家兔MHC Ⅱ DQ基因的分子克隆及其表达分析

论文摘要

主要组织相容性复合物（MHC）是一种高度多态性的基因组,编码脊椎动物中发现的免疫球蛋白样受体,其表达产物分布在各种细胞的表面。它被称为MHC分子,在人体免疫系统中起着非常重要的抗原呈递作用。它不仅与移植排斥有关,而且与动物的某些经济特征密切相关。MHC抗原参与机体的免疫反应,在机体的免疫反应调节,抗原识别和呈递中发挥重要作用。同时,MHC的遗传背景和不同个体之间的多样性水平的差异可导致个体对疾病的抗性和易感性的差异。因此,MHC作为抗病性和易感性的候选基因已成为遗传育种研究的热点,并且它也越来越受到生态学家群体遗传学家和动物遗传学育种者的关注。本研究以家兔为实验材料,为更加完整的了解MHCⅡDQ基因的结构和功能,采用RACE技术,获得了家兔MHCⅡDQ基因的完整cDNA序列,并进行了克隆测序,采用生物信息学技术,分析并预测了基因的结构和功能。主要研究结果如下:1.使用RACE技术克隆获得了家兔MHCⅡDQ基因的完整cDNA序列,采用生物信息学技术,分析和预测基因的结构和功能。MHCⅡDQ基因cDNA全长1148bp（GenBank登录号:XM002714510.3）,5’UTR21bp,3’UTR318bp。其中CDS区为768bp,编码255个氨基酸。分析预测MHCⅡDQ蛋白分子量为28.094kDa,理论等电点:pI=5.23,二级结构大部分为α螺旋和β折叠,有明显的跨膜区,属于分泌蛋白,基因编码的氨基酸序列中存在2个N-连接糖基化,不存在O-连接糖基化位点。成熟蛋白质不稳定指数（instability index（II））为45.89,是一种不稳定蛋白质;共含有28个负性氨基酸残基（Asp+Glu）,20个带正电荷的氨基酸残基（Arg+Lys）,其总平均疏水指数（Grand average of hydropathicity）为0.076,属于疏水蛋白。在与其它动物序列比对中,核苷酸序列与氨基酸序列与牛、马同源性最高。2.在mRNA水平上,MHCⅡDQ是一个广谱表达基因,它广泛存在于肝脏和脾脏中,在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、大脑、回肠中均可检测到,且在脾脏和大脑之间存在明显的组织差异表达（P<0.05）。在脾脏、肝脏表达较高,在大脑中表达最低。MHCⅡDQ基因mRNA的表达量:脾脏>肝脏>肺脏>回肠>心脏>肾脏>胃>大脑,说明免疫器官存在MHCⅡDQ基因的高表达。

论文目录

• 英文缩略词
• 中文摘要
• Abstract
• 1 引言
•   1.1 家兔及其研究进展
•   1.2 兔类免疫系统
•     1.2.1 免疫器官
•     1.2.2 免疫细胞
•     1.2.3 体液免疫因子
•     1.2.4 MHC基因
•   1.3 试验技术
•     1.3.1 cDNA末端快速克隆技术
•     1.3.2 巢式 PCR 和降落 PCR
•     1.3.3 实时荧光定量PCR
•   1.4 本研究的目的和意义
• 2 材料与方法
•   2.1 试验材料
•     2.1.1 试验动物及样品采集处理
•     2.1.2 主要仪器
•     2.1.3 网络资源和软件
•     2.1.4 主要试剂的配制
•   2.2 实验方法
•     2.2.1 MHC Ⅱ DQ基因的c DNA全长扩增
•     2.2.2 MHC Ⅱ DQ基因c DNA全长测序
•     2.2.3 生物信息学分析
•     2.2.4 荧光定量PCR的检测分析
• 3 结果与分析
•   3.1 MHC Ⅱ DQ基因的CDNA全长的克隆
•     3.1.1 总RNA的提取与质量检测
•     3.1.2 5 '反应RACE、3'RACE和中间片段的PCR扩增
•     3.1.3 菌液PCR结果
•   3.2 测序结果分析
•     3.2.1 序列拼接
•   3.3 生物信息学分析
•     3.3.1 ORF预测
•     3.3.2 蛋白质理化性质分析
•     3.3.3 蛋白质疏水性与二级结构
•     3.3.4 蛋白质跨膜区和亚细胞定位预测
•     3.3.5 蛋白质信号肽预测
•     3.3.6 蛋白质糖基化和磷酸化位点预测
•     3.3.7 蛋白质三级结构预测
•     3.3.8 蛋白质氨基酸分子进化树
•   3.4 家兔MHC Ⅱ DQ基因的表达检测分析
•     3.4.1 荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线绘制
•     3.4.2 家兔MHC Ⅱ DQ基因的组织表达谱分析
• 4 讨论
•   4.1 家兔MHC ⅡDQ的生物信息学分析
•   4.2 MHC Ⅱ DQ基因mRNA的组织表达差异
• 5 结论
• 参考文献
• 致谢

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 高高

导师: 樊新忠

关键词: 家兔,基因克隆,不同组织表达差异

来源: 山东农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 山东农业大学

分类号: S829.1;Q78

总页数: 59

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