全基因组序列分析论文_张春玮,安达,杨晶,刁有祥

导读:本文包含了全基因组序列分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,序列,病毒,出血热,基因,综合征,樱桃。

全基因组序列分析论文文献综述

张春玮,安达,杨晶,刁有祥^[1]（2019）在《鹅细小病毒的分离鉴定及全基因组序列分析》一文中研究指出2018年以来,我国安徽、山东、江苏等地频繁发生鹅细小病毒(GPV)感染,该病死亡率和感染率较高,且抗体治疗效果不佳,给养鹅业造成了巨大的经济损失。为研究其基因遗传进化特点,通过采集来自山东、安徽与江苏鹅场发病鹅的样品,经鹅胚接种成功分离到4株病毒,分别命名为DY、YT-0023、SDA967和WER123。4株病毒的VP3基因及DY株全基因组的遗传进化分析结果表明,4株病毒的VP3基因与已报道的GPV亲缘关系较近,核苷酸一致性在99%以上;DY株全基因组与国内已报道的鹅细小病毒核苷酸同源性最高,可达99.7%。结果表明分离的4株GPV未发生较大的变异,为进一步研究GPV分类地位以及进化关系提供理论依据,也对GPV的防控具有一定指导意义。(本文来源于《中国家禽》期刊2019年21期）

李夏,夏文君,毛锶超,卢舒婷,莫开昆^[2]（2019）在《血清4型禽腺病毒浙江株的分离鉴定及其全基因组序列分析》一文中研究指出对2015年浙江省某鸡场疑似心包积液-肝炎综合征的患病鸡进行病原检测和分离鉴定,并对分离到的禽腺病毒全基因组进行遗传进化分析。采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增结合核酸测序分析确定其病原为血清4型禽腺病毒(FAdV4);通过鸡胚接种和原代鸡胚肾(chicken embryo kidney, CEK)细胞多次传代培养,获得FAdV4细胞适应毒株ZJ2015。血凝实验显示:ZJ2015株不能凝集小鼠、大鼠、鸡和绵羊的红细胞,间接免疫荧光分析表明其半数组织培养感染剂量(50%tissue culture infective dose, TCID_(50))为2.0×10~6mL~(-1)。以0.2 mL/枚剂量接种鸡胚,该毒株能100%致死鸡胚,且致死鸡胚胚体潮红、肝肿大、出血等。将FAdV4全基因组分11段分别进行PCR扩增和测序,获得跨越ZJ2015毒株的全基因组序列(GenBank登录号:MF521611.1),对其全基因组、hexon和fiber-2基因的氨基酸进行遗传进化分析显示:ZJ2015毒株与近几年国内流行的FAdV4强毒株处于同一个分支上,同源性达到99.87%以上;与ON1、KR5、MX-SHP95等较早毒株相比,ZJ2015具有1 966 bp的大段缺失及Fiber-2蛋白上多个位点的突变。浙江毒株ZJ2015的分离可为进一步开展FAdV4的诊断防控技术和毒力变异机制的研究奠定基础。(本文来源于《浙江大学学报(农业与生命科学版)》期刊2019年05期）

陈玲,李永强,段续伟,张晓明,王晶^[3]（2019）在《樱桃小果病毒–1北京分离物全基因组序列分析》一文中研究指出樱桃病毒病在生产中危害严重,其主要以嫁接的方式进行相互传播,导致树势衰弱,果实产量和品质下降。为此,开展病毒原种类监测分析,对于其检测体系及樱桃无毒化技术,获得无病毒原种以及病毒病防控具有重要的理论意义和应用价值。2017年6月5日从北京昌平区表现花叶的甜樱桃植株上采集叶片进行小RNA测序,根据获得的contig序列设计特异性引物,用overlapping RT-PCR和5?-、3?-RACE技术扩增获得樱桃小果病毒–1(Littlecherryvirus-1,LChV-1)北京分离物基因组全序列,命名为LChV-1-BJ。从NCBI上收集另外13个LChV-1基因组全序列,通过软件RDP v.4.95对14个全序列进行重组分析,采用MEGA6对非重组的LChV-1全序列、其基因组编码依赖于RNA的RNA聚合酶(RNA-dependentRNA polymerase,RdRp)、热激蛋白70 h(heat-shock protein,HSP70h)、衣壳蛋白(coat protein,CP)3个顺反子的核苷酸序列进行系统发育分析。测序发现79个contig靶向LChV-1,overlappingRT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)分析结果表明,LChV-1-BJ全长16 928 nt(GenBank accession number MK775591),包含8个可读框(open reading frame,ORF),其中1～75 nt是5?非翻译区、16 723～16 928 nt是3?非翻译区、其余区域编码8个ORF。各ORF与NCBI上收集的13个全序列编码的对应ORF在核苷酸和氨基酸水平的相似性分别为ORF1a,71.19%～98.24%和76.36%～98.47%;ORF1b,74.35%～99.22%和85.44%～99.22%;ORF2,66.67%～95.83%和58.33%～90.32%;ORF3,69.11%～98.85%和74.11%～98.37%;ORF4,72.78%～98.39%和74.08%～97.87%;ORF5,71.07%～98.68%和71.32%～97.87%;ORF6,70.04%～98.64%和68.13%～98.64%;ORF7,62.93%～98.99%和70.13%～99.13%;ORF8,70.28%～98.89%和68.62%～97.91%。在全基因组水平,LChV-1-BJ与G153分离物的相似性最低,为73.25%,与Kyoto-2分离物相似性最高,为98.51%。重组分析表明14个LChV-1分离物中存在2个重组体,对非重组序列的系统发育分析表明LCh V-1聚类在5个不同的组,与寄主和地理位置无关。其中,LChV-1-BJ与近期报道的日本分离物Kyoto-2共同聚类在新报道的第V组,与中国泰安分离物聚类在不同组。综上,LChV-1在基因组水平存在多样性,获得LChV-1的全基因组序列有助于开发针对LChV-1的检测技术,对于无病毒接穗和砧木认证具有重要意义。(本文来源于《中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集》期刊2019-10-21）

