基于高通量测序方法分析荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性

论文摘要

荣成月湖是一个典型天然潟湖,潮间带沉积物中存在多种形态趋磁细菌。通过Roche454高通量测序平台,对沉积物样品（BS）和磁收样品（BM）进行16SrRNA基因高通量测序,认识荣成潮间带沉积物的细菌群落结构,并了解趋磁细菌多样性及系统进化地位。研究结果表明沉积物样品中主要的细菌类群为δ-变形菌纲,占总细菌数的26.4%,其次是γ-变形菌纲和α-变形菌纲;而磁收样品中细菌多样性和种类明显降低,以α-变形菌纲占绝对优势,相对比例达72.6%。在磁收样品和沉积物样品分别发现了1 612条和186条reads与趋磁细菌相关,分别占细菌总数的5.76%和0.85%,磁收样品中趋磁细菌数是沉积物样品的6.8倍。对两个样品中获得的趋磁细菌序列进行系统进化分析,发现这些序列多数属于变形菌门的α-变形菌纲,以趋磁球菌占绝对优势,少数属于δ-变形菌纲,与多细胞趋磁原核生物亲缘关系最近。海洋趋磁螺菌属仅在BM样品中检出,趋磁弧菌属在BM样品优势度高于BS样品,而多细胞趋磁原核生物和趋磁螺菌属在BS样品中优势度更高。通过分析样品间的差异OTUs,认为荣成潮间带沉积物中可能存在大量未知的趋磁细菌新类群。研究结果为下一步培养和开发趋磁细菌这一功能菌群,发现趋磁细菌新类群及趋磁细菌生态功能提供了基础资料。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 样品采集及趋磁细菌形态观察
•     1.1.1 采样点及样品采集
•     1.1.2 趋磁细菌收集
•     1.1.3 趋磁细菌形态观察
•   1.2 细菌和趋磁细菌遗传多样性分析
•     1.2.1 沉积物总DNA提取
•     1.2.2 细菌16S rRNA基因的PCR扩增及测序
•   1.3 数据分析
•     1.3.1 原始测序序列质量控制
•     1.3.2 OTU聚类分析
•     1.3.3 稀释曲线和多样性指数
•     1.3.4 OTU分类学分析及趋磁细菌鉴定
•     1.3.5 系统进化树构建
• 2 研究结果
•   2.1 趋磁细菌的形态多样性
•   2.2 16S rRNA基因高通量测序数据及评估
•   2.3 OTU分类地位及细菌群落多样性分析
•   2.4 趋磁细菌多样性及系统进化分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张文燕,潘红苗,董逸,杜海舰,陈一然,吴龙飞,肖天

关键词: 潮间带,多样性,趋磁细菌,高通量测序

来源: 海洋科学 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室,青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室,中国科学院大学,中国科学院海洋大科学研究中心,中法趋磁多细胞生物进化与发育联合实验室,法国科研中心地中海微生物研究所

基金: 国家自然科学基金项目(No.41776131,41776130),国家自然科学基金-山东联合基金(U1606404,U1706208)~~

分类号: Q938.8

页码: 1-10

总页数: 10

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