导读:本文包含了细胞质基因组论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,细胞质,线粒体,雄性,基因,胡萝卜,陆地棉。
细胞质基因组论文文献综述
曹琼文[1]（2019）在《胡萝卜瓣化型细胞质雄性不育系及其保持系的线粒体基因组分析》一文中研究指出胡萝卜(Daucus carota L.)是世界十大蔬菜作物之一,含有丰富的α-和β-胡萝卜素。国内外规模化胡萝卜生产基地大多使用杂交品种,采用雄性不育途径选育而成。胡萝卜雄性不育为胞质雄性不育类型,主要有褐药型和瓣化型。瓣化型雄性不育是目前生产上应用最为广泛的,其基本特征为雄蕊器官结构变为花瓣或萼片,无小孢子发生组织,但雌蕊器官正常。前期研究发现胡萝卜瓣化型雄性不育系存在线粒体重组现象,并导致不育系中atp9终止密码子发生非同义突变导致编码区延长,比可育系多了13个氨基酸,ATP9在不育系中过量表达,被认为可能与瓣化型雄性不育相关。也有研究发现瓣化型雄性不育系花发育的早期氧化磷酸途径中的关键基因及控制2-3轮花发育两个MADS-box核基因DcMADS2和DcMADS3的表达受到抑制。但目前关于线粒体形态结构及基因组层面的研究尚未见报道。本研究以瓣化型雄性不育系(P2S)及其保持系(P2M)为试验材料,比较其线粒体形态结构的差异,并进行线粒体基因组重测序,比较两者之间的差异,初步筛选与雄性不育相关基因,为深入开展雄性不育调控机制奠定基础。1、透射电子显微镜观察结果显示,P2M和P2S中大多数线粒体长度在0.6~1.5μm之间,大小正常,但在P2S叶片细胞中发现超大线粒体(>5μm)现象,且内嵴堆迭。叶片细胞中P2S平均每个细胞中含有4.8个线粒体,P2M中含有8.4个。花序细胞中P2S平均每个细胞含有5.2个线粒体,包括空泡化线粒体1.3个;P2M中含有9.0个,包括空泡化线粒体0.7个。通过基因组重测序,P2S和P2M线粒体基因组大小分别为274,155 bp、281,120 bp,其中P2S缺失了6965 bp,两者之间存在7处结构变异(SV),这也导致3个orf缺失,分别是orf27、orf32、orf34,这可能与P2S中线粒体数量减少,内嵴堆迭,空泡化严重密切相关。2、以P2M为对照,P2S基因区共发现46处SNP变异和6处InDel变异,通过TMHMM软件预测P2S中变异基因以及缺失orf的跨膜结构,初选出6个雄性不育相关基因,分别为:orf27、orf30、orf32、orf34、orf40a、orf26。通过对花发育3个时期的表达量分析,结果表明orf27、orf30、orf32、orf34在P2S和P2M中存在显着差异,可作为候选基因深入开展相关功能的研究。3、根据P2S中SV变异设计4对特异引物,通过对不同基因型不育系和保持系、国内地方资源以及杂交品种的多态性检测,发现国内个别地方资源存在单个不育带型,但在不育材料中同时存在4个不育条带。MtD_1-4标记在不育系和保持系中的符合率分别为:96.2%、100%、96.2%、100%,可作为检测胡萝卜瓣化型雄性不育源使用。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2019-05-01）
