导读:本文包含了分子系统发育及进化论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:系统,分子,基因,亲缘,基因组,林下,藻类植物。
分子系统发育及进化论文文献综述
王家坚[1]（2016）在《基于分子系统发育的黄精族染色体进化研究》一文中研究指出黄精族(Polygonateae)属于天门冬科,主要包括广义舞鹤草属(Maianthemum F.H.Wigg.)、竹根七属(Disporopsis Hance)、异黄精属(Heteropolygonatum M.N.Tamura&Ogisu)和黄精属(Polygonatum Mill.),共约100种。黄精族广布于北半球,呈典型的北温带分布,多数种类集中分布于东亚地区,其中我国西南的青藏高原和横断山区为其重要的分化中心之一。黄精族的染色体数目变化复杂,对于理解族内各类群的起源和演化关系具有非常重要的意义。本文首先开展对黄精族细胞学与分子系统学的研究,然后在此基础上运用似然法模型开展黄精族的祖先染色体数目及其演变历史的分析,探讨其染色体进化在系统与分类上的意义。1.细胞学本部分主要通过对黄精族染色体数目已有报道的数据进行全面的收集和整理,发现4属共有75种323条染色体目数报道。具体情况为:(1)舞鹤草属约37种,有染色体报道的为20种,多数为2n=36,染色体基数为x=18,多数种类为二倍体,少数为叁倍体和四倍体;(2)竹根七属共6种,4种有染色体报道,均为2n=40,基数为x=20,均为二倍体;(3)异黄精属共6种,4种有染色体报道,染色体数目为2n=32、64,基数为x=16,除了H.ogisui为四倍体之外,其余均为二倍体;(4)黄精属是本族中最大、最复杂的属,约60余种,有染色体报道的为47种,染色体数目变化幅度大,基数变化范围为x=8-16,染色体倍性以二倍体居多,但也有叁倍体、四倍体、甚至六倍体等,属内甚至种内的非整倍性变化是本属与族内其它属最显着的区别。2.分子系统学分子系统学研究涉及黄精族及其外类群共115个样本,包括舞鹤草属18种,异黄精属4种,竹根七属4种,黄精属21种。选用了4个叶绿体片段(rbc L,trn K,psb A–trn H和trn C–pet N),基于贝叶斯法、最大似然法和简约法来推测黄精族的系统演化关系。这叁种分析方法的结果都支持黄精族由两大分支构成:舞鹤草属构成一支,黄精属、异黄精属和竹根七属聚成另一支。系统发育分析支持舞鹤草属的单系地位,包括属内分成叁个大的类群:一支为主要分布于我国西南地区的单系类群;另一分支包括M.tatsienense、M.stenolobum两个近缘种,主要从我国西南分布至华中地区;其余部分则为东北亚和新世界的种类。系统发育分析支持黄精属和异黄精属、竹根七属均为单系,异黄精属和竹根七属互为姊妹类群。在黄精属内分为叁个支持率较高的分支:一分支包括分布于我国西南地区的大部分黄精属轮叶的种类;一分支主要分布于我国东北地区,以及部分华中地区的互叶种类;而P.sibiricum介于以上两个大的分支之间。3.染色体进化模式在黄精族的细胞学研究和分子系统发育分析的基础上,通过运用似然法模型来分析黄精族各类群间的染色体数目和倍性的变化规律,并从染色体的多倍化和非整倍化与系统发育关系和地理分布方面探讨了黄精族内各属的起源和演化关系问题。在黄精族中,舞鹤草属(x=18)、异黄精属(x=16)和竹根七属(x=20)的染色体基数稳定,而黄精属染色体基数波动较大,主要为x=8-16,既有多倍化也有非整倍化现象。染色体的似然法进化模型分析表明黄精族4个属的染色体进化模式各不相同,揭示了黄精族内染色体从高基数向低基数演化的规律;各属内染色体的演化主要是体现在二倍体水平上的核型变异,多倍化在本族中不占主导地位;仅黄精属内伴有非常强烈的非整倍化现象;细胞学证据与分子系统发育的结果比较吻合,为黄精族内属间以及属下的系统发育与进化提供了重要的参考价值。(本文来源于《吉首大学》期刊2016-04-01）
