导读:本文包含了逆转座子论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:座子,逆转录,基因组,转录,多样性,细胞,特异性。
逆转座子论文文献综述
魏宇鹏,关宝杰[1]（2019）在《SAMHD1参与逆转座子LINE-1调控在白血病发病中的机制研究》一文中研究指出LINE-1 (long interspersed nuclear elements-1)是现今人体内唯一具有自主转座活性的逆转座子,广泛分布于基因组中[1]。宿主细胞对LINE-1的转座有着严格地控制,在正常分化的细胞中,LINE-1的启动子为高度甲基化状态,造成沉默[2,3]。当机体对LINE-1的控制能力减弱时,基因组的稳定性会受到巨大威胁[4],进而引发基因缺陷性疾病甚至癌变。有研究表明在几乎所有的肿瘤细胞中LINE-1均为激活状态。了解机体对于LINE-1的调控机制,对于理解这些疾病的发生至关重要。(本文来源于《中国实验诊断学》期刊2019年11期）
阳太亿,刘俊仙,刘菁,蒋菁,韩柱强[2]（2019）在《四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析》一文中研究指出克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析。结果显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257～269 bp,A+T所占比例范围为54.47%～68.77%,A+T与G+C比例为1.20～2.20。核苷酸序列间相似性范围为46.4%～98.9%,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3%～100%,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性。绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性。32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25%和37.50%。对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递。本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础。(本文来源于《山东农业科学》期刊2019年09期）
储旭,周涛,李文豪,邢虎,陈良标[3]（2019）在《逆转座子LINE1在Hela细胞中的表达及转录组分析》一文中研究指出为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表达基因显着性上调,这些基因通过GO分类注释,可分为14类;通过KEGG对差异基因进行通路富集,表明差异基因主要富集在破骨细胞分化、色氨酸代谢、乙型肝炎、病毒致癌作用和可卡因成瘾等信号通路,发现了一些与细胞黏着连接、表皮相关的基因有差异性表达。研究表明,通过转录组测序,获得了丰富的关于L1在Hela细胞中表达的信息,为进一步研究L1在细胞中的作用机制供了思路和理论依据。(本文来源于《大连海洋大学学报》期刊2019年02期）
储旭[4]（2018）在《逆转座子LINE1与细胞低温适应关系的初步研究》一文中研究指出逆转座子是一段反向的转录酶介导的核酸重复序列,常见于多细胞生物中,并且在基因组进化中起了很重要的作用。其中一种长散在的重复的核酸序列(LINEs)在脊椎动物基因组中很常见,在基因组中的进化可以追溯到6亿年前。它在人类基因组中占21%,在斑马鱼基因组中占10%以上。LINE1(L1)一般包含两个主要的开放阅读框:ORF1和ORF2,其中ORF1编码核酸结合蛋白,ORF2编码了一种重要的酶,在形成逆转座核酸蛋白复合物的时候起到逆转录酶和核酸内切酶的作用。LINE1的扩增通过“复制和粘贴”的方式,包括了几个主要的过程:转录、转运至细胞质、翻译、形成核酸蛋白复合体,返回至细胞核内、靶位点逆转录转座和插入新的位点。