导读:本文包含了反转座子论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:座子,转录,逆转录,柞蚕,黑麦,多态性,基因组。
反转座子论文文献综述
周俊,石鹏,张爽,许金山,张小燕[1]（2019）在《柞蚕微孢子虫基因组LTR反转座子鉴定与进化分析》一文中研究指出【目的】鉴定柞蚕微孢子虫(Nosema pernyi)基因组中LTR反转座子的种类、数量和遗传关系。【方法】从GenBank数据库下载柞蚕微孢子虫基因组序列,采用MGEScan软件筛选潜在重复元件,通过NCBI-BLAST与不同物种的逆转酶进行比对,含有逆转录酶结构域的序列认定为LTR反转座子,并探讨它们的结构特征、所属类型和基因组分布特点。【结果】从柞蚕微孢子虫基因组中共发现6个LTR反转座子家族即Nar1,Nar2,Nar3,Nar4,Nar5和Nar6,长度在3～4kb之间;大部分家族有相似的LTR末端核苷酸,但靶位点重复和拷贝数存在差异;逆转录酶结构域系统进化树显示6个LTR反转座子家族均属于Ty3/Gypsy类型,且与家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)LTR反转座子形成姊妹分支;Nar2和Nar4家族在基因组上成串排列,具有相似的分布特征。【结论】柞蚕微孢子虫基因组中存在Ty3/Gypsy类型的LTR反转座元件,进化地位与家蚕微孢子虫最为接近;LTR反转座子家族重复元件在基因组上成串排列,可能是柞蚕微孢子虫基因组扩张的潜在因素之一。(本文来源于《重庆师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年03期）
黄芳,徐珍珍,孟珊,刘静,汪保华[2]（2017）在《盐胁迫下棉花LTR-反转座子的转录激活及在耐盐相关基因发掘中的应用》一文中研究指出LTR-反转座子是棉花基因组的主要组成部分,在基因组中通常呈现"静止"状态。但受到胁迫刺激时,部分反转座子的转录活性可被"激活",可能影响邻近基因的表达。本研究在盐胁迫下通过生物信息学手段,在旱地棉转录组数据库中检测到3 885个转录激活的候选LTR-反转座子;这些候选LTR-反转座子上下游5 kb内共有1 787个邻近基因,其中377个邻近基因在盐胁迫下差异表达,通过对377个基因进行功能注释发现,326个基因注释到GO数据库中,并且部分基因与棉花已报道过的耐盐抗旱基因同源。本研究结果将为棉花的耐盐分子机理解析提供一定的理论基础。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2017年06期）
李碧璇,张晴,朱辉,张忠明[3]（2017）在《百脉根小GTPaseROPs基因反转座子插入突变体的分离和鉴定》一文中研究指出为研究ROP(Rho-related GTPase of plants,ROP)在豆科植物共生固氮过程中的功能和作用机制,从百脉根逆转录转座子LORE1插入突变体库(http://www.kazusa.or.jp/lotus)中搜索到6个ROP相关基因突变体,通过分离和鉴定,得到不同突变体的M1代和M2代纯合体种子,对M2代进行表型鉴定及统计分析。结果表明:在早期共生表型的鉴定中,突变体与野生型植株相比,rop-like1植株的根瘤原基数明显下降,rop-like4植株的侵入线数和侵入线密度也明显下降;但仅rop-like1植株在接种14d后的结瘤数明显减少。(本文来源于《华中农业大学学报》期刊2017年02期）