陈乐[2]（2015）在《一种淡水石莼新种的确定及分子系统发育与进化研究》一文中研究指出从2007年至2014年,作者对山西省朔州市神头泉周边地区的淡水石莼进行了多次采集。本文通过对所采到的淡水石莼标本进行显微及亚显微结构观察,结合分子数据,运用生物信息学方法,对此种石莼和其它石莼属植物的系统发育关系进行了研究,推测了该属的祖先分布区域和分歧时间。具体研究结果如下：1.显微观察结果显示,朔州所采淡水石莼与已报道在中国分布的淡水石莼(Ulva intestinalis和Ulva prolifera)有明显的差异,分枝更多(U. intestinalis少有分枝或仅基部有分枝)且细胞壁不加厚,细胞较大,说明所采得的朔州产淡水石莼标本为一新种,将其命名为Ulva shanxiensis L. Chen, J. Feng & S. L. Xie。通过对其生长发育过程的研究,发现该石莼新种在发育早期阶段会形成大小不等的两个细胞。亚显微结构观察实验发现细胞内存在较多的蛋白核,但未观察到线粒体的存在。2.基于tu/A序列重建的最大简约树、最大似然树和贝叶斯树中,U. shanxiensis均位于包括Ulva gigantea,Ulva lactuca, Ulva laetevirens和Ulva rigida等类群分枝的基部,显示出与它们之间的差异。基于rbcL数据重建的系统发育树也形成类似的分枝,为基于tufA系统树所得出的结论提供了一定的支持。而基于18S rDNA和ITS序列数据重建的系统发育树则未得到稳定的拓扑结构,U. shanxiensis所处的系统位置没有确定,但也提示其与已有的石莼属种类有不同之处。前期所进行的形态观察研究结合分子系统发育分析,反映出U. shanxiensis与已报道的石莼属植物存在一定的差异,支持将该种石莼列为一个新的分类单位。在对石莼属种类的形态与分子系统学研究过程中发现,石莼属与浒苔属的物种没有显着的特征差异,多种分子数据也显示这些种类在系统发育树中没有明显的区分界限。所以国际上将这两个属合并的分类系统在本实验中得到了支持。3.石莼属植物种类的最近共同祖先存在于古亚洲、古北美洲、古欧洲及古大洋洲。运用石莼纲其他属七个类群的化石标定了相应的节点,估计了石莼属同其他属的分歧时间,结果表明石莼属植物的最近共同祖先存在于149 Mya-233 Myao结合古地理复原图推测淡水石莼由海生物种遗留在内陆进化而来。4.在淡水石莼标本的采集过程中,我们也对部分采集地的藻类区系进行了研究。通过对内蒙古赛罕乌拉自然保护区藻类植物区系所进行的研究,发现该保护区分布的藻类植物以硅藻门的种类最多,其次是绿藻门种类。通过环境因子与指示藻的监测发现,赛罕乌拉自然保护区大部分水体为β-寡污,未受到严重污染。本研究为该保护区生物多样性及水质监测提供了基本资料。淡水石莼在内陆自然淡水水体中并不常见。由于环境污染和人类对水源的不合理开采活动,造成淡水资源的匮乏,严重威胁到淡水石莼的生存。因此,尽快对淡水石莼进行研究,对于生物多样性的保护和开发具有很重要的意义。(本文来源于《山西大学》期刊2015-06-01）
吴丹丹[3]（2015）在《Acc1基因在仲彬草属P染色体组中的系统发育及分子进化》一文中研究指出小麦族(Triticeae)是禾本科早熟禾亚科中一个有重要经济价值、多年生植物占优势的族,包括有30个属465个物种,有二倍体,更多为多倍体物种,有着复杂且多样的染色体组组成,如A、S、D、Ns、P、St等基本染色体组的二倍体及演化形成的同源多倍体和异源多倍体。其中,含P染色体组的物种包括在冰草属(Agropyron Gaertn., P)、仲彬草属(Kengyilia Yen et J.L.Yang, StYP)、杜威草属(Douglasdeweya Yen, J.L.Yang et B.R.Baum, StP)以及沙滩麦属(Psammopyrum Love, EStP)等属中。仲彬草属(Kengyilia Yen et J. L Yang)为小麦族一个重要的多年生属,由颜济和杨俊良教授在1990年以Kengyilia gobicola Yen et J. L Yang为模式种建立的,约有30个种或变种。仲彬草属染色体组组成为StYP,其P染色体组源于二倍体的冰草(Agropyron cristatum (L.) Gaertn.)。