导读:本文包含了比较基因组学论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,基因组学,霍尔,小麦,陆地棉,叶斑病,海岛。
比较基因组学论文文献综述
马东阳,于莉莉,刘贵峰[1]（2019）在《微阵列比较基因组杂交技术的研究进展》一文中研究指出微阵列比较基因组杂交不仅有快速自动化,同时有高通量、高灵敏度及高分辨率等优点,可以精准地对微缺失和微重复等基因组变异进行检测,为先天性疾病、肿瘤患者以及产前诊断中脱氧核糖核酸拷贝数变化的提供了一种切实可行的检测方法。本文对该技术的基本原理、特点、芯片的探针类型和结果分析分别进行了介绍,着重综述了在肿瘤、先天性疾病和产前诊断等领域的临床应用,为其在科研或临床上更广泛的应用提供新的思路。(本文来源于《海南医学》期刊2019年23期）
钟杰,李利,宋天增,张红平,郭家中[2]（2019）在《比较基因组学分析鉴定影响藏山羊耳朵大小的遗传位点》一文中研究指出耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25 kb步长滑动窗口的全基因组F_(ST)以及H_P比值的结果显示,2号染色体56.475～56.575 Mb基因组区域在两种耳型藏山羊之间分化程度最高(F_(ST)=0.36)。在该窗口内,30个SNPs位点的等位基因频率差异较大(△AF>0.5),特别是其中1个SNP位点(chr2:56559507,C>T)的△AF高达0.87。在7号染色体45.05～59.76 Mb区域内,受选择基因数量多达52个。对离异值窗口包含的372个基因进行富集分析, SPINK5、 TCOF1、PPARD等基因显着富集在10个与哺乳动物耳朵发育相关的表型条目中;特别是 SPINK5基因上游5kb处2个SNPs(c.-4283A>G、c.-4295G>A)的等位基因频率差异高达0.9和0.83。主成分分析结果表明,仲巴地区藏山羊的遗传组成与低海拔地方山羊品种更接近;而措勤地区藏山羊的遗传组成与其他山羊品种区别较大。初步鉴定到与藏山羊耳型变异相关的基因组区域,为深入研究山羊耳朵发育的分子机制提供依据;并揭示出不同地区藏山羊群体遗传组成存在较大差异。(本文来源于《西北农业学报》期刊2019年11期）
方磊,胡艳,陈杰丹,张志远,马卫[3]（2019）在《陆地棉和海岛棉比较基因组分析与优异性状形成的分子机制》一文中研究指出棉花纤维是重要的天然纺织纤维,在国民经济中占据着重要地位。二倍体棉花通过种间杂交加倍形成四倍体棉花祖先种,经长期的自然与人工选择,形成了目前世界广泛种植的栽培种即海岛棉和陆地棉。陆地棉占总面积的90%以上,产量高,纤维品质一般,被用来生产世界上大部分的服装。海岛棉占5～8%,纤维品质优异,主要用以生产高端奢侈品牌服装的高档棉织物。我们通过陆地棉半野生种、栽培种和海岛(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
梅磊,肖钦之,陈进红,祝水金[4]（2019）在《3个棉属中植物络合素合酶的比较基因组学鉴定与功能预测》一文中研究指出【研究背景】重金属胁迫对植物的生长发育有不良影响,植物络合素合酶(Phytochelatin Synthase,PCS)在植物主动防御金属毒害过程中起关键作用,棉花对多种重金属有着较好的耐性,且种属数量多,属间差异大,是挖掘优质PCS功能基因的潜在对象;【材料与方法】为了更好的了解棉花中PCS基因的数量、分布及可能特性,以完成全基因组测序的3个代表性棉属陆地棉(Gossypium hirsutum,(AD)1)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii,D5)和亚洲棉(Gossypium