基于高通量测序的藜麦连作根际土壤微生物多样性研究

基于高通量测序的藜麦连作根际土壤微生物多样性研究

论文摘要

为了揭示连作藜麦土壤细菌群落结构和多样性的变化,采用高通量测序技术(Illumina-MiSeq)对不同处理(种植1 a、种植2 a)的连作藜麦根际土壤细菌进行16S rRNA基因V4区测序。结果表明,种植1 a较种植2 a的藜麦根际土壤细菌群落丰度和多样性指数都要高,其中,种植1 a较种植2 a的藜麦Chao1指数平均值增加16.4%,ACE指数平均值增加22.9%,Shannon指数平均值增加2.3%;菌群的分类学组成分析结果表明,重茬种植后,伦茨氏菌属、溶杆菌属、中慢生根瘤菌属、丛毛单菌属多样性增多;分枝杆菌属、藤黄单胞菌属、芽单胞菌属、浮霉状菌属等细菌多样性减少。功能预测分析表明,重茬种植后,编码细胞膜转运的功能基因、编码翻译、复制和修复的功能基因、编码外源性物质降解和代谢、多糖生物合成和代谢的功能基因大量减少,编码核苷酸代谢、萜类化合物的代谢、辅因子和维生素的代谢等功能基因少量减少;而编码信号转导和脂类代谢的功能基因有少量增加。

论文目录

  • 1 材料和方法
  •   1.1 试验地概况
  •   1.2 试验方法
  •   1.3 土壤细菌的16S rRNA基因测序
  •     1.3.1 DNA的提取及16S rRNA基因V4区片段的扩增
  •     1.3.2 PCR产物纯化与定量
  •     1.3.3 文库验证及测序
  •   1.4 数据处理与分析
  • 2 结果与分析
  •   2.1 不同处理土壤样本测序结果及质量控制
  •   2.2 不同处理土壤细菌群落丰富度和多样性分析
  •   2.3 不同处理土壤菌群的分类学组成分析
  •   2.4 不同处理土壤样品序列的菌群代谢功能预测
  • 3 结论与讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 董艳辉,于宇凤,温鑫,王亦学,聂园军,侯丽媛,李亚莉,刘江,任元,王育川,曹秋芬,吴慎杰,王斌,秦永军

    关键词: 藜麦,连作,高通量测序,根际土壤,生物多样性

    来源: 华北农学报 2019年02期

    年度: 2019

    分类: 农业科技,基础科学

    专业: 生物学,农业基础科学,农艺学,农作物

    单位: 山西省农业科学院生物技术研究中心,农业部黄土高原作物基因资源与种质创新重点实验室,山西省农业科学院农业资源与经济研究所,山西省农业科学院农业环境与资源研究所

    基金: 山西省农科院博士基金项目(YBSJJ1611),山西省农科院特色农业攻关项目(YGG17065),山西省农科院院县共建项目(YCX2018D2T05),山西省农科院科技创新项目(YCX2018P2T01),山西省科技厅政府购买公共服务项目,农业部黄土高原作物基因资源与种质创新重点实验室子课题

    分类号: S154.3;S519

    页码: 205-211

    总页数: 7

    文件大小: 2542K

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