导读:本文包含了基因簇论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,生物,多肽,基因组,次级,霉菌,杆菌。
基因簇论文文献综述
Zi-yue,LI,Qing-ting,BU,Jue,WANG,Yu,LIU,Xin-ai,CHEN[1]（2019）在《恰塔努加链霉菌L10中rpoB基因突变激活蒽塔恰霉素生物合成基因簇的研究（英文）》一文中研究指出目的:运用核糖体技术激活恰塔努加链霉菌Streptomyces chattanoogensisL10中的隐性基因簇,进一步研究突变菌株的次级代谢产物并初步探索其对应的生物合成基因簇激活机制。创新点:首次分离得到了蒽塔恰霉素,并初步探索了RpoB突变株中蒽塔恰霉素生物合成基因簇的激活机制。方法:采用核糖体工程技术,对S.chattanoogensisL10的RpsL和RpoB的高度保守区域定点突变,使用高效液相色谱法(HPLC)检测突变株的代谢产物。运用一维和二维核磁共振(1DNMR、2D NMR)解析L10/RpoB (H437Y)的次级代谢产物蒽塔恰霉素的化学结构,通过铁离子还原法(FRAP)和ABTS自由基清除等实验研究其抗氧化活性。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(q RT-PCR)和凝胶电泳迁移率分析(EMSA)探索蒽塔恰霉素生物合成基因簇的激活机制。结论:L10/RpoB (H437Y)中蒽塔恰霉素的生物合成基因簇被激活。q RT-PCR和EMSA结果表明:RNA聚合酶β亚基结构改变,可能影响全局性调控基因的转录水平,并激活蒽塔恰霉素生物合成基因簇。(本文来源于《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》期刊2019年12期）
刘洋,王晓政,黄婷婷,周子画,林双君[2]（2019）在《链霉菌Streptomyces antibioticus NRRL 8167中Naphthgeranine A生物合成基因簇的分析鉴定》一文中研究指出【背景】微生物来源的天然产物是小分子药物或药物先导物的重要来源。对链霉菌Streptomyces antibioticus NRRL 8167的基因组分析显示,其包含多个次级代谢产物的生物合成基因簇,具有产生多种新化合物的潜力。【目的】对链霉菌S. antibioticus NRRL 8167中次级代谢产物进行研究,以期发现结构新颖或生物活性独特的化合物,并对相应产物的生物合成基因簇和生物合成途径进行解析。【方法】利用HPLC图谱结合特征性紫外吸收和LC-MS方法,排除S. antibioticus NRRL 8167产生的已知化合物,确定具有特殊紫外吸收的化合物作为挖掘对象,然后利用正、反相硅胶柱色谱、高效液相色谱等技术对次级代谢产物进行分离纯化,分离化合物。利用质谱及核磁共振光谱技术对化合物结构进行解析和鉴定;提取链霉菌S. antibioticus NRRL 8167基因组DNA,利用PacBio测序平台进行基因组测序;利用生物信息学对基因组进行注释,并对合成该化合物的基因簇进行定位分析,推导其生物合成途径。【结果】确定这个化合物是NaphthgeranineA,属于聚酮类化合物。全基因组序列分析发现S.antibioticusNRRL8167基因组含有28个次级代谢产物生物合成基因簇,其中基因簇20可能负责Naphthgeranine A的生物合成,并对其生物合成途径进行了推导。【结论】基于紫外吸收光谱和质谱特征,从S. antibioticus NRRL 8167菌株的发酵提取物中分离鉴定了一个聚酮类化合物Naphthgeranine A。该菌株的全基因组测序为其生物合成基因簇的鉴定提供了前提,对Naphthgeranine A生物合成基因簇和生物合成途径的推测为进一步研究这个化合物的生物合成机制奠定了基础。(本文来源于《微生物学通报》期刊2019年10期）
