导读:本文包含了数量性状基因座分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:罗非鱼,简化基因组测序,耐寒,QTL分析
数量性状基因座分析论文文献综述
李碧君,李红莲,谷小慧,陈朝豪,夏军红[1]（2017）在《通过全基因组QTL分析鉴定尼罗罗非鱼18号连锁群上的与耐寒性状相关的数量性状基因座》一文中研究指出低温环境会影响罗非鱼的生长、繁殖、免疫和其他生理活动,对罗非鱼的养殖有很大影响。有研究表明,当温度下降到11℃时,罗非鱼开始死亡,下降到7.4℃时罗非鱼全部死亡。鉴定与耐寒性状相关的数量性状位点和相关基因对提高罗非鱼的耐寒性能具有重要意义。本研究采用简化基因组测序技术,分别在8号连锁群和18号连锁群上鉴定了一个数量性状座位。通过荧光定量PCR对18号连锁群QTL区间上的基因进行表达分析,发现基因PAKLIP、LOC100697261、LOC100696456的表达与温度存在显着相关。本实验结果为罗非鱼耐寒机理的研究和提高罗非鱼耐寒性能奠定了基础。(本文来源于《2017年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2017-11-08）
张思梦[2]（2017）在《四交衍生纯系遗传群体的连锁分析与数量性状基因定位方法研究》一文中研究指出与双亲遗传研究群体相比,多个亲本杂交衍生的后代群体中,包含更多的等位基因变异,在遗传研究和育种中的重要性日益突出。多亲杂交后代也可通过加倍单倍体或重复自交衍生出纯系群体(或称永久群体),因此可以开展多环境有重复的表型鉴定试验,从而研究QTL在环境间的稳定性、提高QTL定位的准确性。本论文利用理论推导、计算机模拟比较和真实数据应用等方法,研究四个纯系亲本衍生DH和RIL群体中的连锁分析和QTL定位方法。得到的主要研究结果如下:1.根据亲本中可识别的等位基因个数将标记划分为14类。推导了两个标记上均有四种等位基因时的理论基因型频率,给出了两个标记间重组率极大似然估计(Maximum Likelihood Estimate,MLE)的计算方法。当其中的一个或两个标记均为非完全标记时,给出了重组率的极大似然估计的EM算法,从而为连锁图谱的构建和基因定位奠定基础。2.完备区间作图(Inclusive Composite Interval Mapping,ICIM)方法已经成功应用于双亲群体的加显性和上位性作图,以及无性系F_1和四交群体的QTL作图。大量模拟研究和真实群体数据分析表明ICIM是一种行之有效的QTL作图方法。本研究将ICIM方法推广到四交衍生纯系群体的QTL作图,首先推导出各种标记基因型下QTL基因型的条件概率,通过构建正交变量,建立了四交DH和RIL群体QTL作图的表型与基因型的线性回归模型,利用逐步回归选择显着标记变量。然后在定位QTL的扫描过程中,用显着标记对表型值进行矫正,基于ICIM思想进行有背景控制的区间作图,计算检验统计量,定位QTL并估计其位置和遗传效应,从而实现四交衍生DH和RIL群体QTL定位的完备区间作图。3.考虑QTL在标记区间内的不同位置、QTL连锁相等因素,设计了包括独立QTL和连锁QTL的多种遗传模型,产生大量模拟群体研究了ICIM方法在四交衍生纯系群体作图的有效性,并与其他现有作图方法进行比较。模拟研究表明:ICIM对QTL的检测功效较高,假阳性率较低,对于位置和效应的估计也近似无偏。同时将ICIM应用到一个真实小麦四交RIL群体,对该群体千粒重性状的定位结果表明:ICIM能检测到更多的QTL,这些QTL具有更高的PVE(Phenotypic Variance Explained),更高的LOD值,同时具有更短的置信区间,部分QTL与已报道的基因重迭。4.在一个由(A×B)×(C×D)表示的四交群体中,当C和D相同时,四交设计就等同于叁交设计(A×B)×C。如果A与D相同,四交群体只有叁个亲本。当A和C相同,且B和D相同时,它就等同于由单交种A×B产生的双亲F_2群体。因此,本研究中提出的遗传分析方法可以也适用于由双亲F_2,叁交F_1和只有叁个亲本的四交F_1衍生的纯系群体。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
