导读:本文包含了扩增片段长度多态性分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:多态性,杆菌,片段,长度,基因,芽孢,遗传学。
扩增片段长度多态性分析论文文献综述
赵莉佩[1]（2017）在《中国不同地区球形孢子丝菌临床分离株的扩增片段长度多态性分析及表型特征研究》一文中研究指出背景:孢子丝菌病是由双相型真菌申克孢子丝菌复合体(Sporothrix schenckii complex)感染引起的常见深部真菌病,在世界各地广泛流行,可累及皮肤甚至造成系统性感染,迁延不愈。最近分子生物学研究发现申克孢子丝菌是由6个亲缘种构成的复合体,包括狭义的申克孢子丝菌(Sporothrix schenckii sensu stricto)、巴西孢子丝菌(Sporothrix brasiliensis)、球形孢子丝菌(Sporothrix globosa)、卢艾里孢子丝菌(Sporothrix luriei)、墨西哥孢子丝菌(Sporothrix mexicana)和苍白球孢子丝菌(Sporothrix pallida)。球形孢子丝菌是我国孢子丝菌病的主要优势菌种,然而我国不同地区来源的临床菌株表型仍存在差异,且部分研究表明存在一定的遗传变异性,因此深入研究球形孢子丝菌是否存在基因型、表型特征、药物敏感性等的差异具有重要意义。目的:对我国不同地区孢子丝菌病的临床分离株进行种系发生分析及表型特征分析,利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)研究我国不同地区来源的球形孢子丝菌临床分离株基因多态性,并探讨其与临床分型、地理来源、药物敏感性及菌株生长速度的相关性。方法:1.收集2009年至2013年来自中国8个不同省市孢子丝菌病的225株临床分离株及患者临床资料。对所有临床分离株的钙调蛋白(CAL)基因片段进行扩增并测序,将CAL序列上传至Genbank数据库进行比对,利用MEGA 6.0软件,采用Neighbor-Joining法进行系统进化分析构建种系发生树。2.通过限制性内切酶组合Eco RⅠ和Saq AⅠ,对AFLP分析中各实验步骤进行优化,并用64对引物进行筛选,选取1对DNA多态性较好的引物;采用优化后的AFLP反应体系,对225株临床分离株进行AFLP分析,利用NTSYS-pc version 2.10对结果进行聚类分析。3.将225株临床分离株接种于马铃薯琼脂培养基(PDA)中,分别置于30℃、35℃和37℃温箱中,于7天、14天、21天分别观察菌落直径,计算生长速度;同时将临床分离株进行碳源同化实验。4.参照Clinical and Laboratory Standards Institute(CLSI)颁布的微量液基稀释法M38-A2方案,选用临床分离株的菌丝相,对来源于不同AFLP基因型别,分别包括Ⅰ型(n=10)、Ⅱ型(n=10),Ⅲ型(n=2)、Ⅳ型(n=9)、Ⅴ型(n=4)、Ⅵ型(n=2)、Ⅶ型(n=3)、Ⅷ型(n=3),共43株临床分离株进行体外药物敏感性实验,检测的抗真菌药物包括氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、特比萘芬、两性霉素B、泊沙康唑、卡泊芬净、阿巴康唑。结果:1.建立球形孢子丝菌AFLP反应的最佳体系:约1000ng模板DNA经限制性内切酶Fast Digest Eco RⅠ与Fast Digest Saq AⅠ(各1U),37℃酶切5min;取8μl酶切液加入1μl Eco RⅠ接头、1μl Saq AⅠ接头、T4DNA连接酶2.5U,25℃连接1h;20μl扩增体系,取稀释20倍的连接产物5μl,加入Mg2+2m M、Taq酶1U、d NTPs 0.2m M each、引物0.1μM;20μl扩增体系,取稀释20倍的预扩增产物5μl,加入Mg2+1m M、Taq酶1.5U、d NTPs 0.15m M each、引物0.06μM。选择性扩增引物采用E4:GACTGCGTACCAATTCACT,M1:GATGAGTCCTGAGTAACAA效果较好。2.