目前,已有研究表明仲彬草属物种分布受P染色体组的影响,但P染色体组如何参与到仲彬草属物种的形成?如何分化?地理分布格局如何?等问题都还不清楚。本研究通过对13个仲彬草属物种(13份)、2个冰草属物种(60份)及33个二倍体物种的229条Acc1基因序列分析,构建系统发育树,探讨仲彬草属中P染色体组的系统发育与分子进化,主要结果如下：1、系统发育及多态性分析表明仲彬草属P染色体组存在中亚和青藏高原的地理分化式样,P染色体组的来源与冰草地理起源有关,中亚地区仲彬草和青藏高原地区仲彬草属物种成为两个独立起源的谱系。2、全世界的冰草大体分为中亚、东亚、青藏高原和欧洲4个居群,聚类分析表明这4个居群分散形成3个亚支,Fst变化范围从0.01943到0.17588,推测冰草居群间存在地理隔离或者多重杂交。中亚冰草居群核苷酸多态性丰富,与其他3个地区存在较高的遗传分化程度,可能是地理隔离或地理距离过远的结果,因此推测中亚居群的冰草可能为冰草的分化中心。青藏高原地区的冰草居群和东亚的冰草居群遗传分化指数最小(Fst=0.0194),遗传关系较近,可能与这两个居群分化时间相对较晚有关。中亚和欧洲这两个冰草居群分化程度低,中亚居群的冰草可能直接参与到欧洲冰草的形成,或者欧洲居群保留了更多的祖先遗传信息。3、青藏高原地区仲彬草属和四倍体冰草Acc1位点多态性比较发现,仲彬草属物种存在着相当多的古老变异,这些古老变异可能随着群体历史扩张事件被固定下来。而中亚地区仲彬草属、二倍体冰草与四倍体冰草的Acc1位点处多态性比较发现,仲彬草属物种在多倍化过程中存在遗传瓶颈,二倍体的冰草经历了选择消除事件,四倍体冰草经历了种群扩张。4、仲彬草属的Y染色体组虽然与簇毛麦属(V染色体组)形成姐妹支,但所有的Y类型的Acc1序列都有5 bp ATTAT,与其他的二倍体染色体组类型不同。因此,推测Y和St染色体组二倍体供体来源可能不同。(本文来源于《四川农业大学》期刊2015-05-01）
郝大程,肖培根,刘明,彭勇,何春年[4]（2014）在《从药用亲缘学到药用基因组亲缘学:分子系统发育、进化与药物发现》一文中研究指出近年随着高通量测序技术的迅猛发展,生物系统发育研究中开始采用基因组数据,因此出现一些新术语,如系统发育基因组学(phylogenomics,基因组系统学/基因组亲缘学)、药用基因组亲缘学(pharmacophylogenomics)、转录组亲缘学(phylotranscriptomics)等。系统发育基因组学是进化和基因组学的交叉学科,是将基因组数据用于进化关系重建的综合分析;药用亲缘学研究药用生物(特别是药用植物)的生物亲缘关系、化学成分和疗效(传统疗效和药理活性)间的相关性;系统发育基因组学方法可用于药物发现和开发的相关问题研究,在组学水平拓展了药用亲缘学的领域,由此衍生出药用基因组亲缘学。系统学(亲缘学)是生命科学各分支和交叉学科的根基所在,在生药学和药用生物学等药学相关领域起到提纲挈领的作用。在此对与药用亲缘学(pharmaphylogeny)密切相关的若干术语做一简要辨析。(本文来源于《药学学报》期刊2014年10期）
曾饶琼,周国彬,宋亚攀[5]（2013）在《动物脂肪酶基因超家族分子进化和系统发育关系研究》一文中研究指出研究对动物脂肪酶基因超家族的5个成员蛋白家族43条mRNA序列做进化分析,利用MEGA4.0计算5个成员蛋白家族的组间和组内遗传距离,在脂肪酶超家族之间,LPL蛋白家族与EL、HL蛋白家族之间是有差别不大的遗传间隔,是为0.3867和0.5243。LPL蛋白宗族与PL、PLA1蛋白宗族之间是有很大的遗传间隔,是为0.9786和0.8791。(本文来源于《北京农业》期刊2013年21期）