arboreum,A2)为研究对象,结合双子叶模式植物拟南芥PCS蛋白特征域结构,鉴定3个棉花品系中PCS基因家族成员,并对其进行蛋白特征鉴定、同源类别分析、基因结构预测、酶作用位点比对以及半胱氨酸(Cys,Cysteine)分布分析;【结果与分析】主要结果表明:(1)在雷蒙德氏棉、亚洲棉和陆地棉中分别鉴定出2、2和4个PCS基因,棉花中所有PCS蛋白家族成员均含有2个特有的结构域,与催化中心相关的氨基酸位点完全保守;(2)PCS蛋白家族在进化上分属两个不同亚组,亚组(Ⅰ)与亚组(Ⅱ)在亲缘关系上分别更接近双子叶植物和线虫,两个亚组内PCS家族在基因结构,Cys分布的表现上也出现差异化,依据这些推测亚组(Ⅰ)相较亚组(Ⅱ)可能会表现出更强的植物络合素合酶活性;(3)雷蒙德氏棉中的两个旁系同源基因外显子完整性不及亚洲棉和陆地棉,可能对重金属更敏感;【结论】棉属PCS基因功能分化程度要高于其他植物,对棉属PCS进行深入研究意义重大。(本文来源于《2019年中国作物学会学术年会论文摘要集》期刊2019-10-27）
唐庆华,覃伟权,于少帅,宋薇薇,余凤玉[5]（2019）在《槟榔细菌性叶斑病菌全基因组测序及比较基因组学分析》一文中研究指出由须芒草伯克霍尔德氏菌(Burkholderia andropogonis)侵染引起的槟榔细菌性叶斑病是槟榔生产上最严重的细菌性病害之一。对代表性菌株Y30 (中国典型培养物保藏中心编号:CCTCC AB2014035)进行了初步测序,通过Illumina Hiseq 2000平台测序,Y30共产生1 207 Mb数据。基于测序数据组装获得的Y30基因组大小为7 075 563bp,GC含量58.67%,共33个scaffold,155个contig。通过基因预测、重复序列预测、非编码RNA预测等方法获取Y30基因组的组成情况。Y30的基因组含有7 081个基因,总长度为6 231 444bp,平均长度880bp,占基因组全长的88.07%。串联重复序列共120个,总长为19 152bp,占基因组全长的0.27%。小卫星序列49个,微卫星序列38个。tRNA 58个,rRNA 12个。将菌株Y30与其他Burkholderia全基因组序列进行了共线性分析,结果显示Y30菌株与B.cenocepacia菌株J 2315和B.xenovorans菌株LB400全基因组核酸共线性最高。用Glimmer3.0软件对Y30基因组的ORF进行预测,获得7 081个编码基因,依据COG分类标准将7 081个基因划分为22类。通过与KEGG数据库进行比对,Y30的7 081个基因可划分为34类。(本文来源于《中国植物保护学会2019年学术年会论文集》期刊2019-10-23）
刘亚铭,陈高,秦松,崔玉琳,崔红利[6]（2019）在《真核微藻糖转运蛋白基因的比较基因组学分析》一文中研究指出糖转运蛋白是一种位于细胞膜上的重要载体蛋白,负责将胞外的糖类物质转运至细胞内供细胞代谢利用,除了转运功能外,糖转运蛋白还可以作为糖传感器在真核微藻、哺乳动物和高等植物中发挥重要作用。以真核微藻基因组数据为基础,在基因组水平对糖转运蛋白基因的分布、结构和进化规律进行了系统的研究。对测序完成的28株真核微藻糖转运蛋白家族进行了比较基因组学分析,从中发现了70个假定的糖转运蛋白序列,即为9个HUP1,39个HUP2和22个HUP3类型的糖转运蛋白基因。初步推断真核微藻的糖转运蛋白基因是细菌起源的。建立了微藻糖转运蛋白基因-结构-功能的框架结构,对之后构建优良藻株具有重要的理论和现实意义。(本文来源于《生物学杂志》期刊2019年05期）
苏宁,何兆峰,欧平和,杨玉存,王鹏程[7]（2019）在《小麦属植物叶绿体的比较基因组分析》一文中研究指出为了从叶绿体角度解析小麦属植物的起源进化关系,以14个小麦属植物叶绿体基因组为对象,利用比较基因组分析思路,比较了小麦属植物的叶绿体基因组基因含量、序列变异、结构特性和进化关系以及RNA编辑的异同。结果发现:14种小麦属植物叶绿体基因组大小和结构特征比较保守,但基因数量存在一定的差异,主要是由于tRNA的数目不一致引起的;IR区的伸缩分析发现硬粒小麦和乌拉尔图小麦在IRb-SSC边界基因存在明显的差异,其他麦类作物间差异很小;基于叶绿体全基因组的系统进化分析发现,有AABB基因型的物种聚在一起,而AAGG型的单独为一支,基本反应了其系统进化关系;最后,对这14个叶绿体基因组的RNA编辑位点进行了预测和比较分析,发现有35个编辑位点在所有小麦属物种均发生,同时还鉴定到多个物种特异的编辑位点,为从RNA编辑角度解析小麦属植物的系统进化关系提供了重要数据。本研究为进一步研究小麦属物种的起源进化以及系统发生关系奠定了基础。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
