在探究MO病人致病原因的过程中,我们不但鉴定了点突变,还发现了致病拷贝数目变异,并且对CNV的断裂点和结构特点进行精确到单碱基水平的描述,揭示了CNV相关的突变复杂性。然后对于在MO家庭和Dent疾病病人缺失CNV中发现的突变复杂性我们扩大范围进行了探索,发现在CNV断裂点附近存在有微小变异是一个较为频繁的事件,并且阐述了可能的发生机制。此外,我们还对一个引起MO疾病的新的重复CNV进行了精确描述和研究,并且揭示了其潜在结构和突变机制。为此,我们对这上述问题进行了相应研究,本文将分两个章节进行讨论。第一章 精确鉴定26个缺失CNVs所揭示的突变复杂性和其突变机制本研究中,我们最初是为了探寻中国MO家庭的遗传学致病原因。我们共收集到12个MO家庭,通过对先证者致病基因EXT1(GeneBank NM_000127.2)和EXT2(GeneBankNM_207122.1)的所有外显子及外显子-内含子交界区序列进行PCR扩增和Sanger测序,来鉴定致病突变,我们检测到5个点突变(3个无义突变和2个移码突变)。然后对于Sanger测序筛查后为阴性的MO家庭和Dent疾病散发病人,我们采用连锁分析(Linkage analyses)、荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization, FISH)、多重连接探针扩增技术(Multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)(?)/或染色体微列阵分析技术(Chromosome microarray analysis, CMA)鉴定出3个未报道的致病缺失CNV。为了精确描述这些CNV,我们使用全基因组测序,建立一个基于已知软件的整合pipeline,最终成功地在单碱基水平上精确描述了这3个致病CNV。结果发现这3个致病CNV并不是简单的CNV,还存在额外的突变复杂性,包括断裂点连接处有插入序列、断裂点侧翼序列存在微小变异和断裂点处有微同源性序列,这些发现推动我们进一步探寻并精确描述了其他23个缺失CNV,来自于过去已报道的加拿大自闭症谱系家庭。对26个CNV的结果进行分析后发现,在缺失CNV断裂点侧翼区域存在微小变异是一个比较频繁发生的事件(5/26；19%),这个特点是在人类缺失CNV中第一次被系统描述和报导。我们也揭示了缺失CNV的相关发生机制,表明“以远距离基因组区域的序列为模板对双链断裂(double strand breaks, DSBs)进行修复”这一机制可能是一个较频繁发生的修复机制。第二章精确鉴定引起多发性骨软骨瘤的重复CNV和其潜在结构和突变机制多发性骨软骨瘤(MO)是骨科最常见的常染色体显性单基因遗传病之一。近年来,发现拷贝数目变异(CNV)和MO的发病密切相关,并且正确描述CNV的结构特点及周围的变异复杂性是建立突变机制的先决条件。我们对进行常规Sanger测序筛查后,基因结果为阴性的一个叁代家系进行研究,MLPA结果显示该家庭中携带一个新的EXTl基因的重复CNV,同时对先证者进行了全基因组测序(WGS),并且准确描述了这一～230kb重复CNV的断裂点及其特征。此外,我们还发现了与重复CNV相关的突变复杂性,包括在断裂点处连接处存在一个22bp的插入序列,且在断裂点两端周围发现多个伴随存在的微小变异。进一步分析揭示了一个隐藏的结构,该基因组重排存在重复-反转的叁倍-重复(duplication-inverted triplication-duplication, DUP-TRP/INV-DUP)结构,断裂点连接处的41bp插入序列是由重复CNV中一个附近的序列作为反向模板而合成。这些发现使得我们能够找出决定断裂引起的复制这一机制的起始(一个反向的Alu重复序列)和终止(一个叁联体形成序列)结构,并提出一个修复复制相关的DNA双链断裂的可能模式。我们首次报道了EXTl基因中的重复CNV引起了MO的发生、发展,并且发现了重复CNV存在有突变复杂性。(本文来源于《中山大学》期刊2016-05-01）