刘艳,侯付景,周君,王中华,李太武[6]（2013）在《可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)铁结合蛋白的分子进化和系统发育研究》一文中研究指出以克隆获得的可口革囊星虫(Phasolosma esculenta)、枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhejiangensis)、泥蚶(Tegillarca granosa)、缢蛏(Sinonovacula constricta)、仿刺参(Apostichopus japonicus)和白肛海地瓜(Acaudina leucoprocta)6种无脊椎动物的铁结合蛋白基因为基础,通过NCBI检索下载相应的氨基酸序列,采用SingalP程序查找信号肽,用TMHMM程序搜寻预测跨膜区,采用Clustal W程序多序列比对,构建进化树。对其编码蛋白的信号肽、跨膜区以及磷酸化位点等进行分析。结果表明,6种动物的铁结合蛋白都没有信号肽,也无跨膜区,不可能是膜上的受体或定位于膜上,均为胞外蛋白。泥蚶的ferritin有4个磷酸化位点,仿刺参ferritin有10个,枝吻纽虫有8个,白肛海地瓜有9个,可口革囊星虫和缢蛏的ferritin未搜寻到磷酸化位点。6种铁结合蛋白的疏水性有一定的差异,最大值在1.0—1.6之间,最小值在3.3—2.8之间。可口革囊星虫和仿刺参的铁结合区域特征序列完全相同,与文昌鱼、缢蛏、泥蚶、牡蛎、盘鲍有2个氨基酸差异,与人、小家鼠和叉尾有1个氨基酸差异。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2013年04期）
武凌云,邢郁[7]（2013）在《植物分子系统发育与进化的理解和认识》一文中研究指出由于DNA测序和PCR等分子技术的普及,植物系统学研究已经从单一的形态学研究转向通过分子手段或形态学与分子相结合探讨其进化机制。作者结合有关文献阐述谈谈对植物分子系统发育与进化的理解和认识。(本文来源于《考试周刊》期刊2013年29期）
王晓丽,罗春莲,沙莉娜,周永红[8]（2012）在《赖草属林下组植物GBSSI基因序列的系统发育与分子进化》一文中研究指出【目的】探讨赖草属林下组植物的种间系统关系与GBSSI基因的分子进化式样。【方法】对赖草属林下组3个类群的GBSSI基因序列进行多克隆测序,并将其与来自小麦族8个代表Ns,St,P,F,Ee和Eb基因组的二倍体植物的GBSSI序列进行序列与系统比较分析。【结果】基因序列多态性与系统发育分析表明:①L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus亲缘关系密切;②不同Ns基因组供体参与多倍化物种形成可能导致L.komarovii与L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus发生遗传分化;③赖草属林下组植物的GBSSI基因序列在Ns基因组拷贝上的多态性水平低于新麦草属植物Ns基因组序列多态性。【结论】支持L.duthiei和L.duthiei var.longearistatus互为种与变种的分类等级。复制基因GBSSI在多倍体中多态性水平不平等。(本文来源于《四川农业大学学报》期刊2012年02期）
张奇锋,黄爱成[9]（2012）在《植物分子系统发育与适应性进化研究》一文中研究指出本报讯 (记者 张奇锋 通讯员 黄爱成) 中山大学生命科学学院施苏华教授团队的“植物分子系统发育与适应性进化的模式与机制研究”，同样获得了国家自然科学奖二等奖。 生物类群的系统发育与适应性进化是演化生物学研究的核心和焦点，施苏华的团队巧妙(本文来源于《广东科技报》期刊2012-02-17）
王玉国[10]（2010）在《植物分子系统发育与进化研究的基因选择、引物设计与应用策略》一文中研究指出引物选择、设计与应用策略是植物分子系统发育与进化研究的关键环节。本文综述了基因选择的原则、引物设计的技巧以及如何有效地利用所涉及的片段获取相应的PCR片段的方法。(本文来源于《广西植物》期刊2010年06期）
分子系统发育及进化论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