王平,丛玲,王春语,朱振兴,A,Ashok,Kumar[2]（2019）在《高粱A1型细胞质雄性不育系与保持系线粒体基因组分析比较》一文中研究指出线粒体基因组易位是导致作物细胞质雄性不育(Cytoplasmic male sterility,CMS)性状产生的重要遗传机制。比较高粱A1型细胞质雄性不育系与保持系线粒体基因组,寻找易位区为克隆高粱A1型细胞质雄性不育相关基因奠定基础。以高粱A1型细胞质雄性不育系Tx623A和其保持系Tx623B为试验材料,采用二代Illumina Hiseq结合叁代PacBio测序技术,对2个样品的线粒体基因组进行组装,比较和分析不育系和保持系基因组结构和基因差异。高粱Tx623A和Tx623B线粒体基因组大小分别为449 727 bp和452 772 bp,预测编码开放阅读框(Open reading frame,ORFs)分别为147和145个,且两基因组特有基因分别为8个和6个。两线粒体基因组共线性比较分析,发现存在一个57 kb的基因组片段易位的结构变异(Structural variation,SV)区域,该易位区可能与A1型细胞质雄性不育有关。Tx623A和Tx623B线粒体基因组中易位区为高粱A1型细胞质雄性不育基因克隆提供了基因组信息。(本文来源于《生物技术通报》期刊2019年05期）
林春晶,彭宝,丁孝羊,李文跃,韩亚丽[3]（2018）在《不同细胞质对大豆细胞核全基因组甲基化的影响》一文中研究指出DNA甲基化是指DNA甲基转移酶(DNA Methyltransferase,DMT)将S-腺苷甲硫氨酸中的甲基基团转移至DNA上,DNA甲基化主要形成5—甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基腺嘌呤(N6-mA)及7-甲基鸟嘌呤(7-mG)。DNA甲基化作为真核生物一种重要的调控方式,主要起到维持基因组的稳定和调控基因表达。DNA甲基化在主要农作物雄性不育中的研究,在玉米、水稻和小麦等均有报道。在大豆上已经有了全基因组甲基化序列相关的分析研究,Li等对大豆细胞质雄性不育系NJCMS5A和保持系NJCMS5B的花苞进行了全(本文来源于《2018全国植物生物学大会论文集》期刊2018-10-18）
曹琼文,欧承刚,赵志伟,庄飞云[4]（2018）在《胡萝卜瓣化型细胞质雄性不育系线粒体基因组序列分析》一文中研究指出胡萝卜细胞质雄性不育系(Cytoplasmic Male Sterility,CMS)的培育是选育杂交品种的基础。CMS类型分为瓣化型和褐药型,瓣化型CMS的育性表现稳定,是胡萝卜杂交育种的主要应用类型。目前关于胡萝卜CMS的研究比较薄弱,主要集中在少数线粒体基因的比较,如atp8、atp9、COX等。在甘蓝、水稻等作物中已阐明线粒体重组产生新的嵌合orf对育性改变起决定作用,因此基于线粒体基因组寻找相关CMS基因,对阐明胡萝卜CMS的发生机理具有指导意义。选用胡萝卜瓣化型CMS材料P2S,提取黄化苗线粒体基因组,并利用Hiseq4000平台进行测序,以B493B(NC_017855.1)为线粒体参考基因组,使用EVidenceModeler得到基因组编码基因;RepeatMasker和TRF(Tandem repeats finder)搜寻重复序列;MUMmer与参考基因组比对,确定共线性关系;BLAT将组装结果与参考基因组进行比对,验证SNP位点。结果表明,P2S的线粒体基因组全长274 155 bp,GC含量为45.41%,比参考基因组少6 977 bp,经注释线粒体基因组共86个基因,其中包括32个蛋白编码基因,16个RNA编码基因和38个预测orf;线粒体组共包含3个拷贝区,长度4 224～35 636 bp,覆盖21个基因,含有80个散在重复序列,其中包括11个DNA转座子,33个长末端重复序列,长、短散在重复序列6个和1个,滚环(RC)3个;22个串联重复序列,其中包括11个串联重复序列,11个小卫星DNA。与参考基因组相比,P2S共有142个SNP变异,其中46个落在基因区;共有87个Indel变异,其中9个落在基因区。本研究中从线粒体基因组层面探究胡萝卜雄性不育系与可育系差异,为胡萝卜CMS基因的挖掘及其发生机理研究奠定基础。(本文来源于《中国园艺学会2018年学术年会论文摘要集》期刊2018-10-17）