许玲莉[3]（2013）在《基因表达的数量性状基因座分析技术》一文中研究指出近年来,人们将遗传学中的数量性状基因座(QTL)定位分析技术和基因组学研究中的基因表达(expression)分析技术联合运用,形成一种新的分析手段,称为"遗传基因组学"[1],即基因表达的数量性状基因座(eQTL)分析技术。与传统QTL技术不同的是,此种分析技术将基因表达水平视为复杂数量性状,进行遗传连锁分析,试图研究基因表达的遗传基础。多项研究揭示:许多基因mRNA水平的差异是可遗传的数量性状[2,4,8,10,11],这使得对其进行遗传连锁分析成为可能;eQTL分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL,前者是指某基因调节自身所在基因组区域的mRNA水平的差异,后者是指某基因调节其他基因组区域的mRNA水平的差异,而对反式作用eQTL的分析可以找到控制基因表达的上游候选调控基因,从而使得建立基因表达调控通路成为可能。(本文来源于《科技信息》期刊2013年34期）
邓应德,应杰政,石媛媛,肖层林,张海清[4]（2010）在《控制水稻柱头外露率的数量性状基因座初步分析》一文中研究指出为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的数量性状基因座QTL分析.结果表明,控制柱头外露率的3个QTL为qPES-2、qPES-5、qSPES-8,分别位于第2染色体的RM1285～RM12595、第5染色体的RM17952～RM18114、第8染色体的RM8020～RM7080,QTL的LOD峰值分别为3.54、4.79、3.85,解释的表型变异分别为10.1%、11.1%、9.0%,增效基因皆来源于高柱头外露率的亲本优ⅠB.研究并发现控制单边柱头外露率的QTL与总外露率的完全一致,第5染色体检测到的QTL是1个新的座位.(本文来源于《湖南农业大学学报(自然科学版)》期刊2010年04期）
李慧慧,张鲁燕,王建康[5]（2010）在《数量性状基因定位研究中若干常见问题的分析与解答》一文中研究指出QTL作图是基因精细定位、克隆以及有效开展分子育种的基础,在利用QTL作图开展数量性状基因定位研究的过程中经常会碰到一些问题,与统计方法有关的一些问题包括LOD的统计学意义是什么?检测QTL的可信度和LOD临界值的关系是什么?如何评价不同的QTL作图方法?提高QTL检测效率的途径有哪些?与遗传参数估计有关的一些问题包括QTL的贡献率是如何计算出来的?如何确定QTL有利等位基因的来源?选择基因型分析的有效性如何?复合性状是否适宜于QTL作图?与作图群体及遗传图谱有关的一些问题包括QTL作图群体中表型数据是否要求服从正态分布?加密标记是否可以显着提高QTL检测功效?缺失分子标记对QTL作图有什么影响?奇异分离标记对QTL作图有什么影响?文章试图结合笔者多年研究工作对这12个有共性的常见问题做出分析和解答,以供科研工作者参考。(本文来源于《作物学报》期刊2010年06期）
