导读:本文包含了基因选择模型论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:模型,基因,噪声,变量,氧氟沙星,苹果酸,葡萄球菌。
基因选择模型论文文献综述
刘璐[1]（2019）在《引入基因型线性模型的变量选择》一文中研究指出近年来,基因与疾病之间的关联分析已是生物信息学中非常重要的一个研究方向。传统的基因型与疾病的研究主要集中在单个基因型与疾病之间的关联分析,忽略了基因之间的关联对疾病的影响。论文主要考虑引入基因型线性模型,对引入基因型线性AA,Aa,aa后所得的叁种模型:隐性模型,可加模型和显性模型。结合高维变量选择方法和工具从理论和模拟两个方向进行了较为深入的研究。研究结果表明,在协变量个数p小于样本容量n时,LASSO方法在识别基因的准确度方面,可以达到百分之90以上,在协变量个数p大于样本容量n时,LASSO方法最多只能识别n个。后续提出NAIVE ELASTIC NET方法,不仅可以在p>n时不受限制,还在变量之间有强相关性时体现分组效应,模拟结果表明在变量之间有请相关性时,NAIVE ELASTIC NET方法所得到的估计的MSE比LASSO所得到的要小一些。(本文来源于《广西师范大学》期刊2019-06-01）
贾东杰[2]（2018）在《苹果果实酸度基因挖掘验证及基因组选择模型的建立》一文中研究指出以苹果酸为主的有机酸在苹果果实风味品质中起到重要作用,解析苹果果实中苹果酸积累的遗传和分子机理,对优质育种和果实品质调控具有重要的意义。本试验利用'红玉' X '金冠'和紫塞明珠' × '红富士'等杂种群体分别对苹果果实苹果酸含量进行MapQTL和BSA-seq分析,然后在主效QTLs区间内预测候选基因并进行变异位点功能验证,最终建立基因组选择模型。主要研究结果如下:1.通过对'紫塞明珠' X '红富士'正反交群体、'紫塞明珠,× '金冠'正反交群体以及'红玉' X '金冠'群体5个杂交群体连续3年的表型进行分析,发现苹果果实酸性状为典型的数量性状,杂交后代中性状分离广泛,其广义遗传力均在80%以上,变异主要由遗传效应决定。2.利用'红玉' × '金冠'和'紫塞明珠' × '红富士'杂交群体,分别用MapQTL和BSA-seq方法对果实苹果酸含量进行QTL定位,共获得4个主效QTLs:qt108.1、qt108.2、qt108.3和qt116.1。通过苹果参考基因组基因注释和本实验室的父母本'红玉'和'金冠'的重测序库来预测筛选候选基因。最终分析结果为:MdMYB44、MdPP2CH、MdSAAUR37和MdALMTI分别为qtl08.1、qt108.2、qt108.3和qt116.1位点的候选基因。3.我们用已经开发的CAPS标记来检测杂交群体后代和种质资源中该基因MdLMTII SNP位点上A/G多态性。MdALMTII基因型(AA、AG、GG)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.01),GG基因型表现为高酸,AA表现为低酸。4.在MdPP2CH基因编码区802bp处存在一个A/GSNP位点,使编码蛋白 268位氨基酸从苏氨酸变为丙氨酸(T268A)。MdPP2CH基因型(AA、AG、GG)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.001),GG基因型个体中的苹果酸平均含量显着高于AG基因型,而AG基因型个体中的苹果酸的平均含量显着高于AA基因型,表现为加性效应。磷酸酶活性验证试验证明当氨基酸多态由Thr变为Ala时,MdPP2CH的磷酸酶活性下降,说明该SNP位点影响MdPP2CH蛋白脱磷酸化功能。在苹果愈伤中过表达MdPP2CH,转基因愈伤中的苹果酸含量显着下降,说明MdPP2CH负调控苹果酸的积累。过表达MdPP2CH(268T)的转基因愈伤中的苹果酸含量显着低于过表达MdPP2CH(268 A),说明当氨基酸多态由Thr变为Ala时会导致MdPP2CH的磷酸酶活性下降。