胃癌相关核心基因的生物信息学分析

论文摘要

目的:筛选胃癌相关的核心基因及其与胃癌诊断、预后的关系,为胃癌分子诊断、靶向治疗、预后评判提供研究方向。方法:从基因表达数据库（GEO）下载胃癌相关的mRNA表达谱芯片数据,利用R软件的Limma包分别筛选出胃癌组织中较癌旁组织相比具有显著差异表达的基因（DEGs）,在基因功能注释数据库（DAVID）中对DEGs进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,交互基因检索工具（STRING）及Cytoscape软件的网络分析插件CytoHubba用于构建蛋白互作网络（PPI）并进行可视化分析,筛选出核心基因;利用生存分析工具（KM数据库）分析核心基因与胃癌患者预后的关系,并量化具有预后意义的核心基因的诊断价值,利用GraphPad软件将其可视化。最后用皮尔逊（Pearson）法检验核心基因之间的相关性。结果:在GEO数据库得到的3个基因芯片表达谱中,胃癌组织与正常组织差异表达显著的基因有1 839个,上调基因851个,下调基因988个,三者取交集后,在3个表达谱芯片中均有显著差异表达的基因有66个,上调基因24个,下调基因42个;GO富集分析显示,差异表达基因的功能主要集中在细胞外空间、细胞外外泌体、消化、细胞外基质组织、胶原纤维组织;KEGG富集分析提示,差异表达基因的通路主要涉及蛋白质消化和吸收、胃酸分泌、氮代谢、ECM-受体相互作用、矿物质吸收等;PPI网络中,Cytoscape可视化分析发现10个核心基因的差异表达与胃癌的发生密切相关,KM数据库检索发现,FN1、COL1A1低表达组患者预后更佳,高表达组更差。FN1、COL1A1的AUC分别为0.93、0.90,提示两者均具有较高的诊断价值,两者的相关性分析得出相关系数r=0.59（P<0.05）,提示COL1A1与FN1两者在胃癌中的表达呈正相关。结论:生物信息分析筛选的核心基因FN1、COL1A1可能成为提示胃癌患者预后、早期诊断、研发胃癌靶向药物的候选标志物或靶点。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 文件下载及处理
•   1.2 差异表达基因的筛选
•   1.3 GO功能注释和KEGG通路富集分析
•   1.4 PPI构建
•   1.5 核心基因的生存分析
•   1.6 核心基因的诊断价值及相关性分析
• 2 结果
•   2.1 差异表达基因
•   2.2 差异基因的GO功能注释
•   2.3 差异基因的KEGG信号通路富集分析
•   2.4 PPI构建及核心基因
•   2.5 核心基因与生存率的关系
•   2.6 核心基因的诊断价值
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 陈秀琼,孟凡桥,熊华,王雅丽,周洋媚,唐雯华,邹燕梅

关键词: 胃癌,生物信息学,差异基因,靶点,诊断,预后

来源: 癌变·畸变·突变 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心

基金: 湖北省自然科学基金(2018CFB611)

分类号: R735.2;Q811.4

页码: 308-314

总页数: 7

文件大小: 1736K

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