导读:本文包含了系统发育进化论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:系统,性状,基因组,叶绿体,藻类,基因,犊牛。
系统发育进化论文文献综述
武颖[1]（2019）在《棉属叶绿体基因组进化、系统发育及全基因组复制研究》一文中研究指出棉属共包括8个二倍体基因组(A-G,K组)和一个异源四倍体基因组(AD组),共计约53个物种,其中含46个二倍体物种和7个异源四倍体物种。长期以来,棉属系统发育及多倍体起源存在较大争议。本研究利用新一代高通量测序技术,测定和注释了棉属16个物种的叶绿体全基因组序列以及37个物种的转录组序列,同时结合数据库中释放的数据,对棉属叶绿体基因组进化。系统发育及全基因组复制事件进行研究,揭示棉属内部的物种分化及进化机制。主要研究结果如下:1、对33个棉属物种的40条叶绿体基因组序列进行比较分析,结果表明:棉属叶绿体基因组较为保守,全长变化范围为159,039-160,433 bp;具有典型的四分体结构(LSC、SSC和两个IR);共鉴定到2860个重复序列(长度>10 bp),其中F基因组长萼棉(G.longicalyx)的重复序列数量最多,为108个;E基因组物种司笃克氏棉(G.stockii)重复序列数量最少,为53个。棉属叶绿体基因组不同区域的变异水平存在显着差异,非编码区比编码区存在更大的变异;鉴定了10个高变异区域,即rpl33-rps18,psbZ-trnG(GCC),rps4-trnT(UGU),trnL(UAG)-rpl32,trnE(UUC)-trnT(GGU),atpE,ndhI,rps2,ycf1和ndhF,这些DNA分化热点区域为后续棉属物种界定研究提供了潜在的DNA条形码标记。棉属蛋白编码基因的选择压力分析发现,10个基因受到了显着的正向选择作用(atpB,atpE,rps2,rps3,petB,petD,ccsA,cemA,ycf1和rbcL),可能与棉属物种的适应性进化相关。基于叶绿体基因组的系统发育分析表明,棉属主要分为6个进化分支,与前期的研究结果类似,但二倍体C、G、K基因组物种互相嵌套在一个大的进化分支中,其进化关系仍旧没有解决。结合棉属物种的自然地理分布,推测可能是该属物种间近期的快速辐射分化导致的不完全的谱系筛选以及不同谱系间的渐渗/杂交所影响。2、陆地棉和海岛棉是目前广泛栽培的四倍体棉种,其半野生种系具有优质、多抗等优良特性,且与栽培种具有较近的亲缘关系。为了进一步全面分析棉属的起源和演化历史,对陆地棉半野生种、海岛棉半野生种及其近缘类群进行叶绿体基因组分析。基于78个叶绿体蛋白编码基因的系统发育分析表明,棉属物种仍然分为六个先前确定的进化分支;所有13个D组物种聚类为一个较高支持率的单系分支,而陆地棉及其七个半野生种具有较近的遗传关系,阔叶棉与陆地棉的亲缘关系最近。同时,所有异源四倍体棉属物种聚类为一个进化分支,A基因组物种与AD异源四倍体棉种亲缘关系最近,支持A基因组物种是四倍体棉种母本供体种的结论。基于分子钟理论的分化时间检测分析表明,棉属主要二倍体分支大约起源于7.1百万年前(Mya),与前期基于部分分子标记的研究结果相一致。3、利用37个棉属物种转录组数据及4个棉种全基因组数据,鉴别单拷贝直系同源核基因,构建系统发育树。结果显示,棉属各组物种基本形成了对应于各组的单系分支,尤其是C、G、K叁个基因组物种各自形成单系分支,与基于传统分类的染色体组命名基本一致。推测棉属物种叶绿体基因组和单拷贝核基因间系统发育关系不一致的原因,可能是不同棉属物种间近期频繁的杂交/渐渗以及不同基因标记间差异化的进化速率和不同的遗传背景特性所致。4、全基因组复制(WGD)是真核生物进化的核心,是植物多样化的重要进化力量。本研究对37个棉属物种进行转录组测序及de novo组装,共产生51,803,618-116,210,674条高质量的reads,组装得到41,480-78,402个unigenes。利用旁系同源基因Ks值的分布式样,检测出棉属物种发生了两次全基因组复制事件,比较古老的一次复制事件发生在上新世早期,约31.88-38.25 Mya;较近一次的复制事件发生在2.0-6.59 Mya,这些频繁的全基因组加倍事件可能加速了棉属的物种形成和多样化。(本文来源于《西北大学》期刊2019-06-01）