Y2H和BiFC试验证明MdPP2CH可与苹果酸转运蛋白MdALMTII和离子通道蛋白MdVHA-A3、MdVHA-B2、MdVHA-D2互作,通过脱磷酸化抑制苹果酸转运蛋白活性,从而阻碍苹果酸转运到液泡,负向调控苹果酸的积累。5.在MdSAUR37基因起始编码子ATG上游-639 bp处有一个36-bp的插入。MdSAUR37基因型(Ⅱ、Ii、ii)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.001),插入纯合基因型Ⅱ个体中的苹果酸的含量显着高于插入杂合基因型Ii,而基因型Ii个体中的苹果酸的平均含量显着高于无插入基因型ii。果实成熟期MdSAUR37基因的表达水平与果实中苹果酸的含量显着相关(R2 = 0.7792,P<0.001)。GUS染色和GUS/GFP双标签瞬时表达检测分析表明MdSAUR37基因启动子区36-bp插入能显着增强MdSAUR37基因启动子活性。MdSAUR37可以与MdPP2CH互作并抑制MdPP2CH的脱磷酸化,抑制率达35%。6.在MdMYB44基因编码区起始编码子ATG上游启动子区在-1010 bp位存在一个A/G SNP位点。MdMYB44基因型(AA、AG、GG)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.001),基因型GG个体中的苹果酸的含量显着高于基因型AG,而基因型AG个体中的苹果酸的含量显着高于基因型AA。7.对MdSAUR37/MdPP2CH/MdALMTII/MdMYB44组合基因型进行基因分型,通过用苹果酸含量平均值值为各基因的基因型赋值,经迭代运算,建立了苹果酸含量性状的基因组选择的线性模型:PPV= GV(MdSAUR37)× GV(MdPP2CH)× GV(MdALMTII)+ GV(MdMYB44)+ 校准系数(1)。该模型预测的苹果酸表型值PPV与实测的苹果酸含量显着相关(p<0.001)。(本文来源于《中国农业大学》期刊2018-08-01）
汪盛[3]（2018）在《急性酒精性肝损伤小鼠模型中内参基因的选择及内质网应激对外泌体miR-122表达的影响》一文中研究指出急性酒精性肝损伤是指短时间内摄入大量酒精,致使血液中酒精浓度超肝脏的代谢能力而引起的肝细胞受损等一系列改变。急性酒精性肝损伤所涉及的分子通路十分复杂,部分研究已经解释了可能参与急性酒精性肝损伤过程的潜在机制,但其在基因表达中的分子机制仍有待阐明。一系列相关的实验研究得出,内质网应激(endoplasmic reticulum stress,ERS)在急慢性肝损伤形成过程中起着重要的作用。内质网应激是机体存在的防御保护机制,但应激太强或者持续时间太长,就可能会引起炎症和凋亡等的发生,可引发一系列的病理性改变。然而,ERS参与急慢性肝损伤,尤其是急性酒精性肝损伤的机制尚有待阐明。单次酒精灌胃所诱导的肝损伤是用于研究急性酒精性肝损伤比较常用的方法之一。本研究首先观察了急性酒精性肝损伤模型中合适的内参基因,并进一步研究了内质网应激对外泌体mi R-122表达的影响,主要内容如下:1.急性酒精性肝损伤小鼠模型中内参基因的选择由于单个常见的内参基因不可能在所有条件下都是适用的,所以对于特定的实验设计,不同内参基因的实用性必须经过实验验证。为了更深入研究酒精诱导急性肝损伤的分子机制,选择稳定可靠的内参基因至关重要。1.1 ge Norm,Best Keeper和Norm Finder工具用于评估急性酒精性肝损伤小鼠模型中内参基因表达的稳定性我们采用单次酒精灌胃来构建急性酒精性肝损伤小鼠模型,取同等大小的一小部分肝组织进行HE和TUNEL染色,留取小鼠血液静置离心后获得的血清用于谷丙转氨酶(alanine aminotransferase,ALT)的检测,再称取小鼠的肝重和体重后算得小鼠的肝重系数(肝重/体重)以鉴定建模成功。通过q PCR技术检测肝组织中内参基因(Actb,Gapdh,Gusb,Hprt1,18S,Tbp,B2m)的表达量。