张梦然[6]（2016）在《新基因编辑法可成功逆转单个碱基变异》一文中研究指出科技日报北京4月21日电 （记者张梦然）最近一期英国《自然》杂志刊登一则基因编辑改进方法，可定位和修改DNA单个碱基，并且不在基因组中引入随机插入或缺失的基因。这种新的“碱基编辑”法使用一种修饰过的CRISPR/Cas9蛋白质，使它和另外两种蛋白一同工作(本文来源于《科技日报》期刊2016-04-22）
余欢[7]（2015）在《稻瘟菌无毒基因单碱基变异及启动子SSR的研究》一文中研究指出稻瘟病是世界范围内的真菌病害,严重影响水稻的产量及品质,造成大量减产。稻瘟菌除了能侵染水稻外,还可以侵染禾本科和莎草科等多种植物,已有研究表明稻区草类寄主的梨孢菌与稻瘟病的发生存在关系。广大生产者经过多年的努力,发现抗性品种的选育及大面积推广是防治稻瘟菌最经济、最有效和最安全的解决方法。由于稻瘟菌高变异性和特异菌株的富集,致使种群演替迅速,田间的水稻抗性品种在连续使用3-5年后,明显衰退,抗病无法持久化。大量表明水稻抗病持久化与稻瘟菌无毒基因存在密切关系。稻瘟菌无毒基因是稻瘟菌中一类可识别寄主相应抗性基因的激发子。在稻瘟菌侵染水稻的过程中,有些激发子优先在BIC处积累,然后转移到水稻细胞质中;有些激发子在EIHM处积累。无毒基因经常发生变异,常见的有点突变、插入、缺失等,为了克服其变异,寄主植物也会发生变异,使得寄主植物和病原菌不断进化,最终达到平衡状态。因此,对稻瘟菌无毒基因的研究将有助于了解稻瘟菌的致病机制、水稻抗病机制以及水稻-稻瘟菌的互作,最终实现抗病的持久化。本研究以实验室收集和保存的1978年-2013年间192株稻瘟菌为研究材料,对其进行系统进化分析及无毒基因单碱基变异检测的方法的初探,结果表明(1)这些菌株聚在两个分支上,寄主为水稻、牛筋草、狗尾草的菌株菌株为一个分支上,说明这些寄主菌株的亲缘关系较近,而寄主为马唐的菌株聚在另一个分支上,表明该分支上的菌株与其它菌株亲缘关系较远。(2)8个无毒基因的变异类型是缺失,AVR-pii、AVR-pia、PWL1在供试菌株中表现出了大量的缺失现象,而AVR-Pik/km/kp、AVRPiz-t、PWL2、PWL3、PWL4在小部分菌株中表现出缺失现象。通过统计无毒基因在不同寄主中的扩出率发现没有一个菌株中存在所有的无毒基因。而在四个寄主来源的菌株中均含有无毒基因AVR-Pik/km/kp、AVRPiz-t、PWL2,且有较高的扩出率。这也说明了无毒基因的正常扩出掩盖了其可能发生了单碱基变异的事实。(3)通过对稻瘟菌中AVR-Pik/km/kp、AVRPiz-t、PWL2的序列测定及分析,发现AVRPiz-t没有发生单碱基的变异,而AVR-Pik/km/kp、PWL2存在单碱基的变异。(4)以AVRPiz-t在稻瘟菌中是否存在单碱基变异情况为例,探索了一种研究稻瘟菌群体无毒基因单碱基的变异的方法,结果表明该方法是可行的。此外,SSR在生物基因组中广泛存在,并且启动子区域的SSR与基因表达有关。稻瘟菌的基因组中存在丰富的SSR,已有报道将SSR作为分子标签对稻瘟菌进行了研究,但是稻瘟菌启动子区域的SSR几乎未见报道。因此本研究对启动子区域的SSR进行的统计分析,得到稻瘟菌中启动子SSR的分布特征及与转录的关系:稻瘟菌基因间有大量重迭现象且起始密码子之间的距离较近,起始密码子附近SSR有明显的富集现象,表明稻瘟菌启动子区域的SSR与基因的转录有一定的关系。(本文来源于《杭州师范大学》期刊2015-05-01）
