导读:本文包含了开放读码框架论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:病毒,框架,痘苗,肝炎,基因,基因组,算子。
开放读码框架论文文献综述
陈威虎,向凌云[1]（2016）在《基于开放读码框架的GEP遗传算子》一文中研究指出基因表达式编程(GEP)采用的已有单点重组、两点重组、插串等遗传操作有很大概率发生在基因的非编码区,导致搜索过程中遗传操作前后的基因解码成相同的表达式树,这在一定程度上影响了GEP的搜索性能。为解决这一问题,提出了一类基于开放读码框架的遗传算子,这类算子从基因的编码区中选取作用点,以保证遗传操作将改变编码区中的基因片段,从而使遗传操作后的基因能解码成不同的表达式树。实验结果表明,与已有的同类遗传算子相比,提出的遗传算子缩短了GEP算法进化代数,提高了算法的成功率。(本文来源于《计算机工程与应用》期刊2016年18期）
陈威虎[2]（2015）在《基于开放读码框架的改进GEP算法研究》一文中研究指出基因表达式编程(Gene Expression Programming,GEP)采用了GA(Genetic Algorithm,GA)中简洁线性编码方式,同时通过基因解码算法把线性基因线性串映射成复杂的树结构,综合了GP(Genetic Programming,GP)中种群个体能够表示复杂问题解空间的特点,从而达到了使用简短的线性串表示的个体处理复杂问题的目的,并在搜索性能上提高了2~4个数量级。本文在对GEP解空间搜索效率的研究中发现,不管是局部搜索效率还是全局搜索效率,都存在搜索效率不高的问题。针对这一问题,本文主要在开放读码框架(Open Read Frame,ORF)的理论基础上提出了两种改进的GEP算法:(1)在对GEP的遗传算子和ORF的研究发现,基因存在非编码区,如果基因的重组、插串等遗传操作发生在这段非编码区内,则染色体对应的表达式树将还是同遗传操作之前相同,从而导致算法对解空间的重复搜索,降低了算法的搜索效率。根据这一传统GEP遗传算子的缺陷,重新设计重组算子和插串算子用于GEP算法以提高空间搜索能力。这种算子从基因的编码区中选取作用点,以保证遗传操作将改变编码区中的基因片段,从而使遗传操作后的基因能映射成不同的表达式树。实验结果表明改进的GEP算法缩短了进化代数,提高了进化成功率。(2)根据对整个GEP算法的流程发现,在演化进行到后期,种群趋于同一化,这一现象体现了算法对全局解空间搜索能力的不足。针对这一问题,本文从相同或相似基因解码结构的所占比例考虑种群的多样性,提出了一种新的GEP算法。该算法在ORF框架下融入基于基因解码结构的种群多样化策略,在整个进化过程中控制具有相同或相似基因型结构的染色体比例达到提高染色体之间的差异度的目的,从而预防进化陷入局部收敛的目的。实验结果表明改进的GEP算法能有效控制染色体的多样性,预防进化陷入局部收敛。(本文来源于《长沙理工大学》期刊2015-06-01）
李世清,陈压西[3]（2006）在《鸭乙型肝炎病毒X样开放读码框架及其表达蛋白》一文中研究指出随着鸭乙型肝炎模型越来越广泛地应用于嗜肝病毒的生命周期、慢性乙型肝炎病毒感染的规律和抗病毒药物筛选等研究,鸭乙型肝炎病毒也得到了更深入的认识,尤其是在鸭乙型肝炎病毒的基因结构上。目前已经知道鸭乙型肝炎病毒在跟哺乳动物嗜肝DNA病毒X基因相似的区域存在X样开放读码框架,也可以表达一种跟X蛋白功能相近的X样蛋白。本文就X样开放读码框架和X样蛋白的发现过程,X样蛋白的组织学定位,以及X样蛋白功能的研究进展作一综述。(本文来源于《国际病毒学杂志》期刊2006年01期）