使用ge Norm,Norm Finder和Best Keeper工具评估急性酒精性肝损伤小鼠模型中内参基因表达的稳定性。结果发现在酒精诱导的小鼠急性肝损伤模型中Hprt1和Gapdh的组合在急性酒精性肝损伤小鼠模型中被证实为最佳内参基因对,Hprt1表达最稳定。1.2不同内参基因的选择对内质网应激相关基因表达水平的影响在急性酒精性肝损伤小鼠模型中,选择在该模型中表达最稳定基因Hprt1和最不稳定基因18S作为内参基因来检测ERS相关基因(GRP78,CHOP,GRP94,XBP1,XBP1t,ERdj4,PDI)的表达水平。结果显示,与对照组相比,使用Hprt1作为内参基因,酒精12h组肝脏GRP78,CHOP,PDI基因表达水平均显着升高。而使用18S作为内参基因,对照组和酒精组的基因表达水平之间无明显差异。上述结果提示,Hprt1是通过叁种内参评估工具选择的可作为小鼠急性酒精性肝损伤模型中合适的内参基因。2.急性酒精性肝损伤小鼠模型中内质网应激对外泌体mi R-122表达的影响外泌体(exosomes)最近成了研究的热点,其为含有脂质双层特征结构的小膜泡。外泌体内含有不同类别的mi RNAs和m RNAs等活性物质,与相近细胞膜融合,将活性物质传递到受体细胞,调节细胞间信号转导,发挥生物学效应。有研究证实外泌体中含有丰富多种mi RNAs,其脂质双层的膜结构可提高mi RNAs的被检测性,能够成为研究mi RNAs可以信赖的载体。在急性酒精性肝损伤中,酒精可直接或间接导致内质网应激的发生。ERS在肝损伤进展过程中起着一定的作用。4-苯基丁酸(PBA)作为ERS抑制剂被广泛应用于研究与内质网应激相关的疾病。研究表明,PBA能够减轻内质网应激以达到降低肝细胞坏死和凋亡的程度的效果。另有研究显示,酒精性肝损伤过程中存在外泌体mi R-122表达水平的上调。因此,本实验进一步研究ERS在急性酒精性肝损伤中对血清外泌体mi R-122表达水平的影响。2.1 4-苯基丁酸对内质网应激的影响为进一步研究ERS在急性酒精性肝损伤中对血清外泌体mi R-122表达水平的影响。我们采用单次酒精灌胃来构建急性酒精性肝损伤的小鼠模型,PBA干预组小鼠在造模前12 h和24 h腹腔注射不同剂量的PBA(75 mg/kg,150 mg/kg),取同等大小的一小部分肝组织进行HE染色,留取小鼠血液离心后获得血清用于ALT的检测,算得小鼠肝重系数鉴定建模成功。Western blot技术检测小鼠肝脏组织中ERS相关蛋白GRP78,p IRE1α和p e IF2α的表达情况。结果显示,PBA能抑制ERS相关蛋白的表达,150 mg/kg剂量的PBA对ERS相关蛋白表达的抑制效果更明显。2.2内质网应激对外泌体mi R-122表达的影响在急性酒精性肝损伤模型组和PBA干预组中,使用Western blot技术检测小鼠肝脏组织中ERS相关蛋白GRP78,p IRE1α和p e IF2α的表达情况,q PCR检测血清外泌体pri-mi R-122,mi R-122表达情况。结果显示,内质网应激可导致外泌体pri-mi R-122,mi R-122表达水平上调,而内质网应激抑制剂PBA可使外泌体pri-mi R-122,mi R-122表达水平下调。上述结果提示,内质网应激可影响外泌体mi R-122的表达。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2018-03-01）
王黎黎,刘学军,张礼[4]（2016）在《基于模型选择的差异基因和异构体检测》一文中研究指出基因和异构体差异表达分析是获取基因和异构体功能的重要途径,现已成为生物信息学的一个重要领域。RNA-seq是一种高通量测序技术,近年来广泛用于转录组研究。RNA-seq数据的读段多源映射现象给差异异构体检测带来挑战。针对该问题,本文采用先计算基因和异构体的表达水平,再进行差异分析的方法,以计算表达水平的PGseq模型为基础,采用贝叶斯因子方法进行模型选择,提出一个新的差异检测方法 PG_bayes,解决了基因和异构体两方面的差异检测问题。将PG_bayes应用于人类和小鼠共4个真实数据集中,并与目前流行的差异检测方法进行对比。实验结果表明,PG_bayes方法在差异基因和差异异构体检测中具有较高的准确度和灵敏度,并且在差异异构体检测方面表现出优势。(本文来源于《数据采集与处理》期刊2016年05期）
