导读:本文包含了重组率论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:距离,图谱,算法,基因,减数,参数,假说。
重组率论文文献综述
梅步俊[1]（2019）在《统计基因组学中的作图函数和重组率(Ⅱ)》一文中研究指出重组率的估计是遗传图谱中的关键步骤。对于连锁图谱的构建,必须将非加性重组分数转换为加性图谱距离。两种最常用的转换是Kosambi和Haldane的映射函数。通过报告与估算重组率,Kosambi距离和Haldane距离相关的计算细节。可以作为研究者学习统计基因组学中的作图函数和重组率的基础。(本文来源于《河套学院论坛》期刊2019年01期）
梅步俊[2]（2018）在《统计基因组学中的作图函数和重组率(Ⅰ)》一文中研究指出重组率的估计是遗传图谱中的关键步骤。对于连锁图谱的构建,必须将非加性重组分数转换为加性图谱距离。两种最常用的转换是Kosambi和Haldane的映射函数。通过报告与估算重组率,Kosambi距离和Haldane距离相关的计算细节,可以作为研究者学习统计基因组学中的作图函数和重组率的基础。(本文来源于《河套学院论坛》期刊2018年04期）
谢正清[3]（2017）在《桃树“亲—子”代突变率与重组率的研究》一文中研究指出突变和同源重组是生物体基因组遗传多样性的主要来源,也是生物演化过程中不可或缺的重要步骤。目前,科学家们已经对多种生物(酵母,果蝇,小鼠,人,拟南芥、水稻等)的突变或同源重组都进行了相关报道研究,但系统性的研究主要集中在个别模式物种,对于多年生木本植物,则仅局限于基因组的某些特定区段,或者依赖于有限的分子标记位点,很容易受到遗传背景差异等各种因素的影响,缺少系统、精确和可靠的评估。另外,很多研究表明,不同物种或者同一物种内的不同个体,其突变率与重组率与其世代周期、参与DNA修复系统的效率和精度、杂交方式以及基因组的杂合度均存在一定的相关性。而这些研究结果在不同物种当中的普适性还亟需更多的数据来支持和证明。本研究采用二代测序的方法,对多年生木本桃树的亲本-后代群体的一次减数分裂的突变率和重组率进行了全基因组范围内的精确评估,并与一年生模式植物拟南芥进行比较,探究影响植物体突变和重组的主要因素。本研究构建了3组桃树种内和种间组合,并对每一组F1杂交个体及其F2自交后代个体进行二代测序。通过生物信息学分析,从3组共63个F2自交后代中检测到240个点突变和46个短片段的插入缺失突变。结果表明,杂合度最高的种间杂交组合Ⅲ的突变率大约是杂合度较低的种内杂交组合Ⅰ突变率的1.8倍(BM检验,p=2.22×10-5碱基突变和p=0.0064插入缺失突变)。而不同组之间突变的特征,点突变与插入缺失突变的比例却并无明显差异。其次,在一个世代周期内,桃树种内杂交组合一次减数分裂的突变率与一年生植物拟南芥相差无几。这与桃树的世代时长约为拟南芥世代时长的10～20倍形成鲜明对比,表明单位时间内的桃树的突变率比拟南芥慢了约1个数量级,从而直接验证了世代周期对于物种进化速率的贡献。桃的重组率评估中,种内组合Ⅰ的24个F2样品中共检测到286个交叉互换,相当于每次减数分裂每个样本平均11.92次交叉互换或2.64cM/Mbp,与之前研究结果一致。作为比较,我们利用四分孢子分析,精确评估拟南芥中一次减数分裂约发生11.11次交叉互换,重组率约为4.66cM/Mbp。可以看出,桃中每次减数分裂每个样本的交叉互换率低于一年生双子叶植物拟南芥(4.0cM/Mbp),同时也低于一年生单子叶植物水稻(4.53cM/Mbp)。该结果验证了桃树与其他多年生木本植物(如苹果、梨、葡萄、橡木和胡桃木,0.63～2.5cM/Mbp)相对于一年生植物(如拟南芥和水稻)的低重组率。除此之外,桃树的重组率缺乏与突变明显的相关性,可能与栽培桃受到的驯化及强烈的人工选择有关。最后,与一年生植物类似,桃树存在明显的重组冷点和重组热点,且重组热点发生区域的规律与非PRDM9物种一致。本研究的创新之处在于,第一次用全基因组测序的方式直接评估了多年生木本桃树一次减数分裂的突变率与重组率,填补了全基因组范围内多年生木本植物突变率与重组率精确评估的空白。通过与拟南芥的突变率与重组率进行比较,系统性检验了突变、重组与世代周期长短的关系,并进一步验证了杂交方式或者杂合度对突变率的影响,为物种演化研究提供了新的材料,也为突变与重组机制的深入发掘奠定了基础。(本文来源于《南京大学》期刊2017-05-20）