高继平[6]（2007）在《水稻耐盐数量性状基因SKC1的作用机理及OsHKT基因的表达模式分析》一文中研究指出盐胁迫是影响作物生长和产量的一个重要因素。水稻对土壤中的盐分尤其是NaCl相当敏感。和其它重要的农艺性状一样,植物的耐盐性是由多个数量性状基因(QTL)控制的复杂性状。为了了解水稻耐盐及钾、钠离子平衡的分子机理,我们从耐盐水稻品种Nona Bokra中克隆了在盐胁迫时维持地上部钾离子浓度的主效QTL-SKC1。SKC1编码一个HKT家族的钠离子转运蛋白(OsHKT8)。将Nona Bokra的SKC1基因(NSKC1)通过遗传转化导入另一个感盐的粳稻品种中花11中。在140 mM NaCl处理后,转基因植株的地上部钾离子浓度显着高于转空质粒的中花11。遗传互补实验证明了SKC1的克隆是正确的。为了确定SKC1的表达模式,我们将由SKC1启动子区控制的β-葡萄糖苷酸酶基因(GUS)转化水稻中花11,检测了转基因植株中GUS表达的部位。SKC1特异性地在水稻地上部及根部的木质部导管周围的薄壁细胞中表达,这表明SKC1的功能与控制钾、钠离子在地上部及根部之间的长距离运输有关。在两个亲本的SKC1蛋白NSKC1和KSKC1(越光)之间有4个氨基酸的替换,而且电生理实验表明NSKC1的钠离子转运活性比KSKC1高。为分析两个亲本的SKC1蛋白定位到爪蟾卵母细胞膜的能力是否存在差异,分别将NSKC1和KSKC1与GFP融合表达。转化两种融合蛋白的爪蟾卵母细胞膜上绿色荧光强度相同,说明NSKC1和KSKC1定位在爪蟾卵母细胞膜上的数量相同,钠离子运输活性的差异是由两者蛋白质序列中四个氨基酸的差别导致的。与KSKC1相比,盐胁迫时NSKC1从木质部中卸载更多的Na+,使苗期的耐盐性增强。我们的研究证明,SKC1是盐胁迫时水稻中维持地上部钾离子浓度的关键因素,有助于提高作物的耐盐性。已知在粳稻品种日本晴的基因组中存在7个编码有功能蛋白的OsHKT基因。除了SKC1/OsHKT8,我们还用启动子融合GUS基因的方法分析了Nona Bokra中的其它6个OsHKT基因的表达模式。它们在水稻的根、茎、叶、穗等多个组织中表达,但是表达模式不完全相同。这些结果将为它们的功能研究提供帮助。(本文来源于《中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）》期刊2007-03-01）
韩龙植,张媛媛,乔永利,曹桂兰,张叁元[7]（2006）在《水稻低温发芽势的遗传及数量性状基因座分析(英文)》一文中研究指出利用籼粳交“密阳23/吉冷1号”的F2:3代200个家系作为作图群体,在14℃条件下鉴定萌发7d、11d、14d和17d时低温发芽势,并利用由SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对不同萌发阶段的低温发芽势进行了数量性状基因座(QTLs)检测,同时进行了低温发芽势与其他耐冷性状间的相关分析。结果表明,萌发7d时低温发芽势及其低温反应指数呈现向低发芽势和低的低温反应指数的偏态分布,而萌发11d、14d和17d时低温发芽势及其低温反应指数均呈现接近正态的单峰连续分布。萌发14d时低温发芽势与其他耐冷性的相关性较萌发7d、11d和17d时低温发芽势更为密切,与芽期耐冷性、幼苗期耐冷性、低温下幼苗生长能力和孕穗期耐冷性表现为显着或极显着的正相关。位于第2染色体RM29-RM262区间的qLVG2和第7染色体RM336-RM118区间的qLVG7-2、qCIVG7-2在萌发11d、14d和17d时均检测到;位于RM29-RM262区间的qCIVG2在萌发11d和14d时均检测到,并对表型变异的贡献率随着萌发进程而逐渐增加。与低温发芽势相关的qLVG2贡献率从6.9%增加到14.2%,qLVG7-2贡献率从9.9%增加到11.2%,而与发芽势的低温反应指数相关的qCIVG2贡献率从6.3%增加到9.0%,qCIVG7-2贡献率从8.3%增加12.9%。这些QTL的增效等位基因均来自强耐冷亲本吉冷1号,基因作用方式主要为部分显性。(本文来源于《遗传学报》期刊2006年11期）