从2007年至2014年,作者对山西省朔州市神头泉周边地区的淡水石莼进行了多次采集。本文通过对所采到的淡水石莼标本进行显微及亚显微结构观察,结合分子数据,运用生物信息学方法,对此种石莼和其它石莼属植物的系统发育关系进行了研究,推测了该属的祖先分布区域和分歧时间。具体研究结果如下：1.显微观察结果显示,朔州所采淡水石莼与已报道在中国分布的淡水石莼(Ulva intestinalis和Ulva prolifera)有明显的差异,分枝更多(U. intestinalis少有分枝或仅基部有分枝)且细胞壁不加厚,细胞较大,说明所采得的朔州产淡水石莼标本为一新种,将其命名为Ulva shanxiensis L. Chen, J. Feng & S. L. Xie。通过对其生长发育过程的研究,发现该石莼新种在发育早期阶段会形成大小不等的两个细胞。亚显微结构观察实验发现细胞内存在较多的蛋白核,但未观察到线粒体的存在。2.基于tu/A序列重建的最大简约树、最大似然树和贝叶斯树中,U. shanxiensis均位于包括Ulva gigantea,Ulva lactuca, Ulva laetevirens和Ulva rigida等类群分枝的基部,显示出与它们之间的差异。基于rbcL数据重建的系统发育树也形成类似的分枝,为基于tufA系统树所得出的结论提供了一定的支持。而基于18S rDNA和ITS序列数据重建的系统发育树则未得到稳定的拓扑结构,U. shanxiensis所处的系统位置没有确定,但也提示其与已有的石莼属种类有不同之处。前期所进行的形态观察研究结合分子系统发育分析,反映出U. shanxiensis与已报道的石莼属植物存在一定的差异,支持将该种石莼列为一个新的分类单位。在对石莼属种类的形态与分子系统学研究过程中发现,石莼属与浒苔属的物种没有显着的特征差异,多种分子数据也显示这些种类在系统发育树中没有明显的区分界限。所以国际上将这两个属合并的分类系统在本实验中得到了支持。3.石莼属植物种类的最近共同祖先存在于古亚洲、古北美洲、古欧洲及古大洋洲。运用石莼纲其他属七个类群的化石标定了相应的节点,估计了石莼属同其他属的分歧时间,结果表明石莼属植物的最近共同祖先存在于149 Mya-233 Myao结合古地理复原图推测淡水石莼由海生物种遗留在内陆进化而来。4.在淡水石莼标本的采集过程中,我们也对部分采集地的藻类区系进行了研究。通过对内蒙古赛罕乌拉自然保护区藻类植物区系所进行的研究,发现该保护区分布的藻类植物以硅藻门的种类最多,其次是绿藻门种类。通过环境因子与指示藻的监测发现,赛罕乌拉自然保护区大部分水体为β-寡污,未受到严重污染。本研究为该保护区生物多样性及水质监测提供了基本资料。淡水石莼在内陆自然淡水水体中并不常见。由于环境污染和人类对水源的不合理开采活动,造成淡水资源的匮乏,严重威胁到淡水石莼的生存。因此,尽快对淡水石莼进行研究,对于生物多样性的保护和开发具有很重要的意义。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子系统发育及进化论文参考文献
[1].王家坚.基于分子系统发育的黄精族染色体进化研究[D].吉首大学.2016
[2].陈乐.一种淡水石莼新种的确定及分子系统发育与进化研究[D].山西大学.2015
[3].吴丹丹.Acc1基因在仲彬草属P染色体组中的系统发育及分子进化[D].四川农业大学.2015
[4].郝大程,肖培根,刘明,彭勇,何春年.从药用亲缘学到药用基因组亲缘学:分子系统发育、进化与药物发现[J].药学学报.2014
[5].曾饶琼,周国彬,宋亚攀.动物脂肪酶基因超家族分子进化和系统发育关系研究[J].北京农业.2013
[6].刘艳,侯付景,周君,王中华,李太武.可口革囊星虫(Phascolosomaesculenta)铁结合蛋白的分子进化和系统发育研究[J].海洋与湖沼.2013
[7].武凌云,邢郁.植物分子系统发育与进化的理解和认识[J].考试周刊.2013
[8].王晓丽,罗春莲,沙莉娜,周永红.赖草属林下组植物GBSSI基因序列的系统发育与分子进化[J].四川农业大学学报.2012
[9].张奇锋,黄爱成.植物分子系统发育与适应性进化研究[N].广东科技报.2012
[10].王玉国.植物分子系统发育与进化研究的基因选择、引物设计与应用策略[J].广西植物.2010
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