王婉秋[5]（2016）在《基于低秩模型基因—环境交互作用的贝叶斯变量选择方法》一文中研究指出最近几年的时间里,生物统计学家对基因-环境(G-E)之间的交互作用越来越感兴趣,尤其是在全基因组关联分析研究中,协变量p的个数要远远大于样本量n的个数,这给统计分析增加了困难,许多生物统计学家致力于这方面的研究。虽然已有很多传统的方法存在,但是如果在模型中加上数以万计的基因-环境(G-E)交互作用后还想要选择有效的协变量并且构建一个合适的模型仍然是一个非常有挑战性的任务。在带有交互作用的线性回归模型中,我们用低秩矩阵的方法得到交互作用的系数矩阵简单参数化后的简化模型。基于该低秩线性模型,我们引入贝叶斯变量选择方法来识别主效应和基因-基因(G-G)、基因-环境(G-E)之间的交互作用。在本篇论文中我们首先给出主效应和简单参数化后的交互作用的钉板(Spike and Slab)先验,接下来我们通过Gibbs抽样得到最大后验概率,当后验概率大于一个临界值时我们认为该协变量是有效的协变量,否则它是无效的,选出有效协变量之后我们得到最终的模型。模拟研究和实际数据分析都表明本文所提出的方法对带有基因-基因(G-G)交互作用和基因环境(G-E)交互作用的线性模型做变量选择是有优势的。(本文来源于《东北师范大学》期刊2016-05-01）
刘佩[6]（2016）在《基因选择模型中有界噪声和时间延迟诱导的相变》一文中研究指出近几十年来,噪声对非线性系统的影响引起了人们高度的重视.众所周知,在任何真实的动态系统中随机涨落都是无处不在的.因此随机系统也就包含了比确定性系统丰富的多的信息.传统的观点认为,噪声总是对宏观秩序起消极破坏的作用.然而,大量实验事实已经证明,噪声也有一些积极的作用,比如：噪声加强稳定性、噪声诱导相变、噪声维持同步和随机共振等等.在这些现象中,随机相变是噪声积极性作用中最为有意思的例子之一,系统的稳态概率分布函数通常被用于定性分析这一现象.然而,在以前的大多数研究中,人们通常忽略了噪声的有界性,大多数时候都用高斯噪声表示随机涨落,这与真实的物理量是有界的这一事实矛盾.所以,把有界噪声引入到非线性系统中非常有必要.另外,在自然界中时间延迟也是不可避免的.那么包含有时间延迟的物理系统才更加符合实际.因此,对有界噪声驱使下的随机延迟系统值得深入的研究.基因选择作为21世纪科学界中最为热门的话题之一,它有着广泛的应用价值.文章中,我们根据实际的物理背景,将单倍体基因选择的过程用数学模型描述出来.再结合随机非线性动力学知识,引入内外噪声和时间延迟,建立随机的基因选择模型,为我们进一步探索基因选择系统的动态行为打好基础.本文研究了有界噪声激励下的基因选择系统中的相变现象.利用数值模拟的方法,我们获得了系统的稳态概率分布函数.结果表明：加性和乘性的有界噪声都可以诱导系统发生相变现象.乘性的有界噪声能促进基因的分离,在基因选择过程中扮演着积极的作用；而加性的有界噪声抑制基因的分离.内外噪声的关联强度也可诱导系统发生相变,关联的强度越大越有利于某一类基因的单倍体从种群中胜出.一个更有意思的结论是：内外噪声间的互关联时间可以诱导系统发生一种类似重入相变的现象,即：系统的稳态概率分布函数曲线随着噪声间互关联时间的增大从单峰变成双峰接着变成四峰结构.另外,时间延迟在基因选择过程中也扮演着不可忽视的作用.本文用数值模拟的方法研究了不同类型的时间延迟对基因选择系统的影响.结果显示：局部时间延迟可以诱导系统发生相变现象,而全局时间延迟并不改变系统的动力学行为.研究发现分别出现在基因变异重组和基因继承再生过程中的时间延迟,在基因选择过程中起着恰恰相反的作用.本文的研究目的是探索随机涨落和时间延迟对基因选择系统的作用,以此更深入的了解基因选择表达的机制.(本文来源于《陕西师范大学》期刊2016-04-01）
