基于RNA-Seq技术的云南榧树转录组分析

论文摘要

本研究基于RNA-Seq技术对云南榧树扦插苗叶片的转录组进行测序并对生物信息学进行相关分析。研究结果表明,经组装分析获得164 808个长度大于200 bp的transcript,进一步处理得到123 085个Unigene,进一步将获得的Unigene与SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR和KOG数据库进行同源比对,共有11 911个Unigene被注释上25种KOG分类。对Unigene进行了KEGG注释,其中有278基因共注释上157个KO,261个基因共注释上111个通路。进一步对GO功能分类进行预测,被注释上GO分类的有21 786个Unigene。从164 808个transcript中查找到1 260个SSR位点,并合成100对引物进行PCR和毛细管电泳验证,最终筛选出10对多态性较好的引物。研究结果可为榧树属植物基因的挖掘和后期SSR分子生物学研究提供科学依据。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 高通量测序和序列组装分析
•   1.2 Unigene的功能注释
•   1.3 Unigene功能分类
•     1.3.1 GO分类
•     1.3.2 KOG分类
•     1.3.3 KEGG注释
•   1.4 SSR信息分析及引物筛选
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 研究材料
•   3.2 RNA的提取和检测
•   3.3 转录组测序
•   3.4 SSR信息分析及引物筛选
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张金丽,李靖,周炳江,赵友杰,胥辉,马长乐

关键词: 云南榧树,转录组测序

来源: 分子植物育种 2019年04期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,林业

单位: 西南林业大学园林学院

基金: 国家自然科学基金(31360037)资助

分类号: S791.53;Q943.2

DOI: 10.13271/j.mpb.017.001147

页码: 1147-1153

总页数: 7

文件大小: 213K

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