石晓卫,李书粉,邓传良,卢龙斗,高武军[4]（2016）在《石刁柏Ty1-copia反转座子逆转录酶序列克隆及异质性分析》一文中研究指出对石刁柏(Asparagus officinalis)品种UC309及TD818的两个反转座子逆转录酶序列进行了PCR扩增并对其在基因组中的异质性进行了分析。结果表明,s101366和s107518两个转座子序列均属于Ty1-copia反转座子,是Ty1-copia反转座酶的部分保守区序列,其长度分别为636和653 bp。对随机获得的两个反转座子测序表明两个反转座子存在一定的异质性,其突变主要是由于发生了碱基置换,其中碱基转换分别占到80.4%和80.0%,T圮C和G圮A转换的比例差异不显着。通过对两个石刁柏品种(TD818和UC309)中获得的序列聚类分析发现,s101366和s107518均未表现出性别间、品种间及近缘种间的保守性,甚至表现出了种内异质性大于种间的异质性特征。这说明了两个反转座子处于高度变异的状态,是产生染色体不稳定的重要因素之一。(本文来源于《湖北农业科学》期刊2016年18期）
常会波[5]（2015）在《肾母细胞瘤中L1反转座子甲基化的研究》一文中研究指出肾母细胞瘤是最常见的儿童胚胎性恶性肿瘤,探明其早期发病机理对早期诊断和治疗有重要意义。基因组和重复序列的DNA低甲基化被认为在肿瘤发生中可早于遗传和表型。L1反转座子低甲基化与多种肿瘤发生发展有关,但作用机制尚未明确。最近研究表明L1反转座子与可影响端粒长度的端粒酶有一定的相似性,本研究以肾母细胞瘤组织为研究对象,探讨肾母细胞瘤中LINE-1甲基化水平及其与端粒长度有无相关性。利用亚硫酸盐处理DNA后结合焦磷酸盐测序法测定LINE-1甲基化水平,利用实时定量PCR测定端粒的相对长度。结果发现肾母细胞瘤LINE-1甲基化水平明显低于正常对照,相对端粒长度也明显短于正常对照。同时发现肾母细胞瘤中LINE-1甲基化水平与端粒长度有明显的正相关。结论:这些研究结果表明肾母细胞瘤中存在明显的LINE-1低甲基化现象,而且相对端粒长度也明显缩短,两者间有明显的相关性,也为LINE-1与肿瘤的发生机制提供了新的方向。(本文来源于《2015第八届世界癌症大会会刊》期刊2015-05-15）
王姗姗[6]（2015）在《谷子基因组中几类LTR反转座子的定义及其表达特性的研究》一文中研究指出LTR反转座子是一类可以通过“复制-粘贴”机制进行转座并产生新的拷贝的转座元件。LTR反转座子在真核生物中广泛存在,是物种进化和基因组扩张的主要驱动力,其拷贝数或扩张或缩减的波动,可造成物种基因组组成的显着不同。除了对基因组构成的显而易见的影响外,LTR反转座子的激活可造成基因表达和功能的系列变化,从微妙的数量变化到调控网络的重构,甚至是新基因的产生。谷子作为最古老的农作物之一,距今已有8,700年的栽培历史。作为二倍体C4植物,谷子不但营养价值高、抗胁迫能力强,而且同珍珠黍、柳枝稷等生物能源植物亲缘关系较近。随着谷子基因组信息的公布,为研究以谷子为代表的生物能源型植物基因组中反转座子的结构和功能,及其在物种进化、物种形成以及调控功能基因表达等方面提供了巨大便利。本文利用LTR_Finder在谷子基因组中探寻并定义了四类LTR反转座子,这四类LTR反转座子的大小为5034 bp-6668 bp,拷贝数较低,同类反转座子之间的相似性>95%,并且具有LTR反转座子的典型特征,即具有高度相似的LTRs、TSD、PBS和PPT序列。经过blastn和blastx分析,结果显示这四类LTR反转座子与其他已报道的LTR反转座子无相似性,我们将这四类元件分别命名为G、J、M、P。这4类LTR反转座子同样具有转座所需的基因gag和pol,由此可知这4类LTR反转座子是最新发现的并具有激活潜能的转座元件。依据阅读框POL中INT,RT和RH的排列顺序,这四类LTR反转座子均可以被归为Ty1-copia元件。对G、J、M、P四类LTR反转座子进行全基因组的拷贝数分析发现,这四类LTR反转座子分别具有5个、11个、41个和23个拷贝,分布于谷子基因组的9条染色体上。