羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因的克隆及生物信息学分析

论文摘要

试验旨在克隆羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因,并对其序列进行生物信息学分析。根据GenBank中多杀性巴氏杆菌HN07株ompW基因序列（登录号:CP007040.1）,使用DNAMAN 5.0软件设计1对引物,选取高保真酶PrimeSTARMax DNA Polymerase进行PCR反应获取目的基因片段,并对ompW基因的核苷酸序列及预测的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明,PCR扩增产物约为615bp,编码204个氨基酸。核苷酸同源性比对分析显示,羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因与猪源、牛源、禽源多杀性巴氏杆菌同源性较高,而与兔源同源性较低。系统进化树结果发现,羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因与猪源多杀性巴氏杆菌ompW基因亲缘关系最近。经生物信息学分析发现,ompW蛋白分子式为C1007H1567N257O283S3,分子质量为21.90ku,理论等电点（pI）为9.16,属碱性蛋白质,疏水指数为96.57,总平均疏水性（GRAVY）为0.173（>0）,属于疏水类蛋白;前21位氨基酸为信号肽,第5-27位氨基酸区域存在1个跨膜区,存在N-糖基化位点及磷酸化位点,不存在O-糖基化位点,具有多个B细胞、CTL细胞及Th细胞抗原表位;二级结构的α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别占17.65%、35.29%、3.92%和43.14%;三级结构是呈β-桶状的单聚体,隶属于外膜蛋白家族成员之一。本研究结果为进一步阐明羊源多杀性巴氏杆菌侵染宿主过程中自身的抗宿主免疫胁迫机制及疫苗的开发与研制提供了理论依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 引物设计及合成
•   1.3 基因组DNA提取
•   1.4 ompW基因PCR扩增
•   1.5 克隆及测序
•   1.6 生物信息学分析
• 2 结果
•   2.1 ompW基因的PCR扩增
•   2.2 pMD20-T-ompW载体测序结果
•   2.3 生物信息学分析
•     2.3.1 同源性比对及系统进化树构建
•     2.3.2 ompW蛋白的理化性质分析
•     2.3.3 疏水性分析
•     2.3.4 信号肽预测
•     2.3.5 跨膜螺旋预测
•     2.3.6 糖基化位点及磷酸化位点预测
•     2.3.7 抗原表位预测
•     2.3.8 二级结构预测
•     2.3.9 三级结构预测
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李宝宝,张振兴,黄海峰,张萌萌,郑义盈,王成强,章泸尹,安琪,杨小健,聂鑫,曹瑞勇,朱姝,王凤阳,杜丽

关键词: 多杀性巴氏杆菌,基因,克隆,生物信息学分析

来源: 中国畜牧兽医 2019年01期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 海南大学热带农林学院动物科技学院海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室海口市动物基因工程重点实验室

基金: 海南省重大科技计划项目(ZDKJ2016017-01),国家肉羊产业技术体系(CARS-38),中央引导地方科技发展专项资金项目(ZY2017HN07)

分类号: S852.61

DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.01.004

页码: 28-36

总页数: 9

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