导读:本文包含了基因编码区论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:合作猪,IFN-β基因编码区,克隆,生物信息学分析
基因编码区论文文献综述
谢开会,王伟,杨姣姣,闫尊强,杨巧丽[1]（2019）在《合作猪IFN-β基因编码区克隆及生物信息学分析》一文中研究指出克隆合作猪干扰素β(Interferon-beta, IFN-β)基因的编码区序列(Coding region sequence, CDS),预测分析其结构与功能。以NCBI/GenBank中猪IFN-β(登录号:NM_001003923.1)的序列设计特异性引物,通过TA克隆技术得到合作猪 IFN-β基因完整CDS区,用生物信息学方法对其进行分析。结果表明,合作猪 IFN-β基因CDS区全长561 bp,编码186个氨基酸,与参考序列相比,其编码区的第177位点处的C突变为T,为同义突变。分子质量约为21.95 ku,理论等电点(PI)为4.93,不稳定系数为62.91,平均疏水性为-0.172;二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,叁级结构与二级结构预测基本一致。合作猪与巴马猪、梅山猪和疣猪 IFN-β核酸序列的相似性为99.47%、99.82%和98.75%。进化树结果表明,合作猪与梅山猪亲缘关系最近。合作猪IFN-β属于干扰素ab超家族,是不稳定的酸性亲水性蛋白,含有信号肽和跨膜区。(本文来源于《西北农业学报》期刊2019年10期）
曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐[2]（2019）在《黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析》一文中研究指出本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以叁碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在叁、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在叁碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第叁位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2019年05期）
董莹,刘淑萍,徐艳春,刘言,邓艳[3]（2019）在《云南省1例伯氨喹诱发溶血患者的G6PD基因编码区突变分析及酶蛋白空间结构预测》一文中研究指出目的分析伯氨喹诱发溶血患者的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)基因突变对空间结构形成的影响。方法于2018年5月18日采集1例因服用伯氨喹出现溶血反应、 G6PD酶活性下降75%的间日疟病例血样。提取血样的人基因组DNA,通过PCR分别扩增含G6PD基因exon2、 exon3～7、 exon8～9和exon10～13等12个外显子的片段并测序。整理获得的DNA序列与G6PD基因野生型、突变型序列比对,以确认12个外显子分别的起止点并拼接成exon2～13外显子的cDNA序列。用MEGA5.04软件分析cDNA序列的错义突变、同义突变和进行氨基酸链转换。采用SWISS-MODEL预测氨基酸链空间结构(www.swissmodel.expasy.org/interactive), PyMOL2.2.0软件修饰空间结构预测图。结果间日疟患者血样基因组经4个PCR反应体系扩增,分别获得含G6PD基因exon2、 exon3～7、 exon8～9、 exon10～13外显子的336、 2 277、 976和1 421 bp等4种目标产物。由测序结果整理获得12个外显子的cDNA链为1 545 bp,与野生型序列比对的同义突变、错义突变位点分别为c.1311T> C和c.1376G> T,导致437、 459氨基酸呈Y/Y不变和R/L变异,空间位置均未在G6PD与NADP+、乙醇酸配体的结合区。515 aa氨基酸链的二聚体空间结构模型GMQE、 QMEAN分别为0.97和0.66,建模质量高,与野生型模型(6e07.1.A)比对,459氨基酸均处于模型表面,与NADP+配体的结合区均包括238、 357等16个残基;四聚体的建模质量略差,乙醇酸的配体结合区仅为47等6个残基,少于野生型的11个。结论G6PD基因编码区c. 1311T> C同义突变与c.1376G> T错义突变同时存在,可能不影响该患者G6PD二个亚基的聚合及其与NADP+配体的结合,但四聚体的形成受到干扰。(本文来源于《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》期刊2019年04期）