朱昌兰,肖应辉,王春明,江玲,翟虎渠[8]（2005）在《水稻灌浆期耐热害的数量性状基因位点分析》一文中研究指出利用由98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系群体及其分子连锁图谱,以粒重感热指数[(适温粒重-高温粒重)/适温粒重×100]为评价指标,采用混合线性模型的QTL定位方法,对水稻灌浆期耐热性的主效、上位性数量性状基因位点及其与环境的互作进行分析。共检测到3个灌浆期耐热性主效QTL,分别位于第1、4和7染色体上,LOD值为8.16、11.08和12.86,贡献率8.94%、17.25%和13.50%。其中位于第4染色体标记C1100-R1783之间的QTL,没有显着的上位性和环境互作效应,表明在不同环境和遗传背景中的表达较为稳定,在水稻耐热性育种中可能具有较大的利用价值,其耐热性等位基因来自亲本Kasalath,高温热害时可减少粒重损失3.31%。位于第1染色体标记R1613-C970之间的QTL和第7染色体标记C1226-R1440之间的QTL,耐热性等位基因来自亲本Nipponbare,分别可减少粒重损失2.38%和2.92%。这两个QTL均具有与环境的互作效应,其中第7染色体上的QTL还和其他基因位点有互作。检测到8对加性×加性上位性互作QTL,分布于第1、2、3、5、7、8、10和12染色体上。没有检测到上位性QTL与环境的互作效应。(本文来源于《中国水稻科学》期刊2005年02期）
高树仁[9]（2005）在《玉米抗丝黑穗病遗传分析及数量性状基因定位》一文中研究指出玉米对丝黑穗病的抗性是多基因控制的数量性状。国内外学者在玉米丝黑穗病抗性资源评价和抗性遗传研究方面作了大量工作,但抗性遗传研究基本停留在常规数量遗传水平,尚缺乏在分子水平上的遗传研究。玉米丝黑穗病是我国玉米主要病害之一,抗病遗传研究进展滞后,严重限制了抗病育种技术的发展和种质创新能力。本论文首先对133 份常用玉米自交系和24 个国内外群体进行了抗性鉴定,发掘出一批抗病资源,为玉米抗丝黑穗病遗传育种研究提供种质基础;进而利用世代平均数分析法进行抗病基因遗传效应分析,为抗病品种选育和改良提供理论依据。在此基础上,采用SSR 标记和AFLP 标记技术对玉米抗丝黑穗病基因进行了QTL 分析。在染色体1.03、2.09、3.04-3.05 和8.02-8.03 区域一致性地检测到抗丝黑穗病QTL;采用集团分离法进一步得到与抗病基因紧密连锁的分子标记,并成功地将2 个紧密连锁的AFLP 标记转化为SCAR 标记。研究结果为今后利用分子标记技术辅助选择玉米丝黑穗病基因提供了技术途径,同时还可以通过对这些位点的辅助选择创建近等基因系,为进一步开展玉米抗丝黑穗病QTL 精细定位与克隆奠定基础。(本文来源于《吉林大学》期刊2005-04-01）
周晓果,张正斌[10]（2005）在《作物数量性状基因座定位及分析研究进展》一文中研究指出近年来 ,分子数量遗传学的快速发展 ,使作物复杂数量性状尤其是经济性状的 QTL 研究取得了巨大进展 ,大大促进了复杂数量性状的遗传改良和分子操纵 .本文从分子标记连锁图谱的构建、QTL 定位方法及效应分析、精细定位和 QTL 验证及应用等方面综述了二十多年来作物 QTL 的研究进展 ,讨论当前 QTL 研究中存在的问题 ,并展望了作物 QTL 研究的发展前景 .(本文来源于《西北植物学报》期刊2005年03期）
数量性状基因座分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
