深圳市登革1型病毒株全基因组特征及系统进化分析

论文摘要

目的对深圳市2014年登革病毒1型（DENV-1）流行株进行全基因序列测定,分析其分子病毒学特征,探讨其可能来源。方法采集2例登革热患者急性期血清标本,用BHK-21细胞培养分离病毒,RT-PCR进行病毒血清型别鉴定,并用RT-PCR进一步扩增全基因组序列,测序后进行同源性比较、系统进化树分析和遗传变异分析。结果 2例深圳DENV-1分离株进行全基因组测序结果显示同源性为100.0%,其基因组全长均为10 735 bp,编码3 329个氨基酸,与新加坡DENV-1流行株核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.3%和99.7%。全基因组序列系统进化分析显示,深圳DENV-1株为基因Ⅰ型,与Fujian2004、Zhuhai2007和Singpore2008的亲缘关系较近,均在同一进化分支上。与广州DENV-1株GZ/80相比,深圳2014年DENV-1分离株发生了碱基变异430个,氨基酸变异42个,5’UTR存在1处点突变,3’UTR序列共有8处位点发生变异。结论 2014年深圳市DENV-1株可能来源于东南亚一带。病毒在进化过程中出现一些位点变异,这些变异的生物学意义有待进一步研究。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 病毒株
•   1.2 主要材料和试剂
•   1.3 引物设计
•   1.4 病毒基因片段的PCR扩增和测序
•   1.5全基因组系统进化树分析
• 2 结果
•   2.1 DENV-1型病毒基因组全序列基本特征
•   2.2 DENV-1型病毒基因组全序列同源性分析
•   2.3 全基因组序列进化分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 田建华,马珍元,张新枝,王雪刚,黄呈辉

关键词: 登革热,登革热病毒型,全基因,序列测定,系统进化树

来源: 热带医学杂志 2019年09期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 南方医科大学附属深圳宝安医院深圳市宝安区人民医院

基金: 深圳市科技计划项目（JCYJ20160427185812471）

分类号: R373.33

页码: 1090-1093

总页数: 4

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