全基因组克隆论文_赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达

导读:本文包含了全基因组克隆论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,序列,病毒,蛋白,玉米,引物,寄主。

全基因组克隆论文文献综述

赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达^[1]（2019）在《猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析》一文中研究指出对猪细小病毒6型(PPV6)安徽分离株PPV6 AH进行全基因组序列克隆,并进行遗传进化树构建及同源性分析。将病毒基因分10段进行PCR扩增并测序,用SeqMan进行拼接,获得全基因组序列。将PPV6 AH株与GenBank中PPV6其他毒株进行遗传进化分析。结果显示,PPV6 AH基因组全长6 180 bp,与其他国内外15株PPV6全基因的核苷酸序列同源性达到97.1%～99.5%。基于PPV6全基因、NS1及Cap基因构建的遗传进化树显示PPV6 AH株与PPV6 BJ、BJ2、SC及JS株有着共同的进化起源。NS1基因第708、996、1 932核苷酸位点发生突变;Cap基因在第1 205、1 211、1 582、1 614核苷酸位点发生突变;Cap蛋白氨基酸在第402和404位点发生突变。本研究首次报道PPV6在安徽省猪群中存在,该研究结果为安徽地区PPV6的分子遗传进化特征提供了一定的参考。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年05期）

李宁,储昭辉^[2]（2019）在《全基因组关联分析克隆玉米纹枯病数量抗病基因》一文中研究指出【研究背景】土传性立枯丝核菌属真菌引起的水稻、玉米纹枯病发病面积和危害程度逐年加重,生产上缺乏高抗的作物种质资源,急需鉴定更多的数量性状基因进行聚合育种;【材料与方法】利用380份重测序的玉米自交系为材料,以接种5天的单叶鞘病斑扩展长度为表型,在总数约55万SNP的分析平台进行关联分析并对相关基因开展功能解析;【结果与分析】获得318份自交系的有效表型数据,通过GWAS定位到5个控制病斑扩展长度的QTLs位点,对其中的两个基因开展了功能分析研究。其中,ZmFBL41编码一个F-box类型蛋白,其编码区的突变与抗病功能相关。水稻中超量表达感病等位基因会增强纹枯病的感病性,而玉米该基因的Mu突变体增强抗病。功能研究表明,感病基因编码蛋白的F-box结构域可以与E3泛素连接酶成员ZmSKP1-1蛋白相互作用,其LRR结构域与木质素合成酶ZmCAD互作并介导靶标的降解;抗病基因编码蛋白LRR区两个氨基酸的替换突变丧失与Zm CAD互作的能力。与靶标蛋白功能相呼应,ZmCAD的Mu突变体和水稻同源基因的基因编辑敲除突变体均比野生型更感纹枯病;在接种纹枯病菌24-48小时,玉米抗病自交系的木质素的含量显着高于感病自交系。从而提出了ZmFBL41通过LRR结构域的突变逃逸降解CAD,促进木质素合成的抗病机制。另一个基因编码b ZIP类转录因子,其编码区突变介导的抗性可能与介导下游基因的转录调控相关,具体机制仍需进一步研究。【结论】利用GWAS策略,首次从玉米中克隆到纹枯病数量性状抗病基因,并揭示木质素合成权的竞争是纹枯病菌与植物相互作用的关键因素之一。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）

孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫^[3]（2019）在《广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年10期）

张虎,景晓雅,孙柳清,崔爱民,张鹏华^[4]（2019）在《玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析》一文中研究指出玉米是重要的粮食和经济作物,在国民经济中占有重要地位。玉米矮花叶病毒(Sugercan mosaic virus,SCMV)广泛分布在世界各玉米主产区,严重威胁玉米的安全生产。系统研究SCMV的发生危害、遗传结构与进化机制,对病毒病的防治具有重要意义。从山西省4个玉米主产区采集122个玉米叶片样品(2015年62份,2016年60份)。经RT-PCR检测证实36个样品(2015年20个样品,2016年16个样品)为SCMV阳性,且广泛分布于山西省玉米各个产区。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的SCMV分离物,该分离物(包括5'-UTR和3'-UTR端)基因组全长9 539 bp,编码3 063个氨基酸。该分离物与26个SCMV分离物(NCBI)进行一致率、系统发育分析表明SCMV存在较大遗传变异,27个分离物被划分为3个与地理位置无明显相关性的不同进化群体。选择压力分析表明,负向选择可能是SCMV遗传变异的原因之一。对变异位点统计分析发现,该结果将为评估SCMV在中国的流行病学特征奠定基础,有助于SCMV的长期可持续防控策略的制定。(本文来源于《中国农业科技导报》期刊2019年09期）