王艳梅[2]（2019）在《绿色裸藻类植物系统发育及性状进化》一文中研究指出本论文通过形态学、分类学、分子生物学以及生物信息学的一些手段,基于16S rRNA、18S rRNA和23S rRNA基因序列,分别采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法构建绿色裸藻类的系统发育树,并在贝叶斯树基础上对绿色裸藻类植物8个形态性状进行祖先重建分析,以明确绿色裸藻类植物的系统演化关系,为研究该类植物的起源提供理论依据。研究结果如下:(1)绿色裸藻类的系统发育关系:扁裸藻属Phacus和鳞孔藻属Lepocinclis互为姐妹群,除18S rRNA构建的NJ树支持率较低之外,在其他系统发育树上都得到很高的支持率。双鞭藻属Eutreptia与拟双鞭藻属Eutreptiella在所有系统发育树上都聚为一枝且支持率都很高,表示很近的亲缘关系。囊裸藻属Trachelomonas和陀螺藻属Strombomonas由于都具有囊壳而多在系统发育树上聚为一枝,且支持率较高。裸藻属Euglena、眼裸藻属Euglenaria、隐裸藻属Cryptoglena、旋形藻属Monomorphina和柄裸藻属Colacium多聚为一枝,亲缘关系较近。盘裸藻属Discoplastic多与扁裸藻属Phacus聚为一枝,且得到很高的支持率,说明亲缘关系较近。所有系统发育树同时表明裸藻属Euglena不是一个单系类群。(2)16S rRNA、18S rRNA和23S rRNA叁种基因序列基于8种形态性状的祖先重建结果几乎完全相同,其结果显示,绿色裸藻类在基于表质硬化程度及变形、表质条纹、后端形状、囊壳及鞭毛孔领特征、叶绿体形状、副淀粉粒形状及数量这6种形态性状进行的祖先重建结果完全相同,对应的相对原始的6个性状包括:表质柔软易变形,出现螺旋形线纹,细胞后端渐尖或尖尾刺状,无囊壳,叶绿体为片状、盾状或大盘状,副淀粉粒为小颗粒状且数量不定,而鞭毛长度和叶绿体蛋白核两种性状在祖先重建结果中显示各性状特征出现频率接近或不显示某一种性状特征而不能很好地推断可能的祖先状态。(3)综合叁种基因8种性状祖先重建结果发现,裸藻属和眼裸藻属植物具有所有原始性状,可能是最先出现的绿色裸藻类的祖先。(本文来源于《山西大学》期刊2019-06-01）
黑万欣[3]（2019）在《中国针茅属植物系统发育与功能性状进化研究》一文中研究指出针茅属植物形成的地带性针茅草原群落是欧亚草原的主体,发挥着非常重要的作用,因此研究针茅属植物具有重要的生态和经济意义。本文旨在揭示中国针茅属植物的系统发育关系及针茅属功能性状对外界环境的适应性进化过程,因此本研究以欧亚草原的亚洲中部亚区和青藏高原亚区两大草原亚区的20种针茅属物种为研究对象,采集了株高、比叶面积、芒针长度、叶片碳含量、氮含量等30种功能性状数据。基于DNA条形码构建了针茅属系统发育树,探讨了针茅属的系统发育地位,使用SPSS对两大草原亚区功能性状进行差异性分析,之后将针茅属系统发育树与功能性状结合起来,用K值法检验了各个功能性状的系统发育信号,并使用Mesquite重建功能性状祖先状态进而分析了功能性状进化过程。得到以下结论:(1)通过重建针茅属系统发育树,确定了针茅属植物的系统发育关系。针茅属植物分为两个单系分支,光芒组、羽针组、须芒组聚为一支,拟细柄茅组单独聚为一支,同时结合形态特征,将甘青针茅独立划分为硬毛组。