孟祥丽,白金尊,张绪帅,李伟明,祖尧[3]（2019）在《斑马鱼hoxb7a基因在hox基因簇中的作用研究》一文中研究指出斑马鱼hoxb7a基因是hox基因家族在进化过程中第7旁系同源组中仅存的基因。为了研究hoxb7a基因在整个hox基因簇中的作用,利用CRISPR/Cas9技术对斑马鱼hoxb7a基因进行编辑,T7E1结果显示F_0敲除效率平均为43%,并在F_2成功获得缺失8个碱基(Δ8 bp)和缺失23个碱基(Δ23 bp)的hoxb7a纯合突变体。进而利用实时荧光定量PCR技术检测48hpf野生型和hoxb7a突变体中旁系同源hox基因的表达量变化,QPCR结果显示,hoxb7a缺失后hox基因簇中相邻的hox基因表达量显着性升高(P<0.001),而基因组上距离hoxb7a较远的hox基因表达量未出现明显变化(P>0.05)。研究表明hoxb7a基因在整个hox基因簇中发挥重要调控作用,通过阐述hoxb7a的作用加深了对hox基因簇加倍后基因功能分化的认识。同时斑马鱼hoxb7a突变体的成功构建,为其基因功能机制的研究奠定了坚实基础。(本文来源于《生物学杂志》期刊2019年05期）
杨扬,陈奕鹏,周维,蔡吉苗,王宝[4]（2019）在《内生真菌HND5菌株抗香蕉枯萎病菌相关非核糖体多肽合成酶基因簇的鉴定》一文中研究指出为明确帚枝霉属内生真菌Sarocladium brachiariae HND5菌株具体的抑菌活性物质,在全基因组测序数据的基础上,利用生物信息学对抑菌活性物质合成基因簇进行定位,通过聚类分析和系统发育树分析对基因簇合成产物进行鉴定,并通过基因缺失突变构建及代谢组分析确定具体的抑菌活性物质。结果显示,HND5菌株共含有7个非核糖体多肽合成酶(non-ribosomal peptide synthetase,NRPS)基因簇,聚类分析结果表明基因簇29合成产物为噬铁素,基因簇30合成产物为类环孢霉素类抗菌多肽;系统发育树结合生物信息学结果显示基因簇30合成产物与已知环孢霉素结构差异大,为一个新型非核糖体多肽;将基因簇30 NRPS基因缺失突变后,HND5菌株丧失抑菌活性;同野生型菌株相比,基因簇30 NRPS基因缺失突变体缺失一个分子量为887.54 Da的多肽类物质。表明HND5菌株的抑菌活性物质为一个分子量为887.54 Da的新型类环孢霉素非核糖体多肽,基因簇30负责该多肽的生物合成。(本文来源于《植物保护学报》期刊2019年05期）
高宇佳,张君,李花月,李文利[5]（2019）在《海洋芽孢杆菌Bacillus methylotrophicus B-9987中difficidins生物合成基因簇的分析鉴定》一文中研究指出目的对海洋芽孢杆菌B-9987中difficidins生物合成基因簇及其关键基因进行分析、鉴定及功能研究。方法通过生物信息学手段对difficidins基因簇的基因组成和功能结构域进行了分析;结合其结构特征及聚酮化合物的生物合成原理,初步推导其生物合成途径;构建了烯酰辅酶A水合酶基因difO双交换阻断突变株,对其功能进行初步验证并对基因簇进行确认。结果从B-9987发酵液中分离纯化得到化合物oxydifficidin,鉴定了B-9987中该化合物的生物合成基因簇,其是由位于同一个操纵子的15个基因difA-O所编码的反式酰基转移酶聚酮合酶体系组装而成;difO基因阻断后,oxydifficidin不再产生。结论 difficidins生物合成基因簇的鉴定为后续研究其生物合成途径及相关基因的功能奠定了基础。(本文来源于《中国海洋药物》期刊2019年05期）
朱世扬,王露,裘娟萍,李骏[6]（2019）在《基因组挖掘默诺霉素生物合成基因簇的比较分析》一文中研究指出通过对NCBI数据库的检索,使用次级代谢基因挖掘的方法对整个基因组数据进行扫描,发现含有潜在的默诺霉素家族磷酸糖脂类抗生素合成途径基因簇的6株链霉菌:Streptomyces ghanaensis、Streptomyces bambergiensis、 Streptomyces prasinus、 Streptomyces lincolnensis、 Streptomyces. sp. SAT1和Streptomyces clavuligerus。将搜寻获取的候选基因簇与S. ghanaensis中的默诺霉素合成相关基因簇进行比较基因组学分析,从共线性比对、合成基因的进化水平和同源性比对结果的分析,说明默诺霉素合成基因簇存在两种不同的进化来源与途径。其中5株链霉菌的合成基因簇位于染色体的两臂区,该区域常发生染色体插入或缺失的水平转移。通过对移动元件的基因岛序列的预测,发现默诺霉素合成基因簇是由20 kb大小的基因组岛实现了种间水平转移。基因组岛的插入是链霉菌获得新性状的重要途径,可以阐述基因簇在种间转移的途径和进化方向,以生物信息学基因组分析的角度为高产菌株的构建提供数据支持和改造。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2019年09期）
