论文摘要
目的:脂肪肉瘤是最常见的软组织肉瘤,但是目前对于这种恶性肿瘤的发病机制仍然知之甚少。本研究旨在利用生物信息学技术,深入分析脂肪肉瘤转录组数据,挖掘促使脂肪肉瘤发生潜在的驱动基因,揭示脂肪肉瘤的发病机制,并为靶向治疗提供潜在靶点。方法:通过GEO数据库下载脂肪肉瘤的RNA-seq数据,并对不合格的数据予以滤除。通过R语言的limma包进行差异基因分析,并对|log FC|值较高的差异基因利用real-time PCR进行mRNA水平的验证。利用DAVID数据库和cluster profiler R包对差异基因进行GO富集和KEGG富集,寻找相关基因的分子功能和生物学通路。通过STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建并通过Cytoscape软件实现所构建网络的可视化,寻找差异基因之间的调控关系。采用高内涵筛选法评价敲减高表达丰度基因后对脂肪肉瘤细胞系94T778细胞增殖能力的影响。结果:共得到与脂肪肉瘤密切相关的855个差异基因（其中334个表达上调,521个表达下调）。在所验证的18个基因中,有16个基因的表达水平与生物信息学分析的结果相一致。GO富集分析显示差异基因在细胞器组分,细胞膜组分及细胞周期等功能集群有较为显著的富集。KEGG富集分析显示差异基因在HTLV-I病毒感染及细胞周期等通路有较为显著的富集。此外,构建了差异基因之间相互调控的蛋白质网络,搭建了对脂肪肉瘤系统性分析的平台。对30个高表达丰度的基因进行敲减,其中敲减13个基因能抑制脂肪肉瘤细胞系94T778细胞的增殖。结论:本研究通过生物信息学手段对脂肪肉瘤的转录组数据进行分析并对关键基因进行功能验证,找到了可能与脂肪肉瘤发生相关的驱动基因,并发现细胞周期通路和HTLV-I病毒感染相关通路与脂肪肉瘤的发生密切相关,为脂肪肉瘤的靶向治疗提供了新思路。
论文目录
文章来源
类型: 国内会议
作者: 张莎,田秀云,阎靓,关晓雅,郝纯毅
关键词: 脂肪肉瘤,生物信息学,差异基因,增殖,靶向治疗
来源: 2019年中国肿瘤标志物学术大会暨第十三届肿瘤标志物青年科学家论坛 2019-12-06
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技
专业: 生物学,外科学,肿瘤学
单位: 北京大学肿瘤医院
分类号: R738.6;Q811.4
DOI: 10.26914/c.cnkihy.2019.073081
页码: 62
总页数: 1
文件大小: 487k
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