导读:本文包含了分子建模论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:分子,建模,炸药,己烯,吲哚,关系,天牛。
分子建模论文文献综述
王权[1]（2019）在《浅谈信息化时代分子建模实践路径创新》一文中研究指出分子建模在化学、生物学和材料科学领域都有广泛应用。在信息化时代,计算机技术的飞速发展,为分子建模提供了新的实践路径,本文将就此展开探究。(本文来源于《信息记录材料》期刊2019年10期）
马香成,秦蔚,陈清林,张冰剑[2]（2019）在《芳烃分子描述符的修正和沸点预测建模》一文中研究指出根据芳烃分子中碳原子所处化学环境的差异,修正分子描述符Randi?连接性指数中碳原子支化度参数δ_i,提出新的分子描述符Modran;通过对比分析表明描述符Modran对芳烃分子的化学结构具有更好的选择性。分析芳烃沸点的影响因素,采用最优子集选择法,发现Modran一阶和二阶支化度指数、分子极化率和芳环碳原子占比四个分子描述符参数的组合对芳烃沸点具有良好的预测能力,进而建立包含Modran等四分子描述符的线性组合模型和神经网络模型。与Marrero-Pardillo基团贡献法比较,四分子描述符的神经网络模型将芳烃沸点预测的平均绝对误差由12.26 K降低到4.56 K。(本文来源于《化工学报》期刊2019年11期）
张清东,李硕,张勃洋,谢璐,李瑞[3]（2019）在《金属轧制复合过程微观变形行为的分子动力学建模及研究》一文中研究指出基于分子动力学方法研究金属层合板轧制复合过程界面区材料的微观变形行为,从力学性能和位错运动的角度,对比研究双金属FeCrNi/Fe与单金属的压缩变形,揭示非共格界面对金属微观变形行为的影响。结果表明,双金属模型与2种单金属模型在应力-应变关系和变形行为规律方面都存在明显差异;由于复合界面的存在,变形过程中双金属模型纯Fe基体中的位错在界面附近积累,界面原子的局部剪切作用使FeCrNi基体中的位错形成变得容易,降低了FeCrNi基体的屈服强度;复合界面对于变形过程中位错传播的阻碍作用,使材料抵抗塑性变形的能力得到提高,变形过程中2种金属基体内位错密度的交替变化导致2种金属基体的变形量也对应呈现交替变化的特殊现象。(本文来源于《金属学报》期刊2019年07期）
焦建锋[4]（2019）在《几类生物分子网络的动态建模与分析》一文中研究指出系统生物学是系统性地研究一个生物系统中所有组成成分(基因、mRNA、蛋白质等)的构成以及在特定条件下这些组分间的相互关系,并分析它们在一定时间内的动力学过程的交叉学科[1]。它为后基因组时代认识生命复杂系统提供了全新的角度,是21世纪医学和生物学发展的核心驱动力。它的研究主要分为四个层次:系统结构的识别和研究、系统的动态特征分析、系统的控制方法和系统的设计方法[2]。它旨在把分子生物学和细胞生物学所研究的孤立的在基因水平、蛋白水平相关的相互作用、代谢通路、调控过程等融合起来,来揭示生命体整体的行为方式。系统生物学在医药领域、能源领域、工业生产领域、生态环境维护领域等有着广泛的应用。尤其是在医学研究领域,它对许多复杂疾病的研究发挥着不可替代的作用,如癌症、艾滋病、心血管疾病等。本文正是运用系统生物学的理念,进行了几类生物分子网络的动态模型构建与动力学分析。本文的工作主要集中在以下叁个方面(其中前两个问题是生物疾病领域,最后一个问题是生态学领域):1)基于动力学分岔理论研究急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)干细胞模型的反馈调节问题:在第二章中,我们主要通过分岔理论和数值模拟对所构建的数学模型进行动力学分析。我们不仅在已有模型上增加了新的终产物抑制的负反馈调控机制,而且利用干细胞理论建模方法和概率方法,构建了新的数学模型。