张大海[4]（2016）在《基因重组率的性别差异现象的发现及解释》一文中研究指出摩尔根于1912年在分析果蝇杂交实验结果时发现,连锁于同一常染色体上的两个基因间的重组率在两性间存在明显的差异,即基因重组率的性别差异现象,这一现象至今仍无法完美解释。本文回顾这一现象的发现过程,并介绍部分解释这一现象的假说及其局限性。(本文来源于《生物学教学》期刊2016年09期）
刘超平[5]（2013）在《约束下基于F_2代群体数据重组率的极大似然估计》一文中研究指出基因定位是统计遗传学研究的最重要领域之一.它的最重要的一个方法就是通过检验染色体上标记位点与感兴趣的性状位点之间的连锁程度，估计两者之间的遗传距离，这便是连锁分析.重组率的估计是连锁分析方法最核心的内容.事实上，借助图谱函数，可以实现重组率和遗传距离之间的相互转化.因此，精确估计重组率，对基因定位的研究来说十分必要.然而，目前的研究方法大多忽略了重组率应当满足的一些自然且必要的约束，这对精确地估计重组率带来了一定影响.在本文中，我们将在充分考虑这些约束条件下，针对F2代群体的遗传学数据，首先考虑父母相型已知产生一个后代的情形时重组率的估计方法，然后进一步讨论父母相型未知产生两个后代情形时重组率的估计问题，最后通过模拟数据来验证新方法.(本文来源于《黑龙江大学》期刊2013-03-02）
孙子淇[6]（2012）在《不同遗传群体重组率的估计及QTL作图中检验统计量的分布特征》一文中研究指出作物的许多重要性状，如产量、品质和抗性等都是数量性状，随着分子标记技术的发展和应用，连锁分析在遗传研究中的变得更为广泛。准确估计重组率和选取合适的LOD临界值是连锁分析过程中的两个基本问题，它们是精细定位，标记辅助回交，标记辅助选择及图位克隆等的基础。本文首先利用模拟方法，比较了12种双亲衍生群体在共显性标记下检测连锁的LOD值，估计重组率与真实重组率间的离差及它们对应的标准差；理论推导了12种双亲衍生群体在共显性标记、显性标记、隐性标记存在时的理论标准差，提出至少出现一个重组体和检测两个标记间有显着连锁（LOD≥3）所需的理论群体大小。结果表明，两个标记连锁越紧密（即标记间的重组率越小）、群体越大，检测功效和估计准确度越高；回交导致一个基因位点的等位基因频率偏离0.5，因此多代回交群体不利于重组率的准确估计；共显性标记下，F2和F3群体的基因型种类多，包含的重组信息较多，故有利于重组率的估计，是准确估计重组率的理想群体；当使用显性和隐性标记时，需要更大的样本量才能保证有重组体出现及检测到标记间的连锁，因此，显性和隐性标记不利于重组率的估计。利用模拟方法，研究了QTL作图中单个扫描位点的LRT统计量在零假设下的分布特征、影响最大LOD统计量累积分布的因素、以及不同群体在不同标记密度下有效独立检验次数与染色体长度的关系。结果表明，在定位加显性效应QTL的一维扫描和定位上位性互作QTL的二维扫描中，单个扫描位置上的LRT统计量均服从卡方分布，卡方分布的自由度等于检测QTL遗传参数的个数；染色体个数、群体大小和误差方差对零假设下检验统计量的分布没有影响，即不影响LOD临界值的选取，而群体类型、标记密度和染色体长度有明显的影响，标记越密、染色体越长，对应的LOD临界值越大；QTL一维扫描中的有效独立检验次数与染色体长度成正比，二维扫描中的有效独立检验次数与染色体长度成二次幂的关系。借助Bonferroni矫正，给出了全基因组显着性水平与单个扫描位点的显着性水平间的关系。因此，QTL定位研究中，研究者可根据作图群体的群体类型、标记密度、基因组长度，很方便地确定特定全局显着性概率水平下的LOD临界值。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2012-05-01）