本实验室前期对鳞头犬牙南极鱼(Dissostichus mawsoni)进行了转录组测序,通过对测序结果的分析发现,多个逆转座子表达量显着性升高。我们分析得到一条完整且具有生物学活性的转座子序列并命名为Dissostichus mawsoni LINE1(dmL1),猜测这个转座子可能与鱼类低温适应有关系。为了探究LINE1与低温适应的关系,我们首先构建了含有人类human-L1(hmL1)片段的表达载体pc-L1-1FH,分析其在人类Hela细胞中的表达情况。通过western blot检测和免疫荧光实验我们发现hmL1具有转录活性,并且在细胞质中的表达量很高。通过对转染pc-L1-1FH和空载质粒进行转录组分析,分析出了一些差异表达基因和细胞连接相关通路。然后,我们分别利用人类和南极鱼的LINE1片段设计了一个报告系统来研究LINE1在低温下逆转座的发生机制及功能。这个报告系统在ORF2区域包含一个反向含内含子的EGFP,当L1发生逆转录时,EGFP表达。因此我们可以通过EGFP的表达来分析L1的逆转座情况。本研究中我们在Hela细胞中分别过表达dmL1和hmL1,然后将细胞放在37℃,28℃,18℃培养7天,通过RT-qPCR检测细胞中EGFP及L1表达量,结果显示低温下L1 mRNA的转座活性水平提高。于是我们猜想低温可以诱导L1的逆转录转座活性。另外我们注意到低温下随着L1的逆转录转座活性增强,活性氧(Reactive oxygen species,ROS)的含量也显着增强,并伴随着DNA链的断裂。有研究表明活性氧ROS的产生与转座子有一定联系。为了验证低温下L1的逆转录转座与ROS的关系,我们通过向Hela细胞加入梯度增加的H_2O_2,检测细胞中的L1的逆转座活性。结果显示,随着H_2O_2量的增加,L1的mRNA表达水平升高,在0.5mM时达到最大值。我们通过加入抗氧化剂(N-acetylcysteine,NAC)清除细胞内部的ROS,发现L1的逆转录转座活性降低。于是我们初步判断L1在低温下的逆转录转座是通过细胞内部ROS的释放来介导的。我们实验室前期工作中还发现低温下转染了dmL1的Hela细胞存活率升高。我们通过对dmL1-Hela细胞中的应激颗粒标记蛋白G3BP1进行免疫荧光染色,发现低温压力下dmL1逆转录转座可以降低胞内的应激颗粒,这说明低温下L1在一定程度上减缓了细胞内的应激压力,对细胞起到了一定的保护作用。为了验证L1在Hela细胞中的作用是否适用于斑马鱼,我们在斑马鱼ZF4细胞和斑马鱼体内进行了进一步验证。发现在dmL1-ZF4细胞中,低温下的L1逆转录转座活性同样会升高并随着H_2O_2量的增加而升高。同时对斑马鱼内源性的ZFL2-1进行研究,发现斑马鱼大脑和性腺在受到低温刺激后,ZFL2-1的mRNA表达量上升。通过20℃的低温驯化发现性腺中的ZFL2-1拷贝数提高了1倍。这说明在斑马鱼中低温同样可以诱导L1的逆转录活性。综上所述,本文通过对dmL1的研究发现,dmL1在寒冷条件下逆转录转座水平增高,L1的逆转录转座水平升高可能是由于细胞中产生的ROS引起DNA链断裂后介导的,在一定条件下,细胞面对外界环境压力产生ROS,DNA链断裂,逆转座水平增高的同时,L1又会通过逆转录转座来缓解细胞内部的压力,通过这种负反馈机制来达到机体的平衡。对低温诱导的L1扩增以及对细胞生理状态影响的研究,给我们提供了一个机体在低温下适应性进化的模型。(本文来源于《上海海洋大学》期刊2018-05-29）
白杨,林晓飞,张文波[5]（2018）在《杂交构树Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列的多样性分析》一文中研究指出为深入分析杂交构树的遗传多样性,开发可靠的分子标记,采用同源克隆技术分离了Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列,并对其同源性及系统进化关系进行了分析。所分离的40条序列(命名为BpRT1-40)长度为410～420 bp,均富含AT碱基,序列间的同源性范围为14.2%～99.3%,显示较高异质性。