Cel48F产物排出过程中酶-底物相互作用及关键残基的分子动力学模拟

论文摘要

使用分子动力学模拟方法,通过对比产物在不同结合位置时的构象和对其相互作用的统计学分析,研究了Cel48F水解前后及产物排出过程中酶与产物间相互作用的变化,揭示了一些关键残基及其作用.结果表明,在底物刚发生水解后,产物主要在Glu 44和Trp 611辅助下向出口移动一个小的距离,使其远离剩余底物和关键催化残基,防止逆反应发生,在继续向出口移动过程中,在产物结合裂缝上方的残基Trp 411的疏水相互作用下,内侧糖单元向上方移动并与Trp 411相邻的Thr 410形成氢键,而外侧糖单元在Asp 494作用下移动很小,使产物在裂缝中转动,有利于外界水分子进入并包裹产物,最终实现产物排出.

论文目录

• 1 实验部分
•   1.1 初始构象获得
•   1.2 计算方法
• 2 结果与讨论
•   2.1 总体构象对比
•   2.2 关键残基的构象及相互作用变化显示其在产物排出中的作用
•     2.2.1 底物非还原末端周围残基及相互作用
•     2.2.2 底物还原末端周围残基及相互作用
• 3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘天志,董莹,鄂镜雯,韩菲,李卓,张浩

关键词: 产物排出,分子动力学模拟,酶底物间相互作用

来源: 沈阳大学学报(自然科学版) 2019年01期

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

专业: 化学

单位: 盛实百草药业有限公司,吉林大学理论化学研究所,吉林大学白求恩制药厂

基金: 国家自然科学基金资助项目(21443008),吉林省教育厅十三五规划项目(2016408)

分类号: O621.13

DOI: 10.16103/j.cnki.21-1583/n.2019.01.003

页码: 11-17

总页数: 7

文件大小: 828K

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