衡双平,魏超,张少恒,傅廷栋,沈金雄[5]（2018）在《油菜细胞质雄性不育与线粒体基因组研究进展》一文中研究指出细胞质雄性不育作为杂种优势利用的重要途径之一,为芸薹属植物杂交育种提供了简单、高效的制种途径。近年来,在油菜中已经发现和报道的细胞质雄性不育胞质类型已有十余种,很多不育胞质的线粒体基因组测序工作已经完成。目前,对不同细胞质雄性不育基因的研究、线粒体基因组测序和胞质类型的分类研究都有一定的进展。本文主要对油菜不同胞质类型线粒体基因组的测序及应用和细胞质雄性不育机理的研究进行了总结与展望。随着分子生物学和测序技术的发展,对不同胞质类型的分类和不育机理的研究将帮助我们更好地认识和利用细胞质雄性不育。(本文来源于《中国油料作物学报》期刊2018年01期）
陈志文[6]（2017）在《棉属细胞质基因组进化及陆地植物基因水平转移分析》一文中研究指出棉属是世界上最重要的纤维作物。棉属共52个种,包含8个二倍体基因组(A-G和K组)和1个四倍体组(AD组)。为解析棉属种间系统发育关系,本研究测序、拼接、验证获得了棉属9个种叶绿体基因组和8个种线粒体基因组全序列,同时利用数据库中已经释放的数据,对棉属细胞质基因组分子进化进行分析。结果表明,34个叶绿体基因组能够代表了全部棉属种的进化多样性,而10个线粒体基因组数据源自棉属D组,A组和AD组种。棉属叶绿体基因组高度保守、基因分化速率慢,而线粒体基因组结构变异大、但编码基因分化速率更慢。本论文为研究棉属质核互作、揭示棉属基因组的分子进化提供了细胞质基因组基础数据。同时,利用28个陆地植物细胞内3套基因组数据分析证明:细胞内的基因频繁转移,增加了核基因组的复杂性,是细胞质基因组动态进化的重要原因。论文主要结果如下:1.棉属叶绿体基因组高度保守,和大多数的高等植物一样是四分结构:包括两个较大的反向重复区域(内含主要的核糖体RNA基因)和两个特异区域(大单拷贝区LSC和小单拷贝区SSC)。在叶绿体基因的分化过程中,叶绿体基因组中性进化,大多数基因的Ka/Ks值证明了这一点;但是,accD和psap基因的同义替换率和非同义替换率要远大于其它的基因。2.小片段Indel是棉属叶绿体基因组大小变异的重要原因。这些Indel事件,主要发生在叶绿体基因组LSC的基因间区,与棉属系统分化相吻合。棉属叶绿体基因组的核苷酸分化距离,非编码区大约是编码区的3倍;不同基因组间种间的分化距离大于同一基因组内棉种。3.基于叶绿体基因组的碱基替换和Indel信息构建了棉属种系统发育树,将本研究的34个种分为6个进化分支;棉属内种间存在迅速的辐射状分化,还有一些古老种的灭绝事件(如D组的古老祖先)。以可可为外参,计算棉属种的分化时间,棉属主要的二倍体分支祖先分化大约发生在10-11 MYA(百万年前)。4.棉属线粒体基因组结构均为环形,二倍体D基因组种长度约644kb,A组种为687kb,四倍体AD组种长度约677kb。不同于叶绿体基因组高度保守,棉属线粒体基因组结构变异明显:重复序列的变异引起线粒体基因组大量的倒位、易位。4个D组种线粒体基因组结构一致,存在6个大的重复序列;但与A组种和AD组种结构差异明显,A+AD组中存在4个大的重复序列。5.棉属不同线粒体基因组存在大量缺失变异,其中特异性片段D组有8个,A+AD组特异性片段具有3个,AD组相比于二倍体(A+D)组缺失了一个11kb的片段。6.棉花核、叶绿体、线粒体基因组间存在序列内源转移,且叶绿体基因组序列迁移到核中是随机的,无优先位点,而线粒体迁移则是优先转移atp6-trnW间区的序列到核中。雷蒙德氏棉Chr 01染色体上,插入一条线粒体基因组大片段,覆盖了线粒体基因组高达93%的比例。以陆地棉为例,我们验证了核中插入的含有SNP分化的细胞器基因是不表达的。7.利用28套陆地植物的核、线粒体及叶绿体基因组序列,比对分析发现:陆地植物细胞器间基因转移(IGT)事件在种子植物中频繁发生,在苔藓植物中鲜有发生。(本文来源于《中国农业大学》期刊2017-06-01）