王翠萍[8]（2014）在《基于分子信标荧光法检测DNA单碱基变异新方法的研究》一文中研究指出人体是一个复杂的开放性系统,疾病是生命的灾难。人类的疾病常常是由于自身的遗传因素、环境因素或者是二者共同作用的结果。若能及早确定引起疾病的原因及其性质,就能做到早预防,早治疗。分子生物学技术通过对人类基因的鉴别和诊断,使人类更深刻的认识到疾病的发生及其发展。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)是在基因水平上发生单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性,它属于人类最常见的一种基因组变异类型。SNPs由于具有准确度高、信息量大、检测手段简便等优点在人类进化和迁移、疾病研究等领域有重要的应用价值。目前,SNPs的检测方法有质谱法、表面等离子体共振法、荧光法和电化学生物传感器法等。最近几年,国内外有利用碱基类似物小分子识另dsDNA中的错配碱基,因为这些小分子本身具有荧光便于检测,而且可以作为一种潜在的靶向药物用于疾病预测。分子信标根据碱基互补配对原则和荧光共振能量转移巧妙设计而成,结合荧光法在不同领域取得了重大的研究成果。本论文由两部分组成：第一部分为绪论,第二部分为研究报告。第一部分是绪论,主要介绍单核苷酸多态性的概念和检测方法、分子信标、氧化石墨烯的有关性质和DNA与小分子的相互作用方式,最后介绍本论文的研究目的和内容。第二部分是研究报告,由两部分构成。第一部分是利用荧光小分子ATMND结合荧光法识别G-C单碱基变异。我们建立了一种将小分子ATMND和分子信标相结合用于识别P53基因特定序列中G-C突变的荧光分析方法。经典分子信标的5'端和3端分别标记荧光基团FAM和猝灭基团AMRA,由于荧光共振能量转移,荧光物质FAM的荧光被猝灭,当体系中加入靶序列时,靶序列与分子信标的环状部分发生作用,分子信标的构象发生改变,发夹被打开,此时荧光基团FAM和猝灭基团TAMRA之间的距离增大,FAM的荧光恢复。而当体系中加入含有G-C突变的靶序列时,靶序列也会与分子信标发生部分杂交,同理,荧光基团的荧光也随之恢复,但是由于含有C-C单碱基错配的双链DNA的结构相对不稳定,所以体系的荧光强度要比加入不含有单碱基突变的靶序列的荧光强度弱,在此基础上,在该体系中加入一定浓度的ATMND,因为ATMND对C碱基特异性识别,这样增强该体系中DNA双螺旋结构的稳定性,从而使分子信标的荧光强度得到进一步增强,甚至可以达到加入靶序列时体系的荧光强度。我们基于加入小分子ATMND前后体系的荧光强度的变化趋势,实现了P53基因特定序列中G-C单碱基突变检测。研究报告的第二部分是小分子Amiloride和含脱碱基位点分子信标荧光法识别MicroRNA。利用含脱碱基位点的分子信标和小分子Amiloride共同作用来识别T碱基,并进一步用于MicroRNA的识别。分子信标的环状部分由P53的一段DNA序列的互补序列组成,并且在环状部分设计一个脱碱基位点,分子信标的两端分别标记荧光基团FAM和猝灭基团TAMRA。当加入脱碱基位点对面分别是A、T、C、G的四条P53靶序列时,由于分子信标与靶序列杂交导致荧光基团FAM和猝灭基团TAMRA分离,荧光物质的荧光恢复,在此基础上,往上述体系中分别加入一定浓度的Amiloride小分子,该小分子选择性识别T碱基,因此,当形成的双链DNA的脱碱基位点对面是T碱基时,体系的荧光强度要比脱碱基位点对面是A、C、G碱基的体系荧光强度大。最后我们利用该方法识别与癌症和疾病相关的let-7家族中的let-7a, let-7f, let-7g MicroRNA,从而建立了一种基于小分子识别特定碱基来区分不同MicroRNA的新方法。(本文来源于《陕西师范大学》期刊2014-05-01）
曹丽丽[9]（2013）在《碱基切除修复基因hMTH1，hOGG1和MUTYH变异与2型糖尿病发病风险的研究》一文中研究指出机体在化学氧化剂或自由基等外界环境刺激下,或是正常细胞代谢过程中均能产生活性氧簇(Reactive oxygen species, ROS),过量的ROS可造成细胞蛋白质,核酸和脂质大分子氧化损伤,破坏细胞氧化和抗氧化平衡状态,导致细胞功能失调。8-羟基鸟嘌呤(8-hydroxy-2'-deoxyguanosine,8-OHdG)是最常见DNA氧化损伤产物之一,在衰老和肿瘤的发生过程中起着重要作用。8-OHdG常作为氧化损伤的标志物之一。