糜子EST-SSR分子标记的开发及种质资源遗传多样性分析

论文摘要

基于前期高通量测序结果设计EST-SSR引物,用于评估国内外不同生态区144份糜子（Panicummiliaceum）种质资源的遗传差异。结果表明, 200对引物中80对呈多态性,开发效率为40%;引物分辨率（Rp）为0.67–4.67 （平均值为2.00）,扩增产物大小为50–500bp。144份材料在80个位点共检测到206个等位变异,每个位点为2–3个;多样性指数（I）为0.6593（RYW108）–1.0872（RYW124）,平均为0.8599;多态性信息含量（PIC）为0.2229（RYW98）–0.7172（RYW124）,平均为0.457 3。基于UPGMA将144份资源划分为3个群组,其中2个群组主要为北方春糜子区材料,另一个群组主要为黄土高原春夏糜子区材料。基于Structure （K=4）将材料划分为4个类群,即2个代表北方资源基因库以及代表黄土高原和国外资源基因库各1个。基于主成分分析将材料聚为7个类群,划分结果与材料的地理来源一致。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 供试材料
•   1.2 基因组DNA提取和SSR标记构建
•   1.3 PCR扩增及数据处理
• 2 结果与讨论
•   2.1 SSR标记构建
•   2.2 无效等位基因与哈迪-温伯格平衡检验
•   2.3 遗传多样性和遗传相似性分析
•   2.4 基于UPGMA的聚类分析
•   2.5 基于Structure的遗传结构聚类
•   2.6 主成分分析
•   2.7 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 何杰丽,石甜甜,陈凌,王海岗,高志军,杨美红,王瑞云,乔治军

关键词: 糜子,遗传多样性,主成分分析,标记

来源: 植物学报 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 农作物

单位: 山西农业大学文理学院,山西农业大学农学院,山西省农业科学院农作物品种资源研究所/农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室,鄂尔多斯市农牧业科学研究院

基金: 国家现代农业产业技术体系建设专项(No.CARS-06-13.5-A16),国家自然科学基金(No.31271791),山西省回国留学人员科研资助项目(No.2016-066),山西省重点研发计划(No.201803D221008-5)

分类号: S516

页码: 723-732

总页数: 10

文件大小: 1100K

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