基于数据挖掘分析神经元正五聚体蛋白2在肾透明细胞癌中的表达及意义

论文摘要

目的:通过数据挖掘分析神经元正五聚体蛋白2（NPTX2）在肾透明细胞癌（ccRCC）中的表达及意义.方法:通过Oncomine、基因表达谱交互分析（GEPIA）,以及人类蛋白质表达图谱（HPA）分别从mRNA水平和蛋白质水平上分析NPTX2在正常肾组织和ccRCC组织中的表达情况.使用GEPIA分析NPTX2与ccRCC临床分期及预后的相关性.经MethHC数据库分析NPTX2在ccRCC中的甲基化水平,利用String-DB分析NPTX2与上下游蛋白的相互作用.结果:在mRNA水平上,NPTX2在ccRCC组织中较正常肾组织显著高表达,且其表达水平与ccRCC病理分期呈正相关.TCGA数据分析结果显示,NPTX2高表达患者的总体生存率以及无病生存率明显低于低表达患者.免疫组化结果证实,NPTX2蛋白在ccRCC中也较正常肾组织高表达,且其启动子区甲基化水平明显增高.同时,NPTX2与AVP、MT-ATP6、MT-ATP8、NPAS4、RCN2等蛋白存在相互作用,并参与氧化磷酸化、ATP代谢过程等生物过程.结论:通过对肿瘤基因数据库的信息挖掘,发现NPTX2在ccRCC组织中呈高表达,且其高表达与患者预后有关.

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 数据库检索
•     1.1.1 Oncomine数据库
•     1.1.2 GEPIA 数据库
•     1.1.3 人类蛋白质表达图谱
•     1.1.4 MethHC 数据库
•     1.1.5 String-DB
•   1.2 统计学方法
• 2 结果
•   2.1 NPTX2 mRNA在其他肿瘤组织和ccRCC组织中的表达
•   2.2 NPTX2 mRNA表达与ccRCC临床病理分期的关系
•   2.3 NPTX2 mRNA表达与ccRCC患者预后的关系
•   2.4 NPTX2蛋白在正常肾组织和ccRCC组织中的表达情况
•   2.5 ccRCC中NPTX2的DNA甲基化水平
•   2.6 NPTX2与上下游蛋白的相互作用
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 林晏廷,徐季旗,陈洁

关键词: 肾透明细胞癌,神经元正五聚体蛋白,数据库分析

来源: 暨南大学学报(自然科学与医学版) 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 泌尿科学,肿瘤学

单位: 暨南大学附属第一医院泌尿外科

基金: 国家自然科学基金项目(81871155)

分类号: R737.11

页码: 531-540

总页数: 10

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