在DNA复制时,8-OHdG易于腺嘌呤(A)错配,造成G：C到T：A的颠换突变。人类mutT同源物1(human mutT homolog1, hMTH1),人类8-羟基鸟嘌呤糖基化酶(human8-oxoguanine glycosylase1, hOGG1)和人类mutY同源物(human mutY homolog, MUTYH)基因构成了8-OHdG修复通路的重要元件。2型糖尿病(Type2Diabetes Mellitus, T2DM)是一个多因素引起的代谢性疾病,典型特征是胰岛素抵抗和／或胰岛素分泌异常。ROS参与胰岛素抵抗,β细胞受损,糖耐量减退并最终导致T2DM及其并发症发生发展的一系列过程。DNA修复基因的多态性变异会改变蛋白功能并降低DNA修复功能,进而引起基因组不稳定,增加年龄相关疾病的发病风险率。探讨DNA修复基因多态性变异和T2DM发病风险的关系可以加深对疾病的遗传学方面的理解,并可能会对糖尿病的预防提供新的途径。本研究中,我们在年龄-性别匹配的T2DM病人和正常对照人群中进行hMTH1, hOGG1和MUTYH基因变异的筛查,探讨这些变异与T2DM发病风险的相关性。同时,在筛查T2DM病人hOGG1基因变异时发现了T2DM病人个别样本DNA疑似嵌合体状态,实验对其进一步的确认并探讨其对基因变异与疾病相关性分析的影响。第一部分：hOGG1基因启动子区嵌合型变异的发现及对多态性变异与疾病风险相关性分析的影响一、研究背景与目的嵌合体是指一个生物体或组织内含有不同遗传信息的细胞系的存在,体细胞嵌合体通常是体细胞产生突变的结果,主要出现在胚胎发育早期。本实验在研究hOGG15'-UTR区C.-53G>C (rs56387615), c.-23A>G (rs1801129)和c.-18G>T (rs1801126)变异与T2DM发病风险相关性时,在突变基因测序分析中发现某些T2DM病人DNA样本突变等位基因峰值较低,本实验探讨其性质及对疾病相关的多态性分析结果的影响。二、方法1.利用高分辨熔解曲线(High Resolution Melting, HRM)方法筛查T2DM病人和正常对照人群DNA样本中hOGG1基因5'-UTR c.-53G>C, c.-23A>G和c.-18G>T多态性变异的基因型。2.直接测序法确定筛查出的杂合型样本的多态性位点基因型。3.PCR产物克隆测序技术分析测序图中有异常突变小峰的DNA样本变异频率并确定其性质。4.焦磷酸测序技术和体外嵌合体模型确定嵌合体的存在。叁、结果1. hOGG1基因5'-UTR区c.-53G>C变异的10.71%(3/28)、c.-23A>G变异的13.73%(7/51)和c.-18G>T的2.27%(1/44)呈现嵌合型的变异状态。2.焦磷酸测序技术和体外嵌合体模型支持了以上分析结果。3.病例-对照研究结合统计学分析发现,当嵌合型变异纳入杂合型变异,T2DM病人hOGG1基因5'-UTR区c.-23A>G多态性变异频率显着高于正常对照组,且有统计学意义(OR:2.173;95%CI:1.329-3.554); hOGG1基因5’-UTR区c.-53G>C或c.-18G>T多态性变异频率在病人与对照中无显着性差异；按性别分组时,男性T2DM病人hOGGl基因5’-UTR区c.-23A>G多态性变异频率也显着高于正常对照组,且有统计学意义(OR:2.828;95%CI:1.404-5.697),女性组中无差异性；按年龄分组(<60或>60岁),T2DM病人hOGG1基因5’-UTR区c.-23A>G A/G杂合子频率显着高于正常对照组,且有统计学意义(OR：1.974,95%CI1.071-3.640；OR：2.573,95%CI：1.121-5.908)4.当嵌合型变异不纳入杂合型变异,T2DM病人中hOGG1基因5’-UTR区c.-23A>G多态性变异A/G杂合子频率改变,与正常对照组差异性减小；按年龄分组(<60或>60岁)时,T2DM病人hOGG1基因5'-UTR区c.-23A>G A/G杂合子频率与正常对照组相比无显着性差异。