黄正顺,凌远云[7]（2015）在《科教人群对转基因大米接受态度的研究——基于排序选择模型的实证分析》一文中研究指出转基因大米一直备受公众关注和争论,并渐已成为相关科学研究的重点。以高校教师和科研人员为实地调查对象,采用排序选择模型分析了个体特征变量、专业背景特征、对转基因相关知识的了解程度,以及政府监管规范程度是否会显着影响高校教师和科研人员对转基因大米的接受态度。结果表明,个体特征变量、专业背景特征并不显着影响教师和科研人员对转基因大米的接受态度,而对转基因相关知识的了解程度以及政府对转基因技术管理的规范程度显着影响教师和科研人员对转基因大米的接受态度,且呈现正相关的关系。(本文来源于《湖南农业科学》期刊2015年06期）
杨红[8]（2015）在《噪声和时滞对基因选择模型相变的影响》一文中研究指出近些年来,随机力在非线性系统中的作用越来越被人们重视.一般来说,人们认为噪声总是消极的东西,它会干扰系统原有的运动.而进一步研究发现,在一定条件下噪声对系统会产生重要影响,一系列在原有系统中不可能产生的现象在噪声的扰动下成为可能.一般我们所考虑的系统中都默认系统中的相互作用都是瞬时的,没有经历什么相互作用的延迟时间,但许多实际问题并不如此.系统各部分中能量与信息的表达、转录、翻译等过程都存在一定的时间差,时滞在系统中的存在是十分客观的.本文基于这两方面的因素,研究了选择基因模型在噪声和时滞诱导下的相变现象并对噪声与时滞对Logistic模型稳态概率密度函数以及平均首通时间的影响进行了研究.本文的主要内容和结论为：1.研究了在加性和乘性白噪声激励下选择基因模型的局部和全局时滞效应.利用小时滞近似理论和数值模拟推导出了稳态概率密度函数来研究不同时滞对相变的影响.结果发现：局部和全局时滞都可以诱导相变,但作用却完全不同.加性噪声和乘性噪声在局部和全局时滞中都可以诱导相变.2.分别研究了色噪声和有界噪声在局部和全局时滞下对随机基因模型相变的影响.直接对郎之万方程进行数值模拟得到稳态概率密度函数图像来研究相变.尽管色噪声和有界正弦噪声有相同的均值和稳态相关值,但有界噪声与色噪声相比不论在哪种时滞参与下都可以增强相变.在局部时滞中,时滞在两种噪声中的作用完全不同.在全局时滞中,色噪声和正弦噪声都不能引起相变.3.研究了噪声以及时滞对Logistic模型稳态概率密度函数以及平均首通时间的影响.利用统一色噪声近似原理以及小时滞近似原理推导出了稳态概率密度函数来研究噪声与时滞对其性质的影响,同时利用最陡下绛法推导出了平均首通时间.结果表明：噪声强度与噪声间的关联系数都可以降低系统的稳定性,关联时间与时滞则增强了系统的稳定性.(本文来源于《陕西师范大学》期刊2015-05-01）
罗恒丽[9]（2015）在《双黄连影响兔组织笼感染模型中左氧氟沙星对金黄色葡萄球菌的耐药突变选择及grlA、grlB、gyrA、gyrB基因突变的作用》一文中研究指出目的:探讨高中低剂量双黄连联用左氟沙星与单用左氧氟沙星作用于感染动物体,对金黄色葡萄球菌ATCC29213的MSW及grlA、grlB、gyrA、gyrB基因突变的影响。以期为中药改善喹诺酮类药物耐药提供科学依据,为临床减少细菌耐药性的产生提供一种新的治疗途径。方法:建立兔组织笼模型,以金黄色葡萄球菌ATCC29213感染,分为生理盐水阴性对照组,单用左氧氟沙星组(10mg﹒kg-1﹒d-1),单用双黄连组(85mg﹒kg-1﹒d-1),低剂量双黄连联用左氧氟沙星组(双黄连42.5mg﹒kg-1﹒d-1+左氧氟沙星10mg﹒kg-1﹒d-1),中剂量双黄连联用左氧氟沙星组(双黄连85mg﹒kg-1﹒d-1+左氧氟沙星10mg﹒kg-1﹒d-1),高剂量双黄连联用左氧氟沙星组(双黄连170mg﹒kg-1﹒d-1+左氧氟沙星10mg﹒kg-1﹒d-1),耳缘静脉注射,连续给药5天,比较低、中、高剂量双黄连联用左氧氟沙星与单用左氧氟沙星干预过程中,不同时间不同组别金黄色葡萄球菌浓度变化曲线。