论文摘要
[目的]结合第三代牛津纳米孔测序技术与宏基因组技术,探究鹅厂环境中耐药基因的整体分布及流行情况。[方法]2019年4月从江苏省某商品化鹅厂采集粪样3份、肛拭子10份,分别用肉汤富集增菌培养,增菌后的菌液在含有复方新诺明（1ug/ml）、头孢噻呋钠（8ug/ml）的LB药板筛选耐药菌,粪便样品中的平板耐药菌直接用含药肉汤富集培养,肛拭子样品中耐药菌进行单菌分离并分别增菌,增菌后混合菌液,两类样品分别进行质粒中提;对提取的质粒进行三代MinION单分子测序,利用生物信息学方法分析质粒序列中耐药基因和可移动元件的流行分布情况。[结果]对粪便和肛拭子样品进行耐药质粒测序,分别获得了198MB和523MB的原始reads,reads数目分别为69462条和132425条,0.62%和6.75%的reads含有至少一个耐药基因;根据耐药基因序列的测序深度,其中粪便样品中丰度较高的耐药基因有aadA、tet（A）、aph6-Ⅰ、dfrA12、aac（3）-Ⅱ、aph（3"）-Ⅰ、sul2、sul1、cmlA、rmtB、blaTEM,肛拭子样品中丰度较高的耐药基因有blaCTX-M、blaTEM、aph（3"）-Ⅱa、floR、tet（A）、tetR;粪便样品中耐药基因主要介导氨基糖苷类、磺胺类、氯霉素类以及四环素类药物耐药,肛拭子样品中耐药基因主要介导β-内酰胺类、氯霉素类以及氨基糖苷类药物耐药。粪便样品中,含有转座酶、重组酶、整合酶基因的reads占总reads的2.64%,在肛拭子样品中,这个比例达到42.43%。[结论]该鹅厂粪便样品与肛拭子样品中耐药基因的分布存在明显差异性,且肛拭子样品中耐药基因检出率大于5%,其中粪便样品中丰度最高的为氨基糖苷类药物耐药基因,肛拭子样品中的为β-内酰胺类药物耐药基因,且在两个样品中都检出了丰富的可介导基因转移的遗传元件,这些介导基因转移的遗传元件与耐药基因共存,极大的增加了耐药基因的传播风险,并有可能给人类健康安全带来巨大威胁。
论文目录
文章来源
类型: 国内会议
作者: 彭凯,李岩,李瑞超,王志强
关键词: 耐药基因,测序,宏基因组,丰度
来源: 中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十五次学术讨论会 2019-10-13
年度: 2019
分类: 基础科学,农业科技
专业: 生物学,畜牧与动物医学
单位: 扬州大学兽医学院兽医药理毒理研究室
分类号: S852.61
DOI: 10.26914/c.cnkihy.2019.034607
页码: 194
总页数: 1
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