插入时间的分析表明,这四类LTR反转座子所有拷贝的插入时间均小于2 Mya,仅有M类反转座子的一个拷贝M041的插入时间为2.692 Mya。这四类LTR反转座子的平均插入时间分别为0.392 Mya、1.014 Mya、0.570 Mya、0.182 Mya,并且其插入时间多集中于0-1 Mya。这表明这些转座子均是最新插入的并且极有可能具有一定的转座潜能。在这四类LTR反转座子中,P类LTR反转座子的插入时间相对较小,21个拷贝的插入时间均低于0.3 Mya。G、J、M、P四类LTR反转座子中,每一类LTR反转座子的侧翼发现存在一些基因,甚至一些转座子插入到了基因内部。这些基因中有的与植物生长发育相关,有的与次级代谢相关,有的编码转录因子,有的则与胁迫应答息息相关。为了探究转座子对各种胁迫的响应,对转座子进行盐、干旱、低温和O_3胁迫条件下的表达分析,发现转座子的表达发生了变化,并且不同转座子在同一胁迫条件下的表达变化并不一致,同一转座子在不同的胁迫条件下的表达变化也不相同。综上可知,谷子基因组中存在一些低拷贝的最近插入基因组中的LTR反转座子,并且这些转座子在胁迫条件下能发生表达的改变,再加上这些转座子的周围存在一些同生长发育以及胁迫相关的基因,不难想象我们的实验结果为研究转座子在谷子基因组进化中的作用以及转座子对谷子功能基因表达的影响提供了初步的理论基础。(本文来源于《辽宁大学》期刊2015-05-01）
杨晶晶[7]（2015）在《组织培养诱导下水稻met1-2突变体反转座子Tos17活性与组蛋白修饰关系研究》一文中研究指出组织培养可以诱导水稻产生遗传变异与表观遗传变异,表观遗传变异主要表现为DNA甲基化、组蛋白修饰等方面。作为表观遗传调控的重要途径之一,组蛋白密码大大丰富了真核生物基因组所包含的遗传信息,而组蛋白甲基化和组蛋白乙酰化在维持基因组稳定性、调控基因表达中起着重要作用。组织培养过程中,DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑等表观遗传变异并不是单独发生的,而是共同作用构成了表观遗传调控途径。另外,组织培养条件下可以诱导转座子发生转座激活,进而对植物基因组的结构和功能产生重要影响。MET1-2是水稻中维持CG位点甲基化的主要甲基转移酶,基于本实验室目前的研究进展,发现MET1-2功能缺失,会发生全基因组范围内的CG位点去甲基化。通常情况下,大部分植物转座子保持稳定沉默的状态。组织培养条件可诱导水稻愈伤组织中转座子发生转座激活,包括反转座子Tos17。而在MET1-2功能缺失的情况下,水稻愈伤组织中反转座子Tos17的转座更加活跃。然而,植物基因组中,各种表观修饰marker并非独立存在,而是通过相互依存,相互识别,来共同完成调控染色质结构和调节基因表达作用的。本研究以水稻粳稻品种日本晴叶片组织、日本晴愈伤组织、MET1-2非突变体愈伤组织、MET1-2杂合突变体愈伤组织、met1-2纯合突变体愈伤组织作为实验材料。利用全基因组重测序技术分析转座子的转座激活情况,结果显示与日本晴愈伤组织相比,met1-2纯合突变体愈伤组织中有14个家族的转座子发生了转座激活,包括反转座子Tos17。Southern blot结果显示反转座子Tos17在met1-2纯合突变体愈伤组织中大量激活,验证了重测序的结果。新激活的反转座子Tos17中约有70%插入到基因组body区。利用染色质免疫沉淀技术检测反转座子Tos17上四种组蛋白修饰(H3K9me2、H3K27me3、H3K4me3和H3K9ac2)变化,结果显示met1-2纯合突变体愈伤组织中反转座子Tos17上组蛋白H3K9me2、H3K27me3修饰程度降低,而组蛋白H3K4me3和H3K9ac2修饰程度上升。本研究证明反转座子Tos17的活性与组蛋白修饰存在一定的关系,并为进一步研究水稻中各种表观遗传修饰marker在转座子转座过程中的调控机制奠定基础。(本文来源于《东北师范大学》期刊2015-05-01）