卢春,曾怡,钱超,唐桂霞[4]（2004）在《开放读码框架50基因介导HIV-1感染相关的肝细胞生长因子诱导人类疱疹病毒8型复制》一文中研究指出目的 研究人类疱疹病毒 8型 (HHV 8)开放读码框架 (ORF) 5 0基因启动子在HIV 1感染相关细胞因子肝细胞生长因子 /驱散因子 (HGF/SF)诱导原发性渗出性淋巴瘤 (PEL)BC 3中潜伏感染的HHV 8复制过程中的作用。方法 将HGF/SF连续加入到体外培养的BC 3中 ,分别于培养第 3天和第 7天收集刺激细胞 ,电子显微镜观察成熟HHV 8病毒的形成 ;提取细胞总RNA ,North ernblot和定量聚合酶链反应 (PCR)法检查HHV 8次要衣壳蛋白ORF2 6mRNA转录。同时 ,将已构建的HHV 8ORF5 0启动子 +虫荧光素酶报告基因重组质粒和含HIV 1Tat基因重组表达质粒分别共转染BC 3和人脐静脉血管内皮细胞 (HUVECs) ,转染后 2 4h加入HGF/SF和 /或重组HIV 1gp12 0刺激 ,刺激后 2 4h收集细胞 ,进行虫荧光素酶活性检测。试验同时以佛波酯 (TPA)刺激为阳性对照。结果 HGF/SF可以上调HHV 8ORF2 6mRNA表达 ,且于刺激的第 7天 ,ORF2 6mRNA表达上升了 4 .1倍 ,BC 3细胞中同时可观察到成熟的HHV 8病毒粒子 ;HGF/SF能够诱导ORF5 0启动子活性 ,但HIV 1Tat和 gp12 0蛋白与HGF/SF协同上调ORF5 0启动子活性的能力较弱。 结论 HIV 1感染相关细胞因子HGF/SF诱导HHV 8复制的过程至少有部分由ORF5 0启动子介导。(本文来源于《中华传染病杂志》期刊2004年03期）
董菁,成军,杨倩[5]（2004）在《乙型肝炎病毒新开放读码框架的确定及其意义》一文中研究指出乙型肝炎病毒(HBV)是一种嗜肝部分双链DNA病毒,基因组长度只有3.2 kb,结构基因与调节基因序列之间重迭, 甚至结构基因序列之间重迭,因此HBV DNA序列的利用率之高实属罕见.1979年首次报告HBV DNA的全基因序列并确定4个主要的开放读码框架(ORF)之后,一直沿用至今. 我们在中国流行株HBV基因序列的分析中,在前-Sl和X 基因之前,分别发现了2段编码基因序列:前-前-S基因长度135 bp,编码产物为45 aa;前-X基因长度168 bp, 编码产物为56 aa.在前-前-S基因、前-X基因的上游存在启动子序列,具有指导报告基因表达的活性.对15例慢性乙型肝炎(CHB)患者基因型C型9例、B型1例、B/C混合型5例,共31个克隆测序结果,发现均存在前-前-S基因区.17例CHB患者A型1例、B型3例、C型10例、B/ C混合型3例,共测序45个克隆,C型编码前-X区的克隆数占总编码克隆数的60%,C型不能编码前-X区的原因主要是A2608→C/T替换突变或C/A2733→T替换突变单一突变;而B型、B/C型都不能编码前-X区蛋白,主要因为双突变的存在.在HBV基因组中发现前-前-S和前-X基因序列的存在改写了HBV DNA编码基因序列研究的历史.(本文来源于《世界华人消化杂志》期刊2004年04期）