与双亲遗传研究群体相比,多个亲本杂交衍生的后代群体中,包含更多的等位基因变异,在遗传研究和育种中的重要性日益突出。多亲杂交后代也可通过加倍单倍体或重复自交衍生出纯系群体(或称永久群体),因此可以开展多环境有重复的表型鉴定试验,从而研究QTL在环境间的稳定性、提高QTL定位的准确性。本论文利用理论推导、计算机模拟比较和真实数据应用等方法,研究四个纯系亲本衍生DH和RIL群体中的连锁分析和QTL定位方法。得到的主要研究结果如下:1.根据亲本中可识别的等位基因个数将标记划分为14类。推导了两个标记上均有四种等位基因时的理论基因型频率,给出了两个标记间重组率极大似然估计(Maximum Likelihood Estimate,MLE)的计算方法。当其中的一个或两个标记均为非完全标记时,给出了重组率的极大似然估计的EM算法,从而为连锁图谱的构建和基因定位奠定基础。2.完备区间作图(Inclusive Composite Interval Mapping,ICIM)方法已经成功应用于双亲群体的加显性和上位性作图,以及无性系F_1和四交群体的QTL作图。大量模拟研究和真实群体数据分析表明ICIM是一种行之有效的QTL作图方法。本研究将ICIM方法推广到四交衍生纯系群体的QTL作图,首先推导出各种标记基因型下QTL基因型的条件概率,通过构建正交变量,建立了四交DH和RIL群体QTL作图的表型与基因型的线性回归模型,利用逐步回归选择显着标记变量。然后在定位QTL的扫描过程中,用显着标记对表型值进行矫正,基于ICIM思想进行有背景控制的区间作图,计算检验统计量,定位QTL并估计其位置和遗传效应,从而实现四交衍生DH和RIL群体QTL定位的完备区间作图。3.考虑QTL在标记区间内的不同位置、QTL连锁相等因素,设计了包括独立QTL和连锁QTL的多种遗传模型,产生大量模拟群体研究了ICIM方法在四交衍生纯系群体作图的有效性,并与其他现有作图方法进行比较。模拟研究表明:ICIM对QTL的检测功效较高,假阳性率较低,对于位置和效应的估计也近似无偏。同时将ICIM应用到一个真实小麦四交RIL群体,对该群体千粒重性状的定位结果表明:ICIM能检测到更多的QTL,这些QTL具有更高的PVE(Phenotypic Variance Explained),更高的LOD值,同时具有更短的置信区间,部分QTL与已报道的基因重迭。4.在一个由(A×B)×(C×D)表示的四交群体中,当C和D相同时,四交设计就等同于叁交设计(A×B)×C。如果A与D相同,四交群体只有叁个亲本。当A和C相同,且B和D相同时,它就等同于由单交种A×B产生的双亲F_2群体。因此,本研究中提出的遗传分析方法可以也适用于由双亲F_2,叁交F_1和只有叁个亲本的四交F_1衍生的纯系群体。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
数量性状基因座分析论文参考文献
[1].李碧君,李红莲,谷小慧,陈朝豪,夏军红.通过全基因组QTL分析鉴定尼罗罗非鱼18号连锁群上的与耐寒性状相关的数量性状基因座[C].2017年中国水产学会学术年会论文摘要集.2017
[2].张思梦.四交衍生纯系遗传群体的连锁分析与数量性状基因定位方法研究[D].中国农业科学院.2017
[3].许玲莉.基因表达的数量性状基因座分析技术[J].科技信息.2013
[4].邓应德,应杰政,石媛媛,肖层林,张海清.控制水稻柱头外露率的数量性状基因座初步分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版).2010
[5].李慧慧,张鲁燕,王建康.数量性状基因定位研究中若干常见问题的分析与解答[J].作物学报.2010
[6].高继平.水稻耐盐数量性状基因SKC1的作用机理及OsHKT基因的表达模式分析[D].中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）.2007
[7].韩龙植,张媛媛,乔永利,曹桂兰,张叁元.水稻低温发芽势的遗传及数量性状基因座分析(英文)[J].遗传学报.2006
[8].朱昌兰,肖应辉,王春明,江玲,翟虎渠.水稻灌浆期耐热害的数量性状基因位点分析[J].中国水稻科学.2005
[9].高树仁.玉米抗丝黑穗病遗传分析及数量性状基因定位[D].吉林大学.2005
[10].周晓果,张正斌.作物数量性状基因座定位及分析研究进展[J].西北植物学报.2005