邓小亮,马文康,洪玮,付欣,谭茵[4]（2019）在《新西兰白兔SOD1基因编码区克隆及生物信息学分析》一文中研究指出试验旨在克隆新西兰白兔SOD1基因CDS区并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中穴兔SOD1基因序列(登录号:NM_001082627.2)设计特异性引物,利用RT-PCR技术扩增并克隆新西兰白兔SOD1基因完整的CDS区序列,测序鉴定后与其他物种进行同源性比对并构建系统进化树,使用SOPMA、SWISS-MODEL、ExPASy、ProtParam等软件和在线工具对蛋白序列进行分析,并预测蛋白分子的亚细胞定位及互作网络。结果显示,新西兰白兔SOD1基因CDS区长度为459 bp,A、T、C、G碱基含量分别为24.84%、18.95%、23.09%和33.12%,GC含量大于AT含量,编码153个氨基酸。同源性比对结果发现,新西兰白兔与穴兔、卷尾猴、人、黑猩猩、普通狨、骆驼、家犬、猕猴、野猪、小鼠的同源性分别为99.8%、85.2%、85.0%、84.7%、84.1%、83.9%、83.9%、83.7%、83.2%和81.3%。系统进化树结果显示,新西兰白兔和穴兔进化关系最近,并单独聚成一个分支。新西兰白兔SOD1蛋白分子质量为15.7 ku,理论等电点(pI)为5.86,分子式为C_(672)H_(1084)N_(200)O_(221)S_5,不稳定指数为23.79,脂肪系数为78.89,平均亲水指数(GRAVY)为-0.276;属水溶性蛋白,无信号肽及跨膜区。SOD1蛋白包含5个潜在的磷酸化修饰位点和3个潜在的糖基化位点;在45-120位氨基酸处存在1个保守的活性中心;二级结构以无规则卷曲为主,占53.59%;叁级结构建模显示蛋白易形成同源二聚体。亚细胞定位结果显示,细胞质、细胞核和线粒体分别占65.2%、26.1%和8.7%;SOD1蛋白在体内能与SOD2、PRDX1、PRDX3、PRDX4、DERL1等分子形成互作网络。本试验结果为进一步深入研究SOD1基因的功能及探索其与相关疾病的关系提供了参考依据。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年08期）
胡露露,赵子雅,王瑞宁,王亚琪,刘铮铸[5]（2019）在《赤狐EDNRB基因编码区序列分析及启动子预测》一文中研究指出为了研究赤狐内皮素受体B基因(EDNRB)编码蛋白的结构、功能及预测其5′端上游2 000 bp的候选启动子区的核心启动子区与转录因子的结合位点,从NCBI数据库中获得赤狐EDNRB基因的数据,利用生物信息学方法分析其编码区及候选启动子区。结果表明:赤狐EDNRB基因编码氨基酸的总数为443个,编码产物为不稳定的疏水蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,存在信号肽和二硫键。该编码蛋白存在于内质网、细胞质膜和线粒体中。该编码蛋白含有7次跨膜G蛋白偶联受体超家族结构域。赤狐与乌苏里貉的亲缘关系最近,与犬关系较近。该基因的5′端上游存在潜在的启动子区域,同时发现存在转录调控元件和转录因子结合位点,不存在CpG岛。通过对赤狐EDNRB基因进行生物信息学分析,能够初步预测其编码区的结构、功能以及该基因的核心启动子区与转录因子结合位点,为其遗传特性及调控机制的研究提供基本信息。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年08期）