抽取6组干预不同时间不同组别兔组织笼内金黄色葡萄球菌增菌培养,增菌培养后,采用琼脂平板二倍稀释法测定连续7天(干预过程中和干预结束后两天)相同时间点各组最低抑菌浓度(MIC)、防耐药突变浓度(MPC)、联合抑菌指数(SI=MPC/MIC)。以细菌菌落数、MIC、MSW(SI=MPC/MIC)作为统计学指标,用SPSS19.0软件通过重复测量方差分析方法进行统计学分析,并用LSD进行组间两两比较。提取干预结束后两天组织笼内恢复生长的细菌DNA,应用PCR技术扩增野生型金黄色葡萄球菌和干预后兔组织笼内金黄色葡萄球菌,采用双脱氧末端终止法测定和dnaman软件分析grla、grlb、gyra、gyrb基因序列,比较金黄色葡萄球菌atcc29213及6组不同干预组兔组织笼内金黄色葡萄球菌grla、grlb、gyra、gyrb基因序列突变情况与细菌耐药性的关系。结果:细菌菌落计数表明:生理盐水阴性对照组的细菌菌落在10log10cfu﹒ml-1上下波动。而其他各组菌落曲线均位于阴性对照组下方,用lsd进行两两比较的结果显示阴性对照组与其他各组比较差异均有统计学意义(p<0.05)。单用双黄连组第一至四天呈缓慢下降趋势,下降至6log10cfu﹒ml-1水平维持波动。单用左氧氟沙星组第一至第四天细菌数量急剧下降至4log10cfu﹒ml-1,第五天有较大回升至6log10cfu﹒ml-1左右波动。不同浓度双黄连联用组在第一至五天菌落数均急剧下降,降至3log10cfu﹒ml-1和2log10cfu﹒ml-1水平维持波动,高浓度联用组第五天未检测到存活的菌落,菌落在停用药后两天均无回升趋势。随联用双黄连的剂量增加,菌落下降趋势增大,组间差异具有统计学意义(p<0.05)。细菌mic分析结果表明:阴性对照组mic在0.146±0.015ug﹒ml-1附近有微弱波动,无明显变化。单用左氧氟沙星组在第二天mic出现急剧升高,由初始mic(0.146±0.015ug﹒ml-1)于第叁天上升至1.000±0.122ug﹒ml-1即上升了约7倍,连续7天mic整体处于上升趋势终至1.236±0.061ug﹒ml-1,即最终上升了约9倍,与阴性对照组相比有统计学差异(p<0.05)。单用双黄连组曲线处于阴性对照组下方,但变化不大,无统计学差异(p=0.422>0.05)。叁组双黄连联用组mic曲线均位于阴性对照组mic曲线下方,与阴性对照组相比差异均有统计学意义(p<0.05)。低剂量联用组前叁天mic在初始mic附近变化不大,之后降低至0.119±0.063ug﹒ml-1附近波动。中剂量联用组第二天开始出现mic降低,mic降低至0.048±0.011ug﹒ml-1,附近波动。高剂量联用组于第二天mic出现急剧下降,第四天mic降低至0.036±0.018ug﹒ml-1,即下降了约3.9倍,第五、六、七天未检测到细菌。随联用的双黄连的剂量增大,mic降低的趋势增大,差异有统计学意义(p<0.05)。且中剂量联用组和高剂量联用组相对低剂量联用组mic降低的时间明显提前一天。细菌msw分析结果表明:阴性对照组msw在初始10.509±0.027附近有微弱波动,前后无明显变化。单用左氧氟沙星组第二天msw出现急剧升高,由初始10.546±0.060增大至21.502±0.472左右波动。与阴性对照组比较,msw整体呈上升趋势,差异均有统计学意义(p<0.05)。单用双黄连组曲线位于阴性对照组上方,但相差不大,无统计学差异(p=0.422>0.05)。叁组双黄连联用组msw曲线均位于阴性对照组msw曲线下方,与阴性对照组相比差异均有统计学意义(p<0.05)。低剂量联用组前两天在初始msw(10.609±0.092)附近变化不大,第叁天出现急剧下降第四天降低至7.604±0.083微弱波动。中剂量联用组第二至五天msw均处于明显持续下降趋势最终至3.246±0.096附近微弱波动。高剂量联用组msw于第二至四天急剧下降至2.254±0.049,第五、六、七未检测到细菌。