冯阳[7]（2015）在《玉米S型细胞质雄性不育育性恢复基因位点全基因组关联分析研究》一文中研究指出雄性不育是自然界中常见的生物学现象,广泛存在于动植物中。植物雄性不育包括细胞核雄性不育和核质互作雄性不育两种类型。细胞核雄性不育受到核不育基因的控制,核质互作雄性不育受到细胞质中不育基因控制,其育性可由细胞核中的对应的恢复基因恢复,核质互作雄性不育的机制较为复杂。玉米细胞质雄性不育包括T(Texas)型、C(Charrua)型和S(USDA)型。S型细胞质雄性不育(S type Cytoplasmic Male Sterility,CMS-S)在玉米叁种细胞质雄性不育中是最大的一类,属于配子体不育,T型和C型属于孢子体不育。根据前人报道,除已知的CMS-S主效育性恢复基因Rf3外,还存在着其他能够使育性恢复的位点,如Rf9、Rf III和Rf IV。但总体上,对S型细胞质雄性不育育性恢复的遗传机制缺乏详细的了解。因此,本研究首次利用CMS-S不育系(S-Mo17rfrf)与360份自交系材料杂交构建的测交关联分析群体,对育性恢复能力(包括花粉育性、花药外露和散粉)在海南、武汉和黑龙江叁个环境下进行了全基因组关联分析,主要结果如下:1、S-Mo17rfrf花粉完全败育,花药完全不外露、不散粉。测交群体叁个性状均表现较大的变异幅度,基本上接近正态分布,属于复杂的数量性状。相关分析表明,花粉育性和花药外露、散粉叁个性状间呈极显着正相关,其中花粉育性和散粉间的相关程度更高(0.75<r<0.83)。通过对不同花粉育性植株的花药进行横切观察发现,不散粉的植株的花药没有正常的加厚纤维层,而正常散粉的植株花药具有这一结构。2、通过全基因组关联分析,检测到包括Rf3在内的共19个显着性位点与花粉育性有关(P<1.8×10-6,?=1),这些位点分别位于第2、3、5、8、10号染色体上。这些显着性位点中,单个位点可以解释5.62%~28.26%的表型变异。其中位点Rf3单独可以解释25.33%~28.26%的表型变异。19个显着性位点共可以解释60.93%的表型变异,聚合分析还发现优势等位基因型的聚合可以提高花粉育性。3、花药外露的全基因组关联分析,共检测到了3个显着关联位点(P<1.8×10-6,?=1),分别位于第2、3、5号染色体上。其中Rf3位点也被检测到。这些显着性位点可以解释8.48%~9.26%的表型变异。对散粉进行的全基因组关联分析共检测到了8个显着关联位点(P<1.8×10-6,?=1),这些位点分布在第2、3、9号染色体上,Rf3也同时被检测到。这些显着性位点可以解释9.2%-15.75%的表型变异。4、对与花粉育性、花药外露和散粉显着关联的位点上下游50kb区域进行候选基因预测共搜索到83个候选基因。根据参考基因组信息,对候选基因的功能进行分析发现,候选基因中包括PPR蛋白(pentatricopeptide repeat protein)、转录因子、RNA编辑相关因子以及与生长素和花粉花药发育调控途径有关。通过全基因组关联分析研究,共发掘到19、3和8个显着位点分别与CMS-S花粉育性、花药外露和散粉相关的位点,说明在该群体中CMS-S育性恢复受多基因控制,同时本研究检测到的与CMS-S主效恢复基因Rf3有关的SNP位点可为Rf3精细定位提供有用信息。花粉育性、花药外露和散粉叁个性状间相关分析和关联分析位点的比较还发现叁个性状有不同的遗传基础,其中花粉育性和散粉的遗传基础较为接近。(本文来源于《华中农业大学》期刊2015-06-01）
