水稻OsATG12基因的克隆、表达及生物信息学分析

论文摘要

ATG12蛋白参与调控植物体内自噬途径的发生,在自噬小体的形成过程中发挥重要作用。为研究水稻OsATG12基因的功能,本研究克隆到该基因的全长CDS序列,长度为282 bp,编码93个氨基酸。OsATG12为亲水性蛋白,具多个磷酸化位点,无跨膜结构和信号肽,预测定位于细胞质,具有APG12_C结构域。进化树分析表明该蛋白与短药野生稻的ATG12蛋白的亲缘关系最近。组织表达谱检测结果表明,在水稻幼苗中,OsATG12基因在根中表达量最高,在茎中基本不表达;在孕穗期水稻中,该基因在叶中的表达量最高,在茎、叶鞘中只有低水平的表达。高温、低温、盐、双氧水、PEG4000处理均能诱导该基因的表达。本研究为水稻OsATG12基因功能的进一步探索提供参考。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 水稻OsATG12基因的克隆
•   1.2 水稻OsATG12蛋白的生物信息学分析
•     1.2.1 Os ATG12蛋白的氨基酸组成及理化性质
•     1.2.2 Os ATG12蛋白的疏/亲水性分析
•     1.2.3 Os ATG12蛋白的跨膜结构域分析
•     1.2.4 Os ATG12蛋白的结构域分析
•     1.2.5 Os ATG12蛋白的磷酸化位点分析
•     1.2.6 Os ATG12蛋白信号肽分析
•     1.2.7 Os ATG12蛋白的高级结构分析及亚细胞定位预测
•     1.2.8 Os ATG12蛋白的同源性及进化树分析
•     1.2.9 水稻OsATG12基因启动子的顺式作用元件分析
•   1.3 水稻OsATG12基因表达分析
•     1.3.1 水稻OsATG12基因的组织特异性表达与分析
•     1.3.2 水稻OsATG12基因响应非生物胁迫的表达与分析
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 试验材料
•   3.2 TRIzol法提取水稻总RNA
•   3.3 水稻OsATG12基因的克隆
•   3.4 生物信息学分析
•   3.5 水稻OsATG12基因的表达谱分析
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 胡方志,杜强,袁利花,韦鹏飞,苏莹,王志龙,陈秋红

关键词: 自噬,水稻,基因,生物信息学分析,表达分析

来源: 分子植物育种 2019年24期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农作物

单位: 湖南农业大学农学院水稻油菜抗病育种湖南省重点实验室作物基因工程湖南省重点实验室

基金: 国家自然科学基金项目(31401699,3157995),湖南省自然科学基金项目(2017JJ3112)共同资助

分类号: S511;Q943.2

DOI: 10.13271/j.mpb.017.007979

页码: 7979-7989

总页数: 11

文件大小: 2929K

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