通过对225株临床分离株的CAL基因序列鉴定,结果显示所有菌株均为球形孢子丝菌,系统进化树显示各地区的球形孢子丝菌可分为3个Subgroup(命名为globosaⅠ,globosaⅡ,globosaⅢ),globosaⅠ最常见,首次发现globosaⅢ。AFLP聚类分析可得到8个区分明显的型别(命名为I至Ⅷ),其中Ⅰ型(23%)、Ⅱ型(41%)和Ⅳ型(22%)最为常见。来自长春的临床分离株主要分为Ⅱ型(35/60)和Ⅳ型(25/60),四平的临床分离株主要聚类于Ⅱ型(23/31),吉林市的临床分离株(18/20)和白城的临床分离株(12/13)以Ⅰ型为主,Ⅲ型(n=2)和Ⅷ型(n=3)全部为松原的临床分离株。AFLP基因分型和地理来源之间存在一定的相关性,但并未发现与临床分型的相关性。3.所有球形孢子丝菌在PDA上于30℃培养21天后,菌落直径达16~42mm,于35℃培养21天后,菌落直径达3~15mm,而大部分临床分离株(218/225)在37℃呈限制性生长(菌落直径达1.5~5.5mm),少数(7/225)不能生长;所有球形孢子丝菌临床分离株均能同化蔗糖不能同化棉子糖;对于球形孢子丝菌的菌丝相,特比萘芬表现最好的抗真菌活性,MIC值为0.03~8μg/ml,GM值为0.05μg/ml;其次为泊沙康唑、阿巴康唑、卡泊芬净,MIC值分别为0.5~>16μg/ml、4~16μg/ml、0.25~>16μg/ml,GM值分别为2.99μg/ml、8.26μg/ml、9.55μg/ml;而伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B、氟康唑的MIC值均较高,分别为1~>16μg/ml、8~>16μg/ml、>16μg/ml、>64μg/ml。统计学分析显示,每种抗真菌药对不同临床分型、不同基因型别、不同地理来源的球形孢子丝菌的MIC值无明显差异。结论:1.球形孢子丝菌为我国孢子丝菌病的主要致病菌种。2.在种系发生上,球形孢子丝菌可进一步分为3个亚组。我国globosaⅠ最常见,首次发现globosaⅢ。3.采用AFLP方法,利用Eco RⅠ-ACT/Saq AⅠ-CAA引物可将球形孢子丝菌分为8个主要基因型别。孢子丝菌病的临床分型与AFLP基因分型无相关性。4.中国南北区域的球形孢子丝菌AFLP基因分型有明显的地域分布特征,其中吉林省的基因分型与省内城市分布有一定的相关性。5.大部分球形孢子丝菌在37℃呈限制性生长,仅有少数不能生长;球形孢子丝菌能同化蔗糖,不能同化棉子糖;八种抗真菌药物中,特比萘芬的抗真菌活性最高,其次为泊沙康唑、阿巴康唑、卡泊芬净,而伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B、氟康唑的MIC值均较高。球形孢子丝菌对药物的敏感性与孢子丝菌病致病的临床分型、菌株的基因分型、地理来源无关。(本文来源于《吉林大学》期刊2017-11-01）
朱启迪,张新钵,Ejaz,M,张改生,车会学[2]（2013）在《叁例小麦细胞质雄性不育系线粒体DNA的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出细胞质雄性不育是小麦杂种优势利用的重要途径,为了鉴定3例小麦雄性不育系的细胞质类型,对其线粒体DNA(mtDNA)进行扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析。文中利用差速离心法和不连续蔗糖密度梯度超速离心法提取纯化小麦线粒体。结果表明:通过该提取方法获得的mtDNA,其质量和纯度能够满足PCR反应和遗传学分析。在64对选扩引物中,筛选到了4对特异性引物,其中引物E1/M7在ms(Kots)-90-110不育系扩增出3条特异条带;引物E4/M2在ms(Ven)-90-110不育系扩增出2条特异条带;引物E7/M6在ms(S)-90-110不育系中扩增出2条特异条带;引物E6/M4在ms(Kots)-90-110不育系中扩增出2条特异条带。这些特异引物可以用来作为鉴定具有粘果山羊草Aegilops kotschyi、偏凸山羊草Ae.ventricosa、斯卑尔脱小麦Triticum spelta 3类不育细胞质型小麦雄性不育系的细胞质分子标记,为研究小麦细胞质雄性不育机理奠定了分子基础。(本文来源于《生物工程学报》期刊2013年05期）