蒋善群,查向东,尹若春[7]（2012）在《遗传重组率在复杂疾病基因定位中的应用及其拓展》一文中研究指出基因定位是遗传学研究的重要内容,也是遗传学教学的重点和难点。本文着重阐述定位人类复杂疾病易感基因的关键方法,包括连锁分析、关联分析、候选基因筛查、全基因组关联分析以及全基因组外显子深度测序等方面,系统地深入地探讨方法的原理及其在复杂疾病的基因定位中的应用。帮助学生深入理解复杂疾病的机理及理论研究方法,为以后从事复杂疾病的遗传学研究奠定理论基础。(本文来源于《高校生物学教学研究(电子版)》期刊2012年01期）
周影,韩国牛,史宁中,冯荣锦,郭建华[8]（2010）在《约束下多子女家系数据重组率的最大似然估计》一文中研究指出本文针对相型信息未知的叁回交家系,讨论了在自然的序约束下重组率的估计问题.考虑了多后代数据的后代表型分类问题,给出了后代表型分类数的一个具体公式.基于表型分类所得数据,采用约束EM算法(REM)估计了两位点重组率.鉴于交换干扰的存在可能会影响到基因定位的精度,基于该估计,进一步考虑了有关生物体基因组中交换干扰的统计推断问题.实例和模拟研究均显示REM算法要优于无约束算法,并证实了多后代家庭会提供更多连锁信息这一观点.(本文来源于《中国科学:数学》期刊2010年10期）
桑飞,江澎,王文凯,陆祖宏[9]（2010）在《ReDB:减数分裂同源重组率数据库》一文中研究指出基因组中减数分裂同源重组经常发生的区域被称为重组热点,它在减数分裂过程中起着重要的作用.尽管现阶段通过对重组热点的研究已经发现了重组发生的机制,但是基因组的重组率差异的原因尚得不到很好的解释.而通过合适的精度对基因组进行重组率的估计,可以帮助我们进一步地了解重组的机制.因此,有必要建立同源重组率的数据库存储并整理减数分裂同源重组的数据信息.减数分裂同源重组热点数据库包括人类、小鼠、大鼠、果蝇、酵母菌和线虫这6个物种同源重组的数据信息.用户可以通过不同的查询方式来从数据库中获得所需要的数据信息.同时,数据库还可以进行数据的更新和完善,并且能够提供数据的来源和其他同类型数据库的链接.(本文来源于《科学通报》期刊2010年18期）
余渝[10]（2010）在《棉花种间群体配子重组率差异、偏分离研究与高密度分子标记遗传连锁图谱构建》一文中研究指出棉花是重要的经济作物,它不仅可以提供天然纤维,而且棉籽也是食用油的重要来源；棉花产业的兴衰对我国农民增收和纺织工业的发展都具有非常重要的意义。新品种在棉花生产中的贡献率达30%以上,长期以来棉花遗传育种研究者主要依靠常规育种技术改良棉花品种性状。由于棉花基因组大且遗传复杂,所以改良的局限性较大；而现代分子生物学的诞生给棉花遗传改良带来了新的空间,分子标记技术与常规育种技术相结合可加快育种进程,缩短育种年限,减少工作量,同时改良较多的不良性状,提高选择效果。本论文运用SSR标记技术,主要开展以下研究工作：(1)来源于草棉EST-SSR标记引物的开发、鉴定和评价；(2)棉花种间群体雌、雄配子重组率差异研究以及对棉花种间群体SSR标记遗传图谱的影响；(3)棉花种间BC1群体偏分离的遗传剖析；(4)棉花种间BC1群体高密度SSR标记遗传连锁图谱构建与SSR-EST功能的初步分析。1.草棉(G herbaceum) EST-SSR的遗传评价根据GenBank中公布的247条草棉EST序列,搜索SSR并进行引物设计其中25条序列含有27个SSR,1-6bp重复类型都存在,2bp和3bp重复的频率较高。为了明确其在A、D和AD基因组中的可转移性,依据25条序列共设计25对EST-SSR引物,其中22对引物对棉属的24份种质资源可扩增出清晰可辨的DNA条带,产生92个多态性片段,平均每对引物产生3.64个多态性片段。引物的多态性信息含量(PIC)在0.49-0.91之间,平均为0.81。6对引物在BC1种间作图群体[(鄂棉22×3-79)×鄂棉22](鄂棉22以下简称Emian22)中表现多态性,产生7个多态性位点,其中5个为共显性,2个为显性。