王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩^[5]（2019）在《3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从叁地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显着(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3 024、3 027、3 024 bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%～97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%～96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。(本文来源于《动物医学进展》期刊2019年08期）

张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香^[6]（2019）在《苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析》一文中研究指出【目的】检测从山东青岛采集的有"花脸"症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有"花脸"症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现"花脸"症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的"花脸"症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333～334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有"花脸"症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的"花脸"症状形成可能与ASSVd侵染有关。(本文来源于《果树学报》期刊2019年08期）

董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,于敏^[7]（2019）在《6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析》一文中研究指出为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1～TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用DNAStar软件进行同源性分析及系统进化树的构建。结果表明:测序结果经与GenBank中已知PCV-2序列比较鉴定,确认PCR扩增的6个序列均为PCV-2序列,其长度均为1 767 bp。所得序列与国内毒株JX982227、 KX814348序列的同源性相对较高,为97.7%～99.0%;与国外毒株DQ915584、HQ231328、EF394779、AY424405序列的同源性相对要低一些,为95.8%～96.5%。6株毒株间的同源性较高,为99.1%～100%;TZ3和TZ5与JX982227亲缘关系最密切,6株毒株序列与KX814348的亲缘关系也较近,而与AY424405、HQ231328、EF394779、DQ915584的亲缘关系相对较远。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年13期）

曾智勇,张爱琼,梁海英,何小莉,咸文^[8]（2019）在《PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出为了获得猪圆环病毒3型(PCV-3)全基因组克隆及序列,试验采用PCR技术,应用PCV-3全基因组特异性引物,对PCV-3阳性的腹泻仔猪肠内容物进行了PCV-3基因组的扩增和克隆测序,并运用DNAStar、MEGA5等软件对该PCV-3基因组序列进行了比对分析。结果表明:扩增克隆得到1株PCV-3分离株,命名为PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株,全基因组大小为2 000 bp,其ORF2大小为645 bp,且存在多处碱基突变。与国外PCV-3毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为98. 7%～99. 0%;与国内毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为97. 3%～99. 7%;与PCV-2毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性仅为47. 3%～48. 3%,差异性较大。基于PCV-3基因组核苷酸序列的遗传进化分析结果表明,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株与国内PCV-3 Chongqing-147/2016株(KY075990)、Jiangxi-62/2016 (KY075989)株、Jiangxi-3/2016 (MF589106)株,与国外US/SD/2016(KX966193)株处于同一独立的进化分支,亲缘关系较近;与其他国内外PCV-3毒株则处于不同的进化分支,亲缘关系较远。根据PCV-3 Cap蛋白第24位和第27位氨基酸序列特征可知,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。说明贵州省猪群中存在PCV-3,且分离得到的PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年12期）

