寨卡病毒E、NS5蛋白生物信息学分析

论文摘要

目的对寨卡病毒(ZIKV)E蛋白和NS5蛋白序列进行生物信息学比较研究,并分析其意义。方法利用多种生物信息在线分析工具和软件包对ZIKV E、NS5基因及编码蛋白与其他黄病毒属代表株序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性。预测ZIKV E、NS5蛋白跨膜区、信号肽与二级结构以及B细胞表位。结果不同地理株的ZIKV E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别为87.1%～100%和94.2%～100%,与黄病毒属中Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高达72.8%。不同地理株的ZIKV NS5蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别为88%～99.9%和95.5%～100%,与Spondweni病毒最接近,氨基酸同源性最高达77.5%。E蛋白二级结构以无规则卷曲居多,占50.79%,存在两个跨膜结构区域461～479aa、483～501aa,信号肽断裂位点位于501aa,可能的抗原表位区域有:317～342aa、155～181、66～89、226～238、380～384aa;NS5蛋白二级结构也以无规则卷曲居多,占51.60%,无跨膜结构区域,信号肽断裂位点位于152aa,可能的表位区域有100～114aa,、360～372、148～159、688～707aa。结论预测到ZIKV E、NS5蛋白的基本结构特征和潜在的线性B细胞表位,为ZIKV的疫苗研究和免疫诊断试剂的研制打下基础。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 序列来源
•   1.2 ZIKV E、NS5核苷酸与氨基酸同源性比较
•   1.3 ZIKV E、NS5蛋白二级结构分析
•   1.4 ZIKV E、NS5蛋白的跨膜区结构分析
•   1.5 ZIKV E、NS5蛋白的信号肽分析
•   1.6 ZIKV E、NS5蛋白B细胞抗原表位的预测
• 2 结果
•   2.1 ZIKV E、NS5核苷酸与氨基酸同源性分析
•   2.2 ZIKV E、NS5蛋白二级结构
•   2.3 ZIKV E、NS5蛋白的跨膜区结构
•   2.4 ZIKV E、NS5蛋白的信号肽
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 邹淑慧,李金亮,廖莎莎,张丽琴,刘聪

关键词: 寨卡病毒,蛋白,生物信息学

来源: 实验与检验医学 2019年06期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学,生物医学工程

单位: 赣州市人民医院检验科

基金: 赣州市指导性科技计划项目（GZ2018ZSF192）

分类号: R373;Q811.4

页码: 1031-1034

总页数: 4

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