论文摘要
随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点。本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92%和91.68%的保守基因。对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931542个单核苷酸多态性位点,231654个插入/缺失和9221个结构变异。对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异。CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复（DSB）信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 王丽宁,赵梦然,邬向丽,黄晨阳,曲积彬
关键词: 比较分析,遗传变异,富集分析,生物信息学
来源: 菌物学报 2019年12期
年度: 2019
分类: 基础科学,农业科技
专业: 园艺
单位: 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所/农业农村部农业微生物资源收集与保藏重点实验室
基金: 现代农业产业技术体系(CARS20),中央级科研院所基本科研业务费专项(1610132016040),农业资源与农业区划研究所应急性项目(1610132018111)~~
分类号: S646.141
DOI: 10.13346/j.mycosystema.190237
页码: 2133-2143
总页数: 11
文件大小: 1524K
下载量: 182
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