西太平洋浮游有孔虫Globigerinita glutinata种内SSU rDNA多样性研究

论文摘要

有孔虫分子鉴定和分子多样性研究多基于SSU rDNA序列片段分析,但某些浮游种内可能存在基因组内rDNA变化,影响分类学和分子生态学的研究结果。为了研究浮游有孔虫物种内是否存在rDNA多样性,本工作以采自热带西太平洋的浮游有孔虫Globigerinita glutinata活体标本作为研究对象,经形态学鉴定后,利用单细胞PCR和克隆技术,获得5个虫体的20条SSU rDNA目的片段(300—400 bp),同时对其序列结构进行了研究。结果显示,同种G.glutinata出现了四类不同的SSU rDNA核酸类型。序列成对分析显示,该种遗传距离差异最长可达0.249,远高于其它物种。此外,同一样本不同克隆片段中,出现了高达四个不同的SSU rDNA核酸型。序列的差异主要集中在三个不同的高变异区,高可变区的长度范围为21 bp到63 bp。从差异序列的间隔分布推断,核糖体基因簇的重组可能是不同SSU rDNA核酸型出现的原因。本工作在国内首次揭示了热带西太平洋浮游有孔虫G.glutinata种内的SSU rD NA核酸型,研究结果表明G.glutinata的种内SSU rDNA变异性极大,复杂的生活史以及假基因的存在或许是造成该现象的原因。

论文目录

• 引 言
• 1 材料与方法
•   1.1 样本采集与处理
•   1.2 DNA提取和SSU rDNA的扩增
•   1.3 克隆与测序
•     1.3.1 纯化回收与酶切连接
•     1.3.2 转化
•     1.3.3 菌落检测与测序
•   1.4 数据分析
• 2 结 果
•   2.1 Globigerinita glutinata序列一级结构分析
•   2.2 Globigerinita glutinata基因组内SSU rDNA多样性统计
• 3 讨 论
•   3.1 Globigerinita glutinata基因组内SSU rDNA多样性
•   3.2 基因组内SSU rDNA多样性在系统进化中的启示
•   3.3 基因组内SSU rDNA多样性在分子生态研究中的启示
•   3.4 研究展望
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 石峻峰,类彦立,李铁刚,翦知湣,李青霞

关键词: 活体浮游有孔虫,单细胞,克隆技术,多样性,西太平洋

来源: 微体古生物学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室,中国科学院大学,中国科学院海洋大科学研究中心,自然资源部第一海洋研究所海洋沉积与环境地质国家海洋局重点实验室,同济大学海洋与地球科学学院

基金: 国家自然科学基金项目(41630965,41830539),973项目“超深渊生物群落及其与关键环境要素的相互作用机制研究(No.2015CB755902)联合资助~~

分类号: Q953

DOI: 10.16087/j.cnki.1000-0674.2019.01.002

页码: 12-23

总页数: 12

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