随联用的双黄连的剂量增大,msw降低的趋势增大,差异有统计学意义(p<0.05),且中剂量和高剂量联用组相对低剂量联用组msw降低的时间明显提前一天。金黄色葡萄球菌atcc29213和6组干预组兔织笼内金黄色葡萄球菌的grla、grlb、gyra、gyrb基因的分析结果表明:金黄色葡萄球菌atcc29213,生理盐水阴性对照组,双黄连联用组,单用双黄连组grla、grlB、gyrA基因序列一致,单用左氧氟沙星组grlA基因序列发生了多处突变,grlB、gyrA基因序列发生了两处点突变。grlA密码子突变位点:Ala(29)→Ser,Ser(32)→Val,Asn(40)→Ala54,Gln(54)→Asn,Phe(61)→Ser,Asp(73)→Thr,His(78)→Asn,Ile(81)→Val,Ile(90)→Val,Asn(92)→Gly,Pro(95)→Ala,Lys(104)→Arg,Lys(104)→Arg,Leu(107)→Pro,L eu(108)→Ile,Ile(116)→Leu,Ser(123)→Glu,Ile(125)→Val,Pro(126)→Ser,Tyr(128)→Phe,Thr(132)→Ser,Leu(133)→Glu,Ser(139)→Ala,Arg(140)→Ala,Asp(159)→Glu,Asn(165)→His,Tyr(175)→Arg,Asn(178)→Lys。grlB密码子发生两处突变:Tyr(114)→Phe,Leu(115)→MET.gyrA密码子突变点:Pro(61)Pro→Thr。GyrB基因序列分析显示各实验组与ATCC29213一致。结论:双黄连明显降低金黄色葡萄球菌对左氧氟沙星的MSW、MIC,在一定用药范围内,越高浓度双黄连与左氧氟沙星联用,以上作用越强,因此联合使用双黄连可以增强左氧氟沙星对金黄色葡萄球菌耐药敏感性。左氧氟沙星引起细菌耐药性的产生可能与grlA基因中的多处点突变和grlB、gyrA的两处点突变有关,可能与gyrB基因无关。中药双黄连能抑制左氧氟沙星诱导产生的金黄色葡萄球菌grlA、grlB、gyrA的突变,从而降低细菌耐药性。(本文来源于《四川医科大学》期刊2015-04-01）
魏莎莎,陆慧娟,安春霖,郑恩辉,金伟[10]（2014）在《一种基于互信息最大化的模型无关基因选择方法》一文中研究指出针对大规模基因芯片高维度的基因表达数据存在大量无关和冗余特征可能降低分类器性能的问题,提出了一种基于互信息最大化方法(MMI)和与遗传算法的模型无关的基因选择方法来将特征选择转化为全局优化问题,其中的适应度函数定义为类间距离与类内距离之比,适应程度高。为了评价算法的性能,采用3个数据集进行了实验,结果表明MMIGA-Selection取得了较好的效果,在每个数据集上获得了较高的5折交叉验证正确率。MMIGA-Selection主要有两个优点:一是可以有效减少冗余基因;二是模型无关性,选择得出的特征子集可直接用于其他类型的分类器,分类精度较高。(本文来源于《计算机科学》期刊2014年09期）
基因选择模型论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
以苹果酸为主的有机酸在苹果果实风味品质中起到重要作用,解析苹果果实中苹果酸积累的遗传和分子机理,对优质育种和果实品质调控具有重要的意义。本试验利用'红玉' X '金冠'和紫塞明珠' × '红富士'等杂种群体分别对苹果果实苹果酸含量进行MapQTL和BSA-seq分析,然后在主效QTLs区间内预测候选基因并进行变异位点功能验证,最终建立基因组选择模型。主要研究结果如下:1.通过对'紫塞明珠' X '红富士'正反交群体、'紫塞明珠,× '金冠'正反交群体以及'红玉' X '金冠'群体5个杂交群体连续3年的表型进行分析,发现苹果果实酸性状为典型的数量性状,杂交后代中性状分离广泛,其广义遗传力均在80%以上,变异主要由遗传效应决定。2.