王婵,赵泓,张丽英,裴雁曦,王永勤[8]（2015）在《大葱细胞质雄性不育系及保持系线粒体基因组RFLP分析》一文中研究指出为分析现有大葱(Allium fistulosum L.)不育系及保持系的基因多态性,本研究利用限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)技术对5个大葱不育系及4个保持系的线粒体基因组进行了对比分析,利用线粒体基因保守序列探针线粒体F0ATP合成酶复合物亚基6(ATP synthase F0subunit 6,atp6)、NADH脱氢酶亚基5(NADH dehydrogenase subunit 5,nad5)及细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基(cytochrome c oxidase subunit 3,cox3)和HindⅢ和Bam HⅠ两种酶切组合进行Southern杂交,结果显示,大葱线粒体基因组存在丰富的多态性,其中HindⅢ/nad5组合中5个雄性不育系均含有一条10 kb大小的特异条带,4个保持系均具有一条7 kb大小的保守特异条带。本研究为大葱不同胞质类型的鉴定提供新的技术手段,也为克隆大葱线粒体基因,阐明细胞质雄性不育的分子机制提供理论依据。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2015年07期）
林春晶[9]（2014）在《大豆细胞质雄性不育系及其保持系叶绿体基因组的测序与分析》一文中研究指出大豆是重要的粮食和油料作物。也是没有规模化应用杂种优势来提高产量的主要农作物。吉林省农业科学院根据发现的大豆细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility. CMS)材料,率先实现了“叁系”配套,并在2002年育成并审定了世界上首个大豆杂交种“杂交豆1号”。使我国在杂交大豆应用领域处于世界领先地位。但在大豆细胞质雄性不育的遗传规律和不育机理等基础理论研究方面,我国仍处在初级阶段,还需进一步的深入研究。叶绿体作为植物细胞所特有的细胞器,广泛存在于植物细胞的细胞质中,并在植物光合作用等生理过程中发挥重要作用,叶绿体的基因组(cpDNA)经常与核基因组传递遗传物质。因此在分析研究大豆质核互作雄性不育分子机理时,除了考虑线粒体以外,也要关注叶绿体基因组。然而目前有关叶绿体基因组对CMS影响的研究并不完全,是否与大豆雄性不育相大,也没有确切性的结论。因此本研究对大豆RN型细胞质雄性不育系JLCMS9A及其同型(细胞核基因组成相同)保持系JLCMS9B使用Illumina 的 Hiseq2000测序系统针对其叶绿体基因组进行了高通量测序,根据测序获得的基因组序列结果进行多态性分析并使用分子生物学手段进行验证,以期寻找不育细胞质的叶绿体分子标记和叶绿体参与调控大豆细胞质雄性不育的新证据。1、使用Illumina的Hiseq2000测序系统对大豆RN型细胞质雄性不育系JLCMS9A及其同型保持系JLCMS9B的叶绿体DNA进行deno o测序,获得了包含有大豆叶绿体基因组的原始reads通过数据过滤,除去短序列、接头和细胞核基因组的reads,根据参考序列挑选出大豆叶绿体基因组的clean reads(其中JLCMS9A:1,043,280bp:JLCMS9B:865,510bp);利用AbySS+SSPACE+Gapclose进行初步组装,对JLCMS9A 和 JLCMS9B的叶绿体基因组测序的初步序列进行分析,得到需要填补的gap,根据已有序列和参考基因组的序列设计引物进行PCR补洞,最终得到JLCMS9A 和 JLCMS9B的叶绿体基因组完整序列：其中JLCMS9A的叶绿体基因组完整序列长度为152,222bp, JLCMS9B的叶绿体基因组完整序列长度为152,215bp。