张灿灿^[9]（2019）在《野生二粒小麦面粉加工品质相关性状的全基因组关联分析及高分子量谷蛋白亚基基因1Ax1的克隆》一文中研究指出野生二粒小麦(Triticum dicoccoides L.,2n=4x=28,AABB)被认为是普通小麦(Triticum aestivum L.,2n=6x=42,AABBDD)染色体组AABB的供体种,含有很多有益性状,包括抗病性强、蛋白质和微量元素含量高等,是改良普通小麦的重要基因资源。面粉加工品质性状是由多基因控制的数量性状,受环境影响较大,表现为连续变异,遗传基础较为复杂。利用高密度的SNP标记对野生二粒小麦的面粉加工品质相关性状进行关联分析,挖掘其蕴含的有益的基因位点,可以丰富小麦的遗传基础,为小麦的面粉加工品质改良提供新的基因资源。本研究以来自中东地区的121份野生二粒小麦为材料,在辉县、商丘和开封3个地点进行田间试验,结合小麦55K SNP芯片上来自A、B染色体组上的多态性位点,对野生二粒小麦的面粉加工品质相关性状进行全基因组关联分析,为小麦品质育种提供优异位点;同时以面粉加工品质较好的野生二粒小麦J129为材料,利用定向缺失亚克隆技术,克隆出了一个新的高分子量谷蛋白亚基1Ax1基因,取得如下结果:(1)对121份野生二粒小麦的面粉加工品质性状:淀粉含量、蛋白含量、湿面筋含量、沉降值、吸水率、面筋指数和粉质延伸度性状考察分析,结果表明:在3个地点的材料7个品质性状均存在广泛的变异,变异系数最大的是粉质延伸度(FE),为33.42%,最小的是淀粉含量(GSC),为5.84%。方差分析结果显示,7个品质性状基因型间差异、环境间差异以及基因型与环境互作差异均达显着水平,表明基因型和环境对性状变异均有显着影响。广义遗传率分析表明蛋白含量(GPC)遗传率最大,为32%;吸水率(WA)的遗传率最小,为11%。相关性分析结果显示:蛋白含量与湿面筋含量、沉降值呈极显着正相关,湿面筋含量与吸水率呈极显着正相关,粉质延伸度与蛋白含量呈极显着正相关,面筋指数与蛋白质含量、湿面筋含量呈极显着负相关。(2)基于小麦55K SNP芯片中来自A、B染色体组上的10907个高质量的多态性SNP标记,对121份野生二粒小麦进行全基因组关联分析结果表明:共鉴定出1840个位点与面粉加工品质性状显着相关的位点,其中有714个区段,这些SNP位点在野生二粒小麦的1-7A和1-7B染色体上均有分布,其中,在1A染色体上分布的标记最多达到332个,在6B染色体上分布的标记最少仅有72个,所有关联位点表型变异解释率(R~2)总幅度为8.3%-26.4%。淀粉含量和蛋白含量的稳定关联位点最多。检测到与淀粉含量相关的稳定的关联区段/位点有16个(区段3个),分布在1A、4A、1B、3B、4B、5B染色体上,且1B(372.30-374.91 Mb)、4A(121.05-121.21 Mb)、5B(142.67-144.87 Mb)染色体上定位到的稳点关联位点最多;检测到与蛋白含量相关的稳定的关联区段/位点有14个(区段1个),分布在2A、3A、4A、5A、6A、3B、6B、7B染色体上,且7B(50.30-50.78Mb)染色体上定位到的稳点关联位点最多;检测到与湿面筋含量相关的稳定的关联区段有1个,分布在7A(510.65-510.83 Mb)染色体上;检测到与沉降值相关的稳定的关联位点有1个,分布在1B染色体上,物理位置为289.53 Mb;检测到与粉质延伸度相关的稳定的关联位点有5个,分布在1A、2A、6A、3B、6B染色体上,其物理位置分别为518.77 Mb、95.16Mb、74.45Mb、23.38 Mb和16.40 Mb。另外,对121份野生二粒小麦的相关性状关联的SNP位点进行候选基因预测和功能注释,结果表明这些位点在小麦及其近缘种中主要与抗病蛋白、细胞色素、转运蛋白、结构蛋白以及蛋白激酶等相关。(3)以野生二粒小麦J129为材料,通过定向缺失亚克隆的方法获得了高分子量谷蛋白亚基Ax基因序列,通过序列分析比对,显示J129-1Ax1基因序列与已发布的HMW-GS的x型亚基基因结构一致,其具有的氨基酸序列与其它Ax亚基基因序列相比多了一个九肽PTQGQQGQQ序列,该结构可能影响蛋白质结构域的形成与稳定。此外,J129-1Ax1亚基中的谷氨酰胺(Q)、α-螺旋和β-折迭的含量较高,因此推测,该亚基基为能增加面团弹性的优质基因。(本文来源于《河南大学》期刊2019-06-01）