阮冰,庄辉,马亦林,李奎,焦扬文[6]（1998）在《抗戊型肝炎病毒开放读码框架及IgM和IgG抗体的消长规律及临床意义》一文中研究指出目的研究戊型肝炎病人抗戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）开放读码框架２（ＯＲＦ２）和３（ＯＲＦ３）及ＩｇＭ和ＩｇＧ抗体的消长规律及其临床意义。方法采用ＨＥＶＯＲＦ２、ＯＲＦ３合成多肽单独和联合酶联免疫法，动态检测５２例病人血清抗ＨＥＶ。结果起病初期ＯＲＦ２抗体和ＯＲＦ３抗体水平均较高，随病程的延长两者均下降，ＯＲＦ３抗体尤为明显。联合检测ＯＲＦ２和ＯＲＦ３抗体可提高试验的敏感性。血清抗ＨＥＶＩｇＭ和抗ＨＥＶＩｇＧ阳性率于起病半个月内分别为７１．１％（３２／４５）和９７．８％（４４／４５），随病程的延长抗ＨＥＶＩｇＭ较早阴转。结论ＨＥＶ抗体诊断试剂盒至少应含有ＯＲＦ２和ＯＲＦ３两种抗原。抗ＨＥＶＩｇＭ的特异性好而抗ＨＥＶＩｇＧ的灵敏度高。(本文来源于《中华医学杂志》期刊1998年07期）
谢鹏,岩田泰秀,高桥和郎,森则夫[7]（1997）在《感染人类的Borna病毒第二开放读码框架的核苷酸序列及其变异》一文中研究指出对经套式逆转录－聚合酶链反应（ｎｅｓｔｅｄＲＴ－ＰＣＲ）证实周围血单核细胞（ＰＢＭＣ）中存在Ｂｏｒｎａ病毒（ＢＤＶ）第二开放读码框架（ＯＲＦⅡ）基因片段的５例精神病人和３例健康献血者共４０个样品进行测序，并与ＢＤＶ／ＭＤＣＫ（Ｍａｄｉｎ－Ｄａｒｂｙｃａｎｎｉｎｅｋｉｄｎｅｙ）标准病毒株比较。结果发现，所有样品在１１个核苷酸位点与文献报道的ＨＥ８０－１病毒株比较有点变异，但来源于人类的样品与ＢＤＶ／ＭＤＣＫ株之间无差异。２例情感障碍病人的１０个样品在１７０１位点处出现Ｔ→Ｃ的转换，３例健康献血者的１５个样品在１６９６位点处出现Ａ→Ｔ的转换。提示感染人体的ＢＤＶＯＲＦⅡ可能存在人类有意义的基因突变(本文来源于《中华实验和临床病毒学杂志》期刊1997年04期）
金奇,陈南海,姚二梅,黄静,侯云德[8]（1997）在《痘苗病毒天坛株基因组旁侧区结构及开放读码框架的分析》一文中研究指出本文分析了我国痘苗病毒天坛株基因组两端的ＨｉｎｄⅢ－Ｃ和－Ｂ片段所编码的多肽，并与其他痘苗病毒株和正痘病毒进行了比较。结果表明，天坛株基因组ＨｉｎｄＩＩ－Ｃ和－Ｂ片段共有４６个主要的开放读码框架（ＰＲＦｓ），其中一个ＯＲＦ属于痘苗病毒基因组中第一次发现的与天花病毒相似的基因编码区。此外，天坛株基因组丝氨酸蛋白酶抑制剂Ⅱ的编码区由于移码变异而分成两个不同ＯＲＦｓ。与其他痘苗病毒株相比，天坛株基因组有多个ＯＲＦｓ的缺失，以上现象提示，天坛株在生物学性状上与其他毒株的差异可能与此有关。(本文来源于《病毒学报》期刊1997年01期）
蒋伟伦[9]（1994）在《应用完整开放读码框架-2蛋白进行ELISA检测戊型肝炎病毒抗体》一文中研究指出戊型肝炎在亚、非、中美洲是一个重要的健康问题。戊型肝炎病毒(HEV)基因组克隆的成功使应用重组蛋白技术产生血清学试验所需的HEV抗原成为可能。许多病毒的重要抗原和免疫原表位有高度的空间构型,因此在真核系统表达完整的HEV基因比较小片段产生的免疫学结构更接近天然病毒的衣壳蛋白。本文作者构建了含有巴基斯坦HEVSAR-55 株完整HEV开放读码框架(ORF)-2区基因组的重组杆状病毒63-2-Ⅳ-2。该重(本文来源于《国外医学(微生物学分册)》期刊1994年05期）
郭可謇,高峰,伊瑶,刘崇柏,阮力[10]（1991）在《以甲型肝炎病毒基因全部开放读码框架在痘苗病毒载体表达甲肝抗原》一文中研究指出将甲型肝炎病毒基因全部开放读码框架cDNA连接于痘苗病毒P11启动子下游,插入痘苗病毒天坛株基因组Hind Ⅲ M片段,获得重组病毒VMS11HAV25。重组病毒能表达甲肝全部结构蛋白。免疫家兔能产生甲肝中和抗体。(本文来源于《高技术通讯》期刊1991年03期）
