论文摘要
生物序列比对有助于定位序列之间的相似区域.测序技术的快速发展需要序列比对算法能够灵活地处理更长且错误率更高的reads序列.通过增强型稀疏后缀数组对参考序列建立索引,自适应地调整种子的最小长度,寻找参考序列与reads序列之间的最大精确匹配和超大精确匹配,以此进行种子扩展,提出一种改进的long-read比对算法.与已有代表性的算法相比,模拟和真实数据实验结果表明,本文算法在获得基本相同精确度的前提下,召回率明显提升,敏感度总体上更高,且能够识别更多的reads序列.
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 韦好,钟诚
关键词: 序列比对,增强型稀疏后缀数组,索引,最大精确匹配
来源: 小型微型计算机系统 2019年08期
年度: 2019
分类: 信息科技,基础科学
专业: 生物学,计算机软件及计算机应用
单位: 广西大学计算机与电子信息学院广西高校并行分布式计算技术重点实验室
基金: 国家自然科学基金项目(61462005)资助,广西自然科学基金项目(2014GXNSFAA118396)资助
分类号: TP301.6;Q811.4
页码: 1804-1808
总页数: 5
文件大小: 766K
下载量: 47
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标签：序列比对论文; 增强型稀疏后缀数组论文; 索引论文; 最大精确匹配论文;