王伟,张朔,李文娟,梅可佳,邵燕^[4]（2019）在《肾综合征出血热病毒PS-6株全基因组序列分析》一文中研究指出目的分析肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫苗用PS-6毒株的分子基础和遗传背景,从分子生物学角度确认分型。方法 PCR法扩增PS-6毒株的L、M、S片段并进行序列测定,对获得序列进行拼接及序列分析。结果 PS-6株全基因组L片段由6 533个核苷酸组成,编码2 152个氨基酸;M片段由3 617个核苷酸组成,编码1 136个氨基酸;S片段由1 702个核苷酸组成,编码430个氨基酸。PS-6毒株3个片段与Ⅰ型病毒的同源性为83%～99%,与Ⅱ型病毒的同源性为70%。结论从分子生物学角度证明疫苗用PS-6毒株为Ⅰ型出血热病毒,为进一步研究该疫苗株的基因组结构、生物学特性、免疫原性及基因工程疫苗的研制奠定了理论基础。(本文来源于《中国生物制品学杂志》期刊2019年10期）

薛振宇,崔鹏飞,谷文丽,韩舒雨,张元成^[5]（2019）在《一株H4N8亚型禽流感病毒全基因组序列分析及对小鼠的感染性研究》一文中研究指出H4亚型禽流感病毒(AIV)不仅可以感染禽类,还可以跨物种感染哺乳动物,其潜在危害不可忽视。为了解本实验室2018年从重庆活禽市场分离到的一株鸭源H4N8亚型AIV [A/duck/Chongqing/S1238/2018(H4N8)]的生物学特性,本研究对其进行了全基因组测序、遗传进化分析及BALB/c小鼠的感染性试验。序列分析结果显示,血凝素(HA)蛋白裂解位点处仅有一个碱性氨基酸,表明其具有低致病性AIV的分子特征,神经氨酸酶(NA)基因茎部无缺失。遗传演化分析结果显示,NA基因及非结构蛋白(NS)基因与A/Muscovy duck/Vietnam/LBM240/2012(H3N8)的同源关系密切,其余节段的来源均不同,表明该病毒来源广泛,具有遗传多样性。BALB/c小鼠的感染性试验结果显示,该病毒可以在小鼠的鼻甲和肺脏中有效复制,表明其具有感染哺乳动物的风险。本研究为H4亚型AIV的遗传进化特征分析提供参考依据。(本文来源于《中国预防兽医学报》期刊2019年10期）

孙文超,汪伟,辛佳亮,张世亨,黄海鑫^[6]（2019）在《广西3株牛源PCV2全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年10期）

张颖,李文娟,张朔,王庆有,毕婷婷^[7]（2019）在《肾综合征出血热L_(99)疫苗病毒株全基因组序列分析》一文中研究指出目的了解肾综合征出血热(Hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)L_(99)疫苗病毒株的分子遗传特征。方法采用PCR方法对HFRS L_(99)疫苗病毒株进行分段逆转录合成和序列测定,对获得序列进行拼接、序列分析。结果HFRS L_(99)疫苗病毒株全基因组L、M、S片段分别由6 530个、3 653个、1 764个核苷酸组成,分别编码2 151个、1 133个、429个氨基酸;3个片段与Ⅱ型、Ⅰ型HFRS病毒之间的同源性分别为80%-99%、69%-75%。结论 L_(99)疫苗病毒株属于Ⅱ型HFRS病毒,与其生物学性状相符。(本文来源于《中国疫苗和免疫》期刊2019年05期）

