导读:本文包含了基因组片段文库论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:作物遗传育种,南荻,基因组,人工细菌染色体文库
基因组片段文库论文文献综述
姚瑶,崔腾腾,张丽敏,陈翠霞[1]（2017）在《中国南荻基因组大片段人工细菌染色体文库的构建》一文中研究指出以二倍体中国南荻为实验材料,以pIndigoBAC536-S为载体,以HindIII为限制性内切酶,经过载体的制备、高质量大片段DNA的获得、部分酶切最佳条件的确定、2次大片段选择和连接转化等过程,成功构建了中国南荻人工细菌染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库。该文库共包含130 560个克隆,空载率为2%,同时构建了340个超级池,便于以后针对目的基因片段的BAC筛选。对随机挑取的100个单克隆检测,结果显示,插入片段分布集中,平均大小为106kb,覆盖了南荻基因组的5.6倍。随机挑取的5个克隆经过100代左右的繁殖,DNA的酶切图谱保持一致,表明BAC克隆的稳定性良好。该文库能够为该品种的基因组研究提供1个有效的平台,将对芒属植物优良基因的克隆、基因组物理图谱的构建以及比较基因组学等方面的研究发挥重要作用。(本文来源于《中国科技论文》期刊2017年12期）
管雨,杨洋,张智俊,罗淑萍,汤定钦[2]（2011）在《毛竹大片段双元细菌人工染色体基因组文库的构建》一文中研究指出从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。(本文来源于《浙江农林大学学报》期刊2011年04期）
马艳玲,邓海,刘中来,邓灵福,刘艳丽[3]（2010）在《海洋放线菌Streptomyces sp.大片段DNA基因组文库的构建》一文中研究指出目的:构建稀有海洋放线菌Streptomyces sp.基因组文库。方法:以稀有海洋放线菌Streptomyces sp.为实验材料,随机剪切提取的总DNA,5'-磷酸末端补平回收40kb左右的DNA片段,与pWEBTM载体连接,经包装蛋白包装成噬菌体后侵染宿主细胞E.coliEPI100,构建该菌株的基因组文库,并对该文库进行质量鉴定。结果:成功构建了稀有海洋放线菌Streptomyces sp.的基因组文库,效价达9.0×104CFU/mL,得到4000个阳性克隆子,远远大于按覆盖率为99%计算至少所需的837个阳性克隆子数,且平均插入片段长度为36kb,重组率100%。阳性克隆子保存于96孔板中,-80℃保存。结论:所构建文库的各项指标均达到要求,为了进一步评估Streptomyces sp.所能合成的所有潜在天然产物,还需要进一步检测该文库中包含有生物合成基因簇的大肠杆菌的表达情况。(本文来源于《生物技术》期刊2010年05期）
马艳玲,邓海,刘中来,邓灵福,刘艳丽[4]（2010）在《稀有海洋放线菌Salinispora arenicola大片段DNA基因组文库的构建》一文中研究指出目的:构建稀有海洋放线菌S.arenicola基因组文库。方法:以稀有海洋放线菌S.arenicola为实验材料,随机剪切提取的总DNA,5′-磷酸末端补平回收40kb左右的DNA片段,与pWEBTM载体连接,经包装蛋白包装成噬菌体后侵染宿主细胞E.coliEPI100,构建该菌株的基因组文库,并对该文库进行质量鉴定。结果:成功构建了稀有海洋放线菌S.arenicola的基因组文库,效价达6.5×104CFU/mL,得到3000个阳性克隆子,远远大于按覆盖率为99%计算至少所需的657个阳性克隆子数,且平均插入片段长度为36kb,重组率100%。阳性克隆子保存于96孔板中,-80℃保存。结论:所构建文库的各项指标均达到要求,为了进一步评估S.arenicola所能合成的所有潜在天然产物,还需要进一步检测该文库中包含有生物合成基因簇的大肠杆菌的表达情况。(本文来源于《生物技术》期刊2010年03期）
程洁[5]（2010）在《栉孔扇贝（Chlamys farreri）大片段基因组文库的构建及应用分析》一文中研究指出栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北方最重要的海水经济养殖贝类之一,在海水养殖产业中占有极其重要的地位。而大片段基因组文库是当前分子遗传学和基因组学研究必不可少的工具,为了深入开展栉孔扇贝(Chlamys farreri)基因组学研究、阐明其基因组的结构与功能、图位克隆重要功能基因、构建高密度物理图谱并最终实现与已有遗传连锁图的整合,本研究成功构建了栉孔扇贝fosmid文库,并在其构建技术的基础上,以细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)为载体,成功构建了栉孔扇贝的BAC文库。