四、结论我们在筛查hOGG1基因5’-UTR区c.-23A>G变异与T2DM发病风险关系时,在个别2型糖尿病患者DNA样本中发现hOGG1基因5’-UTR区嵌合型变异的存在。嵌合型的变异状态可能影响hOGG1基因5'-UTR区c.-23A>G多态性变异的检出,影响疾病关联基因变异分析的结果。第二部分：hMTH1, hOGG1和MUTYH基因多态性变异的联合作用与中国人群2型糖尿病发病风险的研究一、研究背景与目的ROS参与T2DM及其并发症的发生发展过程。hMTH1, hOGG1和MUTYH构成了8-OHdG修复通路的重要元件。本研究中,我们在中国人群T2DM患者和一般对照人群中筛查了hMTH1p.Val83Met (c.247G>A, rs4866)多态性变异,hOGG15'-UTR c.-53G>C, c.-23A>G和c.-18G>T总变异,MUTYH AluYb8插入(AluYb8MUTYH, rs10527342)变异,并且研究了这些变异及其联合作用与中国人群T2DM发病风险的关系。二、方法1.利用HRM方法筛查T2DM病人和正常对照人群DNA样本中hMTH1c.247G>A变异,hOGG1基因5’-UTR区c.-53G>C, c.-23A>G和c.-18G>T多态性变异的基因型。2.直接测序法测定HRM筛查出的hOGG1基因5’-UTR区c.-53G>C, c.-23A>G和c.-18G>T变异的杂合型样本的多态性位点基因型。3.凝胶电泳法对T2DM病人和正常对照人群DNA样本中AluYb8MUTYH变异基因型进行分型。叁、结果1. hMTH1c.247G>A变异增加了大于55岁年龄组中国人群的T2DM发病风险(OR=1.579;95%CI:1.029-2.421)。2. hOGGI5'-UTR区c.-53G>C, c.-23A>G和c.-18G>T的总变异与中国人群的T2DM发病风险相关(OR=1.507,95%CI:1.122-2.024)。3. AluYb8MUTYH变异与中国人群的T2DM发病风险相关(OR=1.229,95%CI:1.030-1.466)。4.联合作用分析发现,hMTH1c.247G>A与AluYb8MUTYH在增加T2DM发病风险方面存在协同效应(OR=1.635;95%CI:1.147-2.330);并且hOGG15'-UTR区总变异联合AluYb8MUTYH也可协同提高T2DM的发病风险(OR=1.804;95%CI:1.254-2.595)。四、结论：hMTH1, hOGG1, MUTYH基因多态性变异与中国人群的T2DM发病风险密切相关。本实验结果首次阐述AluYb8MUTYH变异与hMTH1c.247G>A或hOGG15’-UTR区总变异在引起中国人群T2DM发病风险增高中存在协同关系。(本文来源于《南京大学》期刊2013-05-01）
蔡振明[10]（2013）在《碱基切除修复基因功能变异、DNA氧化损伤与慢性肾功能衰竭的风险机制研究》一文中研究指出作为遗传物质的DNA易受到机体内活性氧(reactive oxygen species, ROS)攻击造成氧化损伤,使生物体内基因变异积累并可能引发基因组的不稳定性,导致衰老、年龄相关性疾病(如神经退行性疾病和肿瘤)的发生。8-羟基鸟嘌呤(8-hydroxy-2'-deoxyguanosine,8-OHdG)是最为常见的DNA氧化损伤产物之一研究中经常通过测定该产物水平来估测机体的氧化损伤程度。在DNA复制过程中8-OHdG倾向于与腺嘌呤(Adenine, A)而非胞嘧啶(Cytosine, C)配对,导致G:C→T:A的碱基颠换突变,是肿瘤、糖尿病等多种年龄相关性疾病的发病风险因素之一。生物体内普遍存在针对于DNA损伤的修复系统。其中,碱基切除修复系统(base excision repair, BER)是针对DNA氧化损伤的主要修复途径。