最终通过分析该模型可知分化概率的弱负反馈有利于白血病的治愈。而随着负反馈的增强,白血病将难以治愈,甚至死亡。相反,对造血祖细胞分化速率的强负反馈可以压制白血病。本章从分岔的视角来研究白血病的致病机理,该研究方法为其他疾病的研究提供了重要的研究手段。2)在第叁章,我们主要研究了具有DNA损伤响应的p53系统的时间疗法问题:p53是一种能够协调对不同刺激的智能反应,并利用时间动力系统选择性激活下游靶标基因,最终决定细胞命运的信号分子。经调查显示肿瘤抑制因子p53是人类癌症中突变率最高的基因。然而,它是如何调节细胞命运和控制细胞命运的方向仍然是个难题。本文主要通过暂态脉冲药物控制来研究p53系统的细胞命运。我们的目标是研究药物剂量(一次需要添加多少剂量的药物?),加药的次数和用药的时刻(什么时刻服用药物较好?)对p53系统的影响。我们发现一定剂量的药物确实可以改变p53系统的命运。另外,与单剂量相比,药物的多次使用不仅大大降低了剂量,而且可以更快地启动p53系统的修复机制。我们还发现,在p53浓度的谷底服用药物需要更大的药物剂量才能使脉冲个数低于阈值。然而,如果我们在峰值时吃药,剂量会大大减少。除此之外,我们还发现在不同的时间服用同样剂量的药物,最终的药物效果会大大不同,这意味着服用药物的时间尤为重要。所有这些结果在癌症治疗中都具有一定的现实意义。3)研究捕食系统的Bogdanov-Takens(B–T)分支和triple-zero分支问题:在第四章中,正如我们所知,关于内部正平衡的自治泛函微分方程的B-T和triple-zero分支的结果很少。因为B-T分支和triple-zero分支发生在系统的内部正平衡点,在推导系统的全局标准型时,需研究对应新系统的叁重和四重零根分支。我们通过推广和应用文献[3]和[4]中使用的方法来解决这些问题。(本文来源于《上海大学》期刊2019-05-01）
章奇明[5]（2019）在《加氢裂化工业反应器建模和原料油分子重构的研究》一文中研究指出加氢裂化是炼油与石化行业的关键技术,通过数学模型对加氢裂化反应器的操作条件进行优化并以此指导工业生产,可以为企业带来显着的经济效益。本文首先采用离散集总法建立了加氢裂化反应器的数学模型,用于模拟中国石化青岛炼化公司的减压瓦斯油(VGO)加氢裂化工业装置。结果表明,该模型能够较好地模拟产品组成(气体、石脑油、航空煤油、柴油和加氢尾油)和反应器床层的温度分布,可以满足工业生产的要求。此外,利用该模型考察了原料油流量、补充氢气流量、进料温度等操作变量对VGO加氢裂化反应的影响。然而,基于上述模型得到的产品组成较为粗略(按沸程进行切割的馏分组成),无法获得更为详细的分子组成,为此本文进一步对VGO原料进行了分子重构的研究。运用概率分布函数对烃类分子结构进行数学描述,建立了随机重构模型,用于预测沙中VGO和伊朗VGO的组成。结果显示,由随机重构模型得到的模拟分子混合物在密度、元素组成、族组成等物性数据上均与工业实测值较为吻合,表明了该模型的合理性和准确性,后续可用于构建分子水平的加氢裂化反应动力学模型。(本文来源于《华东理工大学》期刊2019-04-18）
刘敏娟,郑澎,杨洋,周词扬[6]（2019）在《超大规模PBX炸药分子随机建模方法》一文中研究指出PBX炸药脱粘效应引发的烈度反应会导致安全性隐患,需要基于分子尺度模拟揭示脱黏机制及化学反应机理,但是PBX分子随机建模非常复杂,目前尚无成熟的算法实现这种复杂体系的分子模型。为实现超大规模PBX炸药分子随机模型,采用Voronoi图模拟晶粒,六面体网格模拟晶胞,同时采用分子填充、分子链接等技术实现炸药和添加剂的分子结构。最终通过百万原子规模的批量计算模拟出PBX的分子随机模型。上述模型最终可用于PBX炸药配方的设计和制备工艺,武器库存老化及安全性评估。(本文来源于《计算机仿真》期刊2019年04期）