除HAU230b标记在BC1分离群体中表现偏分离外,其余引物符合孟德尔式分离。6个位点被整合到陆地棉和海岛棉种间BC1遗传连锁图谱的6条染色体上；有4个位于A亚基因组的4条染色体上(Chr06、10、11和12),2个位于D亚基因组的2条染色体上(Chr19和20)。来源于草棉EST-SSR标记的开发将有助于四倍体棉花起源、进化、基因组结构和功能的研究。2.雌、雄配子重组对棉花种间(G hirsutum and G barbadense)遗传连锁图谱的遗传距离影响以本实验室构建的SSR标记BC1遗传连锁图谱为基础,通过不同交配方式构建的回交群体B ([Emian22×(Emian22×3-79)和C ([(Emian22×3-79)×3-79])来研究雌、雄配子的重组率差异。用Mapmaker/exp3.0和MAPInspector作图软件,分别以群体B和C构建了反映雌、雄配子重组率的遗传连锁图2张,图谱含有313个标记、30个连锁群,长度分别为4532.9 cM和4464.4 cM,标记间平均距离分别为14.48 cM和14.26 cM。经检验表明,雌、雄配子的重组率对图谱总距离的影响不显着。通过分析雌、雄配子重组率对单条染色体重组率的影响发现,群体B中染色体(连锁群)的图距长于群体C的有21条,其余9条连锁群短于群体C。t测验表明有6个对应连锁群的图距差异达到显着水平,表明雌、雄配子重组对部分染色体的遗传图距有影响。尽管很多标记间的遗传距离存在差异明显,但通过2x2卡方测验表明只有17个标记区间的差异是由雌、雄配子重组导致的,由雄配子引起有4个,由雌配子引起有13个。进一步：分析发现雄配子重组主要引起标记间遗传距离变长,即重组率增加；雌配子重组主要引起标记间遗传距离变短,即重组率减少。本研究还讨论了雌、雄配子重组差异在作物遗传育种中的应用。3.棉花种间回交群体偏分离的遗传剖析偏分离现象在作物种间杂交群体中普遍存在。为了研究棉花种间群体分子标记偏分离的原因,我们采用正反交回交群体来研究雌、雄配子选择所引起的偏分离。在BC1群体[(Emian22x3-79)×Emian22](群体A)中产生的1026个SSR多态性标记位点中有114个SSR标记表现偏分离,其中107个偏分离标记被定位到染色体上。将这114个偏分离的SSR标记分别在群体B和C中进行验证,结果表明,群体A中有61个标记在群体B和C中都表现正常分离,即偏分离是由于杂交群体导致的；36个标记在群体B或C中表现偏分离,即偏分离是由于雌、雄配子的竞争能力不同造成的。由配子竞争能力导致的偏分离标记分布于14条染色体上,D亚基因组上分布多于A亚基因组。偏分离标记在第2、16和18染色体上分布最多。由雌配子竞争能力导致的偏分离标记多数分布于A亚基因组的染色体上,但由雌配子竞争劣势导致偏分离的标记在第18染色体分布最多。由雄配子竞争能力导致的偏分离标记多数分布于D亚基因组的染色体上；但由雄配子竞争优势导致的偏分离标记在第16染色体上分布最多。由配子竞争劣势导致的偏分离标记在第2和7染色体上有标记聚集现象。棉花分子标记偏分离的研究对于标记辅助选择中亲本的选配、杂交方式的确定都具有一定指导意义。4.棉花种间BC1群体高密度SSR标记遗传连锁图谱的构建与SSR-EST功能初步分析本研究以Zhang等(2008)建立的BC1群体和获取的1026个SSR多态性位点数据为基础,利用有关文献公布的SSR和EST-SSR标记引物与本实验室自主设计的3536对EST-SSR引物共12722对SSR引物进行亲本多态性筛选,共有2187对引物可用于本实验设计的BC1群体的多态性研究,在BC1群体中共产生2528个多态性位点。4419对gSSR引物产生1023个多态性位点,8303对EST-SSR引物产生1505个多态性位点,引物的多态性率分别为21.2%和15.6%。用作图软件Joinmap3.0进行连锁遗传分析和图谱构建,2318个标记位点进入棉花基因组26条染色体,图谱全长4418.9 cM；另有56个标记建立了13条短连锁群,但目前还不能确定其位于棉花基因组的哪一条染色体上；此外,还有154个标记没有进入任何连锁群。