苹果LIM基因家族生物信息学及表达分析

论文摘要

【目的】在苹果全基因组中鉴定LIM,通过分析启动子作用元件、保守结构域、基因聚类、基因结构、染色体定位以及组织表达模式,为研究和利用苹果LIM奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和PLAZA,获得苹果LIM家族成员并进行编号。苹果LIM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,利用CD-Search Tool进行LIM结构域分析,采用MEGA7软件构建进化树,采用GSDS绘制基因结构,并利用TBtools软件对鉴定得到的MdLIM进行染色体定位,通过实时荧光定量RT-PCR对MdLIM的组织表达进行分析,并利用SPSS 18.0软件分析差异显著性。【结果】共鉴定得到11个苹果LIM家族成员,这些MdLIM蛋白包含96—222个不等的氨基酸残基,等电点分布在6.14—9.01。亚细胞定位结果显示,MdLIM蛋白在细胞核中均有分布。启动子作用元件分析表明,11个MdLIM启动子上分布有响应激素、环境适应性和逆境诱导的元件。蛋白保守结构域分析表明,11个MdLIM蛋白中除MdLIM8具有单LIM结构域外,其余10个均具有双LIM结构域。根据聚类分析结果可将MdLIM分为4组。染色体定位结果显示,MdLIM分布在苹果17条染色体中的7条,且MdLIM在7条染色体上的分布不均匀。花、叶、果皮和茎中的实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个组织中均能检测到MdLIM的表达,且表达量具有一定差异。【结论】苹果LIM基因家族包括11个成员,进化上可分为4组,11个基因分布于7条染色体上,在不同组织中的表达具有多样性和特异性。

论文目录

• 0 引言
• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 MdLIM家族成员鉴定及LIM结构域分析
•   1.3 MdLIM启动子元件分析
•   1.4 系统进化树构建
•   1.5 MdLIM结构分析及染色体定位
•   1.6 MdLIM定量表达分析
• 2 结果
•   2.1 苹果LIM家族成员及LIM结构域
•   2.2 苹果LIM家族成员启动子作用元件分析
•   2.3 苹果LIM家族成员系统进化及基因结构分析
•   2.4 苹果LIM的染色体定位
•   2.5 苹果LIM的组织表达
•   2.6 苹果LIM在不同品种果皮中的表达
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 袁高鹏,韩晓蕾,卞书迅,张利义,田义,张彩霞,丛佩华

关键词: 苹果,全基因组,家族,生物信息学,表达分析

来源: 中国农业科学 2019年23期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 园艺

单位: 中国农业科学院果树研究所/农业部园艺作物种质资源利用重点实验室/国家苹果育种中心

基金: 国家现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-27),中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-2016-RIP-02),辽宁省博士科研启动基金项目(20180540030),中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1610182019007)

分类号: S661.1

页码: 4322-4332

总页数: 11

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