赵新民,李滔滔,彭晓赟,刘石泉[7]（2019）在《光肩星天牛气味结合蛋白AglaOBP12同源建模及与乙酸-顺-3-己烯酯的分子对接研究》一文中研究指出【目的】研究光肩星天牛Anoplophora glabripennis气味结合蛋白AglaOBP12与寄主植物挥发物乙酸-顺-3-己烯酯的相互作用机制,为利用化学生态手段调控光肩星天牛行为提供理论依据。【方法】采用同源建模预测AglaOBP12叁维结构,虚拟氨基酸突变构建两个突变子,利用Molegro Virtual Docker程序进行分子对接研究AglaOBP12与乙酸-顺-3-己烯酯的结合模式。模型的合理性评价采用GMQE、QMEAN、ramachandran图和Verify-3D。【结果】AglaOBP12的叁维结构由6个α-螺旋构成且形成锥形疏水口袋结构。6个保守半胱氨酸在螺旋结构之间形成稳定结构的3个二硫键。AglaOBP12的C端疏水性氨基酸位于结合口袋的出口并对口袋形成一定的遮挡。乙酸-顺-3-己烯酯位于疏水口袋中与疏水性氨基酸发生作用,而亲水头部羰基氧原子则与Asn123产生氢键。在与突变子N123A的对接中,乙酸-顺-3-己烯酯更接近疏水口袋的出口,乙酸-顺-3-己烯酯与C端Phe135形成氢键。而在与突变子F135E/L136E/V137E的对接中,乙酸-顺-3-己烯酯位于疏水口袋较深处,但未发现与Asn123氢键作用,相比野生型,两个突变子的对接空间能和范德华尔能增大,结合稳定性下降。【结论】乙酸-顺-3-己烯酯位于AglaOBP12疏水口袋并通过氢键与Asn123形成稳定的复合物,AglaOBP12的Asn123和C端疏水氨基酸对结合乙酸-顺-3-己烯酯具有重要作用。(本文来源于《应用昆虫学报》期刊2019年02期）
仝建波,吴鲁阳,曹旭,雷珊,马养民[8]（2019）在《基于Topomer CoMFA方法对芳基硫代吲哚衍生物的分子建模与设计》一文中研究指出采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行叁维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q~2,非交叉验证相关系数r~2,外部验证的复相关系数Q_(ext)~2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面提供的立体场与静电场可视化图像,直观的揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了5个具有较高活性的新化合物,该QSAR的实验结果可为合成新药提供理论参考.(本文来源于《原子与分子物理学报》期刊2019年04期）
乔晶,崔晟榕,石宏武,罗祖良,马小军[9]（2019）在《罗汉果环阿屯醇合酶的同源建模、分子对接及催化环化的机理推测》一文中研究指出环阿屯醇为植物甾醇类化合物,也是诸多甾醇类化合物生物合成的关键前体物质之一,具有抗炎、抗氧化、抗肿瘤、调节胆固醇等多种药理活性。课题组前期克隆了罗汉果环阿屯醇合酶基因(Cycloartenol Synthase,CAS)并对其进行了功能验证(GenBank登录号:HQ128566)。但该酶的催化活性位点及催化机制尚不明确,阻碍了进一步的改造及应用。本研究利用同源建模预测CAS的叁维结构,结合分子对接模拟技术分析该酶与底物的相互作用,结果表明,Asp491、Cys492、Cys570、Tyr540、His265是CAS酶上关键的催化位点,Asp491质子化2,3-氧化鲨烯引发四个环化反应形成C20正离子中间体,然后中间体经过一系列的碳正离子重排形成C11正离子中间体,最后通过His265与Tyr540去质子化使得C27与C11原子间形成单键生成产物环阿屯醇。此外,活性空腔内存在大量的疏水氨基酸,则通过疏水作用稳定反应物、中间体结合在活性空腔。该酶活性位点的发现,为今后通过定点突变技术改造酶的活性及调控代谢通路奠定了基础。(本文来源于《生物技术通报》期刊2019年02期）