利用'红玉' × '金冠'和'紫塞明珠' × '红富士'杂交群体,分别用MapQTL和BSA-seq方法对果实苹果酸含量进行QTL定位,共获得4个主效QTLs:qt108.1、qt108.2、qt108.3和qt116.1。通过苹果参考基因组基因注释和本实验室的父母本'红玉'和'金冠'的重测序库来预测筛选候选基因。最终分析结果为:MdMYB44、MdPP2CH、MdSAAUR37和MdALMTI分别为qtl08.1、qt108.2、qt108.3和qt116.1位点的候选基因。3.我们用已经开发的CAPS标记来检测杂交群体后代和种质资源中该基因MdLMTII SNP位点上A/G多态性。MdALMTII基因型(AA、AG、GG)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.01),GG基因型表现为高酸,AA表现为低酸。4.在MdPP2CH基因编码区802bp处存在一个A/GSNP位点,使编码蛋白 268位氨基酸从苏氨酸变为丙氨酸(T268A)。MdPP2CH基因型(AA、AG、GG)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.001),GG基因型个体中的苹果酸平均含量显着高于AG基因型,而AG基因型个体中的苹果酸的平均含量显着高于AA基因型,表现为加性效应。磷酸酶活性验证试验证明当氨基酸多态由Thr变为Ala时,MdPP2CH的磷酸酶活性下降,说明该SNP位点影响MdPP2CH蛋白脱磷酸化功能。在苹果愈伤中过表达MdPP2CH,转基因愈伤中的苹果酸含量显着下降,说明MdPP2CH负调控苹果酸的积累。过表达MdPP2CH(268T)的转基因愈伤中的苹果酸含量显着低于过表达MdPP2CH(268 A),说明当氨基酸多态由Thr变为Ala时会导致MdPP2CH的磷酸酶活性下降。Y2H和BiFC试验证明MdPP2CH可与苹果酸转运蛋白MdALMTII和离子通道蛋白MdVHA-A3、MdVHA-B2、MdVHA-D2互作,通过脱磷酸化抑制苹果酸转运蛋白活性,从而阻碍苹果酸转运到液泡,负向调控苹果酸的积累。5.在MdSAUR37基因起始编码子ATG上游-639 bp处有一个36-bp的插入。MdSAUR37基因型(Ⅱ、Ii、ii)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.001),插入纯合基因型Ⅱ个体中的苹果酸的含量显着高于插入杂合基因型Ii,而基因型Ii个体中的苹果酸的平均含量显着高于无插入基因型ii。果实成熟期MdSAUR37基因的表达水平与果实中苹果酸的含量显着相关(R2 = 0.7792,P<0.001)。GUS染色和GUS/GFP双标签瞬时表达检测分析表明MdSAUR37基因启动子区36-bp插入能显着增强MdSAUR37基因启动子活性。MdSAUR37可以与MdPP2CH互作并抑制MdPP2CH的脱磷酸化,抑制率达35%。6.在MdMYB44基因编码区起始编码子ATG上游启动子区在-1010 bp位存在一个A/G SNP位点。MdMYB44基因型(AA、AG、GG)与果实苹果酸含量显着相关(P<0.001),基因型GG个体中的苹果酸的含量显着高于基因型AG,而基因型AG个体中的苹果酸的含量显着高于基因型AA。7.对MdSAUR37/MdPP2CH/MdALMTII/MdMYB44组合基因型进行基因分型,通过用苹果酸含量平均值值为各基因的基因型赋值,经迭代运算,建立了苹果酸含量性状的基因组选择的线性模型:PPV= GV(MdSAUR37)× GV(MdPP2CH)× GV(MdALMTII)+ GV(MdMYB44)+ 校准系数(1)。该模型预测的苹果酸表型值PPV与实测的苹果酸含量显着相关(p<0.001)。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因选择模型论文参考文献
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