进一步通过栉孔扇贝fosmid文库和微卫星连锁图谱,对文库进行了基础研究的应用。主要结果如下：1、栉孔扇贝fosmid基因组文库的构建和鉴定本研究构建了第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133,851个克隆。对随机挑取的80个克隆的限制性酶切分析表明,克隆的空载率低于1.25%,克隆的插入片段大小分布在30-45kb,插入片断平均长度为40kb。该文库覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍,得到任意单拷贝DNA序列的概率为98.7%。fosmid克隆的稳定性检测实验表明栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。为了方便后续的PCR筛选,我们对所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并利用所构建的超级池和二级池筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2、栉孔扇贝BAC文库的构建和鉴定本研究以一只栉孔扇贝为材料,成功构建了两个栉孔扇贝BAC文库,分别为BamHⅠ文库和HindⅢ文库,其中BamHⅠ文库包含33,728个BAC克隆,平均插入片段约为80 kb,覆盖栉孔扇贝基因组约2.1倍；HindⅢ文库包含97,680个BAC克隆,平均插入片段约为102 kb,覆盖栉孔扇贝基因组约7.7倍。两个栉孔扇贝BAC文库总共由131,408个克隆组成,平均插入片段约为96kb,覆盖率为栉空扇贝单倍体基因组9.8倍。对随机挑取的60个BAC克隆进行限制性酶切分析表明,克隆的空载率低于1.67%,从文库中得到任意单拷贝DNA序列的概率为96.8%。BAC克隆的稳定性检测实验表明栉孔扇贝DNA在BAC传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。为了方便后续的PCR筛选,我们对所有的克隆进行了超级池和二级池的构建。由此可见,该BAC文库可以很好的用于物理作图和基因的图位克隆研究,也为将来栉孔扇贝的大规模基因组测序提供了一个良好的平台。3、大片段基因组文库的应用：栉孔扇贝遗传图谱与物理图谱的整合初试本研究利用第一个栉孔扇贝fosmid文库以及微卫星遗传连锁图谱,通过构建fosmid文库的叁维两步PCR筛选系统,选取分布于栉孔扇贝19个连锁群上的110个微卫星标记对部分文库(2.7×基因组)进行筛选和分析,总共102个微卫星标记(92.7%)经筛选得到至少一个阳性克隆,最终得到195个含有微卫星标记的fosmid克隆,每个标记的阳性克隆数介于1到7之间。这195个fosmid克隆与连锁图谱上的微卫星标记相关联,实现了fosmid克隆与遗传连锁图的整合。同时,我们构建了一个包含fosmid克隆、与其相关联的微卫星位点、扩增引物与PCR条件等相关信息的数据库。另外,本研究还将fosmid文库的叁维两步PCR筛选与AFLP技术结合起来,初步尝试建立一种高通量的筛选文库中含有AFLP标记信息克隆的系统。我们用一对AFLP引物组合对fosmid文库的8个超级池进行了分析,共得到46个阳性克隆,这都为今后栉孔扇贝物理图谱的构建,以及高质量的遗传图谱与物理图谱的整合提供了一个经济、高效的技术平台。上述的研究,都是栉孔扇贝目的基因的筛选以及图位克隆,细胞遗传图和物理图的构建以及遗传连锁图谱和物理图谱整合等研究的有力工具,也为将来栉孔扇贝大规模基因组测序以及其结构和功能基因组学研究提供了良好的平台。(本文来源于《中国海洋大学》期刊2010-04-01）
安洋,杨晶,徐欣欣,刘钢[6]（2009）在《一种用于构建红色红曲霉基因组cosmid文库的大片段DNA制备方法》一文中研究指出【目的】制备用于构建红色红曲霉cosmid文库的大片段基因组DNA。【方法】采用优化的酚氯仿抽提法制备DNA,并利用Sau3AI切割至平均大小为40 kb,然后使用Stratagene包装蛋白构建cosmid文库。基于PCR法使用同源探针从该文库中进行了目的基因的筛选。【结果】制备了浓度为5μg/μL,平均片段大小大于48 kb的红色红曲霉大片段基因组DNA。利用该DNA构建的cosmid文库基因组覆盖倍数为10,并筛选到了含有目的片段的cosmid。【结论】通过该方法制备红色红曲霉大片段基因组DNA简便易行并且完全可以用于构建cosmid文库。(本文来源于《微生物学报》期刊2009年10期）