陈雷[8]（2015）在《黑麦1RS特异保守序列克隆及1BL.1RS易位系中反转座子LTR的表达研究》一文中研究指出小麦(Triticum aestivum L.,AABBDD)是我国仅次于水稻的第二大粮食作物,也是世界上重要的粮食作物之一。携带1BL.1RS易位染色体的小麦品种(系)由于具有高产抗病的特性而在全世界大量推广种植。然而,由于1RS来源单一,人们考虑最多的问题是如何拓宽1BL.1RS易位系的遗传多样性。目前开发的1RS特异分子标记为1BL.1RS在小麦育种中的应用研究提供了方便,但对于众多已公布的1RS特异分子标记,其通用性及标记扩增的序列特征还缺乏细致的研究。此外,小麦基因组中含大量反转录转座子序列且具有一定的生物学功能。目前对1BL.1RS易位品种(系)中的反转录转座子序列的表达情况缺乏研究。因此,本实验选取9个在我国具有代表性的1BL.1RS易位或1RS.7DL,7DS.1BL易位品种(系)以及本课题组培育的9个姊妹1BL.1RS易位系为材料,考察了142对已公布的1RS特异引物的通用性,对部分产物进行了克隆测序,同时研究了姊妹1BL.1RS易位系中反转录转座子的LTR(长末端重复序列)的表达情况。本实验首先采用原位杂交的方法对小麦品种进行细胞学鉴定分析,再通过PCR分子标记技术筛选1RS特异标记,然后将这些1RS特异保守序列进行克隆测序分析,最后对姊妹1BL.1RS易位系中反转座子LTR的表达情况进行了初步分析,得到如下创新性的研究结果：1.对实验所用材料进行细胞学鉴定,确定所用的7个小麦品种(系)以及9个姊妹系材料均为1BL.1RS易位系,此外,还有鲁麦11和济南16两个小麦品种(系)为1RS.7DL、7DS.1BL易位系,其余7个对照材料均为不含黑麦染色质成分的纯系小麦。2.通过PCR扩增,对所报道的142对1RS特异引物进行筛选,只有27对引物能从本实验所用的7个1BL.1RS易位系和2个1RS.7DL、7DS.1BL易位系中扩增出1RS特异条带,而对照组中的CS, MY11, CN27, CM107, J1025, R345, R297没有扩增出条带。这27对特异引物分别是：TSM39, TSM81, TSM86, TSM92, TSM103, TSM109, TSM111, TSM123, TSM264, TSM294, TSM303, TSM306, TSM391, TSM460, TSM634, TSM642, TSM716, Top1017, Sec-1, Bmac0213,STSWE126, P6M12-P, ora003, ora004, ora007, ora011,ora012。3.从27对1RS特异引物中,随机选取15对引物的PCR产物进行克隆测序,结果表明,9对引物(ora004, ora007, ora011, ora012, P6M12-P, Top1017, TSM103, TSM109,TSM111)从7个1BL.1RS易位和2个1RS.7DL易位品种(系)中扩增得到的序列完全一致；引物Bmac0213从7个1BL.1RS易位和2个1RS.7DL易位品种(系)扩增出4条不同的序列；引物TSM294扩增出来叁种不同的序列；引物ora003、TSM39和TSM123扩增出来了两种不同的序列；而引物TSM264则从7个1BL.1RS易位和2个1RS.7DL易位品种(系)中扩增出13条不同的序列。其中引物TSM39和Bmac0213扩增的序列长度也不相同,而引物TSM294、 ora003、TSM123、TSM264扩增的序列长度相同,核苷酸序列不同。