(2)针茅属植物的10个功能性状在亚洲中部亚区和青藏草原亚区存在显着差异(P<0.05),说明针茅属在分化发展的过程中受到所在生境的影响,由于趋异进化而演化出了不同的功能性状。(3)针茅属植物的颖形状、叶片上面覆毛情况、花果期、外稃长度、第一芒柱长度、芒针长度这6个性状具有强烈的系统发育信号(K>1),说明这些性状受到系统发育历史的强烈影响。(4)祖先状态重建显示,叶舌这一性状的祖先状态为披针形,在进化的过程中演化出不同于祖先状态的狭披针形,其余性状祖先状态不明确,这些性状后期进化出很多的表型性状,说明针茅属物种的大多数功能性状选择趋异进化。功能性状在进化的过程中,相似性状几乎聚为一支,说明这些性状仍处于继续演化阶段且在进化的过程中受到系统发育和环境的共同影响。综上所述,针茅属叶绿体4个基因联合序列构建的贝叶斯树和最大似然法树基本一致,针茅属植物分为两个单系分支,光芒组、羽针组、须芒组聚为一支,拟细柄茅组单独聚为一支。同时,通过对针茅属植物功能性状进化历史研究发现,针茅属植物大多数功能性状选择趋异进化且它们的变化是环境与系统发育共同作用的结果。(本文来源于《内蒙古大学》期刊2019-05-31）
赵奉熙[4]（2019）在《二级结构进化约束下的ITS2系统发育分析》一文中研究指出ITS是目前唯一一个在植物系统发育研究中广泛使用的核基因。ITS2是ITS主要的变异区,在近缘物种鉴定,特别是DNA条形码研究中具有更高的利用价值。一直以来,系统发育分析将ITS2基因片段作为DNA序列处理,然而ITS2在生物体内会转录成具有二级结构的rRNA分子,其配对区碱基存在特殊的“碱基补偿替换”现象,即配对碱基间的共进化。这与DNA模型中碱基变异的独立性假设存在冲突。然而这种不恰当的模型假设会对ITS2系统发育分析造成多大的影响至今尚无定论。本研究在大数据的基础上,基于RNA模型来评估ITS2在二级结构约束下的进化规律,并评估其对构建进化树的影响,为优化ITS2系统发育分析、获得更为准确的ITS2进化关系树提供借鉴。为全面评估RNA模型对ITS2序列的适合度并分析ITS2二级结构的进化规律,本研究中以属为基本单位,选取了种子植物32目,42科中的70个属,共计2203种、4219条ITS2序列,全面覆盖了种子植物的代表性支系。基因序列下载自GenBank并通过其基因注释信息结合ITS2 Database的Annotate功能界定ITS2。在常规系统发育分析中,选用贝叶斯方法构建基于DNA模型的系统发育树,使用MrModelTest获得最优进化模型,使用MrBayes软件构建贝叶斯树。在基于RNA进化模型的系统发育分析中,首先使用LocARNA软件来预测ITS2共有二级结构,并根据ITS2的保守结构进行人工校正;其次利用PHASE-3.0软件包中的model_selection.pl程序获得最优进化模型;最后使用PHASE-3.0软件包中的mcmcphase.exe程序构建贝叶斯树。对两种分析方法所构建的进化树比较树图拓扑结构、支持率和鉴定效率并进行统计学分析,进而评估使用RNA模型的优越性。研究结果表明:(1)70属ITS2配对区最优进化模型均是RNA模型,其中绝大多数类群是16-state RNA模型,少数是7-state RNA模型。此外,在模型选择结果中是否设置γ模型参数(表示为是否+G)以及7-state模型对错配碱基对(MM)的不同处理(等频率或经验频率)在结果中均有涉及,这些结果表明ITS2配对区的进化模式与DNA的进化模式不一致且存在RNA进化模式的多样性,显示了使用RNA模型研究ITS2系统发育的必要性。(2)配对区的G+C碱基频率总是高于非配对区。碱基对的频率从高至低依次是GC、UA、GU、MM,而碱基对替换速率与之相反,表明ITS2序列倾向于保留稳定的碱基配对(如GC)以维持二级结构。