碱基切除修复系统是一个多步骤、涉及多种酶的过程,在人类,主要包括叁种糖基化酶：MTH1(human MutT homolog-1)、OGG1(human8-OHdGuanine glycosylase)和MUTYH (human MutY homolog)。其中OGG1和MUTYH两种糖基化酶主要参与修复DNA双链中的8-OHdG,分别在DNA复制过程中识别并切除8-OHdG和与之错配的A。碱基切除修复系统基因变异可以影响相应蛋白的功能,导致机体修复功能的下降,从而与多种人类疾病的发生相关。慢性肾功能衰竭(chronic renal failure, CRF)已成为一个世界性的健康难题。我国肾脏疾病的发病率呈逐年上升趋势,最新的研究显示我国肾脏疾病总体患病率已达10.8%。氧化应激及由此而引起的氧化损伤累积在肾脏疾病的发生发展,慢性肾功能衰竭的形成过程中扮演了重要作用。较多文献报道,慢性肾功能衰竭维持性血液透析患者外周血白细胞DNA中8-OHdG含量显着高于正常对照人群；最新的研究提示,DNA损伤修复基因XRCC1多态性变异Arg399Gln可增加携带者慢性肾功能衰竭的发病风险。本研究中,我们选择碱基切除修复基因的4种常见变异：OGG1C.977C>G (rs1052133, Ser326Cys), MTH1c.247G>A (rs4866, Val83Met), MUTYH c.972G>C (rs3219489, Gln324His)和AluYb8MUTYH (rs10527342),分别对慢性肾功能衰竭行维持性血液透析患者和健康对照进行基因变异的筛查,分析碱基切除修复基因变异与慢性肾功能衰竭发病风险之间的关系。同时对患者外周血白细胞DNA中8-OHdG含量,以及患者外周血IL-1p和IL-6含量进行检测,探讨碱基切除修复基因变异、DNA氧化损伤、慢性微炎症与慢性肾功能衰竭发生的风险机制。因此,本研究分为叁个部分进行：第一部分：碱基切除修复基因变异与中国人群慢性肾功能衰竭发病风险的研究。作为一种常见的人类疾病,慢性肾功能衰竭已成为一个世界性的健康难题。有证据显示氧化应激是导致肾脏疾病发生的重要因素,氧化损伤能够改变肾小球的结构和功能,因此我们在慢性肾功能衰竭维持性血液透析患者和健康对照中筛查了碱基切除修复基因OGG1C.977C<G, MTH1c.247G>A, MUTYH c.972G>C和AluYb8MUTYH四个基因变异位点,分析其与中国人群慢性肾功能衰竭发病风险的关系。我们收集了337例慢性肾功能衰竭患者和404例健康体检人群作为正常对照。用琼脂糖凝胶电泳方法区分AluYb8MUTYH插入基因型,用高分辨率溶解曲线方法(High-Resolution Melting, HRM)对OGG1C.977C<G, MTH1c.247G>A, MUTYH c.912G>C进行基因分型,并通过测序对基因分型结果进行验证。病例-对照分析表明OGG1c.977C>G变异和MTH1c.247G>A变异叁种基因型的分布在患者组和对照组之间没有显着差异(P=0.394；P=0.444)；但MUTYH c.972G>C变异位点叁种基因型的分布在两组之间具有显着差异(P=0.046),患者组MUTYH c.972GG基因型频率明显高于对照组(P=0.013),患者中G等位基因频率显着高于对照组(P=0.026); AluYb8MUTYH叁种基因型的分布在两组之间没有显着差异(P=0.099),但患者组携带AluYb8MUTYH插入的基因型(A/P基因型及P/P基因型)比例显着高于对照组(P=0.034)。同时,在原发性肾小球肾炎患者中、并发贫血或高血压的患者中,MUTYH c.972G>C和AluYb8MUTYH基因变异的发病风险更高。第二部分：碱基切除修复基因变异与慢性肾功能衰竭患者DNA氧化损伤、慢性微炎症的研究氧化应激是导致肾脏疾病发生的重要因素,氧化损伤能够改变肾小球的结构和功能,引起肾脏疾病的发生,进而与慢性肾功能衰竭的发生、发展相关。Tarng,D.C.