这一结果表明,用基于PCR的分子标记进行遗传多样性分析时,仅凭条带大小进行判断是不准确的。4.根据Tyl-copia类反转录转座子19个家族的LTR序列保守区域设计了21对引物,以9个姊妹1BL.1RS易位系和亲本绵阳11的cDNA为模板,进行了PCR分析,结果表明,6对引物扩增出的片段大小与预计的片段大小一致。其中5对引物在10份材料中都扩增出了产物,而引物TREP228在其中1个易位系14T-80-1中没扩增出产物。将引物Angela-3和TREP228扩增出的序列进行克隆测序,序列比对分析表明这些序列与数据库中的LTR保守区相似性都在90%以上,表明引物TREP228所扩增得到的序列应该属于反转座子LTR序列,说明这些反转座子LTR在1BL.1RS易位系中具有转录活性,并且在不同的姊妹易位系中,LTR表达存在差异。5.本研究结果提供了9对通用且保守的1RS特异引物,为1RS多态性的调查提供了基础。此外,为进一步研究反转录转座子在1BL.1RS易位系中的表达及其功能研究提供了一定的理论基础。(本文来源于《四川农业大学》期刊2015-03-01）
殷豪[9]（2014）在《梨基因组LTR反转座子注释及进化分析研究》一文中研究指出长末端反转座子(LTR-RT)是植物基因组中数量最多、比例最大的一类转座子,通常富集于染色体的异染色质区。植物基因组中LTR-RT拷贝数量、结构及活性在不同物种甚至近缘物种中均存在明显差异,因此LTR-RT可以用来开发多种分子标记,进行品种鉴定及遗传多样性研究。另外,通过计算直系同源LTR-RT插入基因组的时间,我们还可以对近缘物种间的进化历史事件进行研究。本论文主要通过生物信息学方法对东方梨(‘砀山酥梨’)基因组中LTR-RT进行注释分析研究,包括家族、谱系及超家族分析,构建梨基因组LTR-RT数据库,同时分析LTR-RT的染色体分布、插入时间及进化特征,探索具有新结构类型的LTR-RT,通过直系同源LTR-RT和单拷贝基因的进化速率对东方梨与西洋梨('巴梨’)的分化时间进行推算。另外,本研究公布的梨全基因组LTR-RT序列还将为梨种质资源遗传多样性分析及梨种质间进化历史研究奠定基础。主要研究结果分述如下:1.东方梨基因组中LTR-RTs的注释分析通过对东方梨基因组进行注释,我们共发现7247个具有清晰边界的LTR-RT,包括3221个(44.4%)含有TSD位点的完整LTR-RT序列(IT),578个(8.0%)不含TSD位点的完整序列(InT),2896个(40.0%)含有TSD位点的solo LTRs(ST)及552个(7.6%)不含TSD位点的solo LTRs(SnT),根据“80-80-80”的分类原则,这些LTR-RTs可以归类为148个家族,其中115家族属于Copia超家族,21个属于Gypsy超家族,9个属于TRIM超家族,另外3个属于LARD超家族。其中拷贝数最多的是Pbr148,属于TRIM超家族的Cassandra家族,共有2411个拷贝(仅包含完整元件和solo LTR)。另外我们发现约90%的LTR-RT在梨染色体上都符合随机分布规律,Copia超家族中Maximus谱系在蔷薇科物种中丢失。进一步分析表明不同超家族及家族之间的LTR-RT的扩增时间范围差异很大,比如Copia-like超家族是近期最活跃的,且在近1百万年内有一个扩增高峰。2.Cassandra家族在5个蔷薇科物种中的比较分析Cassandra反转座子属于LTR-RT中微末端重复反转座子(TRIM)超家族。有研究报道Cassandra反转座子几乎存在于所有的维管植物中,本研究发现Cassandra反转座子是梨基因组中拷贝数最多的家族,因此我们结合其他四个已经完成测序的蔷薇科物种(苹果、桃、梅花和野生草莓)基因组数据对Cassandra反转座子的数量、染色体分布、插入时间分布和进化特征进行了比较基因组分析。