氨基酸序列分析发现,其中有19条序列发生了终止密码子突变、9条发生了移框突变,表明终止密码子突变和移框突变可能是导致杂交构树逆转座子异质性的主要原因。系统进化分析显示:该40条氨基酸序列由2个基因家族组成,其中FamilyⅠ包含38条序列,由5个亚家族组成,各亚家族成员间亲源关系较近;FamilyⅡ包含2条序列,它们与其它序列亲缘关系较远。与其他植物Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶进行系统进化分析发现,所克隆的序列与绿豆、荸荠、兴安落叶松、皱皮椒草、油棕、黄瓜、向日葵等植物的Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列具有较近的亲缘关系。以上结果说明:FamilyⅠ是杂交构树中广泛存在的逆转座子家族,它们可能在杂交构树的遗传进化中发挥着重要的作用。FamilyⅡ中的2条序列同源性较低,同时与其它物种的Ty3-gypsy类逆转座子转录酶的遗传距离也较远,由此可以说明FamilyⅡ的起源比较古老,特异性强。本研究为进一步合理地利用杂交构树资源提供理论基础。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年22期）
张强,罗能杰,韦圣博,王翊[6]（2018）在《植物逆转座子起源的特异性转录因子ALOG基因研究进展》一文中研究指出特异性转录因子广泛参与植物胚胎发育、器官形成、开花、果实成熟、环境胁迫以及衰老等多项生命过程,但目前还未见有关逆转座子起源的植物特异性转录因子的文献综述。ALOG基因是近些年在水稻和拟南芥中发现的唯一起源于DIRS1-like型逆转座子的特异性转录因子,是一类编码DUF640结构域的新型蛋白。该基因家族在高等植物中存在多个拷贝,并且参与了植物幼苗下胚轴和花器官等发育过程。本研究介绍了ALOG基因结构及起源,并回顾了拟南芥中ALOG基因的表达模式以及在幼苗下胚轴及花器官发育中的作用,介绍了水稻ALOG基因在内外稃发育、小穗不育外稃发育以及花序形态建成的作用。分析表明ALOG基因不仅参与了器官形成,而且与一些重要的农艺性状有关,对水稻中该基因家族其他成员以及禾本科其他粮食作物的ALOG基因家族进行功能研究是非常有价值的。随着分子生物学研究的深入开展,将在其他高等植物中发现更多由逆转座子进化而来的特异性转录因子,研究ALOG基因将为解析这些基因的功能提供参考。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年07期）
张文波,白杨,余利敏,伏鸿峰,闫伟[7]（2018）在《大兴安岭野生笃斯越桔逆转座子逆转录酶的多样性分析》一文中研究指出以大兴安岭野生笃斯越桔为试材,采用同源克隆技术分离了Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列,研究了其同源性及系统进化关系,以期为分析笃斯越桔的遗传多样性,开发可靠的分子标记提供参考依据。结果表明:分离的19条序列(分别命名为VuGRE1~19)长度范围为376~418bp,同源性范围为23.3%~97.8%,显示出较高的异质性。氨基酸序列分析结果显示,分离的19条序列中有8条序列发生了不同程度的变异,其中终止密码子突变的频率最高;因此推测终止密码子突变可能是导致笃斯越桔逆转座子异质性的主要原因。系统进化分析结果显示,VuGRE1~19隶属于2个不同的基因家族。Family I仅包含3条序列,序列间的同源性较低,且与其它物种逆转录酶的遗传距离较远;说明Family I的起源较为古老,种的特异性较强。Family II包含16条序列,由3个Subfamily组成;各亚家族成员间的同源性较高,亲缘关系较近;说明该基因家族的活性较高。另外,Family II基因家族成员与其它物种的Ty3-Gypsy类逆转座子逆转录酶序列具有较高的同源性,特别是Subfamily 3与兴安落叶松、苹果、银杏、绿豆、荸荠等植物的逆转录酶具有较近的亲缘关系;说明这些成员在物种间存在广泛的横向交流。以上结果说明,Family II是笃斯越桔中广泛存在的逆转座子基因家族,并在笃斯越桔适应性遗传进化中发挥了重要作用。(本文来源于《北方园艺》期刊2018年04期）