舒畅,冷焱,石鑫,曹博,许军^[8]（2019）在《黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析》一文中研究指出目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年08期）

王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩^[9]（2019）在《3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从叁地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显着(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3 024、3 027、3 024 bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%～97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%～96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。(本文来源于《动物医学进展》期刊2019年08期）

沈克飞,唐达,杨柳,徐登峰,许国洋^[10]（2019）在《山羊地方性鼻内肿瘤病毒重庆株基因组序列分析》一文中研究指出目的分析山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus,ENTV)重庆株基因组序列。方法对临床病例进行剖检、病理学观察,提取组织总RNA,进行RT-PCR扩增,对获得的ENTV-2基因组序列进行测定及分析。结果鼻内肿瘤在鼻腔后端与鼻甲筛骨黏膜紧密相连,完全阻塞鼻腔,侵入鼻窦,呈灰红色、乳头状,表面覆盖大量透明黏液。肿瘤细胞以管状和乳头状结构排列。拼接出1条长度为7 243 nt的ENTV-2 CQ株基因组序列,约占ENTV-2基因组长度的96. 2%。该序列与四川ENTV-2的同源性,最高大于97%,与山羊内源性逆转录病毒(caprine endogenous retrovirus,CERV)gag(XM_018046415_CERV)的同源性高于98%,与陕西ENTV-2的同源性为91%～92%,与英国ENTV-2(AY197548)的同源性为88%。多序列比对显示,CQ株gag基因有2处多核苷酸插入,这一序列特征与XM_018046415_CERV的gag基因相同。除了AY197548_ENTV-2单独构成Ⅱ群外,ENTV-2在羊反转录病毒进化树中构成Ⅰ群;CQ株与四川ENTV-2构成一分支,与陕西ENTV-2构成另一分支。结论该病例为山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor,ENT),提示其病原可能是1株古老ENTV-2毒株,有遗传多样性。(本文来源于《中国生物制品学杂志》期刊2019年08期）

全基因组序列分析论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

对2015年浙江省某鸡场疑似心包积液-肝炎综合征的患病鸡进行病原检测和分离鉴定,并对分离到的禽腺病毒全基因组进行遗传进化分析。采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增结合核酸测序分析确定其病原为血清4型禽腺病毒(FAdV4);通过鸡胚接种和原代鸡胚肾(chicken embryo kidney, CEK)细胞多次传代培养,获得FAdV4细胞适应毒株ZJ2015。血凝实验显示:ZJ2015株不能凝集小鼠、大鼠、鸡和绵羊的红细胞,间接免疫荧光分析表明其半数组织培养感染剂量(50%tissue culture infective dose, TCID_(50))为2.0×10~6mL~(-1)。以0.2 mL/枚剂量接种鸡胚,该毒株能100%致死鸡胚,且致死鸡胚胚体潮红、肝肿大、出血等。将FAdV4全基因组分11段分别进行PCR扩增和测序,获得跨越ZJ2015毒株的全基因组序列(GenBank登录号:MF521611.1),对其全基因组、hexon和fiber-2基因的氨基酸进行遗传进化分析显示:ZJ2015毒株与近几年国内流行的FAdV4强毒株处于同一个分支上,同源性达到99.87%以上;与ON1、KR5、MX-SHP95等较早毒株相比,ZJ2015具有1 966 bp的大段缺失及Fiber-2蛋白上多个位点的突变。浙江毒株ZJ2015的分离可为进一步开展FAdV4的诊断防控技术和毒力变异机制的研究奠定基础。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

全基因组序列分析论文参考文献

[1].张春玮,安达,杨晶,刁有祥.鹅细小病毒的分离鉴定及全基因组序列分析[J].中国家禽.2019

[2].李夏,夏文君,毛锶超,卢舒婷,莫开昆.血清4型禽腺病毒浙江株的分离鉴定及其全基因组序列分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版).2019

[3].陈玲,李永强,段续伟,张晓明,王晶.樱桃小果病毒–1北京分离物全基因组序列分析[C].中国园艺学会2019年学术年会暨成立90周年纪念大会论文摘要集.2019

[4].王伟,张朔,李文娟,梅可佳,邵燕.肾综合征出血热病毒PS-6株全基因组序列分析[J].中国生物制品学杂志.2019

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[8].舒畅,冷焱,石鑫,曹博,许军.黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析[J].中国病原生物学杂志.2019

[9].王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩.3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析[J].动物医学进展.2019

[10].沈克飞,唐达,杨柳,徐登峰,许国洋.山羊地方性鼻内肿瘤病毒重庆株基因组序列分析[J].中国生物制品学杂志.2019

论文知识图

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