徐蒙蒙,徐月娟,陈笋,李奋,孙锟[6]（2019）在《内脏异位综合征患儿中DNAI1和DNAH5基因编码区突变分析》一文中研究指出目的筛查中国汉族内脏异位综合征患儿DNAI1和DNAH5基因编码区突变情况。方法临床招募确诊内脏异位综合征患儿及健康体检儿童,提取外周血DNA行全外显子组测序,检测DNAI1及DNAH5基因编码区核苷酸变异;Sanger测序验证外显子测序发现的突变位点;以生物信息学软件Mutationtaster、SIFT、PolyPhen-2分析位点变异对蛋白功能的影响。结果 81例内脏异位综合征患儿及89例健康儿童的外显子测序结果可用于后续分析。在81例内脏异位综合征患儿中发现存在3个DNAI1及3个DNAH5基因的编码区突变位点,4例(4.94%)患儿携带DNAI1基因突变,2例(2.50%)患儿携带DNAH5基因突变;突变位点在89例健康儿童中均未发现。生物信息学分析提示上述突变位点可能破坏蛋白质功能。结论中国汉族内脏异位综合征患儿DNAI1和DNAH5基因突变发生率分别为4.94%和2.50%,DNAI1和DNAH5基因突变可能与中国汉族儿童内脏异位发生相关。(本文来源于《临床儿科杂志》期刊2019年07期）
雷召雄,柏雪,林亚秋,李键,字向东[7]（2019）在《牦牛Lkb1基因编码区克隆及其在骨骼肌的表达分析》一文中研究指出研究表明肝激酶b1(liver kinase b1, Lkb1)在小鼠(Mus musculus)骨骼肌发育与机体能量代谢调控中发挥重要作用。牦牛(Bos grunniens)作为青藏高原及毗邻地区的特有家畜,其骨骼肌的生长发育是影响产肉性能的主要因素之一。为研究Lkb1在牦牛骨骼肌生长发育及能量代谢中的潜在生物学功能,本研究以金川牦牛背最长肌cDNA为模板,采用PCR技术克隆Lkb1基因的CDS序列,并通过生物信息学方法,预测牦牛Lkb1氨基酸序列的理化性质、分析其在物种间的保守性;最后利用qRT-PCR技术检测Lkb1基因在成年金川牦牛不同组织中的表达模式,并且分析Lkb1基因在同龄不同品种牦牛骨骼肌的表达差异。研究结果显示,牦牛Lkb1基因的CDS序列全长为1 317 bp (GenBank登录号:MH412713),编码438个氨基酸。预测Lkb1蛋白为具有核质穿梭、发生磷酸化/去磷酸化的亲水性蛋白,可能参与调节机体能量和脂肪酸代谢。物种的保守性分析发现牦牛Lkb1基因与绵羊(Ovis aries)和山羊(Capra hircus)的同源性最高,经核苷酸和氨基酸序列比对同源性均高达97.50%和99.54%;而与小鼠核苷酸和氨基酸序列的同源性仅为45.48%和44.19%。基因表达分析显示,Lkb1基因在成年金川牦牛的骨骼肌中具有较高的表达量,在脂肪和肝脏组织中的表达量相对较低。在不同品种中,金川牦牛半腱肌Lkb1表达量显着高于麦洼牦牛(P<0.05),由此推测,Lkb1基因可能与牦牛骨骼肌的生长和能量代谢相关。该研究结果为进一步揭示Lkb1的功能和调控机制提供参考资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年01期）
马建青,吴占勇,孔建军,王会旺,赵朝晖[8]（2018）在《不同物种聚集蛋白聚糖基因编码区生物信息分析》一文中研究指出用比较基因组学和生物信息学方法分析人、猕猴、白顶白眉猴、牛、家犬、野猪、羊驼、绵羊、雪貂、褐家鼠、小家鼠、灰仓鼠和原鸡共13个物种的聚集蛋白聚糖(aggrecan)基因编码区(coding regions,CDS)的遗传多样性,并对该基因编码蛋白的氨基酸序列、理化性质、信号肽和蛋白质二级结构进行预测,为建立脊柱退行性病变的动物模型提供理论支持和基础资料。所研究13个物种的50条基因序列中共检测到多态位点3 081个,其中有单一多态位点88个,占全部多态位点的百分率约为1.60%,检测到单体型22种。组成聚集蛋白聚糖核心蛋白(aggrecan core protein)的氨基酸表现为亲水性、理论等电点均小于7、肽链的不稳定系数在44.59～53.92,13个物种的aggrecan核心蛋白氨基酸序列中含有信号肽,但物种间氨基酸序列信号肽的裂解位点存在差异;蛋白质的二级结构主要以无规则卷曲、延伸主链和α-螺旋形式存在,叁者所占比例分别为59.84%～69.14%、23.56%～30.06%和5.70%～10.10%,未发现其他二级结构。研究表明aggrecan基因编码区在种内表现较为保守,种间则表现有较丰富的遗传多样性,所编码蛋白属于分泌蛋白,多肽链为酸性且不稳定,蛋白质二级结构无特殊表现。(本文来源于《动物医学进展》期刊2018年12期）