使用DOGMA软件对JLCMS9A和JLCMS9 >B的叶绿体基因组完整序列进行基因组成分析和基因功能分析。并根据CpBase数据库进行了基因注释。发现JLCMS9A和JLCMS9B的叶绿体基因组均由96个mRNA、39个tRNA和8个rRNA组成。2、将JLCMS9A 和 JLCMS9B的叶绿体基因组的测序结果与大豆参考叶绿体基因组(PI437654)进行序列比对分析,发现大豆叶绿体基因组高度保守,其基因组排布与组成高度一致,均由96个mRNA、39个tRNA和8个rRNA组成。在JLCMS9A 和 JLCMS9B的叶绿体基因组DNA之间,存在着46个SNPs和3个InDels,其中23个SNPs位于基因区。平均每3.3kb出现1个SNP,远低于栽培大豆核基因组平均每0.44kb出现1个SNP的频率。3、使用PCR方法对已育成的不育系及其配套的保持系材料进行SNPs验证,共选取了12个RN型雄性不育细胞质的不育系及其配套的60个保持系材料,这些材料地域分布广泛,种质资源分别来源于中国、美国和日本等3个国家,能够广泛的代表不育细胞质来源。验证结果发现,23个基因编码区的SNPs和3个位于非编码区的SNPs普遍存在于RN型雄性不育细胞质(不育系)和同型可育的细胞质(保持系)中。4、建立了大豆RN型细胞质雄性不育系叶绿体特异标记PCR快速筛选万法。通过PCR扩增其中4个SNPs片段,经限制性内切酶酶切产生大小不同的片段,开发了4个可见的分子标记,可以区分大豆RN型及其他类型雄性不育系和保持系：并且还可以区分杂交种和大豆保持系。4个叶绿体特异标记特征如下：(1)标记RE1, PCR扩增产物的长度463bp,用限制性内切酶Bpu1O Ⅰ酶切后,可育细胞质(保持系)的酶切片段长度不变,不育细胞质(不育系)被切为两段,长度分别为255bp和208bp。(2)标记RE2, PCR扩增产物的长度为489bp,用限制性内切酶psi Ⅰ酶切后,可育细胞质(保持系)的酶切片段长度不变,不育细胞质(不育系)被切为两段,长度分别为323bp和166bp。(3)标记RE3, PCR扩增产物的长度为490bp,用限制性内切酶psi Ⅰ酶切后,可育细胞质(保持系)的酶切片段长度不变,不育细胞质(不育系)被切为两段,长度分别为288bp和192bp。(4)标记RE4, PCR扩增产物的长度为399bp,用限制性内切酶EcoR Ⅰ酶切,可育细胞质(保持系)的酶切片段长度不变,不育细胞质(不育系)被切为两段,长度分别为247bp和152bp。5、不育系JLCMS9A和保持系JLCMS9B叶绿体基因组之间在编码区共存在23个SNPs,而保持系JLCMS9B(可育材料)与PI437654测序的参考基因组(可育材料)之间存在20个SNP,这20个SNP也存在于不育系JLCMS9A和保持系JLCMS9B之间,包含在23个SNP之内。因此不育系JLCMS9A和保持系JLCMS9B之间剩余的3个SNP,即为JLCMS9A所特有,很可能与大豆雄性不育相关。这3个SNP分别发生在matK和ycf1基因区域,因此使用qPCR (Real-time fluorescence quantitative PCR amplification)对这两个基因在不育系、保持系、恢复系的花苞期叶片和花苞材料中进行转录活性分析。发现,这两个基因在保持系的表达水平最高,恢复系的表达水平最低,而不育系的表达水平位于两者之间。由于不育细胞质的表达丰度位于两个可育细胞质的表达丰度之间,所以无法判断这两个基因与大豆细胞质雄性不育有关。就已报道的研究结果来看,细胞质雄性不育与线粒体基因结构和功能紧密相关,而叶绿体作为细胞质中重要的细胞器,是否参与了调控机制不得而知,本研究对不育系JLCMS9A和保持系JLCMS9B的叶绿体基因组进行了高通量测序并使用生物信息学和分子生物学等手段进行了系统比较,没有发现与大豆细胞质雄性不育密切相关的基因。但是找到了大豆RN型细胞质雄性不育系叶绿体特异性标记,并建立了PCR快速筛选方法。(本文来源于《东北农业大学》期刊2014-12-01）