此外,对双替换(rd)、双颠换(rv)、正向速率(沃森-克里克配对转换为GU,rf)和反向速率(由GU转换为沃森-克里克配对,rb)这4个替换速率参数的统计结果显示有34属rd和rv参数值不为0,有19属rd/rv大于1,而其它15属则是rd/rv小于1;在所有情况下rd均小于rf在部分类群如菟丝子属(Cuscuta)中,rb/rf约等于1,但在大多数情况下rb大于rf,这表明真实植物类群中存在CBC且双替换一般通过两步法完成,中间态GU能相对稳定地存在,但会更加快速地转化为沃森-克里克配对。(3)对基于DNA模型和基于混合模型(配对区RNA模型,非配对区DNA模型)的系统发育树进行比较,基于混合模型的系统发育树的支持率在不同区间范围内(支持率大于50%、70%、90%、95%)有不同程度的降低。在支持率大于95%区间内,70属中有30属在加入RNA模型建树后鉴定效率下降,下降百分比最大100%。这表明由于RNA模型以共进化的碱基对作为进化单位,降低了信息位点数量,使得构建的贝叶斯树支持率和物种鉴定率都有不同程度的下降。因此,我们的结果进一步证实了传统使用DNA模型的方法可能会导致支持率和鉴定效率虚高的推测。(4)另一些结果表明使用RNA模型建树后少数类群的支持率和鉴定效率有增加的现象。这可能是由半补偿性突变的存在及共有二级结构指导下序列比对的结果中增加了同源信息位点引起的。基于大数据和新方法体系的研究结论,证明了传统上使用DNA模型对ITS2基因的分析方法需要优化。本文建议在将ITS2基因用于系统发育分析时,应当考虑ITS2二级结构对其进化的约束,将RNA模型加入分析。这为澄清更多进化事实、建立更精确的系统发育学方法提供了新视角。(本文来源于《山东大学》期刊2019-05-17）
任晓晓,贺兴江,龚雪阳,赵文正,刘意秋[5]（2018）在《基于COⅠ基因序列的蜜蜂属系统发育分析及其舞蹈和筑巢行为进化分析》一文中研究指出【目的】分析蜜蜂属Apis的系统发育关系,并在此基础上探讨蜜蜂属舞蹈方向、舞蹈声音、营巢环境、巢脾结构的祖先状态和演变过程。【方法】PCR扩增并测定中国分布的蜜蜂属内东方蜜蜂A.cerana、西方蜜蜂A.mellifera、大蜜蜂A.dorsata、黑大蜜蜂A.laboriosa、小蜜蜂A.florea和黑小蜜蜂A.andreniformis的线粒体COⅠ基因序列,并从NCBI数据库中下载分布于其他国家或地区的上述6种蜜蜂以及绿努蜂A.nulunsis、苏拉威西蜂A.nigrocinta、沙巴蜂A.koschevnikovi、炳式大蜜蜂A.dorsata binghami的COⅠ同源序列。分别利用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯分析(BI)依据这些序列数据构建蜜蜂属系统发育关系。对蜜蜂属上述种的舞蹈语言和筑巢行为进行编码并作为性状特征标记到系统发育树中,利用简约法对祖先状态进行追溯。【结果】系统发育分析结果表明,蜜蜂属可划分为3大类群,即穴居蜜蜂类群(东方蜜蜂、西方蜜蜂、苏拉威西蜂、绿努蜂、沙巴蜂)、大蜜蜂类群(大蜜蜂、黑大蜜蜂)和小蜜蜂类群(小蜜蜂、黑小蜜蜂);小蜜蜂类群更加接近于祖型,大蜜蜂类群和穴居蜜蜂类群是两支单系;炳式大蜜蜂是独立于大蜜蜂和黑大蜜蜂的蜂种,且与黑大蜜蜂的亲缘关系更近。祖先状态重建结果显示:蜜蜂属祖先在露天环境下筑造垂直的单脾,且在传播食物或巢址信息时跳水平方向的无声摆尾舞,有嗡嗡声的舞蹈及筑造复脾是后来形成的。【结论】COⅠ基因可作为分子标记用于分析蜜蜂属的舞蹈和筑巢行为的祖先状态及进化过程;蜜蜂筑造复脾、跳有嗡嗡声的舞蹈是后期的适应性进化行为。(本文来源于《昆虫学报》期刊2018年12期）
