山羊EDNRA基因编码区克隆与组织表达规律分析

论文摘要

【目的】旨在探究EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中的表达情况。【方法】采用克隆、测序的方法得到山羊EDNRA基因CDS全长的碱基序列,用生物信息学软件进行序列分析、亲水性/疏水性分析、潜在的信号肽位点分析、亚细胞定位分析、蛋白质的二级结构和三级结构预测及系统进化树分析,最后采用实时荧光定量PCR（qPCR）测定EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中mRNA的表达量。【结果】成功克隆了EDNRA的CDS序列,得到山羊EDNRA基因包含一个1 284 bp的最长开放阅读框。该序列编码427个氨基酸,含信号肽序列（第1到第20位氨基酸）以及7型跨膜受体同系物结构域。基因编码产物具有疏水性,属分泌蛋白,有35个磷酸化修饰位点。二级结构主要为α-螺旋。系统进化树分析表明,山羊EDNRA基因和绵羊、牛以及野牛的亲缘关系较近。qPCR结果表明,山羊EDNRA基因在心脏中的表达量最高,在肝、脾、肾、大脑、网膜组织中的表达量较低,而在肺中表达最少。【结论】EDNRA可能在心脏行使功能过程中发挥重要作用。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 总RNA的提取和反转录
•     1.2.2 引物设计与合成
•     1.2.3 EDNRA基因的克隆与测序
•     1.2.4 EDNRA的生物信息学分析
•     1.2.5 EDNRA qPCR检测
•   1.3 统计分析
• 2 结果与分析
•   2.1 EDNRA编码基因扩增及克隆结果
•   2.2 EDNRA序列分析
•   2.3 山羊EDNRA蛋白质分析
•     2.3.1 蛋白质理化性质分析
•     2.3.2 蛋白质亲水性/疏水性分析
•     2.3.3 蛋白质信号肽及跨膜结构域测分析
•     2.3.4 潜在磷酸化位点分析
•     2.3.5 蛋白质二级结构预测
•     2.3.6 蛋白质三级结构预测
•   2.4 EDNRA基因相似性及亲缘关系进化树分析
•   2.5 基因的组织表达分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王梦,周靖宣,占思远,王林杰,李利,张红平,仲涛

关键词: 基因,区序列分析,蛋白结构预测,组织表达规律,山羊

来源: 四川农业大学学报 2019年06期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 畜牧与动物医学

单位: 四川农业大学动物科技学院/畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室

基金: 国家重点研发计划项目（2018YFD0502002）,国家自然科学基金地区科学基金项目（31860623）

分类号: S827

DOI: 10.16036/j.issn.1000-2650.2019.06.015

页码: 852-859

总页数: 8

文件大小: 5267K

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