吴蓉,汪桂,邓子新,陈文青,苏二正[7]（2019）在《嗜线虫致病杆菌抗生素基因簇克隆及遗传体系建立》一文中研究指出【目的】嗜线虫致病杆菌(Xenorhabdus)是昆虫病原线虫的共生菌,研究此共生菌分泌的抗菌活性的次级代谢产物基因蔟信息。【方法】通过直接PCR将目的基因簇分为数段扩增,利用天然酵母重组系统实现体外重组;同时采用果聚糖蔗糖转移酶基因sacB负筛选系统,通过两次同源臂重组构建基因敲除突变株,建立嗜线虫致病杆菌DSM 16338的遗传操作系统。【结果】成功获得推测目的基因簇;缺失所推测基因簇的3个相连基因,筛选到大片段缺失突变株GW2及调控基因敲除突变株GW4。【结论】利用高效的直接克隆方法获得了基因簇,成功对DSM 16338推测基因簇完成了基因中断,建立了该菌的遗传操作系统,为阐述此类细菌天然产物的生物化学多样性奠定了基础。(本文来源于《南京林业大学学报(自然科学版)》期刊2019年05期）
戴岩,吴旭日,陈依军[8]（2019）在《链霉菌沉默生物合成基因簇激活策略的研究进展》一文中研究指出微生物次级代谢产物因其显着的生物活性一直是新药发现与开发的重要来源之一,激增的基因组信息表明,链霉菌中存在着巨大的生物合成潜力。但目前从链霉菌中挖掘的具有新骨架或新结构单元的活性次级代谢产物数量远低于生物合成基因簇的数量,原因主要在于很多生物合成基因簇在常规实验条件下表达微弱或转录沉默。从预测生物合成基因簇的生物信息学工具入手,本文重点阐述了在天然宿主和异源宿主中激活链霉菌沉默生物合成基因簇的经典方法和最新策略,包括转录因子诱捕、报告子导向的高通量筛选以及多重CRISPR-TAR等,为挖掘链霉菌新型次级代谢产物提供了方法学参考。(本文来源于《中国药科大学学报》期刊2019年04期）
陈体强,钟礼义,刘新锐,杨驰,应正河[9]（2019）在《紫芝栽培新品种研究Ⅰ.rRNA基因簇及ITS序列比对分析》一文中研究指出紫芝栽培新品种‘武芝2号’(紫芝S2,英文名:Zizhi S2)是从福建省野生种质资源人工驯化选育而来的,已经形成大规模的栽培(年产量达300吨以上)。基于基因组水平,采用RNAmmer v1.2进行rRNA基因预测分析,发现在‘武芝2号’(紫芝S2)G. duropora_Zizhi S2基因组中第49号支架(Scaffold_49,248,648bp)上4套rRNA基因簇(18s,28s和5s rRNA),而在紫芝基因组G.sinense_ZZ0214-1(GenBank:AYKW00000000.1)上仅比对上部分rRNA基因(5s和28s rRNA)。针对G.duropora_Zizhi S2基因组,采用Barrnap v0.9软件分析证实在Scaffold_49上存在的rRNA基因簇是4套完整的(18s,28s,5.8s和5s rRNA)。‘武芝2号’(紫芝S2)的ITS序列(MG282563.1,649 bp)与已知5个紫芝菌株_ITS序列(voucher Wei 5327_KF494998.1、strain XZ-G-C1_HQ235633.1、strain XZ-G-C2_HQ235634.1和strain GDGM25829_KC415760.1)在线BLAST比对相似度高达99.79%,并与其中的G. sinense strain zizhi(KT906369.1,649pb)完全一致(均包含18S rRNA gene, partial sequence;ITS1, 5.8S rRNA gene, ITS2, complete sequence, 28S rRNA gene, partial sequence);此外,ITS序列聚类分析结果,‘武芝2号’G. duropora_Zizhi S2_MG282563.1与紫芝G. sinense strain Zizhi_KT906369.1的遗传距离相同,在系统进化树上相聚成一类,可以视为同属1个复合种或大种群。(本文来源于《多彩菌物 美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要》期刊2019-08-03）