马志尧[6]（2018）在《葡萄属植物的系统发育、生物地理学及网状进化》一文中研究指出葡萄属(Vitis L.)植物全世界约70种,主要分布于北温带地区,许多野生葡萄作为园林垂直绿化植物具有较大的开发潜力。在过去的几十年间,葡萄属植物的分类、系统发育和生物地理学问题得到了国内外学者的密切关注,但由于种内多型性程度较高并且存在大量种间过渡形态,使得葡萄属植物的鉴别分类和系统发育关系仍然存在较大争议。而解决葡萄属植物的系统发育关系和分类问题是开发和利用野生葡萄属资源,丰富园林绿化材料的前提之一。前人研究表明葡萄属起源于北美,随后迁移到了欧亚大陆,但对其抵达欧亚大陆后的生物地理学历史和适应性进化却未有相关报道。同时,葡萄属内广泛的自然杂交和基因渐渗也导致了种间分类界线模糊,使得一些物种复合体的关系相当复杂。本研究利用比较解剖学方法和全基因组重测序技术,以葡萄属植物为材料,探究了葡萄属植物的形态分类问题,并重建了葡萄属的系统发育关系。在此基础上进一步推导了葡萄属的生物地理学历史。基于限制酶切位点相关的DNA测序(RAD-seq)简化基因组技术,系统地检测了4种葡萄属植物间的自然杂交与基因渐渗情况,探究了葡萄属植物的网状进化模式。主要研究结果如下:1.利用下一代测序技术,对葡萄属的41个样本(囊括了过半的葡萄属种类)进行全基因组重测序。基于2068个单拷贝同源基因,重建了拥有高支持率的葡萄属系统发育关系,同时,对葡萄属的分化时间进行了估计。葡萄亚属系统发育树的拓扑结构与地理分布情况一致,清楚地分为3个亚支,即北美、欧洲和东亚支系,所有分支的支持率几乎都是100%。北美支系包含2个亚支,北美亚支I所含葡萄属植物主要分布在北美东部,然而大部分北美亚支II所含的葡萄属植物主要分布在北美西部和西南部。古地质和古气候事件所造成的北美中部的干旱带被推测可能促进了葡萄亚属北美支系的物种多样性形成,并最终导致了北美两个亚支的分化。东亚支系包含了4个亚支,生物地理学分析表明东亚葡萄属植物的共同祖先主要分布于东北亚地区,之后由东北亚地区迁移至南亚和东南亚地区。通过结合古气候学,研究发现由北向南迁徙的事件可能与始新世末期的全球气候突然变冷事件有关。同时,在迁移到中国南部和东南亚后葡萄属植物可能经历了快速地辐射进化,以适应不同的生态环境。2.在形态特征中,葡萄属毛状体有较大的分类鉴定价值,但对于毛状体的类型、分类及描述存在争议。通过探究葡萄属34种的毛状体种类、形态结构及发育过程,研究发现葡萄属植物主要具有叁类毛状体:带状毛,简单毛和腺毛。带毛呈卷曲扁平长带状,为单细胞毛,该类型毛状体可能是葡萄属及其近缘属Ampelocissus和Pterisanthes的共衍征。简单毛由单细胞或单列的多细胞组成,存在于葡萄属的绝大多数物种中。腺毛由表皮细胞和薄壁细胞构成,内部没有维管束结构,具有明显的腺头和腺柄结构。本研究对葡萄属植物毛状体的种类,分布及密度进行详细记录和分析,得到了可靠的形态分类证据。此外,刺葡萄(V.davidii)是葡萄属内唯一具有木质化皮刺的种类,研究通过比较解剖学方法,对比刺葡萄皮刺和其他野生葡萄腺毛的形态结构、发育过程和超显微结构,证实了刺葡萄的皮刺是由腺毛演变而来。3.基于46个葡萄属植物的RAD-seq简化基因组数据,测试了山葡萄(V.amurensis)、秋葡萄(V.romanetii)、陕西葡萄(V.shenxiensis)和变叶葡萄(V.piasezkii)间的杂交与基因渐渗。系统发育推测显示山葡萄是一个单系群,然而秋葡萄、陕西葡萄和变叶葡萄都没有形成单系。同时,利用群体遗传结构分析,在部分葡萄属植物个体中检测到了显着的基因混合信号。D统计和群体遗传结构分析结果证实了在同域范围内秋葡萄与陕西葡萄或变叶葡萄存在基因渐渗,但在异域群体间未检测到显着的混合信号。结果表明这几种葡萄属植物的基因混合是由基因渐渗而非因为不完整的谱系分选造成的。研究揭示了这4种近缘野生葡萄复杂的网状进化模式并且探讨了陕西葡萄的分类地位。(本文来源于《华中农业大学》期刊2018-12-01）