程洁,赵柏淞,王斌,胡景杰,包振民[7]（2008）在《栉孔扇贝(Chlamys farreri)微卫星标记在大片段基因组文库中的筛选和鉴定》一文中研究指出栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北方最重要的海水经济养殖贝类之一,在海水养殖产业中占有极其重要的地位。随着分子标记辅助育种在遗传改良上的应用,构建栉孔扇贝的遗传连锁图谱和物理图谱以及最终实现遗传图谱与物理图谱的整合,都是栉孔扇贝基因组学研究的重要内容。本实验室2007年成功构建了第一个栉孔扇贝fosmid文库以及微卫星的遗传连锁图谱。本文通过构建文库的叁维两步PCR筛选系统,选取实验室已开发的150个微卫星标记对文库进行筛选和分析,结果总共得到含有微卫星标记的fosmid克隆250个,与实验室构建的SSR遗传连锁图谱比对,其中有120个标记分布于微卫星连锁图谱19个连锁群上,共200个阳性克隆与连锁图谱上的微卫星标记关联,实现了fosmid克隆与遗传连锁图的整合。同时,我们构建了一个包含fosmid克隆、与其相关联的微卫星位点、扩增引物与PCR条件等相关信息的数据库。上述研究,为栉孔扇贝细胞遗传图和物理图的构建以及遗传连锁图和物理图的整合奠定基础。(本文来源于《2008年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2008-11-01）
张洋,张晓军,刘斌,李富花,相建海[8]（2008）在《基因组研究的关键平台——大片段文库》一文中研究指出大片段基因组文库由于其较大的容量、遗传的稳定性和易操作性等特点而被广泛应用于人类、动植物和微生物的基因组研究中,在物理图谱构建、全基因组测序、基因图位克隆、基因结构功能和进化等研究中起到了重要作用。近年来新技术、新设备的发明和应用使得克隆载体的结构不断优(本文来源于《海洋科学》期刊2008年04期）
蒋云霞,郑天凌[9]（2007）在《天然红树林土壤微生物大片段宏基因组文库的构建》一文中研究指出采用改良及优化后的原位裂解法提取红树林土壤环境DNA,通过脉冲场电泳图谱显示所得DNA片段主要集中于23~50kbp范围,表明大片段DNA在总DNA中的比率明显提高;对改良后的原位裂解提取法与不同DNA纯化方法的组合进行比较分析,确定电洗脱为最佳纯化方法;运用改良后的原位裂解提取法与电洗脱纯化法联用实验方案,构建了4个季节天然红树林土壤Cosmid宏基因组文库.随机挑取克隆子,提取质粒后经BamHI酶切验证,平均插入片段均大于35 kbp,且片段类型各不相同,推测该文库至少包含了335 Mbp潮间带微生物基因组信息.该方法的建立使得开发红树林湿地生态系统的特色微生物资源成为可能,并为探索其它生境的未培养微生物资源提供借鉴.(本文来源于《环境科学》期刊2007年11期）
武剑,冯艳丽,王晓武[10]（2007）在《利用差减链式反应构建基因组多态性片段文库》一文中研究指出高效的分子标记技术体系是实现分子育种的前提。近年来,建立在基因芯片基础上的全基因组多态性分子标记技术,例如 DArT 技术(Jaccoud et al.,2001;Wenzl et al.,2004;Akbrai et al.,2006) 由于不需要已知序列信息和检测的高通量而日益受到人们的重视。芯片基础上的分子标记技术首(本文来源于《中国园艺学会十届二次理事会暨学术研讨会论文摘要集》期刊2007-11-01）
基因组片段文库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组片段文库论文参考文献
[1].姚瑶,崔腾腾,张丽敏,陈翠霞.中国南荻基因组大片段人工细菌染色体文库的构建[J].中国科技论文.2017
[2].管雨,杨洋,张智俊,罗淑萍,汤定钦.毛竹大片段双元细菌人工染色体基因组文库的构建[J].浙江农林大学学报.2011
[3].马艳玲,邓海,刘中来,邓灵福,刘艳丽.海洋放线菌Streptomycessp.大片段DNA基因组文库的构建[J].生物技术.2010
[4].马艳玲,邓海,刘中来,邓灵福,刘艳丽.稀有海洋放线菌Salinisporaarenicola大片段DNA基因组文库的构建[J].生物技术.2010
[5].程洁.栉孔扇贝（Chlamysfarreri）大片段基因组文库的构建及应用分析[D].中国海洋大学.2010
[6].安洋,杨晶,徐欣欣,刘钢.一种用于构建红色红曲霉基因组cosmid文库的大片段DNA制备方法[J].微生物学报.2009
[7].程洁,赵柏淞,王斌,胡景杰,包振民.栉孔扇贝(Chlamysfarreri)微卫星标记在大片段基因组文库中的筛选和鉴定[C].2008年中国水产学会学术年会论文摘要集.2008
[8].张洋,张晓军,刘斌,李富花,相建海.基因组研究的关键平台——大片段文库[J].海洋科学.2008
[9].蒋云霞,郑天凌.天然红树林土壤微生物大片段宏基因组文库的构建[J].环境科学.2007
[10].武剑,冯艳丽,王晓武.利用差减链式反应构建基因组多态性片段文库[C].中国园艺学会十届二次理事会暨学术研讨会论文摘要集.2007