左庭婷,李岩伟,韩雪莲,何君,端青[3]（2012）在《利用扩增片段长度多态性分析鉴别炭疽和蜡样芽孢杆菌》一文中研究指出目的:利用扩增片段长度多态性(AFLP)分析建立鉴别炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌的分子生物学方法。方法:3株炭疽芽孢杆菌和3株蜡样芽孢杆菌基因组经限制性内切酶EcoRⅠ和MseⅠ酶切后与对应接头连接,通过预扩增和选择性扩增获得特异性DNA片段,将片段进行毛细管电泳,并利用GeneScan和BioNumerics软件对电泳数据进行分析。结果:选择性扩增最佳引物组合为EcoRⅠ-G/MseⅠ-A,其扩增片段在100~500 bp范围内的有效数量为40~50条;比较炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌的AFLP特征峰值图和DNA指纹图谱,确定了5个有明显差异的片段区。结论:利用AFLP分析可对芽孢杆菌属中相近的炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌进行鉴别,该方法可作为炭疽芽孢杆菌传统鉴定方法的补充。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2012年04期）
张晶,陈修栋,王善强,周鑫,郑振宇[4]（2011）在《河南地方野生小鼠与近交系小鼠的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出目的从分子水平上阐明河南省兰考地区捕获的野生小鼠(LK)与4个小鼠品系(B6,BALB/c,DDK,PWK)之间的遗传差异及遗传关系,从而进一步确定该种野生小鼠的种属及培育野生来源近交系小鼠品系。方法利用25对引物,对野生小鼠及4个小鼠品系进行扩增片段长度多态性(AFLP)分析。结果检测到2035条扩增条带,多态性条带有507条,占总条带的24.91%,并且LK小鼠与PWK、DDK、BALB/c、C57BL/6J的遗传距离指数分别为0.01696、0.02790、0.02729、0.02759。结论 LK小鼠与PWK小鼠品系遗传关系最近,遗传距离指数最小;同时也证明了AFLP技术能够在物种鉴定、遗传背景分析及预测亲本杂交效果等方面具有明显的优越性。(本文来源于《中国实验动物学报》期刊2011年03期）
宋君,余春瑾,张修月,岳碧松,宋昭彬[5]（2011）在《采用选择性扩增片段长度多态性分析岩原鲤(Procypris rabaudi)遗传多样性和种群结构》一文中研究指出本研究采用6对荧光基团(FAM,TAMARA)标记的引物组合,扫描岩原鲤8个地理种群198个样本的基因组DNA,调查该物种的遗传多样性水平和遗传结构。实验结果共获得517个位点,8个种群的平均多态性位点比例为46.4%(37.1%~64.2%)。频率大于5%而小于25%的等位基因主要集中在武隆和木洞种群,所有种群都能观察到私有等位基因,其中武隆和木洞种群的私有等位基因数最多,最少的是合江种群。岩原鲤的遗传杂合度(He)不高(0.152~0.210),显示有较高的等位基因固定率。这些结果表明岩原鲤的遗传多样性水平不高,处于中偏低水平。分子变异分析表明除万州与习水种群外,其余种群间都存在显着的分化;干流种群间、支流种群间、大河种群间以及小河种群间的分化,都处于中到高度的分化水平(0.1~0.2),而大河种群与小河种群之间出现了低、中、高3种不同的分化水平,在一定程度上为大、小河两种生境个体形态和生理的分化提供了分子证据。PcoA、NMDS多元分析,表明岩原鲤苍溪种群、通江种群以及合江种群的大部分个体能够分别聚成一族,形成结构相对清楚的遗传群体,其余种群个体间尚未形成明显的遗传结构。贝叶斯后验概率分配测试结果,推断出岩原鲤存在6个自由交配群(K),其中1号自由交配群是由70%的苍溪种群个体形成,3号自由交配群是由50%的合江种群个体和42%的南滩种群个体形成,5号自由交配群是由87%的通江种群个体形成;其余交配群是由多个地理种群个体组成。分配测试结果与PcoA和NMDS的结果一致,说明岩原鲤没有一个清晰的种群结构,其遗传分化可能正处于分化的早期。(本文来源于《四川省动物学会第九次会员代表大会暨第十届学术研讨会论文集》期刊2011-03-18）