王勃霏,姜晓玲,卢斌,蔡惠丽,陈海丹[10]（2019）在《骨肉瘤中miR-17-92基因簇作用的研究进展》一文中研究指出骨肉瘤是一种原发于骨的常见恶性肿瘤,好发于儿童和青少年,长期以来5年生存率不到70%。目前,骨肉瘤的治疗已到达一个平台期,进一步的预后改善可能依赖于新的生物学疗法。miRNA在肿瘤中的作用日益被重视,其中miR-17-92基因簇作为致癌基因,在骨肉瘤中的作用也被广泛研究。本文综述mi R-17-92基因簇在骨肉瘤中的功能和机制,以期为骨肉瘤带来新的治疗方案。(本文来源于《肿瘤防治研究》期刊2019年07期）
基因簇论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【背景】微生物来源的天然产物是小分子药物或药物先导物的重要来源。对链霉菌Streptomyces antibioticus NRRL 8167的基因组分析显示,其包含多个次级代谢产物的生物合成基因簇,具有产生多种新化合物的潜力。【目的】对链霉菌S. antibioticus NRRL 8167中次级代谢产物进行研究,以期发现结构新颖或生物活性独特的化合物,并对相应产物的生物合成基因簇和生物合成途径进行解析。【方法】利用HPLC图谱结合特征性紫外吸收和LC-MS方法,排除S. antibioticus NRRL 8167产生的已知化合物,确定具有特殊紫外吸收的化合物作为挖掘对象,然后利用正、反相硅胶柱色谱、高效液相色谱等技术对次级代谢产物进行分离纯化,分离化合物。利用质谱及核磁共振光谱技术对化合物结构进行解析和鉴定;提取链霉菌S. antibioticus NRRL 8167基因组DNA,利用PacBio测序平台进行基因组测序;利用生物信息学对基因组进行注释,并对合成该化合物的基因簇进行定位分析,推导其生物合成途径。【结果】确定这个化合物是NaphthgeranineA,属于聚酮类化合物。全基因组序列分析发现S.antibioticusNRRL8167基因组含有28个次级代谢产物生物合成基因簇,其中基因簇20可能负责Naphthgeranine A的生物合成,并对其生物合成途径进行了推导。【结论】基于紫外吸收光谱和质谱特征,从S. antibioticus NRRL 8167菌株的发酵提取物中分离鉴定了一个聚酮类化合物Naphthgeranine A。该菌株的全基因组测序为其生物合成基因簇的鉴定提供了前提,对Naphthgeranine A生物合成基因簇和生物合成途径的推测为进一步研究这个化合物的生物合成机制奠定了基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因簇论文参考文献
[1].Zi-yue,LI,Qing-ting,BU,Jue,WANG,Yu,LIU,Xin-ai,CHEN.恰塔努加链霉菌L10中rpoB基因突变激活蒽塔恰霉素生物合成基因簇的研究（英文）[J].JournalofZhejiangUniversity-ScienceB(Biomedicine&Biotechnology).2019
[2].刘洋,王晓政,黄婷婷,周子画,林双君.链霉菌StreptomycesantibioticusNRRL8167中NaphthgeranineA生物合成基因簇的分析鉴定[J].微生物学通报.2019
[3].孟祥丽,白金尊,张绪帅,李伟明,祖尧.斑马鱼hoxb7a基因在hox基因簇中的作用研究[J].生物学杂志.2019
[4].杨扬,陈奕鹏,周维,蔡吉苗,王宝.内生真菌HND5菌株抗香蕉枯萎病菌相关非核糖体多肽合成酶基因簇的鉴定[J].植物保护学报.2019
[5].高宇佳,张君,李花月,李文利.海洋芽孢杆菌BacillusmethylotrophicusB-9987中difficidins生物合成基因簇的分析鉴定[J].中国海洋药物.2019
[6].朱世扬,王露,裘娟萍,李骏.基因组挖掘默诺霉素生物合成基因簇的比较分析[J].基因组学与应用生物学.2019
[7].吴蓉,汪桂,邓子新,陈文青,苏二正.嗜线虫致病杆菌抗生素基因簇克隆及遗传体系建立[J].南京林业大学学报(自然科学版).2019
[8].戴岩,吴旭日,陈依军.链霉菌沉默生物合成基因簇激活策略的研究进展[J].中国药科大学学报.2019
[9].陈体强,钟礼义,刘新锐,杨驰,应正河.紫芝栽培新品种研究Ⅰ.rRNA基因簇及ITS序列比对分析[C].多彩菌物美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要.2019
[10].王勃霏,姜晓玲,卢斌,蔡惠丽,陈海丹.骨肉瘤中miR-17-92基因簇作用的研究进展[J].肿瘤防治研究.2019
论文知识图