高丽锋,王凯,赵光耀,邓平川,崔党群[8]（2019）在《比较基因组揭示小麦育种选择》一文中研究指出小麦是世界主要粮食作物,我国小麦育种从20世纪早期的地方品种到如今现代小麦品种,小麦平均亩产提高了10倍,然而对于育种改良在基因组水平引起的变化,至今仍不清楚。小麦地方品种中国春(CS)和现代育成品种矮抗58 (AK58)全基因组测序已经完成,高质量的基因组为详细解析现代育种改良提供了可能。CS和AK58株型差异很大,CS株高是AK58的两倍(124cm vs.62cm),籽粒较小(TGW 28g vs 43g),抽穗期约晚一周。比较CS和AK58基因组,发现AK58和CS基因组平均差异大于10%,共线性基因组序列大约占AK58基因组序列的86%、CS基因组序列的87.5%,非共线性最大区段出现在ChrlB短臂,该区域AK58携带1B/1R易位片段。基于目前的组装结果,我们发现AK58和CS特有的基因为8823和7020个,大约占全部注释基因的7.52%和6.49%。GO富集显示这些材料特异的基因主要参与次级代谢和能量代谢。通过基因组序列比较,我们发现在CS和AK58间存在大量变异,包括30,504,165 SNPs和3,108,702 Insertion/Deletions (InDels,长度定义为<200bp)。SNPs和InDels在染色体端部密度较高,着丝粒区域变异较少,与端部重组频率高相关。统计SNPs和InDels在基因中的分布,发现677,770个SNPs和127,866 InDels分别来自24,291和3,845基因,平均每个基因28个SNPs、2个InDels。通过计算同义突变(Ka)和非同义突变(Ks)比率可以推测同源基因受选择压力而引起的基因功能分化。我们在CS和AK58中发现22860对同源基因具有这两类突变,其中1697对同源基因(7.4%) Ka/Ks>1,预测这些基因在小麦改良过程中经历正向选择。基于CS和AK58基因组比较分析,我们将探讨与重要农艺性状相关的基因或基因组区域结构变异和功能分化,为小麦育种改良提供指导。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
孙洪宝,许勇,张春秋,任毅,郭绍贵[9]（2019）在《比较基因组学在甜瓜白粉病抗病基因Pm-2F连锁标记开发中的应用》一文中研究指出目的与意义:近年来随着保护地甜瓜生产的迅速扩大,在高温高湿的环境下,甜瓜白粉病的发生变得越来越严重,白粉病已经成为甜瓜绿色无公害生产的主要障碍,危害日益严重。研究发现,中国大部分地区的甜瓜白粉病菌由Podosphaera xanthii(P. xanthii)引起,其中小种2 France是主要的优势生理小种。采用BSA法,开发与甜瓜白粉病P.(本文来源于《中国瓜菜》期刊2019年08期）
凌志琳,赵瑞琳[10]（2019）在《中国美味蘑菇比较基因组学和转录组学研究》一文中研究指出近年来我国食药用菌产业发展迅速,传统大宗栽培种类产量持续增长,新增种类也具有广阔的市场空间。中国美味蘑菇Agaricus sinodeliciosus是本课题组2015年发表的采自新疆的新种,当地又称苇菇、红柳菇。目前多家单位已实现其人工驯化,有望成为一个能在农业设施条件下广泛栽培的食用菌新种类。在前期的人工驯化中发现中国美味蘑菇对生产中普遍使用的人工栽培料利用效率非常低,为阐述其基质利用的遗传基础,本研究首先对中国美味蘑菇单倍体菌株ZRL20160001-S65基因组进行二代和叁代测序,组装获得32.37 Mb全基因组精细图,Scaffold N50> 1.4 Mb,预测编码基因9,086个。