关于Cassandra反转座子我们有了以下几个新的发现:1)大量的完整转座子(intactelements)含有3个、4个或5个长末端重复序列(LTRs),其中梨基因组中数量最多,约占20%;2)每个基因组中含有TSD位点(80%)和不含TSD位点(20%)的完整转座子与solo LTRs数量都很多;3)Cassandra反转座子在染色体上呈随机分布特征;4)梨基因组中拷贝数最多,共5032个(包括可鉴别的残缺Cassandra);5)不同物种间Cassandra反转座子在进化过程中展现出复杂的进化关系。这些结果都表明Cassandra反转座子包含了许多之前我们没有发现的复杂结构,大量的Cassandra拥有多个LTRs,我们推测Cassandra反转座子间发生频繁的不平衡重组及随后的复制转移机制可能在基因组进化的过程中起到至关重要的作用。3.东方梨与西洋梨之间的分化历史事件利用从东方梨基因组中注释到的6117个含有TSD位点的完整LTR-RT和solo LTR,对西洋梨基因组进行同源搜索,共找到1194个(19.5%)直系同源LTR-RT,其中包括656个(20.4%)完整LTR-RT和538个(18.6%)solo LTR。另外我们还对两个梨基因组及二者分别与拟南芥基因组中的直系同源单拷贝基因进行了分析,发现两个梨基因组之间共有774个直系同源单拷贝基因,而二者与拟南芥基因组之间共存在299个直系同源单拷贝基因。通过对直系同源单拷贝LTR-RT的两个LTR序列的碱基替换速率及直系同源单拷贝基因的同义和非同义突变率的比较分析,我们推测两个梨基因组的分化时间约为0.77-1.66百万年之间,且二者分化后的进化速度没有明显差异。同时,我们的研究结果还证实了 LTR-RT的突变速率约是编码基因的两倍。总之,本研究首次从比较基因组学的角度利用梨基因组的LTR-RT重复序列与基因序列信息从全基因组范围内阐明了东西方两个重要梨栽培种之间的进化关系,这将有助于不同梨种质间遗传多样性研究,并为揭示东西方梨之间的进化历程奠定基础。(本文来源于《南京农业大学》期刊2014-11-01）
李晓欢[10]（2014）在《二化螟Ty3/gypsy反转座子的克隆与序列分析》一文中研究指出二化螟为钻蛀性害虫,广泛分布于我国各水稻产区,近年来危害加重。二化螟分布广且呈现周期性爆发的特点,这可能与其种群的遗传多样性及其在不同生境中的遗传适应分子机制相关。反转录转座子是宿主体内可以移动的DNA序列,当反转录转座子在宿主体内转座以及增殖时,变异不断被积累遗传,最终导致种群的分化以及物种的变异。大量证据表明反转录转座子是生物基因组进化的重要动力,同时也是物种多样性形成的主要来源。转座子已成为研究基因功能与表达调控、生物多样性及生物进化机制的重要工具(或标记)。研究发现,二化螟体内含有大量的反转录转座子序列。因此,我们试图利用二化螟体内的内源性反转座子对二化螟的种群遗传多样性进行研究。本文利用二化螟体内已知的一条Ty3/gypsy反转座子序列片段,通过反向PCR和基因组步移等方法成功克隆获得了一条完整的Ty3/gypsy反转座子序列,对该反转座子序列进行了较系统的研究与分析。再者,对二化螟Ty3/gypsy反转座子序列中的天冬氨酰蛋白酶(AP)基因进行了较系统的研究与分析。最后,对二化螟体内两种类型转座子序列的单碱基变异特点进行了细致的比对分析。本文的研究,一方面使我们对二化螟Ty3/gypsy内源性反转座子的序列结构特征等有了一个系统性的认识；另一方面,通过对这两种类型转座子序列变异的研究,使我们对二化螟内源性反转座子序列的变异特点有了深刻的了解。可以将新克隆获得的二化螟Ty3/gypsy反转座子进一步用于二化螟地理种群遗传多样性的研究,将二化螟种群发生与变异的生态因素和内源分子遗传因素相结合,认识与二化螟种群遗传多样性相适应的分子形成机制。