等的研究表明,慢性肾功能衰竭维持性血液透析患者的外周血白细胞DNA中8-OHdG含量显着高于正常对照人群,提示慢性肾功能衰竭患者处于较高的DNA氧化应激状态；同时,有研究证实慢性肾功能衰竭患者体内较高的炎症因子水平与患者的高死亡率和不良预后相关。我们对116例慢性肾功能衰竭患者外周血DNA中8-OHdG含量进行检测,并分析其与碱基切除修复基因变异之间的关系,结果显示携带OGG1c.977C>G、 MUTYH c.972G>C、AluYb8MUTYH变异位点突变基因型的患者外周血DNA中8-OHdG含量显着高于携带野生基因型的患者。同时我们也检测了167例慢性肾功能衰竭患者和66例正常对照外周血IL-1p和IL-6含量,发现慢性肾功能衰竭患者组外周血IL-1β和IL-6水平显着高于健康对照组,且在患者IL-1p和IL-6水平与MUTYH c.972G>C、AluYb8MUTYH基因变异相关。第叁部分：MUTYH基因AluYb8插入变异影响原代培养成纤维细胞抗氧化应激能力的研究本实验室首先发现MUTYH基因第15内含子存在AluYb8片段插入变异,携带纯合AluYb8MUTYH插入基因型的个体定位于线粒体的MUTYH1型蛋白表达明显降低,可能会导致线粒体DNA损伤修复能力下降,但其对机体抗氧化能力的影响及具体机制尚不清楚。本研究使用不同浓度的KBrO3(0mM,1mM,4mM)处理不同基因型(野生型(A/A)、纯合插入型(P/P))的原代培养的人脐带源成纤维细胞,检测处理后不同基因型细胞线粒体膜电位和线粒体拷贝数的变化情况,并利用Western-blotting检测细胞凋亡相关蛋白的表达,探讨不同AluYb8MUTYH基因型成纤维细胞抗氧化应激能力的差异及可能的机制。结果显示原代培养人脐带源成纤维细胞经1mM KBrO3或4mM KBrO3处理24h后,携带纯合插入基因型(P/P)的成纤维细胞线粒体膜电位明显低于野生型(A/A)细胞；经4mM KBrO3处理24h后,P/P基因型细胞表达细胞凋亡相关蛋白p53、p21显着高于A/A基因型细胞,提示P/P基因型细胞已进入早期凋亡,其抗外界氧化应激的能力低于A/A基因型细胞。综上所述,本研究发现MUTYH c.972G>C变异、Alu Yb8MUTYH插入变异与中国人群慢性肾功能衰竭发病相关；携带OGG1C.977C>G、MUTYH c.972G>C、 Alu Yb8MUTYH变异基因型的患者外周血DNA中8-OHdG含量显着高于携带野生基因型的患者；慢性肾功能衰竭患者组外周血IL-1p和IL-6水平显着高于健康对照,且在患者组外周血IL-1p和IL-6水平与MUTYH c.972G>C、Alu Yb8MUTYH基因变异相关。同时,通过对原代培养成纤维细胞进行外加氧化应激证实Alu Yb8MUTYH基因变异影响了细胞的抗氧化应激能力,纯合插入(P/P)基因型细胞抗氧化应激能力低于野生型(A/A)细胞。这些研究结果提示,进行碱基切除修复基因变异人群筛查和发病风险评估,对开展针对性的疾病预防具有重要的借鉴意义。(本文来源于《南京大学》期刊2013-05-01）
碱基变异论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
同学们在人教版八年级下册的生物课本上学习过生物的遗传和变异,知道DNA分子是由盘旋成双螺旋结构的两条脱氧核苷酸链组成,两条长链上对应碱基的互补关系为A-T、C-G。那么,如果有一个小小的碱基发生了天然变异,比如从腺嘌呤(A)变成了鸟嘌呤(G),你知道会对生物产生多大的影响吗?快来看看科学家们在水稻上的最新发现吧!
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
碱基变异论文参考文献
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[10].蔡振明.碱基切除修复基因功能变异、DNA氧化损伤与慢性肾功能衰竭的风险机制研究[D].南京大学.2013
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