1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

论文摘要

为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2 096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp。预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736 bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 菌株
•     1.1.2 主要试剂
•   1.2 方法
•     1.2.1 细菌全基因组的提取、测序及序列组装
•     1.2.2 牦牛巴氏杆菌完整基因组注释与分析
•   1.3 牦牛巴氏杆菌比较基因组学分析
•     1.3.1 基因组共线性分析
•     1.3.2 基因家族与特有基因分析
•     1.3.3 物种间进化关系分析
• 2 结果
•   2.1 所测牦牛巴氏杆菌的基本特征
•   2.2 测序及组装结果
•   2.3 基因组注释与分析结果
•   2.4 牦牛巴氏杆菌比较基因组学分析
•     2.4.1 基因组共线性分析
•     2.4.2 基因家族与特有基因分析
•     2.4.3 物种间进化关系分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 贡嘎,罗润波,陈建春,王一飞,索朗斯珠

关键词: 牦牛巴氏杆菌,全基因组测序,比较基因组学分析

来源: 中国兽医杂志 2019年04期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 西藏农牧学院动物科学学院

基金: 国家肉牛,牦牛产业体系项目(CARS-37),西藏自治区科技厅2015年度基础应用计划项目(20150048),西藏农牧学院奖补资金(2019),西藏农牧学院预防兽医学科建设资助

分类号: S852.61

页码: 12-14+130

总页数: 4

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