为阐明二化螟种群消长和爆发成灾的遗传适应机制提供理论依据。一、二化螟Ty3/gypsy反转座子的克隆与序列分析基于二化螟转录组数据库中的一条Ty3/gypsy类反转座子序列片段,利用反向PCR和Genome Walking方法成功克隆出Ty3/gypsy类反转座子的全长序列,命名为Csu-Ty3 (GenBank登录号：KJ191261)。该序列全长4939bp,在基因组上插入的靶位点是‘'AACGT",两端的LTR不完全相同,5’端LTR长161 bp,3’端LTR长168bp,两者的一致度为93.5%.经ORF Finder分析,Csu-Ty3中包含叁个独立的ORF,从左到右依次编码GAG蛋白、AP蛋白和一个多聚蛋白。Southern杂交显示二化螟不同地理种群中均有较多的Csu-Ty3拷贝。在特定基因座位上,除了德阳和江津种群中有些个体在该位点上没有检测到Csu-Ty3拷贝的插入,其余种群中在该位点上均含有Csu-Ty3拷贝的插入。二、二化螟Ty3/gypsy反转座子天冬氨酰蛋白酶(AP)序列的克隆与分析本文首次系统研究了二化螟Ty3/gypsy反转座子的AP基因序列(GenBank: KF886014)。AP基因具有独立的开放阅读框,长528 bp,编码的蛋白含175个氨基酸残基。该蛋白中含有一个特异的Asp_protease_2保守功能域。对同一基因座位上的AP序列多重比对分析,发现共存在46处碱基替换,其中碱基转换有31处,碱基颠换有15处,A→G的变异形式出现最多,有15处；其次是T→C的变异形式,有11处；其余的变异形式都很少,但绝大部分拷贝的ORF完整,能编码完整的蛋白。叁、二化螟体内两种类型转座子单碱基变异特点分析利用多重序列比对分析软件,分别对二化螟体内发现的DNA型转座子和RNA型转座子进行独立的多重序列比对分析,发现这两种类型的转座子序列在单个碱基的替换中表现出相似的特点。单碱基的转换数均显着高于颠换数。在单碱基转换形式中,A::T→G::C的变异数均显着高于G::C→A::T,这与其他类似的研究结果明显不同。进一步对ORF区内单个碱基变异特点进行分析,结果显示在密码子的3个不同位置,发生单碱基替换的概率无显着差异。单碱基替换导致的氨基酸错义突变显着高于其他类型的氨基酸突变。密码子第3位上碱基替换导致的氨基酸同义突变数是最高的。(本文来源于《南京农业大学》期刊2014-06-01）
反转座子论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
LTR-反转座子是棉花基因组的主要组成部分,在基因组中通常呈现"静止"状态。但受到胁迫刺激时,部分反转座子的转录活性可被"激活",可能影响邻近基因的表达。本研究在盐胁迫下通过生物信息学手段,在旱地棉转录组数据库中检测到3 885个转录激活的候选LTR-反转座子;这些候选LTR-反转座子上下游5 kb内共有1 787个邻近基因,其中377个邻近基因在盐胁迫下差异表达,通过对377个基因进行功能注释发现,326个基因注释到GO数据库中,并且部分基因与棉花已报道过的耐盐抗旱基因同源。本研究结果将为棉花的耐盐分子机理解析提供一定的理论基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
反转座子论文参考文献
[1].周俊,石鹏,张爽,许金山,张小燕.柞蚕微孢子虫基因组LTR反转座子鉴定与进化分析[J].重庆师范大学学报(自然科学版).2019
[2].黄芳,徐珍珍,孟珊,刘静,汪保华.盐胁迫下棉花LTR-反转座子的转录激活及在耐盐相关基因发掘中的应用[J].江苏农业学报.2017
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