吴根土,徐霞,陈思敏,孙淼,楚成茹^[10]（2019）在《重庆辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的分子检测及全基因组克隆分析》一文中研究指出辣椒是重庆重要的经济作物,烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus, TMGMV)引起的病毒病对辣椒生产造成了严重影响.为明确TMGMV在重庆辣椒上的发生、分布情况及其基因组特征,从重庆北碚、石柱、潼南和九龙坡4个区县采集29份疑似病毒病样品进行了RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得病毒基因组全序列并进行了系统进化分析.检测结果表明:29份样品中有9份检测到TMGMV,检出率为31.03%,其中石柱县的检出率最高,为60.00%.序列分析发现,重庆辣椒分离物TMGMV-TN29基因组全序列具有烟草花叶病毒属(Tobamovirus)病毒典型基因组结构特征,由6 356 nt构成.系统进化分析得出,该分离物与TMGMV厦门分离物Xiamen (JX534224)具有较近的亲缘关系,核苷酸序列相似性达到99.75%.(本文来源于《西南大学学报(自然科学版)》期刊2019年05期）

全基因组克隆论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

【研究背景】土传性立枯丝核菌属真菌引起的水稻、玉米纹枯病发病面积和危害程度逐年加重,生产上缺乏高抗的作物种质资源,急需鉴定更多的数量性状基因进行聚合育种;【材料与方法】利用380份重测序的玉米自交系为材料,以接种5天的单叶鞘病斑扩展长度为表型,在总数约55万SNP的分析平台进行关联分析并对相关基因开展功能解析;【结果与分析】获得318份自交系的有效表型数据,通过GWAS定位到5个控制病斑扩展长度的QTLs位点,对其中的两个基因开展了功能分析研究。其中,ZmFBL41编码一个F-box类型蛋白,其编码区的突变与抗病功能相关。水稻中超量表达感病等位基因会增强纹枯病的感病性,而玉米该基因的Mu突变体增强抗病。功能研究表明,感病基因编码蛋白的F-box结构域可以与E3泛素连接酶成员ZmSKP1-1蛋白相互作用,其LRR结构域与木质素合成酶ZmCAD互作并介导靶标的降解;抗病基因编码蛋白LRR区两个氨基酸的替换突变丧失与Zm CAD互作的能力。与靶标蛋白功能相呼应,ZmCAD的Mu突变体和水稻同源基因的基因编辑敲除突变体均比野生型更感纹枯病;在接种纹枯病菌24-48小时,玉米抗病自交系的木质素的含量显着高于感病自交系。从而提出了ZmFBL41通过LRR结构域的突变逃逸降解CAD,促进木质素合成的抗病机制。另一个基因编码b ZIP类转录因子,其编码区突变介导的抗性可能与介导下游基因的转录调控相关,具体机制仍需进一步研究。【结论】利用GWAS策略,首次从玉米中克隆到纹枯病数量性状抗病基因,并揭示木质素合成权的竞争是纹枯病菌与植物相互作用的关键因素之一。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

全基因组克隆论文参考文献

[1].赵靓,白彩霞,王小朋,杨侃侃,张达.猪细小病毒6型全基因组克隆及遗传进化分析[J].江苏农业学报.2019

[2].李宁,储昭辉.全基因组关联分析克隆玉米纹枯病数量抗病基因[C].2019年中国作物学会学术年会论文摘要集.2019

[3].孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫.广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析[J].中国兽医学报.2019

[4].张虎,景晓雅,孙柳清,崔爱民,张鹏华.玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析[J].中国农业科技导报.2019

[5].王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩.3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析[J].动物医学进展.2019

[6].张富军,张振鲁,张蕊芬,王寻,由春香.苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析[J].果树学报.2019

[7].董亚青,朱爱萍,郭广富,朱文斗,于敏.6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019

[8].曾智勇,张爱琼,梁海英,何小莉,咸文.PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019

[9].张灿灿.野生二粒小麦面粉加工品质相关性状的全基因组关联分析及高分子量谷蛋白亚基基因1Ax1的克隆[D].河南大学.2019

[10].吴根土,徐霞,陈思敏,孙淼,楚成茹.重庆辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的分子检测及全基因组克隆分析[J].西南大学学报(自然科学版).2019

论文知识图

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