张平平,朱叶飞,董晨,钱慧敏,朱凤才[6]（2010）在《江苏省113株大肠杆菌O157:H7的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出目的:分析江苏省不同地区和年代分离的EscherichiacoliO157:H7(E.coliO157:H7)之间的同源性。方法:用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析法对113株E.coliO157:H7菌株进行分子分型,采用软件BioNumerics Version4.0对分型数据进行处理和分析。结果:113株E.coliO157:H7共分37个型别,不同来源的菌株存在相同的基因型别,不同的地区和物种之间存在着相互传播。结论:AFLP可以用于对不同来源的E.coliO157:H7进行分子分型。(本文来源于《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊2010年01期）
曾东,郑晓丽,倪学勤,Joshua,Gong[7]（2009）在《四川地区鸡场产气荚膜梭菌的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出目的了解四川部分地区10个规模化鸡场产气荚膜梭菌的基因型及遗传学关系。方法采用EcoRI、MseI酶对34株不同地区鸡场的产气荚膜梭菌分离株进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析。结果AFLP能全部区别34株产气荚膜梭菌,辨别力指数为100%,其不同来源菌株呈现多态性分布。按Dice系数≥0.8,可分为19个AFLP基因亚型,AFLP-14为优势基因型,占总菌株数的20.59%。分析亚型分布情况表明,产气荚膜梭菌的流行特点与地区差异相关:不同鸡场产气荚膜梭菌的亚型差异明显;而同一鸡场的亚型较单一,以一种亚型为主,交叉有少数其他亚型。结论四川地区鸡场产气荚膜梭菌的基因型十分丰富,AFLP技术是其分子流行病学研究的有效手段。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2009年11期）
胡朝晖,屈平华,刘元力,朱庆义[8]（2009）在《广东地区嗜肺军团菌的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出目的了解广东部分地区2002～2007年环境水中嗜肺军团菌的基因型及遗传学关系。方法参考欧洲军团菌感染工作组(the European Working Group for Legionella Infections,EWGLI)制定的分型草案(1.2版),采用PstⅠ酶对我室保存的2株标准菌株及41株不同时、不同地点的嗜肺军团菌环境分离株进行扩增片段长度多态性(ampli-(本文来源于《中华医学会第八次全国检验医学学术会议暨中华医学会检验分会成立30周年庆典大会资料汇编》期刊2009-11-05）
胡朝晖,屈平华,刘元力,朱庆义[9]（2008）在《广东地区嗜肺军团菌的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出【目的】了解广东部分地区2002～2007年环境水中嗜肺军团菌的基因型及遗传学关系。【方法】参考欧洲军团菌感染工作组(the European Working Group for Legionella Infections,EWGLI)制定的分型草案(1.2版),采用PstⅠ酶对我室保存的2株标准菌株及41株不同时间、不同地点的嗜肺军团菌环境分离株进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析,电泳图谱与EWGLI进行比对。【结果】AFLP分型结果稳定,重复性好;43株嗜肺军团菌,其不同来源菌株呈现多态性分布,经AFLP分析得到33个基因型,辨别力指数为99.79%,其中Kingmed AFLP 011为优势基因型。按Dice系数≥0.8,可分为18个群,Kingmed AFLPD群为优势群,占总菌株数的34.88%。由电泳图谱的相似性,初步推断存在EWGLI 001 Lugano型、002 Lugano、012 Rome、013 London、014 London型、015 Dresden型、021 Lyon等7个基因型,以及多个未报道的新基因型。【结论】广东地区嗜肺军团菌的基因型十分丰富,AFLP技术是其分子流行病学研究的有效手段。(本文来源于《微生物学报》期刊2008年12期）
