阿坝藏族羌族自治州若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

论文摘要

旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区（435 bp）的A+T含量（56.46%）明显高于G+C含量（43.54%）,存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）和平均核苷酸差异数（k）分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%（3/17）;Hap1和Hap15单倍型是4个乡镇（降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡）群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 试验材料
•   1.2 试验方法
•     1.2.1 DNA提取
•     1.2.2 PCR引物的设计
•     1.2.3 PCR反应和序列测定
•   1.3 数据处理与分析
• 2 结 果
•   2.1 若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区部分序列的SNPs分析
•   2.2 若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区单倍型分析
•   2.3 若尔盖地区藏猪群体遗传多样性分析
•   2.4 若尔盖地区藏猪群体之间基于mtDNA D-Loop区部分序列的平均遗传距离
•   2.5 若尔盖地区藏猪基于mtDNA D-Loop区部分序列的系统进化树及网络关系分析
•   2.6 若尔盖地区藏猪与中国地方猪种及野猪mtDNA D-Loop高变区共享单倍型和特有单倍型分析
•   2.7 基于若尔盖地区藏猪、中国地方家猪和野猪的部分mtDNA D-Loop序列的系统进化分析
• 3 讨 论
•   3.1 若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop区的序列特征
•   3.2 基于mtDNA D-Loop区部分序列的若尔盖地区藏猪遗传多样性分布规律
•   3.3 若尔盖地区藏猪系统发生关系
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李正杰,周先坤,王浥尘,陈玉慧,褚天琪,秦昱疌,唐楷,李学伟,马继登

关键词: 若尔盖地区,藏猪,单倍型,遗传多样性

来源: 畜牧兽医学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 畜牧与动物医学

单位: 四川农业大学动物科技学院畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室

基金: 国家重点研发计划(2018YFD0501204),四川省科技厅重点研发项目(2019YFN0035),国家生猪产业技术体系(CARS-35-01A),国家自然科学基金(31601918)

分类号: S828

页码: 2387-2399

总页数: 13

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