张雪艳,孙天琳,范振鑫,李静[8]（2017）在《东非狒狒基因组Alu逆转座子及其与其他叁种猴科动物的比较》一文中研究指出Alu逆转座子是灵长类动物中进化最成功、数量最多的可移动元件(TEs),它们也是不同灵长目动物基因组多样性的重要来源。东非狒狒Papio anubis是最广泛分布的狒狒属物种,关于其基因组Alu逆转座子的特征及进化仍缺乏相关报道。通过比较基因组学方法,我们比较了东非狒狒Alu逆转座子的分布特征及其与其他叁个猴科物种:恒河猴Macaca mulatta、绿猴Chlorocebus sabaeus、长鼻猴Nasalis larvatus基因组存在(本文来源于《第十叁届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中国西部动物学学术研讨会论文摘要集》期刊2017-10-27）
徐玲,杨晓娜,陈凯[9]（2017）在《水稻全长LTR类逆转座子的鉴定和结构分析》一文中研究指出转座子的鉴定和描述是研究水稻基因组生物学功能的一个基础;采用一个较新的逆转座子预测软件LTR_FINDER从水稻品种日本晴372Mb基因组(TIGR Release 5)中鉴定到6,460个全长LTR逆转座子,并根据其内部主要结构域的有无进行了详细分类,共分成29种结构区域类型(SDCs)。(本文来源于《保山学院学报》期刊2017年05期）
李倩[10]（2017）在《异源四倍体棉花中两个LTR逆转座子家族的鉴定及特征分析》一文中研究指出逆转座子(Retrotransposons)是植物基因组中种类最多、分布最广的转座元件,占总DNA含量一半以上。其转座过程需要以RNA为媒介,遵从“复制-粘贴”的模式在基因组中产生一个新的拷贝,这一转座机制使得逆转座子成为植物基因组主要的组成成分。同时通过插入基因编码区或附近,逆转座子可以改变基因的表达水平。大量研究表明,逆转座子在植物基因组进化过程中发挥了重要的作用,对植物基因组的大小、组成以及基因的结构、功能等方面具有重要影响。近年来逆转座子已成为研究基因克隆与表达、生物多样性及物种进化的重要工具,对植物基因的序列组成、拷贝数和转录表达等研究均有重要意义。棉花(Gossypium)是一种重要的经济作物,其产生的棉纤维是在纺织行业中使用最多的天然纤维,在国民经济中占有举足轻重的地位。二倍体棉种雷蒙德氏棉、亚洲棉以及异源四倍体棉种陆地棉、海岛棉基因组测序的完成,为全面鉴定棉花逆转座子并分析其在基因组中的进化提供了绝佳的机会。目前,对棉花转座子的分析大多集中在种类或超家族水平,而对某一逆转座子家族的鉴定和详细分析鲜有报道。本研究针对异源四倍体棉种中两个LTR逆转座子家族(DOCL和REL逆转座子家族),在全面鉴定其家族成员的基础上,对这两个逆转座子家族成员的分类、分布特征、插入区间偏好性和对靶标基因的表达水平的影响等方面进行分析。主要结果如下:1两个LTR逆转座子家族在异源四倍体棉种中显着扩增在对GhDOCL逆转座子分子特征分析的基础上,从已完全测序的棉花基因组中鉴定了DOCL逆转座子家族,包含陆地棉逆转座子157个,海岛棉逆转座子112个和雷蒙德氏棉逆转座子73个;以海岛棉逆转座子GbRE1为探针序列,鉴定了REL逆转座子家族,包含陆地棉逆转座子92个,海岛棉逆转座子43个。其中在亚洲棉中没有DOCL逆转座子,而亚洲棉和雷蒙德氏棉中均没有REL逆转座子。此外,定量PCR分析表明异源四倍体棉种中DOCL逆转座子的拷贝数较雷蒙德氏棉明显增加。这些结果表明DOCL和REL逆转座子家族均在异源四倍体棉种中显着扩增。2 LTR逆转座子家族的进化分析应用MEGA 6.0软件分别对这两个LTR逆转座子家族进行进化分析。DOCL逆转座子家族包括9个组,其中G1-G4和G9在四倍体出现之后显着扩增;而G5-G8是由四倍体形成前的D基因组产生,在异源四倍体棉种中无明显扩增。REL逆转座子家族包括2个组,均在四倍体出现之后显着扩增。