应用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析氨气对小鼠肠道菌群的影响

论文摘要

旨在研究不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物多样性的影响。选取平均体质量为（23±2） g的KM小鼠90只,随机分为3个处理组,每组30个重复。分别饲养于3个独立的环境控制舱内,氨气平均质量浓度为0 （对照组）、20 （中质量浓度组）、50 mg/kg （高质量浓度组）,于5,15,20 d取10只,颈椎脱臼处死后取肠道食糜,用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析微生物群落结构。结果表明:处理组的α、β多样性、Shannon指数较对照组降低,表明不同质量浓度氨气处理对小鼠肠道微生物菌群多样性有一定影响;在门水平,处理组厚壁杆菌丰度增加,结合KEGG代谢途径分析,能量代谢通路可能发生了改变;Lefse分析筛选出氨气影响肠道健康的相关菌群有3种,分别是Blautia菌属、脱硫弧菌（Desulfovibrio,DSV）与慢生根瘤菌科（Bradyrhizobiaceae）;通过KEGG代谢途径的差异分析,第5天时对照组和中质量浓度组与免疫相关的代谢通路存在显著差异。由此可见,氨气处理能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性,且提示氨气致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 试验材料
•   1.2 实验动物
•   1.3 样品采集
•   1.4 DNA提取
•   1.5 16S rRNA的PCR扩增和Illumina HiSeq测序
•   1.6 数据分析
• 2 结果
•   2.1 不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物测序结果的影响
•   2.2 不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物α多样性的影响
•   2.3 不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物β多样性的影响
•   2.4 不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物门水平的影响
•   2.5 Lefse分析
•   2.6 KEGG功能预测
• 3 讨论
•   3.1 不同氨气质量浓度对肠道菌群多样性的影响
•   3.2 不同氨气质量浓度对肠道菌群结构和物种丰度的影响
•   3.3 不同氨气质量浓度对肠道菌群标志性代谢产物的影响
•   3.4 不同氨气质量浓度影响肠道代谢通路的预测

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 杨新宇,崔嘉,陈小风,吴峰洋,陈宝江

关键词: 高通量测序,氨气,小鼠,肠道微生物多样性

来源: 中国兽医学报 2019年05期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 河北农业大学动物科技学院

基金: 国家重点研发“有害气体影响猪免疫的生理机制研究”资助项目(2016YFD0500501-7)

分类号: S852.6

DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2019.05.24

页码: 948-955

总页数: 8

文件大小: 2978K

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