石雅丽[10]（2014）在《陆地棉细胞质雄性不育系P30A与保持系P30B线粒体基因组测序与序列比较分析》一文中研究指出棉花是世界上重要的经济作物之一,棉花领域的科技发展与应用,对社会的生产与生活都做出了巨大的贡献。棉花细胞质雄性不育在棉花杂种优势的利用上具有重要作用,利用棉花雄性不育可以突破传统人工去雄杂交育种的瓶颈,为棉花杂交种制种的商业化推广展现了光明的前景。本研究以本实验室抗虫叁系杂交棉“银棉2号”的亲本P30A和P30B为材料,利用差速离心、不连续密度梯度离心等多重离心技术,提取并获得高纯度棉花线粒体；利用原位裂解法和脉冲场凝胶电泳,从纯化的线粒体中制备出完整的高纯度线粒体基因组DNA；对线粒体基因组进行高通量全测序。获得P30B和P30A的线粒体全基因组序列分别为621692bp和627590bp。两个基因组序列都含有68个基因,其中35个蛋白编码基因,29个rRNA基因,4个tRNA。在8个多拷贝基因(nadl,rps3,rrn26,trnW,trnS (GCT),trnP,trnfM 和 trnM)中,nadl基因含有外显子b和c的另外一个拷贝,rps3含有一个假基因拷贝。蛋白编码基因序列都是26942bp,占整个基因组序列的4.33%和4.29%。重复序列分别为118565bp和121550bp,占整个基因组序列的19.1%和19.4%。同时发现二者的基因个数,基因种类和基因排列顺序相同。依据已经报道的植物细胞质雄性不育基因序列,结合生物信息学方法,分析棉花线粒体基因组序列信息,并分析线粒体功能基因在P30A和P30B之间存在差异的基因(基因结构和基因序列),获得与陆地棉细胞质雄性不育相关的候选基因18个。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2014-06-01）
细胞质基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
线粒体基因组易位是导致作物细胞质雄性不育(Cytoplasmic male sterility,CMS)性状产生的重要遗传机制。比较高粱A1型细胞质雄性不育系与保持系线粒体基因组,寻找易位区为克隆高粱A1型细胞质雄性不育相关基因奠定基础。以高粱A1型细胞质雄性不育系Tx623A和其保持系Tx623B为试验材料,采用二代Illumina Hiseq结合叁代PacBio测序技术,对2个样品的线粒体基因组进行组装,比较和分析不育系和保持系基因组结构和基因差异。高粱Tx623A和Tx623B线粒体基因组大小分别为449 727 bp和452 772 bp,预测编码开放阅读框(Open reading frame,ORFs)分别为147和145个,且两基因组特有基因分别为8个和6个。两线粒体基因组共线性比较分析,发现存在一个57 kb的基因组片段易位的结构变异(Structural variation,SV)区域,该易位区可能与A1型细胞质雄性不育有关。Tx623A和Tx623B线粒体基因组中易位区为高粱A1型细胞质雄性不育基因克隆提供了基因组信息。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
细胞质基因组论文参考文献
[1].曹琼文.胡萝卜瓣化型细胞质雄性不育系及其保持系的线粒体基因组分析[D].中国农业科学院.2019
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