胡农,蔡挺,张顺,周林福,许小敏[10]（2007）在《耐药鲍曼不动杆菌扩增片段长度多态性分析指纹图谱数据库的建立》一文中研究指出目的:建立鲍曼不动杆菌扩增片段长度多态性分析(AFLP)指纹图谱数据库。方法:采用NCCLS 2004年版抗生素敏感性判断方法研究药物敏感性,采用AFLP技术研究鲍曼不动杆菌基因型,以AFLP结果建指纹图谱立数据库。结果:药敏结果和AFLP指纹图谱数据库进行的聚合分析结果具有一致性。结论:AFLP指纹图谱数据库具有实用价值。(本文来源于《浙江大学学报(医学版)》期刊2007年06期）
扩增片段长度多态性分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
细胞质雄性不育是小麦杂种优势利用的重要途径,为了鉴定3例小麦雄性不育系的细胞质类型,对其线粒体DNA(mtDNA)进行扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析。文中利用差速离心法和不连续蔗糖密度梯度超速离心法提取纯化小麦线粒体。结果表明:通过该提取方法获得的mtDNA,其质量和纯度能够满足PCR反应和遗传学分析。在64对选扩引物中,筛选到了4对特异性引物,其中引物E1/M7在ms(Kots)-90-110不育系扩增出3条特异条带;引物E4/M2在ms(Ven)-90-110不育系扩增出2条特异条带;引物E7/M6在ms(S)-90-110不育系中扩增出2条特异条带;引物E6/M4在ms(Kots)-90-110不育系中扩增出2条特异条带。这些特异引物可以用来作为鉴定具有粘果山羊草Aegilops kotschyi、偏凸山羊草Ae.ventricosa、斯卑尔脱小麦Triticum spelta 3类不育细胞质型小麦雄性不育系的细胞质分子标记,为研究小麦细胞质雄性不育机理奠定了分子基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
扩增片段长度多态性分析论文参考文献
[1].赵莉佩.中国不同地区球形孢子丝菌临床分离株的扩增片段长度多态性分析及表型特征研究[D].吉林大学.2017
[2].朱启迪,张新钵,Ejaz,M,张改生,车会学.叁例小麦细胞质雄性不育系线粒体DNA的扩增片段长度多态性分析[J].生物工程学报.2013
[3].左庭婷,李岩伟,韩雪莲,何君,端青.利用扩增片段长度多态性分析鉴别炭疽和蜡样芽孢杆菌[J].生物技术通讯.2012
[4].张晶,陈修栋,王善强,周鑫,郑振宇.河南地方野生小鼠与近交系小鼠的扩增片段长度多态性分析[J].中国实验动物学报.2011
[5].宋君,余春瑾,张修月,岳碧松,宋昭彬.采用选择性扩增片段长度多态性分析岩原鲤(Procyprisrabaudi)遗传多样性和种群结构[C].四川省动物学会第九次会员代表大会暨第十届学术研讨会论文集.2011
[6].张平平,朱叶飞,董晨,钱慧敏,朱凤才.江苏省113株大肠杆菌O157:H7的扩增片段长度多态性分析[J].南京医科大学学报(自然科学版).2010
[7].曾东,郑晓丽,倪学勤,Joshua,Gong.四川地区鸡场产气荚膜梭菌的扩增片段长度多态性分析[J].中国人兽共患病学报.2009
[8].胡朝晖,屈平华,刘元力,朱庆义.广东地区嗜肺军团菌的扩增片段长度多态性分析[C].中华医学会第八次全国检验医学学术会议暨中华医学会检验分会成立30周年庆典大会资料汇编.2009
[9].胡朝晖,屈平华,刘元力,朱庆义.广东地区嗜肺军团菌的扩增片段长度多态性分析[J].微生物学报.2008
[10].胡农,蔡挺,张顺,周林福,许小敏.耐药鲍曼不动杆菌扩增片段长度多态性分析指纹图谱数据库的建立[J].浙江大学学报(医学版).2007
论文知识图