纪晔,王杭州,蒋子龙,陈诚,孙宝文[10]（2018）在《基于结构导向集总的分子级催化重整过程建模方法》一文中研究指出本文提出了一种基于结构导向集总的催化重整过程建模方法,能够从分子水平描述催化重整过程原料分子到产物分子的转化过程,所述方法包括以下步骤:(1)采集催化重整过程原料和反应产物的样品,进行分子组成分析;(2)根据反应器及使用催化剂的特征建立反应规则集;(3)使用原料分子组成与反应规则自动生成反应网络;(4)估算反应过程的转化率;(5)调整反应深度,计算催化重整过程产物的分子组成;(6)对照计算的分子组成结果与实际分析的分子组成数据,计算模型预测误差;若实际分析分子组成数据与预测计算结果之间误差较大,重复步骤(4)～(6),直到最终的模型预测结果与实际分析检测数据误差满足精度要求。根据该方法建立分子级的催化重整过程模型,使用352种原料分子,17条反应规则,建立反应网络,包含中间产物、产品分子533种,共有分子反应转化路径617条。针对不同的工况,模型的预测结果的平均相对误差小于3%。根据所得到的模型,可以对催化重整过程进行更精细的优化,或者为炼油全流程计划优化模型提供预测数据。(本文来源于《计算机与应用化学》期刊2018年09期）
分子建模论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
根据芳烃分子中碳原子所处化学环境的差异,修正分子描述符Randi?连接性指数中碳原子支化度参数δ_i,提出新的分子描述符Modran;通过对比分析表明描述符Modran对芳烃分子的化学结构具有更好的选择性。分析芳烃沸点的影响因素,采用最优子集选择法,发现Modran一阶和二阶支化度指数、分子极化率和芳环碳原子占比四个分子描述符参数的组合对芳烃沸点具有良好的预测能力,进而建立包含Modran等四分子描述符的线性组合模型和神经网络模型。与Marrero-Pardillo基团贡献法比较,四分子描述符的神经网络模型将芳烃沸点预测的平均绝对误差由12.26 K降低到4.56 K。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子建模论文参考文献
[1].王权.浅谈信息化时代分子建模实践路径创新[J].信息记录材料.2019
[2].马香成,秦蔚,陈清林,张冰剑.芳烃分子描述符的修正和沸点预测建模[J].化工学报.2019
[3].张清东,李硕,张勃洋,谢璐,李瑞.金属轧制复合过程微观变形行为的分子动力学建模及研究[J].金属学报.2019
[4].焦建锋.几类生物分子网络的动态建模与分析[D].上海大学.2019
[5].章奇明.加氢裂化工业反应器建模和原料油分子重构的研究[D].华东理工大学.2019
[6].刘敏娟,郑澎,杨洋,周词扬.超大规模PBX炸药分子随机建模方法[J].计算机仿真.2019
[7].赵新民,李滔滔,彭晓赟,刘石泉.光肩星天牛气味结合蛋白AglaOBP12同源建模及与乙酸-顺-3-己烯酯的分子对接研究[J].应用昆虫学报.2019
[8].仝建波,吴鲁阳,曹旭,雷珊,马养民.基于TopomerCoMFA方法对芳基硫代吲哚衍生物的分子建模与设计[J].原子与分子物理学报.2019
[9].乔晶,崔晟榕,石宏武,罗祖良,马小军.罗汉果环阿屯醇合酶的同源建模、分子对接及催化环化的机理推测[J].生物技术通报.2019
[10].纪晔,王杭州,蒋子龙,陈诚,孙宝文.基于结构导向集总的分子级催化重整过程建模方法[J].计算机与应用化学.2018
论文知识图