在定位到棉花基因组26条染色体中多态性位点数最多的Chr19为135个标记,标记数最少的Chr02、Chr04均为53个,平均每条染色体为89个标记,其中定位于棉花A亚基因组的标记为1044个,定位于棉花D亚基因组的标记为1274个。26条染色体中,标记间平均距离最大的Chr02为2.78 cM,标记间平均距离最小的Chr14为1.12 cM,整个图谱标记间平均距离为1.91 cM。所有标记中有425个(占总标记数的16.8%)标记表现偏分离(χ2=3.84,P<0.05)；其中358个(占总标记数的14.2%)偏分离标记被定位到本研究建立的连锁群上,定位到棉花已知染色体上的偏分离标记为323个,定位到未知染色体上的偏分离标记的35个,另有67个(占总标记数的2.6%)偏分离标记未定位到连锁群上。对定位到棉花26条染色体上的2318个SSR标记通过生物分析软件找到相应EST序列,通过Gene Oniology(GO)注释。这些EST序列在分子功能、生物过程、细胞组分叁大类功能中共注释上1812个功能；部分EST可以注释上多个功能,另一部分EST在目前棉花EST数据库中还不能注释上任何功能,相信随着棉花功能基因组研究的不断深入,这些EST终究会被注释上相应的功能。在level3水平上,注释到分子功能的SSR-EST共1236条(最大的一类为nucleic acid binding,占13.37%)；注释到生物过程的SSR-EST共2110条(最大的一类为cellular metabolic process,占16.54%)；注释到细胞组分的SSR-EST共2273条(最大的一类为intracellular,占20.50%)。本研究建立的以EST-SSR为主的SSR标记高密度遗传连锁图谱,对于研究棉属的起源与进化、棉花基因组结构与功能、棉花产量与纤维品质相关性状的精细定位、重要农艺性状基因的图位克隆、分子设计育种以及分子标记辅助选择育种都具有十分重要的意义。(本文来源于《华中农业大学》期刊2010-06-01）
重组率论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
重组率的估计是遗传图谱中的关键步骤。对于连锁图谱的构建,必须将非加性重组分数转换为加性图谱距离。两种最常用的转换是Kosambi和Haldane的映射函数。通过报告与估算重组率,Kosambi距离和Haldane距离相关的计算细节,可以作为研究者学习统计基因组学中的作图函数和重组率的基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
重组率论文参考文献
[1].梅步俊.统计基因组学中的作图函数和重组率(Ⅱ)[J].河套学院论坛.2019
[2].梅步俊.统计基因组学中的作图函数和重组率(Ⅰ)[J].河套学院论坛.2018
[3].谢正清.桃树“亲—子”代突变率与重组率的研究[D].南京大学.2017
[4].张大海.基因重组率的性别差异现象的发现及解释[J].生物学教学.2016
[5].刘超平.约束下基于F_2代群体数据重组率的极大似然估计[D].黑龙江大学.2013
[6].孙子淇.不同遗传群体重组率的估计及QTL作图中检验统计量的分布特征[D].中国农业科学院.2012
[7].蒋善群,查向东,尹若春.遗传重组率在复杂疾病基因定位中的应用及其拓展[J].高校生物学教学研究(电子版).2012
[8].周影,韩国牛,史宁中,冯荣锦,郭建华.约束下多子女家系数据重组率的最大似然估计[J].中国科学:数学.2010
[9].桑飞,江澎,王文凯,陆祖宏.ReDB:减数分裂同源重组率数据库[J].科学通报.2010
[10].余渝.棉花种间群体配子重组率差异、偏分离研究与高密度分子标记遗传连锁图谱构建[D].华中农业大学.2010
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