3 LTR逆转座子在棉花基因组中的分布DOCL和REL逆转座子大致均匀地分布在不同染色体组的不同染色体上,未检测到同一家族或者同一组的LTR逆转座子聚集在染色体的某个区段,说明这两个逆转座子家族在基因组中的扩增是随机的。根据LTR逆转座子的插入位置及其上下游序列,鉴定出DOCL逆转座子在不同棉种中的等位插入位点,并通过PCR扩增验证LTR逆转座子在不同异源四倍体棉种材料中的插入位点。结果表明大部分的LTR逆转座子在不同棉种中的插入位置不同,说明其在不同棉种中的扩增是相对独立的。应用BLASTX分析LTR逆转座子侧翼序列的蛋白编码特性,结果表明DOCL和REL逆转座子的插入位点大部分处于基因编码区。4 LTR逆转座子和蛋白编码基因的关系结合PCR检测和BLASTX分析结果,选取在陆地棉或海岛棉基因编码区特异插入的DOCL和REL逆转座子,分析其靶基因的表达水平。结果表明逆转座子的插入显着降低或消除了12个靶基因(8个DOCL靶基因和4个REL靶基因)在棉花不同组织中的表达。综上所述,棉花基因组中包含以DOCL和REL逆转座子家族为代表的,在异源四倍体棉种中显着扩增的LTR逆转座子家族。这些LTR逆转座子在基因编码区的插入影响相关基因的表达水平,是异源四倍体棉种进化的重要驱动力。(本文来源于《西南大学》期刊2017-04-01）
逆转座子论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析。结果显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257～269 bp,A+T所占比例范围为54.47%～68.77%,A+T与G+C比例为1.20～2.20。核苷酸序列间相似性范围为46.4%～98.9%,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3%～100%,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性。绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性。32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25%和37.50%。对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递。本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
逆转座子论文参考文献
[1].魏宇鹏,关宝杰.SAMHD1参与逆转座子LINE-1调控在白血病发病中的机制研究[J].中国实验诊断学.2019
[2].阳太亿,刘俊仙,刘菁,蒋菁,韩柱强.四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析[J].山东农业科学.2019
[3].储旭,周涛,李文豪,邢虎,陈良标.逆转座子LINE1在Hela细胞中的表达及转录组分析[J].大连海洋大学学报.2019
[4].储旭.逆转座子LINE1与细胞低温适应关系的初步研究[D].上海海洋大学.2018
[5].白杨,林晓飞,张文波.杂交构树Ty3-gypsy类逆转座子逆转录酶序列的多样性分析[J].分子植物育种.2018
[6].张强,罗能杰,韦圣博,王翊.植物逆转座子起源的特异性转录因子ALOG基因研究进展[J].分子植物育种.2018
[7].张文波,白杨,余利敏,伏鸿峰,闫伟.大兴安岭野生笃斯越桔逆转座子逆转录酶的多样性分析[J].北方园艺.2018
[8].张雪艳,孙天琳,范振鑫,李静.东非狒狒基因组Alu逆转座子及其与其他叁种猴科动物的比较[C].第十叁届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中国西部动物学学术研讨会论文摘要集.2017
[9].徐玲,杨晓娜,陈凯.水稻全长LTR类逆转座子的鉴定和结构分析[J].保山学院学报.2017
[10].李倩.异源四倍体棉花中两个LTR逆转座子家族的鉴定及特征分析[D].西南大学.2017
论文知识图