王艳梅,冯佳,吕俊平,刘琪,南芳茹[7]（2018）在《基于叶绿体16S rRNA的绿色裸藻类系统发育及性状进化研究》一文中研究指出该研究基于叶绿体16S rRNA基因序列,构建绿色裸藻类的系统发育树,并对绿色裸藻类植物8个形态性状进行祖先重建分析,以明确绿色裸藻类植物的系统演化关系,为研究该类植物的起源提供理论依据。结果表明:(1)贝叶斯法构建的绿色裸藻类系统发育树显示,双鞭藻属与拟双鞭藻属互为姐妹群,扁裸藻属、鳞孔藻属和盘裸藻属亲缘关系较近,而囊裸藻属和陀螺藻属亲缘关系较近,裸藻属、隐裸藻属、柄裸藻属和旋形藻属亲缘关系较近,表明裸藻属不是一个单系类群。(2)基于形态性状的祖先重建结果显示,绿色裸藻类相对原始的7个性状包括:表质柔软易变形,出现螺旋形线纹,细胞后端渐尖或尖尾刺状,无囊壳,叶绿体为片状、盾状或大盘状,具无鞘蛋白核,副淀粉粒为小颗粒状且数量不定,而鞭毛长度不能推断可能的祖先状态。(3)综合8种性状祖先重建结果发现,裸藻属和眼裸藻属植物具有所有原始性状,可能是最先出现的绿色裸藻类的祖先。(本文来源于《西北植物学报》期刊2018年11期）
王梦佳,顾文源,刘媛,张薇,刘莹[8]（2018）在《河北部分地区致犊牛腹泻大肠杆菌的分离鉴定与耐药性及系统进化发育分析》一文中研究指出随着养牛业规模的不断扩大,牛场引进犊牛数量的增多,犊牛腹泻的发病率和死亡率有着明显的上升趋势。许多病原微生物均可导致犊牛腹泻,其中大肠杆菌是主要致病菌,占90%以上,大肠杆菌引起犊牛的肠道疾病,初期症状为腹泻、脱水,严重时甚至会引起死亡,牛场内一旦发生该病,将严重影响犊牛生长、发育、产能,对养牛业的发展和经济效益造成严重的损失。(本文来源于《北方牧业》期刊2018年20期）
赵汉斌[9]（2018）在《植物系统发育分析法揭示花性状进化机制》一文中研究指出科技日报昆明5月22日电 （记者赵汉斌）花作为植物的重要繁殖器官，是被子植物进化的重要标志。中国科学院昆明植物研究所的研究团队，利用植物系统发育分析方法，揭示了花性状的进化机制。在有花植物上，花与叶的脉起输导和支持作用，可以提供水分和无机盐、输(本文来源于《科技日报》期刊2018-05-23）
段晓宇[10]（2018）在《尖尾蚁属线粒体基因组进化及其系统发育学研究》一文中研究指出动物线粒体基因组一般为共价闭合的环状双链DNA分子,由于其分子量小,基因结构和基因组成相对保守,基因排列一般较紧凑,仅有很少量的基因间隔区域,通常为母系遗传,不发生基因重组现象等特点,被广泛应用于保护遗传学、谱系地理学、行为生态学、系统发育学等分子生态学研究领域。膜翅目昆虫线粒体基因组通常具有异常高的AT碱基含量,导致DNA测序和组装困难,因此相关线粒体基因组学研究严重滞后。蚁科作为一个较大的膜翅目昆虫类群,仅有少量关于线粒体基因组的研究报道。迄今,仅见公开发表了 15种蚂蚁的完整或部分线粒体基因组,涉及3亚科、11属。尖尾蚁属(Acropyga)隶属于膜翅目、蚁科、蚁亚科,是一类营地下生活的蚂蚁。本研究以14种尖尾蚁属蚂蚁为研究对象,基于高通量测序和生物信息学手段对其线粒体基因组序列进行了组装、注释和较深入分析。主要研究发现总结如下:(1)尖尾蚁属蚂蚁线粒体基因组均呈现环状闭合的双链DNA结构,包含37个编码基因(13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和1个非编码控制区;基因排列保守,并与前人发表的蚁亚科(Formica fusca&Formica selysi)及臭蚁亚科(Leptomyrme各 palens&Linephithema humile)种蚂蚁的线粒体基因排序相同。(2)尖尾蚁属蚂蚁线粒体基因组的蛋白质编码基因均以ATN作为起始密码子,终止密码子为TAA、TAG或不完全终止密码子TA/T。在Acropyga arnoldi、Acropyga fuhrmanni和Acropygasmithii的线粒体基因组中,蛋白质编码基因atp6和atp8之间均存在10 bp的基因重迭;其余11个线粒体基因组在此处则存在7 bp的基因重迭。