曹锡梅,罗旭光,张潮,郭大玮[9]（2018）在《LPS炎性刺激对SAF基因编码区外显子e4B保留和剪切的影响》一文中研究指出目的探讨LPS刺激对血清淀粉样蛋白A转录激活因子(SAF)外显子e4B保留和剪切的影响。方法 LPS刺激不同时间THP-1细胞和去除刺激后放线菌素D处理THP-1细胞的cDNA作模板进行半定量和定量聚合酶链式反应。结果 LPS刺激2h SAF基因外显子e4B保留的转录子表达下降、e4B剪切的转录子表达增高,延长刺激至24h,二者的表达呈下降趋势。LPS刺激12h和24h后去除刺激给予放线菌素D初始,上述转录子表达增高;延长放线菌素D作用至2h,二者表达下降。结论延长LPS刺激SAF基因外显子e4B保留和剪切的转录子表达下降可能和RNA降解有关。(本文来源于《解剖科学进展》期刊2018年03期）
赵志峰,孙红梅,张伟,刘慧,李春义[10]（2018）在《梅花鹿GAL-1基因编码区克隆及表达检测》一文中研究指出鹿茸干细胞中半乳糖凝集素1(galectin-1,GAL-1)基因被发现高表达,推测其是鹿茸再生中的一个重要调控因子。为研究GAL-1在鹿茸干细胞中的表达及可能的生物学功能,本研究以东北梅花鹿(Cervus nippon)鹿茸的干细胞组织,即生茸区骨膜和角柄骨膜(致敏角柄骨膜与休眠角柄骨膜)以及对照组织面部骨膜为材料,克隆了梅花鹿的GAL-1基因CDS区序列,并对该序列进行生物信息学分析;利用Western-blot及qRT-PCR技术检测了GAL-1在鹿茸干细胞中的相对表达量。结果显示:梅花鹿GAL-1 ORF全长为408 bp(Gen Bank No.MG882483),编码134个氨基酸;相对分子质量为14.69 kD,氨基酸序列与牛(Bos taurus)、羊(Ovis aries)高度接近;主要定位于细胞外,无跨膜区,无糖基化位点,有两个磷酸化位点,二级结构主要为β-折迭与无规卷曲;叁级结构与牛的叁级结构相似;GAL-1在面部骨膜中表达量更高。本研究预测了梅花鹿GAL-1蛋白的结构特点,检测了GAL-1蛋白在鹿茸干细胞中的表达情况,为进一步研究鹿茸再生提供数据支持。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2018年04期）
基因编码区论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以叁碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在叁、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在叁碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第叁位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因编码区论文参考文献
[1].谢开会,王伟,杨姣姣,闫尊强,杨巧丽.合作猪IFN-β基因编码区克隆及生物信息学分析[J].西北农业学报.2019
[2].曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐.黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析[J].海洋与湖沼.2019
[3].董莹,刘淑萍,徐艳春,刘言,邓艳.云南省1例伯氨喹诱发溶血患者的G6PD基因编码区突变分析及酶蛋白空间结构预测[J].中国寄生虫学与寄生虫病杂志.2019
[4].邓小亮,马文康,洪玮,付欣,谭茵.新西兰白兔SOD1基因编码区克隆及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医.2019
[5].胡露露,赵子雅,王瑞宁,王亚琪,刘铮铸.赤狐EDNRB基因编码区序列分析及启动子预测[J].畜牧与兽医.2019
[6].徐蒙蒙,徐月娟,陈笋,李奋,孙锟.内脏异位综合征患儿中DNAI1和DNAH5基因编码区突变分析[J].临床儿科杂志.2019
[7].雷召雄,柏雪,林亚秋,李键,字向东.牦牛Lkb1基因编码区克隆及其在骨骼肌的表达分析[J].农业生物技术学报.2019
[8].马建青,吴占勇,孔建军,王会旺,赵朝晖.不同物种聚集蛋白聚糖基因编码区生物信息分析[J].动物医学进展.2018
[9].曹锡梅,罗旭光,张潮,郭大玮.LPS炎性刺激对SAF基因编码区外显子e4B保留和剪切的影响[J].解剖科学进展.2018
[10].赵志峰,孙红梅,张伟,刘慧,李春义.梅花鹿GAL-1基因编码区克隆及表达检测[J].农业生物技术学报.2018
标签：合作猪; IFN-β基因编码区; 克隆; 生物信息学分析;