开放读码框架论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
基因表达式编程(Gene Expression Programming,GEP)采用了GA(Genetic Algorithm,GA)中简洁线性编码方式,同时通过基因解码算法把线性基因线性串映射成复杂的树结构,综合了GP(Genetic Programming,GP)中种群个体能够表示复杂问题解空间的特点,从而达到了使用简短的线性串表示的个体处理复杂问题的目的,并在搜索性能上提高了2~4个数量级。本文在对GEP解空间搜索效率的研究中发现,不管是局部搜索效率还是全局搜索效率,都存在搜索效率不高的问题。针对这一问题,本文主要在开放读码框架(Open Read Frame,ORF)的理论基础上提出了两种改进的GEP算法:(1)在对GEP的遗传算子和ORF的研究发现,基因存在非编码区,如果基因的重组、插串等遗传操作发生在这段非编码区内,则染色体对应的表达式树将还是同遗传操作之前相同,从而导致算法对解空间的重复搜索,降低了算法的搜索效率。根据这一传统GEP遗传算子的缺陷,重新设计重组算子和插串算子用于GEP算法以提高空间搜索能力。这种算子从基因的编码区中选取作用点,以保证遗传操作将改变编码区中的基因片段,从而使遗传操作后的基因能映射成不同的表达式树。实验结果表明改进的GEP算法缩短了进化代数,提高了进化成功率。(2)根据对整个GEP算法的流程发现,在演化进行到后期,种群趋于同一化,这一现象体现了算法对全局解空间搜索能力的不足。针对这一问题,本文从相同或相似基因解码结构的所占比例考虑种群的多样性,提出了一种新的GEP算法。该算法在ORF框架下融入基于基因解码结构的种群多样化策略,在整个进化过程中控制具有相同或相似基因型结构的染色体比例达到提高染色体之间的差异度的目的,从而预防进化陷入局部收敛的目的。实验结果表明改进的GEP算法能有效控制染色体的多样性,预防进化陷入局部收敛。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
开放读码框架论文参考文献
[1].陈威虎,向凌云.基于开放读码框架的GEP遗传算子[J].计算机工程与应用.2016
[2].陈威虎.基于开放读码框架的改进GEP算法研究[D].长沙理工大学.2015
[3].李世清,陈压西.鸭乙型肝炎病毒X样开放读码框架及其表达蛋白[J].国际病毒学杂志.2006
[4].卢春,曾怡,钱超,唐桂霞.开放读码框架50基因介导HIV-1感染相关的肝细胞生长因子诱导人类疱疹病毒8型复制[J].中华传染病杂志.2004
[5].董菁,成军,杨倩.乙型肝炎病毒新开放读码框架的确定及其意义[J].世界华人消化杂志.2004
[6].阮冰,庄辉,马亦林,李奎,焦扬文.抗戊型肝炎病毒开放读码框架及IgM和IgG抗体的消长规律及临床意义[J].中华医学杂志.1998
[7].谢鹏,岩田泰秀,高桥和郎,森则夫.感染人类的Borna病毒第二开放读码框架的核苷酸序列及其变异[J].中华实验和临床病毒学杂志.1997
[8].金奇,陈南海,姚二梅,黄静,侯云德.痘苗病毒天坛株基因组旁侧区结构及开放读码框架的分析[J].病毒学报.1997
[9].蒋伟伦.应用完整开放读码框架-2蛋白进行ELISA检测戊型肝炎病毒抗体[J].国外医学(微生物学分册).1994
[10].郭可謇,高峰,伊瑶,刘崇柏,阮力.以甲型肝炎病毒基因全部开放读码框架在痘苗病毒载体表达甲肝抗原[J].高技术通讯.1991
论文知识图
