禽巴氏杆菌四环素耐药株转录组测序与分析

论文摘要

为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌（avian Pasteurella multocida,Pm）四环素（Tetracycline,Tet）敏感株与耐药株（MIC=32μg/mL）在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Tet敏感株与耐药株进行双向测序,通过GO、KEGG和ARDB数据库对表达差异基因进行注释和富集性分析。结果显示,共筛选出442个差异表达基因,其中包括103个上调基因和339个下调基因。通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数富集于核糖体结构成分、rRNA结合、跨膜运输和离子转运等生物过程;对差异表达基因进行信号通路富集性分析,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与核糖体代谢途径中;对差异表达基因进行耐药基因注释（ARDB）,发现其中的耐药基因主要为核糖体保护蛋白和外排系统两类。本研究表明禽源Pm对四环素耐药的耐药机制可能与细胞膜上ABC转运蛋白的过量表达以及核糖体保护蛋白有关。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 菌株及主要试剂
•   1.2 Tet耐药株的体外诱导
•   1.3 细菌培养与总RNA提取
•   1.4 测序文库构建与测序
•   1.5 测序数据处理
•   1.6 差异基因的筛选
•   1.7 差异表达基因的GO和KEGG富集分析
•   1.8 差异表达基因耐药基因注释
•   1.9 差异表达基因的荧光定量PCR验证
• 2 结果
•   2.1 转录组数据拼接与评估
•   2.2 表达差异基因的筛选
•   2.3 差异表达基因的GO与KEGG富集分析以及耐药基因ARDB注释
•     2.3.1 差异表达基因的GO富集分析
•     2.3.3 差异表达基因耐药基因 （ARDB） 注释
•   2.4 差异基因的mRNA荧光定量PCR检测
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 孔令严,汪最,邵华斌,张腾飞,卢琴,罗青平

关键词: 禽源多杀性巴氏杆菌,转录组测序,功能分析,注释

来源: 中国动物传染病学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所,农业部畜禽细菌病防治制剂创制重点实验室

基金: 公益性农业行业科研专项,家禽主要细菌病防控技术研究与示范(201303040),现代农业产业技术体系建设专项资金资助(CARS-42-G11),规模化养鸡场主要疫病防控关键技术研究(2015ABA039)

分类号: S852.612

页码: 30-36

总页数: 7

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