对中国美味蘑菇和其它44个食药用菌进行全基因组系统发育分析,验证食药用菌物种间的亲缘关系以及中国美味蘑菇的分类地位。通过注释和比较45个食药用菌木质纤维素降解酶系基因的组成和数目变化,以及对近缘物种的基因家族比较分析,发现中国美味蘑菇的木质纤维素降解酶系组成与双孢蘑菇一致,但其基因数目在广泛人工栽培的草腐菌中最少,这可能是其在人工栽培料生长速度明显缓慢的遗传因素。实验室前期对中国美味蘑菇原生境土壤进行理化性质分析,发现该物种在自然状态下具有耐盐碱环境的能力。本研究通过对不同pH条件下中国美味蘑菇菌丝的转录组研究,从RNA水平解析环境pH对菌丝生长的影响,发现偏碱性条件更加有利于中国美味蘑菇基因的表达、促进碳水化合物的分解和吸收利用、促进子实体形成等。本研究深入分析中国美味蘑菇的基质利用机制、盐碱环境适应能力,对中国美味蘑菇的人工栽培条件优化、开发栽培技术等方面具有重要的科学意义和实践指导意义。(本文来源于《多彩菌物 美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要》期刊2019-08-03）
比较基因组学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25 kb步长滑动窗口的全基因组F_(ST)以及H_P比值的结果显示,2号染色体56.475～56.575 Mb基因组区域在两种耳型藏山羊之间分化程度最高(F_(ST)=0.36)。在该窗口内,30个SNPs位点的等位基因频率差异较大(△AF>0.5),特别是其中1个SNP位点(chr2:56559507,C>T)的△AF高达0.87。在7号染色体45.05～59.76 Mb区域内,受选择基因数量多达52个。对离异值窗口包含的372个基因进行富集分析, SPINK5、 TCOF1、PPARD等基因显着富集在10个与哺乳动物耳朵发育相关的表型条目中;特别是 SPINK5基因上游5kb处2个SNPs(c.-4283A>G、c.-4295G>A)的等位基因频率差异高达0.9和0.83。主成分分析结果表明,仲巴地区藏山羊的遗传组成与低海拔地方山羊品种更接近;而措勤地区藏山羊的遗传组成与其他山羊品种区别较大。初步鉴定到与藏山羊耳型变异相关的基因组区域,为深入研究山羊耳朵发育的分子机制提供依据;并揭示出不同地区藏山羊群体遗传组成存在较大差异。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
比较基因组学论文参考文献
[1].马东阳,于莉莉,刘贵峰.微阵列比较基因组杂交技术的研究进展[J].海南医学.2019
[2].钟杰,李利,宋天增,张红平,郭家中.比较基因组学分析鉴定影响藏山羊耳朵大小的遗传位点[J].西北农业学报.2019
[3].方磊,胡艳,陈杰丹,张志远,马卫.陆地棉和海岛棉比较基因组分析与优异性状形成的分子机制[C].2019年中国作物学会学术年会论文摘要集.2019
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[6].刘亚铭,陈高,秦松,崔玉琳,崔红利.真核微藻糖转运蛋白基因的比较基因组学分析[J].生物学杂志.2019
[7].苏宁,何兆峰,欧平和,杨玉存,王鹏程.小麦属植物叶绿体的比较基因组分析[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
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[9].孙洪宝,许勇,张春秋,任毅,郭绍贵.比较基因组学在甜瓜白粉病抗病基因Pm-2F连锁标记开发中的应用[J].中国瓜菜.2019
[10].凌志琳,赵瑞琳.中国美味蘑菇比较基因组学和转录组学研究[C].多彩菌物美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要.2019
论文知识图