(3)基于12个线粒体蛋白质编码基因序列,构建了 28种蚂蚁的最大似然法和贝叶斯法系统发育树。聚类结果支持了蚁亚科(Formicinae)、臭蚁亚科(Dolichoderinae)和切叶蚁亚科(Myrmicinae)等在亚科水平上的分类框架,并揭示所有14种尖尾蚁属蚂蚁组成一个单系群。(4)在 2 种尖尾蚁属蚂蚁(Acropyga arnoldi&Acropyga silvestrii)线粒体基因组的nad5基因上发现了单碱基插入引起的阅读框移码现象。由于这两种蚂蚁在系统发育树上聚为亲缘关系相对最近的一小支,这种阅读框移码现象很可能具有系统发育学意义。(本文来源于《陕西师范大学》期刊2018-05-01）
系统发育进化论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本论文通过形态学、分类学、分子生物学以及生物信息学的一些手段,基于16S rRNA、18S rRNA和23S rRNA基因序列,分别采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法构建绿色裸藻类的系统发育树,并在贝叶斯树基础上对绿色裸藻类植物8个形态性状进行祖先重建分析,以明确绿色裸藻类植物的系统演化关系,为研究该类植物的起源提供理论依据。研究结果如下:(1)绿色裸藻类的系统发育关系:扁裸藻属Phacus和鳞孔藻属Lepocinclis互为姐妹群,除18S rRNA构建的NJ树支持率较低之外,在其他系统发育树上都得到很高的支持率。双鞭藻属Eutreptia与拟双鞭藻属Eutreptiella在所有系统发育树上都聚为一枝且支持率都很高,表示很近的亲缘关系。囊裸藻属Trachelomonas和陀螺藻属Strombomonas由于都具有囊壳而多在系统发育树上聚为一枝,且支持率较高。裸藻属Euglena、眼裸藻属Euglenaria、隐裸藻属Cryptoglena、旋形藻属Monomorphina和柄裸藻属Colacium多聚为一枝,亲缘关系较近。盘裸藻属Discoplastic多与扁裸藻属Phacus聚为一枝,且得到很高的支持率,说明亲缘关系较近。所有系统发育树同时表明裸藻属Euglena不是一个单系类群。(2)16S rRNA、18S rRNA和23S rRNA叁种基因序列基于8种形态性状的祖先重建结果几乎完全相同,其结果显示,绿色裸藻类在基于表质硬化程度及变形、表质条纹、后端形状、囊壳及鞭毛孔领特征、叶绿体形状、副淀粉粒形状及数量这6种形态性状进行的祖先重建结果完全相同,对应的相对原始的6个性状包括:表质柔软易变形,出现螺旋形线纹,细胞后端渐尖或尖尾刺状,无囊壳,叶绿体为片状、盾状或大盘状,副淀粉粒为小颗粒状且数量不定,而鞭毛长度和叶绿体蛋白核两种性状在祖先重建结果中显示各性状特征出现频率接近或不显示某一种性状特征而不能很好地推断可能的祖先状态。(3)综合叁种基因8种性状祖先重建结果发现,裸藻属和眼裸藻属植物具有所有原始性状,可能是最先出现的绿色裸藻类的祖先。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
系统发育进化论文参考文献
[1].武颖.棉属叶绿体基因组进化、系统发育及全基因组复制研究[D].西北大学.2019
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[3].黑万欣.中国针茅属植物系统发育与功能性状进化研究[D].内蒙古大学.2019
[4].赵奉熙.二级结构进化约束下的ITS2系统发育分析[D].山东大学.2019
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